Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F1 I2 R1
|
760 |
67.6 |
3323148 |
92.7% |
3080558 |
109.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,767,179 |
G→A |
*281* (TAG→TAA) |
yibA → |
putative immunity protein for polymorphic toxin RhsA, HEAT‑domain protein, lethality reduction protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,767,179 | 0 | G | A | 100.0%
| 232.7
/ NA
| 71 | *281* (TAG→TAA) | yibA | putative immunity protein for polymorphic toxin RhsA, HEAT‑domain protein, lethality reduction protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (37/34); total (37/34) |
TATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTG > NC_000913/3767048‑3767313
|
tATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGt < 2:752653/139‑1 (MQ=255)
tATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGt < 1:1567255/139‑1 (MQ=255)
tatCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATg > 1:1214868/1‑139 (MQ=255)
tatCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGAACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATg < 1:530088/139‑1 (MQ=255)
ttGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAg < 2:1118283/139‑1 (MQ=255)
tGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGa > 2:307973/1‑139 (MQ=255)
cGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGa > 1:136230/1‑137 (MQ=255)
cGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGa < 2:136230/137‑1 (MQ=255)
aTTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCccgccg < 2:1214868/139‑1 (MQ=255)
aGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCa < 1:509077/139‑1 (MQ=255)
tAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTAt > 2:945204/1‑108 (MQ=255)
tAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTAt < 1:945204/108‑1 (MQ=255)
tATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTg > 2:116221/1‑76 (MQ=255)
tATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTg < 1:116221/76‑1 (MQ=255)
tATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGaaa > 2:1660875/1‑139 (MQ=255)
tgttgtACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGa > 2:671567/1‑113 (MQ=255)
tgttgtACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGa < 1:671567/113‑1 (MQ=255)
tgttgtACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGa > 2:840032/1‑129 (MQ=255)
tgttgtACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATc > 2:421557/1‑139 (MQ=255)
tgttgtACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATc > 1:1067552/1‑139 (MQ=255)
tgttgtACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCACATGCTCGACCGGCTGGa < 1:840032/129‑1 (MQ=255)
tACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGt > 2:1421670/1‑67 (MQ=255)
tACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGt < 1:1421670/67‑1 (MQ=255)
tACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCt < 2:974543/136‑1 (MQ=255)
tACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCt > 1:974543/1‑136 (MQ=255)
tACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGc > 2:1336684/1‑139 (MQ=255)
aaGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGa > 2:1215922/1‑139 (MQ=255)
aaGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGa > 1:1135209/1‑139 (MQ=255)
aGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGAc < 2:30575/139‑1 (MQ=255)
gTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGAcc > 1:390673/1‑139 (MQ=255)
gTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGAcc > 1:1030005/1‑139 (MQ=255)
gTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGAcc > 1:421670/1‑139 (MQ=255)
gTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGAcc > 1:1398930/1‑139 (MQ=255)
gTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGAcc > 2:546772/1‑139 (MQ=255)
gatgaCAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGgt < 2:390673/139‑1 (MQ=255)
atgaCAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCa > 2:402158/1‑89 (MQ=255)
atgaCAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCa < 1:402158/89‑1 (MQ=255)
atgaCAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATc > 2:294979/1‑124 (MQ=255)
atgaCAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATc < 1:294979/124‑1 (MQ=255)
aaTGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCgg > 2:687363/1‑104 (MQ=255)
aaTGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCgg < 1:687363/104‑1 (MQ=255)
aaTGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGgtgagtga > 2:222701/1‑139 (MQ=255)
aaTGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGgtgagtga > 1:861088/1‑139 (MQ=255)
tGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAgg > 1:636990/1‑139 (MQ=255)
tGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAgg > 1:1383346/1‑139 (MQ=255)
gAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGa < 1:967496/139‑1 (MQ=255)
aCTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGccgccg < 1:307973/139‑1 (MQ=255)
aCTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGccgccg < 1:1336684/139‑1 (MQ=255)
ttCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATg > 2:518881/1‑46 (MQ=255)
ttCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATg < 1:518881/46‑1 (MQ=255)
gCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGca < 2:1623978/44‑1 (MQ=255)
gCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGca > 1:1623978/1‑44 (MQ=255)
gCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGAc > 2:247565/1‑110 (MQ=255)
gCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGAc < 1:247565/110‑1 (MQ=255)
aTTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCtggctggc < 1:546772/139‑1 (MQ=255)
aTTGATAAGCTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCtggctggc < 1:1215922/139‑1 (MQ=255)
cTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGa > 2:1578523/1‑112 (MQ=255)
cTGAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGa < 1:1578523/112‑1 (MQ=255)
gAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCgg < 1:876816/50‑1 (MQ=255)
gAAGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCgg > 2:876816/1‑50 (MQ=255)
aaGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCgg > 2:1214497/1‑98 (MQ=255)
aaGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCgg < 1:1214497/98‑1 (MQ=255)
aaGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGgt < 1:867521/100‑1 (MQ=255)
aaGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGgt > 2:867521/1‑100 (MQ=255)
aaGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCt < 2:1030005/139‑1 (MQ=255)
aaGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCt < 2:421670/139‑1 (MQ=255)
aGCGTTCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTg > 2:329072/1‑139 (MQ=255)
ttCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGa < 2:832184/71‑1 (MQ=255)
ttCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGa > 1:832184/1‑71 (MQ=255)
ttCATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCg > 1:788409/1‑139 (MQ=255)
cATAACGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTg < 1:1660875/139‑1 (MQ=255)
|
TATGATGATATCATTGAAGCTGCGGGTGAATTAGGTGATAAAACGCTACTTCCTGTTTTAGATACTATGTTGTACAAGTTTGATGACAATGAAATTATAACTTCCGCTATTGATAAGCTGAAGCGTTCATAGCGTGAGTTGCCTATGCACAGTGGGGGATTCCCGCCGGCACGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCATCGTGCGGCCTGACCGTG > NC_000913/3767048‑3767313
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
