Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,494,181 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,494,181 | 0 | A | T | 99.2%
| 615.8
/ NA
| 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (125/137); minor base C (1/1); total (126/139) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,494,182 | 0 | G | C | 98.9%
| 609.2
/ NA
| 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base C (126/134); total (126/139) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
| * | CP042583 | 1,494,183 | 0 | C | G | 99.6%
| 620.7
/ NA
| 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (125/138); total (126/139) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
ACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCAGCATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGT‑ATAGGGGCCGTTGCCTTACTTTTTAAATGTTCCATCGCGGCGATGCATACACTCTCATATTTAAACAGATCGTCAGCGAAAAAAATGTCCAACTTATCAATACATTCCTGGCTCAAACTATGTGCCTGTAGGCTGAAGCTTAAAACCTCATACCCGAG > CP042583/1493902‑1494462
|||
cTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCGTTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCCCGCTGAccag > 1:548363/1‑288 (MQ=255)
cTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGAccag > 1:665626/1‑288 (MQ=255)
ggCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCACAcc > 1:166312/1‑289 (MQ=255)
gCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCg > 1:1629794/1‑289 (MQ=255)
aaTGCTGGCGGTGTTGGTTCCGCCTCGGGTTGGCATTACCCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGCGGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGa < 2:665626/288‑1 (MQ=255)
tGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGGTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTTACCAGCCAGGGGCTGAATCAAACCGaaaa > 2:943159/1‑289 (MQ=255)
cTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAg > 1:1495296/1‑289 (MQ=255)
tGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAg < 2:198010/288‑1 (MQ=255)
tGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAg < 1:633643/288‑1 (MQ=255)
ggTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTGGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCCCGAAGACAGCACGGCCCG‑TGCCCAACCAGTGGCGGAAGCAAACCGATAAAGACag > 2:864363/1‑287 (MQ=255)
gATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCt < 2:1327862/288‑1 (MQ=255)
aTGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCCgg > 1:839560/1‑289 (MQ=255)
tGGTTGGGCCTGCGGTTTGCCATACCCCGCTGGGCCCGATGTGTGTTGCGACGATGGTCGGTATTGTTACCGGTAGGCCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGCCCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCAGTCTgg < 2:435126/288‑1 (MQ=255)
tGGTTGCGCCTTCGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTgg < 1:1896182/288‑1 (MQ=255)
gcgcCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTGATCGACATGGTCCGTACGGCGTTCAACGTTATCGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGACTCCACCCGATAAAGCACTTCAGGATAGCg > 2:1259423/1‑289 (MQ=255)
gtACTGTTGGCATTACCCCGCTGGACGCGATGTGGTTTGCGACGCTGGTCGGGATTGTTACCGTTAGTTCCGAGGGCGTGGCCGGTGTCGTTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGCTTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAga < 2:788774/288‑1 (MQ=255)
cGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAgacga < 1:1344444/289‑1 (MQ=255)
gTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAgacgac < 2:1373650/288‑1 (MQ=255)
cTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑Acc > 1:570117/1‑289 (MQ=255)
ggACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCAt < 1:810599/289‑1 (MQ=255)
accggttgtgGTTTGCGACGCTGGTGGGTGTTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGGGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCAtt < 2:1945901/282‑1 (MQ=255)
acccgtgttgGATTGCGGGGGTGGTCGGTTTTGTGACCGTTGGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCAtt < 2:1707146/280‑1 (MQ=255)
aCCCGGTGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGTGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGGCGAACTGGCAC‑ACCAtt < 1:1162968/288‑1 (MQ=255)
cGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑CACATTAATTCTTATGCTTGCa > 2:1399958/1‑289 (MQ=255)
tGGTCGGTATTGTTACCGTTGGTTCCGCGGCCGTTGCCGTTGTGGGTGGTGGTGAAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGGGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGt < 2:487491/288‑1 (MQ=255)
tGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCGGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGt < 1:170716/288‑1 (MQ=255)
tGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGt < 2:17381/288‑1 (MQ=255)
tGGTAGGTTGTGTTATTGTGAGTTCTGCACGGTTTGCCGATGTGGGGGGTGTTGCAACTTACGCCGCACTGCATGTACT‑GCCTGAGATGGGTCTGCCTGTCTACCTGCTTGCGCGGTTAATCTGCGTTGCACCGTTTATGGACGTGGGCCGTACTGGGGTAAGCGTTAGTTGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCAATAAAGCCATTCTGGATAGGGAAGACGACGCCGAACTGTGAC‑ACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGt < 2:391041/288‑1 (MQ=255)
gTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCTATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGACAAAGCACTTCTGGATAGCCAAGACGACGCAGAACGGGCAC‑ACCATTACGTCTTATCCTGGCCACCGTcag > 2:437216/1‑287 (MQ=255)
gTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑CGGCACGCGGACCAGCCAGTGGCTGCAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGAAAGCTAATCCGACACCGAAATGGCAC‑AACGATAATTCTTATGCTGGCCACGGGCCg > 2:768975/1‑289 (MQ=255)
ttACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGCCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTATTGGCTCGATGACAGC‑TGGCCCGCTTCCCATCCATGGGCTTAAGCCAACCGAAACATCCCTTCCGGCTAGCCACACCGGCGCCGAACTGCCAC‑ACCATTCATTCCTTTGCGTGCACACGCCCGCTTTGT‑ATAg > 2:1020021/1‑289 (MQ=255)
tACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGT‑ATAgg > 1:1206155/1‑289 (MQ=255)
aCCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCTACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCGTTCTGGAAAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCCA‑AACATTTACTCTTAGCCTGGCCACGGTCCGTTTTGTCATAgg > 2:349185/1‑289 (MQ=255)
aCCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCaa > 2:1059220/1‑201 (MQ=255)
gTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGT‑ATAGGGGcc > 1:322092/1‑289 (MQ=255)
gTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGT‑ATAGGGGcc > 1:1719290/1‑289 (MQ=255)
gTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGT‑ATAGGGGcc > 1:1272944/1‑289 (MQ=255)
gTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACCACGCCGAACT‑GCACAACCATTAATTCTTTTGCGGTGAACGGTCCGTTTTGT‑ATGGGGGcc > 2:1675394/1‑289 (MQ=255)
gTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑CGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCACACCGATAAAGCCATTCTGGATACCCAAGACGACCCCGAAATGGCCC‑ACCAATATTGCTTTTTCTTGCAACGGTCCGTTTTGt‑acaaggtc > 2:1538177/1‑281 (MQ=255)
ttCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGT‑ATAGGGGCCGTTg > 1:703526/1‑288 (MQ=255)
cggcggtcGTTGCCAGTGTCGGTGGTGCTGCAACGTTCGCCGCAC‑GGCTGTGCTGGCCGGCGAGGGGCCTGCCAGTAACGGTGGTGGCTTTGTTAATCTTCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGGTAGGGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCGGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGT‑ATAGGGGCCGTTGCCt < 2:304659/282‑1 (MQ=255)
ccGCGGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTACCCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGT‑ATAGGGGCCGTTGCCt < 1:1903353/289‑1 (MQ=255)
cAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGCCGACGCCGAACTGGCCC‑ACCATTAAATTCTATGCTGGCCAAGGTCCGTTTTGT‑AATGGGGACCTTGCCtt > 2:1851695/1‑287 (MQ=255)
cAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGT‑ATAGGGGCCGTTGCCtt > 1:459128/1‑287 (MQ=255)
tgtCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGT‑ATAGGGGCCGTTGCCTTACTTTTTAAATGtt > 1:1004416/1‑288 (MQ=255)
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gTTAAACGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGT‑ATAGGGGCCGTTGCCTTACTTTTTAAATGTTCCATCGCGGCGATGCATACTGACTCATATTTAAACAGATCGTCAGCGAAAAAAATGTCCAACTTATCAATACATTCCTGGCTCAATGAATGTGCCTGTAGCGAGAAGCTTAAAACCTc > 2:84273/1‑289 (MQ=255)
aaCGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGT‑ATAGGGGCCGTTGCCTTACTTTTTAAATGTTCCATCGCGGCGATGCATACTGACTCATATTTAAACAGATCGTCAGCGAAAAAAATGTCCAACTTATCAATATATTCCTGGCTCAATGAATGTGCCTGTAGCGAGAAGCTTAAAACCTCATa > 1:1097348/1‑288 (MQ=255)
aaCGTTAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGT‑ATAGGGGCCGTTGCCTTACTTTTTAAATGTTCCATCGCGGCGATGCATACTGACTCATATTTAAACAGATCGTCAGCGAAAAAAATGTCCAACTTATCAATACATTCCTGGCTCAATGAATGTGCCTGTAGCGAGAAGCTTAAAACCTCATa > 2:516223/1‑288 (MQ=255)
tAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGT‑ATAGGGGCCGTTGCCTTACTTTTTAAATGTTCCATCGCGGCGATGCATACTGACTCATATTTAAACAGATCGTCAGCGAAAAAAATGTCCaa > 1:380667/1‑223 (MQ=255)
tAGTGGCTCGATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGT‑ATAGGGGCCGTTGCCTTACTTTTTAAATGTTCCATCGCGGCGATGCATACTGACTCATATTTAAACAGATCGTCAGCGAAAAAAATGTCCAACTTATCAATACATTCCTGGCTCaatgaa < 1:297625/251‑5 (MQ=255)
|||
ACCATTGGTCAGAACGGCTGCGCCGGTTTGTATCCGGCAATGCTGGCGGTGATGGTTGCGCCTACGGTTGGCATTAACCCGCTGGACCCGATGTGGATTGCGACGCTGGTCGGTATTGTTACCGTTAGTTCCGCAGGCGTTGCCGGTGTCGGTGGTGGTGCAACTTTCGCCGCACTGATTGTACT‑GCCTGCGATGGGCCTGCCAGTAACCCTGGTGGCGCTGTTAATCTCCGTTGAACCGCTTATCGACATGGGCCGTACGGCGTTAAACGTTAGTGGCAGCATGACAGC‑TGGCACGCTGACCAGCCAGTGGCTGAAGCAAACCGATAAAGCCATTCTGGATAGCGAAGACGACGCCGAACTGGCAC‑ACCATTAATTCTTATGCTGGCAACGGTCCGTTTTGT‑ATAGGGGCCGTTGCCTTACTTTTTAAATGTTCCATCGCGGCGATGCATACACTCTCATATTTAAACAGATCGTCAGCGAAAAAAATGTCCAACTTATCAATACATTCCTGGCTCAAACTATGTGCCTGTAGGCTGAAGCTTAAAACCTCATACCCGAG > CP042583/1493902‑1494462
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
