Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F26 I1 R1
|
5 |
135.8 |
6803244 |
94.2% |
6408655 |
131.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947 |
4,741,280 |
C→T |
intergenic (+471/+281) |
gltA → / ← yeiW |
citrate synthase/putative oxidoreductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947 | 4,741,280 | 0 | C | T | 80.9%
| 143.2
/ 23.2
| 69 | intergenic (+471/+281) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/7); new base T (29/26); total (35/34) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.63e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
TTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CC‑TCC‑GCCAAC‑T‑GCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACC > NC_002947/4741149‑4741405
|
ttACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGCCCCCTGGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGa > 1:1060808/1‑150 (MQ=255)
tACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTT‑GCATTCGTGaa > 2:1863372/1‑150 (MQ=255)
cATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGccc > 1:2431819/1‑150 (MQ=255)
tCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCACGC‑ACAGGCCCCg < 2:2174953/150‑1 (MQ=255)
cGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGa < 2:868069/150‑1 (MQ=255)
cGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGa < 2:657818/150‑1 (MQ=255)
cGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGa < 1:121088/150‑1 (MQ=255)
gCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGac > 2:525947/1‑150 (MQ=255)
cctcctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGaca < 2:893583/150‑1 (MQ=255)
ctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGtc < 1:3396893/150‑1 (MQ=255)
tGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGtcct < 2:1110428/150‑1 (MQ=255)
aTGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtcctcc < 1:3041058/150‑1 (MQ=255)
tGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTcctcct > 1:1850686/1‑150 (MQ=255)
ggTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTg < 2:2362311/150‑1 (MQ=255)
ggTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTg > 1:2362311/1‑150 (MQ=255)
tCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCa > 1:1732003/1‑150 (MQ=255)
tAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAgcg > 1:1807105/1‑150 (MQ=255)
aaTGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAgcgc > 2:2168091/1‑150 (MQ=255)
tgtgCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCt > 1:2446785/1‑150 (MQ=255)
agcaCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGAcc < 2:1807105/150‑1 (MQ=255)
aCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTg < 2:1850686/150‑1 (MQ=255)
aCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTg > 1:2105331/1‑150 (MQ=255)
tCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgc < 2:2960633/150‑1 (MQ=255)
atctcggcgTCACAGGCCCTGGAGTATTGCACTGGGTACAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCTACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcg < 2:2718716/146‑1 (MQ=255)
aCGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcgg > 1:1007026/1‑150 (MQ=255)
gcggcgTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcggcg > 1:2808646/1‑150 (MQ=255)
ggcgTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGcc > 2:1976260/1‑150 (MQ=255)
ggcgTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGCGGTCTCCGCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcggagat > 1:2718716/1‑146 (MQ=255)
ggcgTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGcc < 2:665029/150‑1 (MQ=255)
ggcgTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGcc < 2:2993393/150‑1 (MQ=255)
cgTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCtt < 1:2168091/150‑1 (MQ=255)
tCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCTTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGa < 2:1693573/150‑1 (MQ=255)
tCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGa < 2:2808646/150‑1 (MQ=255)
cACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGAt < 1:2263685/150‑1 (MQ=255)
aCCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATc > 1:3058194/1‑150 (MQ=255)
aCCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATc > 2:663794/1‑150 (MQ=255)
cGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCAc > 1:1917479/1‑150 (MQ=255)
ccATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGt < 2:2992195/150‑1 (MQ=255)
gCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac > 2:146503/1‑150 (MQ=255)
gCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTGCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac > 2:1953037/1‑150 (MQ=255)
gTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcg > 2:2998031/1‑150 (MQ=255)
tATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACgg < 2:1953945/141‑1 (MQ=255)
tATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TAT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCAAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc < 2:2298433/150‑1 (MQ=255)
tATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCAACTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACgg > 1:1953945/1‑141 (MQ=255)
aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 2:3006602/1‑150 (MQ=255)
aCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACGTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAgg > 1:940204/1‑150 (MQ=255)
cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 1:2024480/150‑1 (MQ=255)
cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 2:2105331/150‑1 (MQ=255)
cTGGGTATAGGTCCAGCTATGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGAc < 2:2784588/108‑1 (MQ=255)
cTGGGTATAGGTCCAGCTATGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGAC‑TGGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGAc > 1:2784588/1‑108 (MQ=255)
ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTcaca > 2:2166923/1‑136 (MQ=255)
ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTcaca < 1:2166923/136‑1 (MQ=255)
ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt > 1:2578377/1‑150 (MQ=255)
ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTATGCGTGC‑A‑TCATGCGGGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt < 2:940204/150‑1 (MQ=255)
gTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTg < 1:1863372/150‑1 (MQ=255)
tataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg < 2:1675388/143‑1 (MQ=255)
tataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 1:1675388/1‑143 (MQ=255)
tgTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTCTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 2:394144/149‑1 (MQ=255)
gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGcc < 2:1385048/141‑1 (MQ=255)
gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGcc > 1:1385048/1‑141 (MQ=255)
gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg > 2:3072869/1‑150 (MQ=255)
ggTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCa > 1:2388337/1‑150 (MQ=255)
gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 1:3134963/1‑150 (MQ=255)
gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 1:168509/1‑150 (MQ=255)
tCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCa > 2:2050397/1‑76 (MQ=255)
tCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCa < 1:2050397/76‑1 (MQ=255)
tCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCGTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 2:1835354/137‑1 (MQ=255)
tCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CT‑TCT‑GCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCGTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt > 1:1835354/1‑137 (MQ=255)
tCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GC‑TTC‑TGCGACTT‑GCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAcc < 1:1517070/150‑1 (MQ=255)
|
TTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CC‑TCC‑GCCAAC‑T‑GCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACC > NC_002947/4741149‑4741405
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
