Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,577,310 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,577,310 | 0 | A | T | 99.6%
| 575.8
/ NA
| 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (110/131); minor base C (1/0); total (111/131) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,577,311 | 0 | G | C | 100.0%
| 572.7
/ NA
| 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (111/131); total (111/131) |
| * | CP042583 | 1,577,312 | 0 | T | A | 100.0%
| 577.0
/ NA
| 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (111/131); total (111/131) |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
GCAGTCGATGACACGGACGCAAGTGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCAGCGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATAGTCATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGAGACAATCATCGCAATATTAGTTAAATCGCGGTTTTTGATTAGTTTAATTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATT > CP042583/1577034‑1577591
|||
gCAGTCGATGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGGTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTAGCACCCTTTAGATATCTATCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTAt > 1:901292/1‑289 (MQ=255)
cAGTCGATGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATg > 1:252811/1‑289 (MQ=255)
cGATGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATgg < 1:986183/286‑1 (MQ=255)
cGATGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATgg < 1:1914084/286‑1 (MQ=255)
cGATGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCACCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATgg < 1:328707/286‑1 (MQ=255)
cGATAAAACGGACGCATCGGCGCTGGCCGCCGCGATGCGGGAAGCTGAAGAAGAGGTGGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATgg < 2:437883/286‑1 (MQ=255)
gATGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCggg < 2:19149/280‑1 (MQ=255)
tggcacGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGTGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTAAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCACGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTc < 1:1455720/285‑1 (MQ=255)
tGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTc < 1:1311382/288‑1 (MQ=255)
acGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGt < 2:699221/289‑1 (MQ=255)
acGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACAGCGGGTATGGCTGTCCTGGt > 1:1647156/1‑289 (MQ=255)
ggACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCAACCTTTAGATCTCTACCGCCGTGTGTATTCACAACGGGTATGGCTGTTCTGGTAc > 2:514192/1‑289 (MQ=255)
acgcatcagCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGa > 1:788926/9‑289 (MQ=255)
cgcatcagCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGaa < 2:788926/282‑1 (MQ=255)
cgcatcagCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGa < 1:1881514/281‑1 (MQ=255)
cgcatatGCTATCGCCGTCGCGCTGCGCGAAGCTGACGCAGAGCTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTTTCCCTCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGGCCTGGTACGaa < 1:450695/283‑1 (MQ=255)
cgccgccgcGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTa < 1:1415531/289‑1 (MQ=255)
gccgccgcGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTACTGGTACGAACAGTATTTTGTAt > 1:1407515/1‑289 (MQ=255)
cgcgCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTTATTCACATCGGGTATGGCTGTCCGGGTACGAATAGGATTTTTGATGGGGa > 2:1279883/1‑289 (MQ=255)
cgcgCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTAGGGCTGTCCTGGTACGAACAGGATTTTGTTTGGGGa > 2:1573692/1‑289 (MQ=255)
gcgAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGc < 1:514192/289‑1 (MQ=255)
aagaagAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAAt > 1:1222294/1‑289 (MQ=255)
aagaagAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATAGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACACCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTATCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGACGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATGTTGTATGGGGAATGAA‑CGCAGGCATaag > 1:1530201/1‑288 (MQ=255)
agagGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCg < 1:1146831/288‑1 (MQ=255)
cGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTg > 1:1122385/1‑289 (MQ=255)
gCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCCCTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGACGAAGTCTCGGCGGTCTTTGAAACCCCGCTCGCCCCGCACTGACCACTGGGTCGGTACCAACACTTAGATACACACCCGCCTGGTCATTCACAACCGGTATGGCTCTCCTGCGCCGAACCGTCTTTTGTAT‑GGGAACGACTCCCAGGTATAATTCGTGAGCTGGTGCtacca > 2:1560219/1‑285 (MQ=255)
gCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGt > 1:1850791/1‑230 (MQ=255)
gCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGACCAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCGTAATTCGTGAGGTGGCACTGCaa > 2:1863771/1‑289 (MQ=255)
gCCTCCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGt < 2:1850791/230‑1 (MQ=255)
tCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATTGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGACCTGGCGCttgcaattt > 2:361177/1‑281 (MQ=255)
tCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTg > 1:1252277/1‑289 (MQ=255)
tCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTg > 1:627643/1‑289 (MQ=255)
tCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTg > 2:1685263/1‑289 (MQ=255)
tCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTg > 1:1501626/1‑289 (MQ=255)
tCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTg > 1:400387/1‑289 (MQ=255)
tCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCCGCAAATTg > 2:1176796/1‑289 (MQ=255)
tATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCt < 1:68819/287‑1 (MQ=255)
tATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGa < 1:1639645/289‑1 (MQ=255)
tATCGGCGTGCTGACGCCCGTCGATAGCGTCACGGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAAGGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGa < 2:1490915/289‑1 (MQ=255)
aatcgcgcggctgcCGCCCGTCGATAGCGGCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGa < 2:1662365/280‑1 (MQ=255)
aTCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTCTTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCCGCAAATTGGCGTGAAACCCTGa > 1:1297341/1‑288 (MQ=255)
gctgcCGCCCGTCGATAGGGGCACTGGCTACCCGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGACGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACtt < 2:1430159/288‑1 (MQ=255)
cGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACa > 1:939850/1‑288 (MQ=255)
cGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACa < 2:464738/285‑1 (MQ=255)
gTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGCTCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAaca < 1:198253/289‑1 (MQ=255)
gTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAaca < 1:34245/289‑1 (MQ=255)
tCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTAttt > 1:1381224/1‑196 (MQ=255)
aCTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTTCGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGTTGTGAACCCCTGACTAATCTTAACTTTACACCTACAAAacaca > 2:470457/1‑287 (MQ=255)
aCCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACACTTACAAAAAACTACTTgaga > 2:497345/1‑289 (MQ=255)
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aaCCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGAGACAatcat < 1:1806262/289‑1 (MQ=255)
aaCCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGAGACAatca > 1:382432/1‑288 (MQ=255)
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|||
GCAGTCGATGACACGGACGCAAGTGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCAGCGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATAGTCATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGAC‑CGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGAGACAATCATCGCAATATTAGTTAAATCGCGGTTTTTGATTAGTTTAATTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATT > CP042583/1577034‑1577591
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
