Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,577,310 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,577,310 | 0 | A | T | 99.6%
| 581.2
/ NA
| 245 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (117/126); minor base C (1/0); total (119/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,577,311 | 0 | G | C | 99.2%
| 574.3
/ NA
| 245 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (118/125); total (119/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,577,312 | 0 | T | A | 99.2%
| 570.9
/ NA
| 245 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (116/125); total (119/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
GTGCAGTCGATGACACGGACGCAAGTGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCAGCGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATAGTCATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGAGACAATCATCGCAATATTAGTTAAATCGCGGTTTTTGATTAGTTTAATTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATT > CP042583/1577032‑1577591
|||
gTGCAGTCGATGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCggg < 1:1083605/288‑1 (MQ=255)
cAGTCGATGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCCGGCATTACATCTGGGTCGTTTACACCCTTTAGATATCTACCCCCGTTGTGATTCCCATCGGGTATg > 2:1953033/1‑289 (MQ=255)
cAGTCGATGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATg > 1:1485826/1‑289 (MQ=255)
cAGTCGATGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATg > 1:1106951/1‑289 (MQ=255)
cAGTCGATGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATg > 2:1323613/1‑289 (MQ=255)
cGATGACACTGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATgg < 1:1138088/286‑1 (MQ=255)
cGATGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATgg < 1:355212/286‑1 (MQ=255)
cGATGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATgg < 2:448319/286‑1 (MQ=255)
ccggaggcagcagCTATGGCCGCCGCGCTGCGGGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGt < 2:1273126/277‑1 (MQ=255)
acgggctcatccgCTATCCCCGCCGCGCTGCGCGAGTCTAAAGAAGAGGTCGCTATCCCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTCAAATGCCGCTCGCTCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGt < 1:1194342/277‑1 (MQ=255)
cgctccggCTGTCGCGGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTGCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGaa < 2:5552/282‑1 (MQ=255)
cgcatcagCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGa < 1:220201/281‑1 (MQ=255)
cgcatcagCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGACGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGaa < 1:405618/282‑1 (MQ=255)
atcagCTATCGCCGCCGCGCTGGGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACa < 1:862689/284‑1 (MQ=255)
tcagCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTg > 1:1369410/4‑273 (MQ=255)
cagCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTa > 1:1022387/3‑289 (MQ=255)
tATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTAtttt > 1:558253/1‑289 (MQ=255)
gccgccggGCTGCGCGAGGCTGAAGAAGGTGTGTCTATACCGCCTTACGCCGTTGAAGGTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAG‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTAt < 2:1447455/289‑1 (MQ=255)
cgcgCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGTTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGCACAGTCTTTTGTTTGGGGa > 2:1405372/1‑289 (MQ=255)
tGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCTCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCAt < 1:445663/288‑1 (MQ=255)
tGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCAt < 1:1657128/288‑1 (MQ=255)
gagGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCACCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTg > 1:815694/1‑289 (MQ=255)
cGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATTGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCCTAATTCGTGAGCTg > 2:34711/1‑289 (MQ=255)
cGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTg > 1:326601/1‑289 (MQ=255)
tataCCGCCTTGCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGgcg < 1:1437626/289‑1 (MQ=255)
aCCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGCGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCCGGCATAGTTCGTGAGCTGGCGCt > 2:1571629/1‑288 (MQ=255)
ccTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCGGTCCTGGTACGAACAGTATGTTGTATGGTGAATGACCGCTGGCACAATTCGTGAGCTGGCGCTGCaaa > 2:1562993/1‑289 (MQ=255)
cTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCGGCCGACCGGCGATAGGGTCACTGGCTACAAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCGCGGCGGTGTTTTAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAAt < 2:761259/289‑1 (MQ=255)
tCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCGGCAAAtt > 1:779078/1‑289 (MQ=255)
ccgTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGgtgt > 1:808762/1‑289 (MQ=255)
ttGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CTCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCCGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCTCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCCTTAGATATCTATCGCCGTGGTGCTTCACATCTGGTCTGGCTGTCCTGGTACGACCAGTCTTTTGTAGGGGGTATGACAGCCGGCATAATTCGGGTGCTGGCGCTGCAAATTGgtgctaa > 2:612204/1‑285 (MQ=255)
gAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAAc < 1:707256/289‑1 (MQ=255)
agtgtacggcggGCTGCCCGCCAGCGATAGCGTTACGGGGTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGAATGAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCATGGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAAGGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAAcc < 2:785072/282‑1 (MQ=255)
tATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGa < 1:654353/289‑1 (MQ=255)
gTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACt < 1:888718/289‑1 (MQ=255)
tgcCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACta > 2:1129189/1‑281 (MQ=255)
tgcCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACta < 1:1129189/281‑1 (MQ=255)
ccGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTAc < 1:970975/288‑1 (MQ=255)
cGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACAt < 2:419089/289‑1 (MQ=255)
tAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACa < 1:432793/288‑1 (MQ=255)
gCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCATATTGGTGGTAAACCCTGACTATACTTAACTTTACATGTACaaaa > 2:676841/1‑289 (MQ=255)
gTCATTGGCTACCAGGTAACCCCAGAGGTGGTCTTTAT‑CCCGACCGTTCTGACGTATCGCGCCAGTGAATATGATTTCTCGGCTGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAaca < 2:642351/289‑1 (MQ=255)
gTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAaca < 1:271856/289‑1 (MQ=255)
cACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAacac < 1:850854/288‑1 (MQ=255)
cACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACact > 1:784983/1‑289 (MQ=255)
cTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACact > 1:642351/1‑287 (MQ=255)
tACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTgag < 2:78470/289‑1 (MQ=255)
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ccccAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGAGACAATCATCg < 1:1428241/289‑1 (MQ=255)
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gTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGTTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGAGACCATCATCGCAata > 1:194852/1‑289 (MQ=255)
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gAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGAGACAATCATCGCAATATTAGTTAAATCGCGGTTTTTGATTAGTTTAATTCATGTGa < 2:1210582/287‑1 (MQ=255)
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|||
GTGCAGTCGATGACACGGACGCAAGTGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTAT‑CCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCAGCGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATAGTCATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGAGACAATCATCGCAATATTAGTTAAATCGCGGTTTTTGATTAGTTTAATTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATT > CP042583/1577032‑1577591
|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
