Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F1 I2 R1
|
760 |
67.6 |
3323148 |
92.7% |
3080558 |
109.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,997,689 |
C→T |
intergenic (‑89/+3) |
insC1 ← / ← ygeQ |
IS2 repressor TnpA/pseudogene, glycosyl hydrolase family 15, part of T3SS PAI ETT2 remnant |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,997,689 | 0 | C | T | 100.0%
| 282.7
/ NA
| 87 | intergenic (‑89/+3) | insC1/ygeQ | IS2 repressor TnpA/pseudogene, glycosyl hydrolase family 15, part of T3SS PAI ETT2 remnant |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (47/40); total (47/40) |
TGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAG > NC_000913/2997558‑2997823
|
tgGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACtt > 1:12444/1‑139 (MQ=14)
ggTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTg < 1:58594/139‑1 (MQ=17)
tGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTttcttc > 1:898691/1‑139 (MQ=255)
tGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTttcttc < 1:114212/139‑1 (MQ=255)
tGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTttcttc < 2:12444/139‑1 (MQ=255)
tGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTttcttc > 2:1332968/1‑139 (MQ=255)
aaGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGaa < 1:52414/139‑1 (MQ=255)
tGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGa > 2:1164177/1‑123 (MQ=255)
tGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGa < 1:1164177/123‑1 (MQ=255)
gTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGataaa < 2:191271/139‑1 (MQ=255)
ttCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGa > 1:742070/1‑121 (MQ=255)
ttCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGa < 2:742070/121‑1 (MQ=255)
tcCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTa > 2:608000/1‑128 (MQ=255)
tcCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTa < 1:608000/128‑1 (MQ=255)
aTGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGctc > 1:790465/1‑90 (MQ=255)
aTGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGctc < 2:790465/90‑1 (MQ=255)
aCTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACAt < 1:1505803/134‑1 (MQ=255)
aCTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACAt > 2:1505803/1‑134 (MQ=255)
tAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTaa > 1:106623/1‑139 (MQ=255)
aGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTaaa > 2:1578201/1‑139 (MQ=255)
aaaCTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTg < 1:52084/109‑1 (MQ=255)
aaaCTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTg > 2:52084/1‑109 (MQ=255)
aaaCTAGCATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCAt > 2:1250174/1‑139 (MQ=255)
cTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCgg < 2:898691/139‑1 (MQ=255)
aGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAgg < 2:1079270/108‑1 (MQ=255)
aGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAgg > 1:1079270/1‑108 (MQ=255)
aGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCt > 1:284944/1‑139 (MQ=255)
aGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGt > 2:1175663/1‑139 (MQ=255)
aGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTCTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCtt > 2:96653/1‑133 (MQ=255)
aGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTCTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCtt < 1:96653/133‑1 (MQ=255)
aCTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTaa > 2:843601/1‑139 (MQ=255)
tATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATg > 1:855598/1‑139 (MQ=255)
aTCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTg < 2:238965/57‑1 (MQ=255)
aTCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTg > 1:238965/1‑57 (MQ=255)
aTCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCgg < 1:50597/125‑1 (MQ=255)
aTCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCgg > 2:50597/1‑125 (MQ=255)
aTCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTa > 2:334971/1‑135 (MQ=255)
aTCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTa < 1:334971/135‑1 (MQ=255)
tCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGataaa > 1:70984/1‑100 (MQ=255)
tCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGataaa < 2:70984/100‑1 (MQ=255)
cACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGctc > 1:614192/1‑58 (MQ=255)
cACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGctc < 2:614192/58‑1 (MQ=255)
cACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCgg < 1:679200/123‑1 (MQ=255)
cACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCgg > 2:679200/1‑123 (MQ=255)
cTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACa < 1:370287/102‑1 (MQ=255)
cTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACa > 2:370287/1‑102 (MQ=255)
ttATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATc < 1:1332968/139‑1 (MQ=255)
aTTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAgg > 1:449926/1‑89 (MQ=255)
aTTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAgg < 2:449926/89‑1 (MQ=255)
aTTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCt < 2:721277/120‑1 (MQ=255)
aTTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCt > 1:721277/1‑120 (MQ=255)
aTTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCtt > 1:1246223/1‑139 (MQ=255)
aTTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCtt > 2:61939/1‑139 (MQ=255)
aTTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCtt > 2:545911/1‑139 (MQ=255)
ttAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCtttt > 1:505645/1‑139 (MQ=255)
aaGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCtt > 1:594557/1‑117 (MQ=255)
aaGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCtt < 2:594557/117‑1 (MQ=255)
tGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAg < 2:284944/139‑1 (MQ=255)
gATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGa < 1:1578201/139‑1 (MQ=255)
gATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGa > 1:663924/1‑139 (MQ=255)
atatTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGAt < 2:1246223/139‑1 (MQ=255)
atTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATaa > 2:114566/1‑139 (MQ=255)
ggTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCt < 1:61939/139‑1 (MQ=255)
gTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTtc > 2:1106895/1‑107 (MQ=255)
gTTGTCTGCAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAATGATTTCTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTtc < 1:1106895/107‑1 (MQ=255)
tCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGataaa > 2:938506/1‑75 (MQ=255)
tCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGataaa < 1:938506/75‑1 (MQ=255)
tCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGa > 2:1299897/1‑128 (MQ=255)
tCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGa < 1:1299897/128‑1 (MQ=255)
tCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGa > 2:1331105/1‑139 (MQ=255)
cTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGa > 2:619049/1‑57 (MQ=255)
cTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGa < 1:619049/57‑1 (MQ=255)
cTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCtt < 1:1169590/101‑1 (MQ=255)
cTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGAGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCtt > 2:1169590/1‑101 (MQ=255)
tGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCttt > 1:557364/1‑35 (MQ=255)
tGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCttt < 2:557364/35‑1 (MQ=21)
tGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGCTAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGCGGAtt > 1:1027967/1‑139 (MQ=255)
gagaTTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATtct < 2:1027967/139‑1 (MQ=255)
gagaTTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATtct < 2:663924/139‑1 (MQ=255)
gaTTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGa > 2:977568/1‑52 (MQ=255)
gaTTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGa < 1:977568/52‑1 (MQ=255)
gaTTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTcc > 2:81252/1‑139 (MQ=255)
gggggCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAgg < 1:650344/58‑1 (MQ=255)
gggggCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAgg > 2:650344/1‑58 (MQ=255)
ccAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCaa > 1:839370/1‑139 (MQ=255)
cAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAg < 2:505645/139‑1 (MQ=255)
cAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAg > 2:228836/1‑139 (MQ=255)
|
TGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAG > NC_000913/2997558‑2997823
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
