Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,612,491 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,612,491 | 0 | A | T | 98.7%
| 544.7
/ NA
| 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (114/115); minor base G (1/2); total (115/118) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,612,492 | 0 | G | C | 99.1%
| 544.2
/ NA
| 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (115/116); total (115/118) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,612,493 | 0 | T | A | 99.6%
| 548.5
/ ‑6.5
| 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (115/117); minor base C (0/1); total (115/118) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
ACCCTGCTAACCGTCAGCGCGGTGGA‑TGGCGTCCATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCAGTGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTAC > CP042583/1612212‑1612770
|||
ccTGCTAACCGTCAGCGCGGTGGA‑TGGCGTCCATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGACAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTAGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGcc < 2:232271/289‑1 (MQ=255)
cTAACCGTCAGCGCGGTGGA‑TGGCGTCCATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTg > 2:1056380/1‑288 (MQ=255)
cTAACCGTCAGCGCGGTGGA‑TGGCGTCCATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGc > 1:1599877/1‑289 (MQ=255)
tAACCGTCAGCGCGGTGGA‑TGGCGTCCATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGc < 1:1469632/288‑1 (MQ=255)
tAACCGGCGGCGC‑GTGGAGTGGGGTCCAGTTCTGTGCACCGTAAGGTCTTCGCCGAGAAGATTGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGGCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTAGTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGc < 2:1951255/288‑1 (MQ=255)
ccATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTg > 2:856794/1‑272 (MQ=255)
ccATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTg < 1:856794/272‑1 (MQ=255)
ccATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCg > 1:650540/1‑289 (MQ=255)
gCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCggg < 1:602591/288‑1 (MQ=255)
ccAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATcc < 1:1770362/289‑1 (MQ=255)
cAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGTCGGGATCCg > 1:791247/1‑289 (MQ=255)
aGGTCATAGCCAGGAAGATGGCGTCTACCTTGCATTCTGTCAACCACAGCAGATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTCGTGCTGGCGCTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGt < 1:1544462/286‑1 (MQ=255)
tcagggCCAGGAAGAGGGACACGACCGTGGTTCATGGCAACCGCAGCAAATTGGCCCGCTTGCCCTTGACCGGGCGAGGGAGATTGCCTGTTAGGTGGTGGTGGCACTGGGTGGTGATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGGGGTGCTTTTCAGTGAGGTATCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCGTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTa < 2:1152537/283‑1 (MQ=255)
tCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGTTCCGTCAGTATgg > 1:761269/1‑288 (MQ=255)
tCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATgg > 1:1460831/1‑288 (MQ=255)
gCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGt > 1:1010304/1‑287 (MQ=255)
cAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCGCAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTg < 1:681134/289‑1 (MQ=255)
tgacgacgaCCGTGAATCCTGGCCACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGACGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTc < 2:229438/285‑1 (MQ=255)
tGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTc < 1:190879/288‑1 (MQ=255)
aCTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGt > 2:276208/1‑289 (MQ=255)
aCCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTAt < 1:276208/289‑1 (MQ=255)
tGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCcaca > 1:1694049/1‑287 (MQ=255)
ggCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCtaca > 1:1047896/1‑286 (MQ=255)
gCAACCACGGCAGATGAGGCCGCTTGCCCTTGAAAGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACt < 2:136658/288‑1 (MQ=255)
gacaagaGCAAATGTGCCGCCTTGCACTTGGCAGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGGCCTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTGGTCTGTGGGGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTGCACATGATACCGGGATGGTGCCGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGGGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCATCGGACTGCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGAc < 2:1352568/283‑1 (MQ=255)
cacaGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAg > 2:547353/1‑289 (MQ=255)
accgCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGt < 1:943272/286‑1 (MQ=255)
gAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTAtt < 2:392233/262‑1 (MQ=255)
gAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTAtt > 1:392233/1‑262 (MQ=255)
gAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCAGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTc < 1:516259/289‑1 (MQ=255)
gCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATa < 1:1354080/289‑1 (MQ=255)
cgggatgaGGCGATGGCGCGTAAAGTGGGGCGGGCACTGGGCGGGTATGGGTTGCTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGa < 1:732048/282‑1 (MQ=255)
tGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAAt > 1:1260135/1‑289 (MQ=255)
tGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAAt > 2:65189/1‑289 (MQ=255)
gcgcAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAAt > 1:1707963/1‑288 (MQ=255)
tGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTAGGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCCCa > 2:1762221/1‑289 (MQ=255)
aaGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCa < 1:1056380/289‑1 (MQ=255)
gtgCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCgg > 2:941805/1‑179 (MQ=255)
gtgCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTc > 2:1026330/1‑289 (MQ=255)
gtgCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCGCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTCATTCGGCCACAACTGACCACTTCGACTTTCCCGTTTGGTAAGTTGCAGAATCACGGAGGCGCAgctcttacgattc > 2:575984/1‑277 (MQ=255)
gCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCg < 1:255683/288‑1 (MQ=255)
gCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGCTCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTCTTCTGCCACAACTGACCAGTCAGATTGTCCCGTTTGATACTGTCCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTAt > 1:929614/1‑289 (MQ=255)
gCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTAt > 1:1349218/1‑289 (MQ=255)
gggCGGTTATAGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGt > 1:95727/1‑289 (MQ=255)
ggCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGa < 1:521385/169‑1 (MQ=255)
tttGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGAcc > 1:228031/1‑204 (MQ=255)
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tAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAgg < 1:551815/288‑1 (MQ=255)
cAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGACTGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGCACGGGCGAAGCACGCCGCCGGACCGGGAAAATTa > 2:703665/1‑288 (MQ=255)
cAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTAc < 2:344969/289‑1 (MQ=255)
|||
ACCCTGCTAACCGTCAGCGCGGTGGA‑TGGCGTCCATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCAGTGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTAC > CP042583/1612212‑1612770
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
