Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,622,745 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,622,745 | 0 | A | T | 99.5%
| 492.4
/ NA
| 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (108/100); minor base G (0/1); total (108/101) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,622,746 | 0 | C | G | 98.6%
| 476.6
/ NA
| 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (105/101); total (108/101) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,622,747 | 0 | T | A | 98.6%
| 482.8
/ NA
| 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (105/101); minor base G (3/0); total (108/101) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
TCCAACGTTCCCATACGAACGGATGTCCCTCGTGCGACGCTCTCAACGACCGCTGGCCTGAACTGTGGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTACTGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGCCCGCGCTATCTCTGGGGAAAGCCAAAGATGCATGTTGAAATCGCCGTGATGGTGATCTTCGTCACTTTTTTCCGCGTGGTCGTGATCATCATCATCGCCGTGAATACTTTTCATCAGTAGCGGTTTCACATCTTCAAGCTGCGCAATCGTTACCTGCTTCGCTCCTGGTAATTTGCTTA > CP042583/1622467‑1623025
|||
tCCAACGTTCCCATACGAACGGATGTCCCTCGTGCGACGCTCTCAACGACCGCTGGCCTGAACTGTGGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTGGGTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTCAGGCTAAtt > 2:1826274/1‑289 (MQ=255)
ccATACGAACGGATGTCCCTCGTGCGACGCTCTCAACGACCGCTGGCCTGAACTGTGGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCaaa > 1:305627/1‑289 (MQ=255)
cATACGAACGGATGTCCCTCGTGCGACGCTCTCAACGACCGCTGGCCTGAACTGTGGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGATACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCaaaa < 1:437542/289‑1 (MQ=255)
cGAACGGATGTCCCTCGTGCGACGCTCTCAACGACCGCTGGCCTGAACTGTGGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATATAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAG‑GGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATGGTGCTTCAAAATCCtt > 1:78010/1‑289 (MQ=255)
aCGGATGTCCCTCGTGCGACGCTCTCAACGACCGCTGGCCTGAACTGTGGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCCCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCCCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGGGGCTCATTTTGCCCTAAAATCATTCa > 2:1893738/1‑289 (MQ=255)
aTGTCCCTCGTGCGACGCTCTCAACGACCGCTGGCCTGAACTGTGGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGt < 1:1598313/288‑1 (MQ=255)
gTGCGACGCTCTCAACGACCGCTGGCCTGAACTGTGGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCt < 1:1768354/264‑1 (MQ=255)
gTGCGACGCTCTCAACGACCGCTGGCCTGAACTGTGGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAg < 1:397888/289‑1 (MQ=255)
cGACGCTCTCAACGACCGCTGGCCTGAACTGTGGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGtt < 2:1188241/288‑1 (MQ=255)
ctcAACGACCGCTGGCCTGAACTGTGGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTGTAGCGGCGCGAGCCCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGGTCCTCAAACTCCATCAGGCTGGGCTCACGTTTGGCTCg > 2:607863/1‑288 (MQ=255)
ccGCTGGCCTGAACTGTGGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCg > 1:1127519/1‑288 (MQ=255)
ccGCTGGCCTGAACTGTGGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTCTGTGTTTATTTCATGTAAACGCTGCGCCCCACGTTGAATCTCAGGGTTAACGTTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTCTTCGAACTAGCCGTAAGGCCCGTGCAAATC‑GAAATAAGCTTTCTACTTGACCGGCTCGACCCCTATACCAACCTG‑CAGTTCCGTTCAGGCATATTATTCCTAAAAATCCTTCGCGTTTGCGTCAGGTTCGGcgtcaactagcc > 2:629622/1‑277 (MQ=255)
cTGGCCTGAACTGTGGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCAt > 2:1562110/1‑289 (MQ=255)
cTGGCCTGAACTGTGGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACAAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGGGAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGTAt > 1:857224/1‑289 (MQ=255)
ccTGAACTGTGGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAg < 1:110104/288‑1 (MQ=255)
tgGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCt < 2:1744062/262‑1 (MQ=255)
tgGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCt > 1:1744062/1‑262 (MQ=255)
gCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAAttt > 1:516521/1‑289 (MQ=255)
gCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAAttt > 1:1218314/1‑289 (MQ=255)
gCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCAAGGTTGAATCTCAGGGCTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAACCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGAGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGTATCATTGTGCCTCAAAACCCTGCAGGTTGGCTTCAAGATTGCCTGGTGTTTGTGGCAGAAGTCCCACTacatttaaat > 2:1626908/1‑280 (MQ=255)
aaaaaCGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCAt < 1:501716/287‑1 (MQ=255)
aaaaaCGCAGGGTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCAGTGAAAGACGGCGCGCCAGTTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAGAATGACCGAGCGGAGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCACCGTGGGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATg < 2:1856092/288‑1 (MQ=255)
cGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGc < 2:1248684/289‑1 (MQ=255)
catgTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTTTTCTTATCTAATGTAAACGCTGCGAGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCaa < 2:1218314/286‑1 (MQ=255)
cAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGGGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCaa < 2:1472777/289‑1 (MQ=255)
cAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGTCCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCa > 1:1615554/1‑288 (MQ=255)
aGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCaa < 1:246933/288‑1 (MQ=255)
aGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCaa < 1:1305287/288‑1 (MQ=255)
aGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCaa < 1:832257/288‑1 (MQ=255)
aGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTAGTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCaa < 1:455541/288‑1 (MQ=255)
ggTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAAcc > 2:1185207/1‑289 (MQ=255)
ttGCTCAACCAGCTGTGTTCTTATTTCATGTAAGCGCTGGGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGcc < 2:1367040/289‑1 (MQ=255)
ttGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGcc < 1:1736191/289‑1 (MQ=255)
caaccaacTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGCCCgcgc < 1:118509/289‑1 (MQ=255)
caccaacTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGATGCTCAGGGTTAACGTTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATGGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTGTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCGCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGCCCGCGCt < 1:1631030/288‑1 (MQ=255)
aaccaacTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCaa > 2:899746/1‑272 (MQ=255)
accaacTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGCCCgcgc > 2:1632209/1‑287 (MQ=255)
accaacTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGCCCGCGCTa > 1:1878080/1‑289 (MQ=255)
acTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATg < 1:1522086/259‑1 (MQ=255)
tttCATGTCAACGCTGCGCGCCAGGTTAAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTCTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGCCCGCGCTATCTCTGGGGAAAGCCa < 2:281347/289‑1 (MQ=255)
tCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACttt > 1:602542/1‑217 (MQ=255)
tGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACGAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGCCCGCGCTATCTCTGGGGAAAGCCAAAGAt > 1:1427173/1‑289 (MQ=255)
cgcgcCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGCCCGCGCTATCTCTGGGGAAAGCCAAAGATGCATGTTGaaa > 1:1475258/1‑289 (MQ=255)
cAGGTGTAATCGCAGGGTTAACGGTAAAATGACAAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGGAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCC‑TGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGCCCGCGCTATCTCTGGGGAAAGCCAAAGATGCATGTTGAAATCGCCg < 2:1729038/289‑1 (MQ=255)
ttGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGCCCGCGCTATCTCTGGGGAAAGCCAAAGATGCATGTTGAAATCGCCg < 2:1539332/286‑1 (MQ=255)
ttGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGCCCGCGCTATCTCTGGGGAAAGCCAAAGATGCATGTTGAAATCGCCg < 2:1595235/286‑1 (MQ=255)
ttGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGCCCGCGCTATCTCTGGGGAAAGCCAAAGATGCATGTTGAAATCGCCGTGa < 2:32537/289‑1 (MQ=255)
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aTCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGCCCGCGCTATCTCTGGGGAAAGCCAAAGATGCATGTTGAAATCGCCGTGATGGt > 1:1641671/1‑289 (MQ=255)
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tAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGCCCGCGCTATCTCTGGGGAAAGCCAAAGATGCATGTTGAAATCGCCGTGATGGTGATCTTCGTc < 2:601204/289‑1 (MQ=255)
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cGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGCCCGCGCTATCTCTGGGGAAAGCCAAAGATGCATGTTGAAATCGCCGTGATGGTGATCTTCGTCACt > 2:308572/1‑289 (MQ=255)
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tCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGCCCGCGCTATCTCTGGGGAAAGCCAAAGATGCATGTTGAAATCGCCGTGATGGTGATCTTCGTCACTTTTTTCcgcg > 1:671767/1‑278 (MQ=255)
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aCTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCTTGAACACC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGCCCGCGCTATCTCTGGGGAAAGCCAAAGATGCATGTTGAAATCGCCGTGATGGTGATCTTCGTCACTTTTTTCCGCGTGGTCGTGatcatcatcatc < 2:977574/289‑1 (MQ=255)
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cGTTTCGGTTGAGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGCCCGCGCTATCTCTGGGGAAAGCCAAAGATGCATGTTGAAATCGCCGTGATGGTGATCTTCGTCACTTTTTTCCGCGTGGTCGTGATCATCATCATCGCCGTGAATACTTTTCATCAGTAGCGGTTTCACATCTTCAAGCTGCGCAATCGTTACCTGCTTCGCTCCTGGTAATTTGCtt > 1:1361947/1‑289 (MQ=255)
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TCCAACGTTCCCATACGAACGGATGTCCCTCGTGCGACGCTCTCAACGACCGCTGGCCTGAACTGTGGCTCAGCAAAAACGCAGGTTGCTTTTTGCTCAACCAACTGTGTTCTTATTTCATGTAAACGCTGCGCGCCAGGTTGAATCTCAGGGTTAACGGTAAAATGACCAAGCGGTGTCAGTCCAAACTGTTTTTCGAAATAGCCGTAAGCATCGTGAAAAAC‑GAAATAACCTTTCCCCTTGAGCGGCGCGAGCTCGTTACCAACCTG‑CGTTTCGGTACTGGCTAATTGTGCCTCAAAATCCTTCAGGTTGGCGTCAAGTTTGGCTCGACTTTGCGGCATAAGTTCCACTAATTTTCCATGGATTGCAACCGCTGTAGCCCGCGCTATCTCTGGGGAAAGCCAAAGATGCATGTTGAAATCGCCGTGATGGTGATCTTCGTCACTTTTTTCCGCGTGGTCGTGATCATCATCATCGCCGTGAATACTTTTCATCAGTAGCGGTTTCACATCTTCAAGCTGCGCAATCGTTACCTGCTTCGCTCCTGGTAATTTGCTTA > CP042583/1622467‑1623025
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A