Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F1 I1 R1
|
770 |
51.4 |
2439994 |
93.8% |
2288714 |
110.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,176,721 |
G→A |
T38I (ACC→ATC) |
cpdA ← |
3',5' cAMP phosphodiesterase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,176,721 | 0 | G | A | 100.0%
| 90.6
/ NA
| 29 | T38I (ACC→ATC) | cpdA | 3',5' cAMP phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (13/16); total (13/16) |
GCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGAC > NC_000913/3176589‑3176856
|
gCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGatgtatg > 2:137185/1‑136 (MQ=255)
gATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTAcc > 2:800559/1‑139 (MQ=255)
ttCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATGAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAAc < 1:197874/139‑1 (MQ=255)
cAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCaaa > 1:133869/1‑139 (MQ=255)
cAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCaaa < 2:1107057/139‑1 (MQ=255)
tCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAgtgt > 2:457433/1‑139 (MQ=255)
gcgcTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGt > 2:1016361/1‑139 (MQ=255)
aaTCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTg > 2:696759/1‑139 (MQ=255)
cACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTaa < 2:358001/139‑1 (MQ=255)
aaTCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTg > 2:321392/1‑139 (MQ=255)
aTTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCAccagc < 2:616417/139‑1 (MQ=255)
tGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCagag < 2:370806/139‑1 (MQ=255)
aaTCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCt < 2:93095/62‑1 (MQ=255)
aaTCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCt > 1:93095/1‑62 (MQ=255)
aTCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGc < 1:696759/139‑1 (MQ=255)
tCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTAcc < 2:463948/41‑1 (MQ=255)
tCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTAcc > 1:463948/1‑41 (MQ=255)
gCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCttt > 1:455540/1‑139 (MQ=255)
cTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTcc < 2:455540/139‑1 (MQ=255)
gCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAg > 1:848233/1‑118 (MQ=255)
gCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAg < 2:848233/118‑1 (MQ=255)
cACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATgg < 2:1017483/139‑1 (MQ=255)
aCCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGgt < 2:133869/139‑1 (MQ=255)
ccTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTcc > 1:550292/1‑128 (MQ=255)
ccTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTcc < 2:550292/128‑1 (MQ=255)
ggTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAg > 1:524442/1‑118 (MQ=255)
ggTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAg < 2:524442/118‑1 (MQ=255)
tcCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCtt > 1:1214744/1‑35 (MQ=255)
tcCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCtt < 2:1214744/35‑1 (MQ=255)
cAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCacgac < 1:321392/139‑1 (MQ=255)
|
GCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGAC > NC_000913/3176589‑3176856
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
