Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,624,023 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,624,023 | 0 | A | T | 99.7%
| 714.5
/ NA
| 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (155/143); total (155/145) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,624,024 | 0 | G | C | 99.3%
| 706.2
/ NA
| 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (155/143); minor base A (0/2); total (155/145) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,624,025 | 0 | T | A | 99.3%
| 711.2
/ NA
| 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (155/143); minor base C (0/2); total (155/145) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
CTCTGGTGGCGAAACGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTAGTATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCAGTTGATTTAACGTCGGGGAAATGATCGCTCATGATTGAATTATTATTTCCCGGTTGGTTAGCCGGGATCATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTAGCTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCGGTGATACGCTGGCTCATGCCAGTTTACTTGGCGTCGCG > CP042583/1623743‑1624302
|||
ctctGGTGGCGAAACGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGttt > 1:1767936/1‑289 (MQ=255)
tggtggCGAAACGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGt < 1:190176/289‑1 (MQ=255)
tggtggCGAAACGACGCGTTTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGt < 2:1122069/289‑1 (MQ=255)
cGAAACGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCg < 1:377949/288‑1 (MQ=255)
aaaCGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCgtgg > 2:1262631/1‑289 (MQ=255)
aaCGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGAGGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCgtgg < 1:1844447/288‑1 (MQ=255)
cGTGGACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGaa < 2:1664307/288‑1 (MQ=255)
tACTATTAGCGCCAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACt < 1:76872/289‑1 (MQ=255)
tATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTggg < 1:1747098/289‑1 (MQ=255)
tAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGtat > 2:886839/1‑289 (MQ=255)
gcgcGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGtatct > 2:588422/1‑289 (MQ=255)
gcgcGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGtatct > 1:753299/1‑289 (MQ=255)
cgcgAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGtatcta > 2:1807046/1‑289 (MQ=255)
gcgAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGtatcta > 1:725978/1‑288 (MQ=255)
aGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCg > 2:785586/1‑288 (MQ=255)
aGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCg > 1:1363679/1‑288 (MQ=255)
aTTGTTAAATCGCCCGGAATTATTAGGGCGGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGAGGTAAAGGGCCAGGTGGCGGTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTGTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCca < 2:758801/288‑1 (MQ=255)
aTTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGcc < 1:1816609/287‑1 (MQ=255)
aTTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCca < 1:1183789/288‑1 (MQ=255)
tGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCcatca > 2:752256/1‑289 (MQ=255)
cGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAAcc > 1:1886216/1‑289 (MQ=255)
cccGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCa > 1:643986/1‑288 (MQ=255)
cccGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCAt > 2:1176165/1‑289 (MQ=255)
cGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCg > 1:1287458/1‑289 (MQ=255)
cGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTAGCTCTCGCCATCATCATAACCATc > 1:588913/1‑288 (MQ=255)
cGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGAGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACCTTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCg > 1:1598709/1‑289 (MQ=255)
gCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGcc > 2:248568/1‑260 (MQ=255)
tGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAggg > 1:474995/1‑289 (MQ=255)
gATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCca > 1:78823/1‑257 (MQ=255)
gATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGAc > 1:1797505/1‑289 (MQ=255)
taaCCCACTCAAGGGGTGGTGGGGAATGGCGAGGTGGCGTGATATGAACTTATTGCACCGCTGCGGCGTGAACTGGCTTGTGTCGTGTTAATGGTTTCTCACGTTCTGCATATGGTGATGGCACAAACCGATAAAGTGGTGTTCCTGAATCACCACATTTTTTGTTCCGGCAAACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGGGTTTATACCAATGTGTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTAGCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGCCGaa < 2:1599157/288‑1 (MQ=255)
cTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGtttt > 1:1311239/1‑289 (MQ=255)
tCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGaa < 1:68739/226‑1 (MQ=255)
aaGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCG < 1:1655204‑M1/289‑1 (MQ=255)
gTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGG < 1:981248‑M1/288‑1 (MQ=255)
gATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTTCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATGGTTTTGCGTCGGGGAA > 2:1052201‑M1/1‑289 (MQ=255)
aaTGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATGGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCACCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTTGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATAGCCCTCATCATAACCACCGTCACGATTTACAGGGTCGACTTGTTTTTCGTCGGGttattgttc > 2:1508597‑M1/1‑280 (MQ=255)
ggCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCt < 2:1629762‑M1/289‑2 (MQ=255)
gCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtc > 1:1613451‑M1/1‑287 (MQ=255)
gTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatgat > 2:215083‑M1/1‑282 (MQ=255)
tGGCGTTTTATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatgat < 2:1767936‑M1/288‑8 (MQ=255)
ttATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatgatcgaatg > 2:517949‑M1/1‑276 (MQ=255)
ccTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatgattgaattattattt > 1:1154134‑M1/1‑268 (MQ=255)
ccTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACAATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTAGGGGAAATGATCGCtcatgattgaataattattt > 1:1425788‑M1/1‑268 (MQ=255)
ttATTGACAAAATGGTGCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatgattgaattattatttccc < 2:1029485‑M1/289‑24 (MQ=255)
tATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGCAATGATCGCgcatgattgaattattatttcccg > 2:1635226‑M1/1‑265 (MQ=255)
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aTCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatgattgaattattatttcccggttggttagccgggatcatgctcgcctgtgccgcgggtccgctgggttcgtttgtagtctggcgtcgtatgtcttatttcggtgatacgctggctcatgcctcattacttggcgtcgcgtttggtttgttgctggacgtgaat < 2:1240158‑M1/289‑168 (MQ=255)
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ggAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatgattgaattattatttcccggttggttagccgggatcatgctcgcctgtgccgcgggtccgcggggttcgtgtgtaggctggcgtcgtatgtcttatttcggtgatacgctggctcatgcctcattacttggccttgcggttggtttgttgcgggatgtgaatccat > 2:448337‑M1/1‑118 (MQ=255)
aGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatgattgaattattatttcccggttggttagccgggatcatgctcgcctgtgccgcgggtccgctgggttcgtttgtagtctggcgtcgtatgtcttatttcggtgatacgctggctcatgcctcattacttggcgtcgcgtttggtttgttgctggacgtgaatccatt < 1:1022931‑M1/288‑173 (MQ=255)
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CTCTGGTGGCGAAACGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTAGTATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCAGTTGATTTAACGTCGGGGAAATGATCGCTCATGATTGAATTATTATTTCCCGGTTGGTTAGCCGGGATCATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTAGCTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCGGTGATACGCTGGCTCATGCCAGTTTACTTGGCGTCGCG > CP042583/1623743‑1624302
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
