Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F1 I1 R1
|
750 |
51.0 |
2595496 |
93.6% |
2429384 |
106.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,997,689 |
C→T |
intergenic (‑89/+3) |
insC1 ← / ← ygeQ |
IS2 repressor TnpA/pseudogene, glycosyl hydrolase family 15, part of T3SS PAI ETT2 remnant |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,997,689 | 0 | C | T | 100.0%
| 220.5
/ NA
| 70 | intergenic (‑89/+3) | insC1/ygeQ | IS2 repressor TnpA/pseudogene, glycosyl hydrolase family 15, part of T3SS PAI ETT2 remnant |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (35/35); total (35/35) |
TCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAG > NC_000913/2997568‑2997823
|
tCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGACTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCtt > 1:111940/1‑135 (MQ=255)
tCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGACTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCtt < 2:111940/135‑1 (MQ=255)
gcTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCTAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTGTCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTttct > 1:795174/2‑139 (MQ=255)
ctcCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGtt < 1:349210/139‑1 (MQ=255)
tcCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGttt > 2:1038115/1‑139 (MQ=255)
gCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCt > 2:735857/1‑139 (MQ=255)
tAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGa < 2:609621/139‑1 (MQ=255)
tAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGa < 1:869686/139‑1 (MQ=255)
atcaatcaTCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTg < 1:1178565/119‑1 (MQ=255)
atcaatcaTCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTg > 2:1178565/1‑119 (MQ=255)
catcTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAgg < 2:910094/139‑1 (MQ=255)
ttCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGctc < 1:443123/97‑1 (MQ=255)
ttCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGctc > 2:443123/1‑97 (MQ=37)
tcCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGAGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGTTTTGTAGGATAAATAAc > 1:183699/1‑139 (MQ=255)
aCTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAgg > 2:730016/1‑123 (MQ=255)
aCTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAgg < 1:730016/123‑1 (MQ=255)
aGTCTAAAAACTAGAATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTaaa > 2:328524/1‑139 (MQ=255)
tCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTg < 1:554093/105‑1 (MQ=255)
tCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTg > 2:554093/1‑105 (MQ=255)
aaaCTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCAt < 1:735857/139‑1 (MQ=255)
cTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCgg < 2:598214/139‑1 (MQ=255)
cTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTAGCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCgg < 2:457753/139‑1 (MQ=255)
gTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCTAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCtt < 1:328524/139‑1 (MQ=255)
gTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCtt > 2:433920/1‑139 (MQ=255)
aTCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGata < 2:399204/99‑1 (MQ=255)
aTCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGata > 1:399204/1‑99 (MQ=255)
aTCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGc < 1:597236/120‑1 (MQ=255)
aTCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGc > 2:597236/1‑120 (MQ=255)
aTCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGt > 1:623987/1‑139 (MQ=255)
cACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGataaa > 1:702592/1‑99 (MQ=255)
cACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGataaa < 2:702592/99‑1 (MQ=255)
tATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGTAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACa < 2:865826/100‑1 (MQ=255)
tATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACa > 1:865826/1‑100 (MQ=255)
ttAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCtttt < 1:433920/139‑1 (MQ=255)
aaGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAg > 2:999782/1‑105 (MQ=255)
aaGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAg < 1:999782/105‑1 (MQ=255)
aaGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATc > 1:895095/1‑112 (MQ=255)
aaGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATc < 2:895095/112‑1 (MQ=255)
aaGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTc > 1:1269755/1‑139 (MQ=255)
gTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTa < 1:885735/64‑1 (MQ=255)
gTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTa > 2:885735/1‑64 (MQ=255)
gATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTttcttc < 2:659570/53‑1 (MQ=255)
gATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTttcttc > 1:659570/1‑53 (MQ=255)
gATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAg > 2:693975/1‑138 (MQ=255)
gATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAg < 1:693975/138‑1 (MQ=255)
gATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGa < 2:1269755/139‑1 (MQ=255)
tatTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGctc < 2:208544/43‑1 (MQ=255)
tatTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGctc > 1:208544/1‑43 (MQ=255)
atTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGataaa > 2:893885/1‑83 (MQ=255)
atTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGataaa < 1:893885/83‑1 (MQ=255)
atTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATaa > 1:120325/1‑139 (MQ=255)
gTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGataaa > 1:233710/1‑79 (MQ=255)
gTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGataaa < 1:644651/79‑1 (MQ=255)
gTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGataaa > 2:644651/1‑79 (MQ=255)
gTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGataaa < 2:233710/79‑1 (MQ=255)
tCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCtt > 2:526507/1‑102 (MQ=255)
tCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCtt < 1:526507/102‑1 (MQ=255)
tCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTtct < 1:1253971/104‑1 (MQ=255)
tCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTtct > 2:1253971/1‑104 (MQ=255)
cTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGa > 1:960097/1‑127 (MQ=255)
cTGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGa < 2:960097/127‑1 (MQ=255)
tGGAGATTCAGGGGGCCCGTTTAAACTTGCTCTTttcttc < 1:19705/40‑1 (MQ=25)
tGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTttcttc > 2:19705/1‑40 (MQ=255)
tGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTg > 2:208798/1‑105 (MQ=255)
tGGAGATTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTg < 1:208798/105‑1 (MQ=255)
gagaTTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATtct < 2:795174/139‑1 (MQ=255)
agaTTCAGGGGGCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATtctc > 2:826031/1‑139 (MQ=255)
gggCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGataaa > 1:902929/1‑61 (MQ=255)
gggCCAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGataaa < 2:902929/61‑1 (MQ=255)
cAGTTTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAg > 2:418255/1‑139 (MQ=255)
|
TCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAG > NC_000913/2997568‑2997823
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
