Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,624,023 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,624,023 | 0 | A | T | 99.7%
| 679.6
/ NA
| 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (137/149); minor base G (0/1); total (137/150) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 1,624,024 | 0 | G | C | 99.7%
| 665.3
/ NA
| 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (136/148); total (137/150) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,624,025 | 0 | T | A | 99.0%
| 670.5
/ NA
| 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (136/147); minor base C (1/2); total (137/150) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
CTCTGGTGGCGAAACGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTAGTATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCAGTTGATTTAACGTCGGGGAAATGATCGCTCATGATTGAATTATTATTTCCCGGTTGGTTAGCCGGGATCATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTAGCTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCGGTGATACGCTGGCTCATGCCAGTTTACTTGGCGTCGCGTT > CP042583/1623743‑1624304
|||
ctctGGTGGCGAAACGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGttt < 1:952558/289‑1 (MQ=255)
ctGGTGGCGAAACGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTgg < 1:1004931/289‑1 (MQ=255)
gCGAAACGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCg > 1:1171444/1‑289 (MQ=255)
cGAGACGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAGTCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGTCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCg < 2:323594/288‑1 (MQ=255)
cGAAACGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCg < 2:1820981/288‑1 (MQ=255)
cGAAACGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCg < 1:326089/288‑1 (MQ=255)
aaaCGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGACGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCgtgg > 1:1821174/1‑289 (MQ=255)
aCGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCgtggtg < 1:1800245/289‑1 (MQ=255)
aCGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCg < 1:1880867/284‑1 (MQ=255)
tAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGta > 1:1400558/1‑288 (MQ=255)
tAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGGGAACTGGATTGTGGCGTTTTACTGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAACCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCTGACGTTGTTTCCCTGCCTCCGGTGTTTATTTCATTGTTTTGTCCTAGGTGTTCTGTCCAACTGGGtt > 2:1636537/1‑287 (MQ=255)
gcgcGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCgtgg > 1:990816/1‑269 (MQ=255)
gcgcGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTGCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGtatct > 2:435504/1‑289 (MQ=255)
gcgaGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGGAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCATATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTTTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCACTGCATCCGGAGCTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTTGGtatct > 2:1666174/1‑289 (MQ=255)
gcgAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATAACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGACTCCGGAGTTTATTTCAAGGTTTGCTCCTCGTGGTGGTAaacatccggtta > 2:780052/1‑276 (MQ=255)
aTTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGcc < 1:1143690/287‑1 (MQ=255)
aTTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCCCca < 1:663580/288‑1 (MQ=255)
aTTGTTAAATCGCCCGAAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCca < 1:1850316/288‑1 (MQ=255)
cccGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCa > 1:1242575/1‑288 (MQ=255)
cGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCg > 1:364989/1‑289 (MQ=255)
cGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCg > 1:285948/1‑289 (MQ=255)
tGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACGGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTGCGTGCATCCGGAGTTGATTTCAATGTTTGGTCATCGTGTTGCTGAACAAATGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGCTTTCCAggcgcg > 2:1030114/1‑284 (MQ=255)
aCCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGtatctat < 1:658986/247‑1 (MQ=255)
aCCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAAtt > 1:1295651/1‑289 (MQ=255)
aaGGCGTGGATGTAAGTGGCCAGGTGGCGTTAGTTGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCG < 2:512937‑M1/289‑1 (MQ=255)
aGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGT < 1:1741237‑M1/289‑1 (MQ=255)
tGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGCTTTGCGTCGGGG > 2:1346602‑M1/1‑289 (MQ=255)
ggATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTATTGCGTCGGGGA < 2:1400558‑M1/289‑1 (MQ=255)
tGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAAT > 1:1475932‑M1/1‑289 (MQ=255)
aaaTGTGCAAGTGGTGTTATATGATCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGGTGCGTTTTAATGGTTTCTCACGGTCTGCATCTGGTGATGGAAAAAACCGATGAAGTGATGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGAT < 2:1869246‑M1/289‑1 (MQ=255)
ggCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCt < 1:774513‑M1/289‑2 (MQ=255)
ccAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCg > 2:660871/1‑195 (MQ=255)
gttgtgttattTGACCTTATTGACCAACTGGGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGTGTATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatga < 2:1162750‑M1/283‑7 (MQ=255)
gTGGCGTTATATGAACGTGTTTACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGGGGCGTGTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTACGGCACACCGTAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatga < 2:1316323‑M1/288‑7 (MQ=255)
tGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatgat < 1:511387‑M1/288‑8 (MQ=255)
tGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatga < 2:1845439‑M1/287‑7 (MQ=255)
gTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatgattgaa < 2:1551148‑M1/288‑12 (MQ=255)
atatGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGAT < 1:1592784‑M1/271‑1 (MQ=255)
tatGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGCCACACCGGAAGTTGTTTCCCCGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTACCGCCATCATCATAACCCTCGTCACGATTTACAGGGACGAATGGTTTTGCGTCGGGGACATGATCGCccatgcttgaattatt > 2:1913116‑M1/1‑273 (MQ=255)
gACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatgattgaattattatt > 1:849450‑M1/1‑270 (MQ=255)
ccTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGA‑GGC‑AAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCca < 2:1463859/205‑1 (MQ=255)
tATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatgattgaattattatttcccg > 1:733940‑M1/1‑265 (MQ=255)
aTTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatgattgaattattatttcccgg < 2:537410‑M1/289‑26 (MQ=255)
aCCCACTGCGTCGTTAACTGGATTGTGGCGGTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAACACCGAGGAAGTGCTGTGCCTGAAGCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatgattgaattattatttcccggttgg < 2:1299435‑M1/289‑30 (MQ=255)
ccATCTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatgattgaattattatttcccggttgg < 1:719960‑M1/288‑30 (MQ=255)
ccAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatgattgaattattatttcccggttgg < 1:223460‑M1/288‑30 (MQ=255)
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aGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatgattgaattattatttcccggttggttagccgggatcatgctcgcctgtgccgcgggtccgctgggttcgtttgtagtctggcgtcgtatgtcttatttcggtgatacgctggctcatgcctcattacttggcgtcgcgtttggtttgttgctggacgtgaatccatt < 1:1362401‑M1/288‑173 (MQ=255)
aGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatgattgaattattatttcccggttggttagccgggatcatgctcgcctgtgccgcgggtccgctgggttcgtttgtagtctggcgtcgtatgtcttatttcggtgatacgctggctcatgcctcattacttggcgtcgcgtttggtttgttgctggacgtgaatccat > 1:1054802‑M1/1‑116 (MQ=255)
gTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCtcatgattgaattattatttcccggttggttagccgggatcatgctcgcctgtgccgcgggtccgctgggttcgtttgtagtctggcgtcgtatgtcttatttcggtgatacgctggctcatgcctcattacttggcgtcgcgtttggtttgttgctggacgtgaatccattct > 1:1637025‑M1/1‑115 (MQ=255)
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CTCTGGTGGCGAAACGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTAGTATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCAGTTGATTTAACGTCGGGGAAATGATCGCTCATGATTGAATTATTATTTCCCGGTTGGTTAGCCGGGATCATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTAGCTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCGGTGATACGCTGGCTCATGCCAGTTTACTTGGCGTCGCGTT > CP042583/1623743‑1624304
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
