Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,612,491 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,612,491 | 0 | A | T | 99.1%
| 514.7
/ NA
| 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (117/103); minor base C (2/0); total (120/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,612,492 | 0 | G | C | 99.6%
| 521.1
/ NA
| 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (119/104); minor base A (1/0); total (120/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,612,493 | 0 | T | A | 99.1%
| 519.0
/ NA
| 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (120/101); minor base G (0/2); total (120/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.12e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
ACCCTGCTAACCGTCAGCGCGGTGGATGGCGTCCATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCAGTGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACA > CP042583/1612212‑1612771
|||
atagggtacagcGTCAGCGCGGTGGATGGCGTCCATTTCTGTGCACCAGTAGAGCAGCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAAGCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTg < 2:1039828/278‑1 (MQ=255)
gCTAACCGTCAGCGCGGTGGATGGCGTCCATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCt > 1:230910/1‑288 (MQ=255)
cTAACCGTCAGCGCGGTGGATGGCGTCCATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGc > 1:1194911/1‑289 (MQ=255)
aGCGCGGTGGATGGCGTCCATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCCAAAGCTCCCCAAGGTTTTGCCCTGCATGtcagt > 2:808352/1‑284 (MQ=255)
tGGATGGCGTCCATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACAGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGt > 1:1039828/1‑277 (MQ=255)
tgCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGcc < 2:1211453/250‑1 (MQ=255)
gCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGa < 2:513851/289‑1 (MQ=255)
cACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGa < 2:368700/288‑1 (MQ=255)
gTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTc > 1:1214414/1‑289 (MQ=255)
tAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCa > 1:1587980/1‑289 (MQ=255)
tCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGt > 1:1152103/1‑283 (MQ=255)
tCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGcc < 1:1047321/235‑1 (MQ=255)
tCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGcc > 2:1047321/1‑235 (MQ=255)
ctGGCGACTACCGTCAACCCTGTCAACCACAGCCAACGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGAGCAGGAGATTGACCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGTTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATATCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTc < 2:400592/288‑1 (MQ=255)
tGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCt > 2:261503/1‑286 (MQ=255)
gggctcacaCCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGCGGCCGCTTGGCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTc < 2:1152265/280‑1 (MQ=255)
aCCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAGAGGAGCCCGCTGGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGGCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTAt < 2:1537531/289‑1 (MQ=255)
ccGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTAt > 1:932951/1‑288 (MQ=255)
tGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCcaca > 1:999286/1‑287 (MQ=255)
ggCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACt > 2:269459/1‑289 (MQ=255)
cAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGa < 1:606719/241‑1 (MQ=255)
cacaGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGa > 1:984782/1‑285 (MQ=255)
cacaGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGGATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAg > 2:439616/1‑289 (MQ=255)
caGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGa < 1:1809917/235‑1 (MQ=255)
caGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGa > 2:1809917/1‑235 (MQ=255)
caGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTc > 1:951998/1‑289 (MQ=255)
gAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGGATGTc < 1:1498812/289‑1 (MQ=255)
cccGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACg > 1:134394/1‑289 (MQ=255)
cGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGtt < 1:269459/289‑1 (MQ=255)
cTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTg > 1:1171201/1‑289 (MQ=255)
tGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGAt < 1:557237/289‑1 (MQ=255)
aCGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAg < 1:463723/289‑1 (MQ=255)
gcgcAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAAt > 2:1914140/1‑288 (MQ=255)
tGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGc < 1:731773/233‑1 (MQ=255)
tGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGc > 2:731773/1‑233 (MQ=255)
gTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTa > 1:1676440/1‑199 (MQ=255)
gTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTa < 2:1676440/199‑1 (MQ=255)
gTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGc > 1:735785/1‑211 (MQ=255)
gtgCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATTTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGAGCAGCTTTGCAGAtta > 2:1430233/1‑288 (MQ=255)
gtgCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTc > 1:888928/1‑243 (MQ=255)
tgCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCg > 1:1772434/1‑289 (MQ=255)
gtgggCGCTGGGCGTTTGTGGGTTGTTTGGTGTCGGGCTATTTGTCTGTGGTGATGGGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCg < 2:909122/285‑1 (MQ=255)
cTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCCAGATCTCTCAGCGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTACTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGCCCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAGTGTGCAGAATGCCGTAGGCTACGATTTGCAGATTcc > 2:536045/1‑286 (MQ=255)
tggCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGt < 1:1753915/288‑1 (MQ=255)
gggCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGGTTTGCAGATTCGTTTATTTGGt > 1:217368/1‑289 (MQ=255)
ggCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTAt > 1:397615/1‑203 (MQ=255)
ggCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGAACCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTa > 2:884960/1‑289 (MQ=255)
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tATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCTCAGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCt < 1:334667/289‑1 (MQ=255)
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|||
ACCCTGCTAACCGTCAGCGCGGTGGATGGCGTCCATTTCTGTGCACCAGTAGGTCATCGCCAGGAAGATGGCGACTACCGTGAATCCTGGCAACCACAGCAAATGAGCCCGCTTGCCCTTGAACGTGCGCAGGAGATTGCCCGTAAAGTGGTGCTGGCACTGGGCGGTTATGGGTTGTTTGGTGTCGAGCTATTTGTCTGTGGTGATGAGGTGATTTTCAGTGAGGTCTCCCCTCGTCCACATGATACCGGGATGGTGACGTTAATTTCTCAAGATCTCAGTGAGTTTGCCCTGCATGTACGTGCCTTCCTCGGACTTCCGGTTGGCGGGATCCGTCAGTATGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACA > CP042583/1612212‑1612771
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
