Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F1 I1 R1
|
759 |
65.2 |
3386260 |
90.7% |
3071337 |
101.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,898,609 |
G→A |
*196* (TAG→TAA) |
cbrC → |
UPF0167 family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,898,609 | 0 | G | A | 100.0%
| 167.8
/ NA
| 52 | *196* (TAG→TAA) | cbrC | UPF0167 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (27/25); total (27/25) |
TGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACAC > NC_000913/3898527‑3898742
|
tGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAattatt < 1:341830/88‑1 (MQ=255)
tGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAattatt > 2:341830/1‑88 (MQ=255)
tGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAaataat < 1:1336084/96‑1 (MQ=255)
tGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAaataat > 2:1336084/1‑96 (MQ=255)
tGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGaa < 1:1438263/101‑1 (MQ=255)
tGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGaa > 2:1438263/1‑101 (MQ=255)
tGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCt > 2:962144/1‑139 (MQ=255)
gCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGaa < 1:687392/100‑1 (MQ=255)
gCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGaa > 2:687392/1‑100 (MQ=255)
tggtCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGa < 1:298886/100‑1 (MQ=255)
tggtCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGa > 2:298886/1‑100 (MQ=255)
tggtCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAAc < 1:1306132/139‑1 (MQ=255)
gtCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTaa > 1:819501/1‑79 (MQ=255)
gtCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTaa < 2:819501/79‑1 (MQ=255)
gtCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAg < 2:1463365/99‑1 (MQ=255)
gtCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAg > 1:1463365/1‑99 (MQ=255)
gtCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCg < 1:962144/139‑1 (MQ=255)
gggTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAAtt > 1:1360885/1‑139 (MQ=255)
ggTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGc > 2:926498/1‑89 (MQ=255)
ggTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGc < 1:926498/89‑1 (MQ=255)
aTCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCtt < 1:1615684/106‑1 (MQ=255)
aTCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCtt > 2:1615684/1‑106 (MQ=255)
tcCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCt > 2:1281075/1‑97 (MQ=255)
tcCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCt < 1:1281075/97‑1 (MQ=255)
tGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCa < 2:723781/122‑1 (MQ=255)
tGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCa > 1:723781/1‑122 (MQ=255)
ggCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTca < 2:1580101/70‑1 (MQ=255)
ggCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTca > 1:1580101/1‑70 (MQ=255)
ggCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCg < 2:13699/101‑1 (MQ=255)
ggCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCg > 1:13699/1‑101 (MQ=255)
ggCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTAc > 1:1094165/1‑139 (MQ=255)
gCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGc < 1:1538201/61‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGc > 2:1538201/1‑61 (MQ=255)
cAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCATTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCa > 2:1034599/1‑139 (MQ=255)
aaGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCAt < 2:1094165/139‑1 (MQ=255)
agaCTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCtt > 2:565828/1‑81 (MQ=255)
agaCTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCtt < 1:565828/81‑1 (MQ=255)
tgGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTca < 1:956541/55‑1 (MQ=255)
tgGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTca > 2:956541/1‑55 (MQ=255)
tgGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATc < 2:31636/61‑1 (MQ=255)
tgGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATc > 1:31636/1‑61 (MQ=255)
tgGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCg < 2:1667366/86‑1 (MQ=255)
tgGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCg > 1:1667366/1‑86 (MQ=255)
ggggTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGc > 1:161838/1‑139 (MQ=255)
gTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATc < 1:1592743/111‑1 (MQ=255)
gTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATc > 2:1592743/1‑111 (MQ=255)
tGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTaa < 1:316411/46‑1 (MQ=255)
tGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTaa > 2:316411/1‑46 (MQ=255)
gATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATcc < 2:1265069/56‑1 (MQ=255)
gATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATcc > 1:1265069/1‑56 (MQ=255)
gATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCg < 2:222637/80‑1 (MQ=255)
gATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCg > 1:222637/1‑80 (MQ=255)
tttCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAac > 1:542955/1‑139 (MQ=255)
tCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAacac < 2:542955/139‑1 (MQ=255)
|
TGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACAC > NC_000913/3898527‑3898742
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
