Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,577,310 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,577,310 | 0 | A | T | 99.7%
| 678.1
/ NA
| 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (139/142); minor base C (1/0); total (140/142) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,577,311 | 0 | G | C | 99.6%
| 671.5
/ NA
| 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (138/142); total (140/142) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,577,312 | 0 | T | A | 99.6%
| 674.2
/ NA
| 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (138/142); minor base C (1/0); total (140/142) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
GTGCAGTCGATGACACGGACGCAAGTGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCAGCGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATAGTCATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGAGACAATCATCGCAATATTAGTTAAATCGCGGTTTTTGATTAGTTTAATTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATT > CP042583/1577032‑1577591
|||
tGCAGTCGATGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCggg < 1:290578/287‑1 (MQ=255)
tCGATGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATgg < 1:2218392/287‑1 (MQ=255)
cgctGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCAAAGCTGAAGAAGTGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTTTCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATgg < 1:1182993/283‑1 (MQ=255)
cGATGACACGGACTCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCAAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATgg < 1:1334462/286‑1 (MQ=255)
tGACCCGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTc < 1:614581/288‑1 (MQ=255)
gACACGGACGCCTCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCAGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCCGTGCACATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGCAATGCCGCTCGCCCAGGCATTCAATCTTGGACGGTCTCCCCCTTTAGATTTCTACCGCCGTGTTGTATCG‑CATCGGGTTTGCCTGTCCt > 2:2732756/1‑289 (MQ=255)
ggACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTAc > 1:798714/1‑289 (MQ=255)
ggACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCACTACATCTGGGTCCGTATCACCCTTTAGCTATCTACCGCCGTGGTG‑AATCACATCGGTGATGGCTGTCCTGGt > 2:2218392/1‑287 (MQ=255)
cgcatcagCTCTCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGaa < 1:1002275/282‑1 (MQ=255)
gcttcagCTCTCGCCTCCGCGCTGCGGGAGGCTGAAGAAGAGGTCGCTATCCCGCCTTCCGCCGTTGACGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCAGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAAc < 2:1245648/283‑1 (MQ=255)
atcagctacggccgcagcGCTGGCGGAAGCTGAAGAAGGGGTCGCTATACCGCCTTGCGCCGTTGAAGTTGTCGGCGGGCTGCCGCCCGTCGCTAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCGGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGCTCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACa < 2:516254/278‑1 (MQ=255)
tCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGt > 1:2548186/1‑289 (MQ=255)
cgcgCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAAATATCTACCGCCGTGTGG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACCAACAGGATTTTGCTTGGGGa > 2:878567/1‑289 (MQ=255)
cgcgAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGaa < 1:374061/264‑1 (MQ=255)
gcgAAGCTGAAGAAGGGGTCGCTGTACCGCCTTCGGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCg < 2:1848442/288‑1 (MQ=255)
gagGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCCCATCGGGTATGGCTGTCCTGGTGCGaa > 2:1294931/1‑249 (MQ=255)
gagGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATgg > 2:851899/1‑234 (MQ=255)
gagGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTg > 1:2727147/1‑289 (MQ=255)
gTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGaa > 2:1756656/1‑246 (MQ=255)
gtgtaCCGCGCTACGCCGGTGTAGTTATCGTCGTGCCGCGGCCCGGCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTgg < 2:2411275/285‑1 (MQ=255)
aCCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTg > 2:598976/1‑289 (MQ=255)
gCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTAttt < 2:504116/243‑1 (MQ=255)
tCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCg < 2:56114/256‑1 (MQ=255)
tCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCg > 1:56114/1‑256 (MQ=255)
tCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTg > 1:57349/1‑289 (MQ=255)
ttGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGaa > 2:1478820/1‑289 (MQ=255)
gAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAAc < 1:2162982/289‑1 (MQ=255)
gAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAAc < 2:2513620/289‑1 (MQ=255)
aTCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATgg > 1:998731/1‑201 (MQ=255)
cGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACta < 1:933099/289‑1 (MQ=255)
ggTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACAGCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACAt < 1:2565639/288‑1 (MQ=255)
cagacaaaGCGTCAATGGCTACCAGCTAACCCGCGTTGTCGGCATTACACCGCCCTATCGGCCGTATCGCGCCAGTGAAGAGTAAGTCTCGGTGGTGTGTGAAGTGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTGTACACCCTTTTGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCGGGTACGAACAGGAGTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAAGTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACAt < 2:832850/282‑1 (MQ=255)
cGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTa < 1:148205/289‑1 (MQ=255)
cGTCACGGGTCACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCAGTATCCCGCCCGATCTGCCGGATCGCGACAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACaaaa < 2:1909950/288‑1 (MQ=255)
aCTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAAc < 2:982683/253‑1 (MQ=255)
aCTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACact > 1:135888/1‑288 (MQ=255)
tACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTgag > 1:978375/1‑289 (MQ=255)
aCCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTTCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATTCCTATCTTTACCTCTACAAAacctggctcctaa > 2:2701309/1‑278 (MQ=255)
cAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGaa > 1:2493366/1‑177 (MQ=255)
aCCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAgg < 1:1770143/200‑1 (MQ=255)
aCCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAgg > 2:1770143/1‑200 (MQ=255)
ccccAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATCATTCGTGCGCTGGCGCTGCAACTTGGTGTGACACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTTCAACACACCACTTGACCCCatcatc > 2:1424952/1‑288 (MQ=255)
ccccAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGAGACAatcatc > 1:461269/1‑288 (MQ=255)
ccccAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGAGACAATCATCg < 1:2009739/289‑1 (MQ=255)
ccccAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGAAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGATACTatcatc > 1:2098325/1‑288 (MQ=255)
cgaGTGGTCGGCATCACCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGAGACAATCATCGCa < 2:392609/287‑1 (MQ=255)
aagagactggCATTGTCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGACAGTGAAGTAGAGGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGAGACAATCATCGCaa < 2:1806806/281‑1 (MQ=255)
aGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGCCTAACCTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGAACAAATCATCGCAat > 2:425266/1‑289 (MQ=255)
tGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGt < 2:1683904/168‑1 (MQ=255)
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ggCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGAGACAATCATCGCAATATTAGtt > 1:714274/1‑289 (MQ=255)
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cTACCGCCGTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGAGACAATCATCGCAATATTAGTTAAATCGCGGTTTTTGATTAGTTTAATTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTc < 1:425266/289‑1 (MQ=255)
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ccgTGGTG‑ATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGAGACAATCATCGCAATATTAGTTAAATCGCGG‑TTTTGATTAGTTTAATTc > 1:2521616/1‑197 (MQ=255)
|||
GTGCAGTCGATGACACGGACGCAAGTGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCAGCGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTG‑ATAGTCATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGAGACAATCATCGCAATATTAGTTAAATCGCGGTTTTTGATTAGTTTAATTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATT > CP042583/1577032‑1577591
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
