Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F43 I0 R1
|
32 |
68.2 |
1528488 |
95.6% |
1461234 |
139.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,892,051 |
A→T |
8.5% |
intergenic (‑144/+376) |
rot ← / ← USA300TCH1516_01749 |
HTH‑type transcriptional regulator rot/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,892,051 | 0 | A | T | 8.5%
| 207.0
/ 10.0
| 71 | intergenic (‑144/+376) | rot/USA300TCH1516_01749 | HTH‑type transcriptional regulator rot/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/23); new base T (4/2); total (46/25) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.36e-01 |
CATCTCCCAATTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAATATATCAAT > USA300TCH1516_ALE/1891914‑1892186
|
cATCTCCCAATTAATAATCCCATCTTTAGCCACTATACTAGTGTTAACAAAAAACAATACACTCCCTAGACTTGCATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTGGTCATACTTTTTTTCTATTCAATTGTCAAAGt < 2:196452/140‑1 (MQ=255)
aaTTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCACTTGTCAAAGTTGAATaaa > 1:89776/1‑140 (MQ=255)
aaTTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATaaa > 2:429296/1‑140 (MQ=255)
tactaatCACATATTTGGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGAGTAAATCTTCTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAAtt < 1:326523/137‑1 (MQ=255)
aataatCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATGCAATTGTCAATGTTGAATAAAATTa > 1:455006/1‑140 (MQ=255)
aatCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAAt < 1:533324/140‑1 (MQ=255)
aatCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAAt < 2:267717/140‑1 (MQ=255)
cacaTATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAACTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAg < 1:494143/140‑1 (MQ=255)
ccaTATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAAGATCCCGCGGTTCGGAGATGTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGAATAAAATTAAATAAGt < 2:737979/139‑1 (MQ=255)
atatTTAGCTACTATCCAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGAATAAAATTAAATAAGtat < 1:42912/140‑1 (MQ=255)
tatTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGtata < 2:174256/140‑1 (MQ=255)
atTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATaa < 1:130540/140‑1 (MQ=255)
aGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAAc < 2:457618/140‑1 (MQ=255)
aGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAAc > 1:193306/1‑140 (MQ=255)
tctactaTACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAAcc < 2:723529/139‑1 (MQ=255)
tataCAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAACCTTACTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATCATTATCAAAACCaaaaa > 2:263528/1‑140 (MQ=255)
ataCAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATAGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCaataat > 1:733385/1‑140 (MQ=255)
aCAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCACAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAACGTTGAATAAAATTCAATAAGTATAAAAACCAATAATCa > 1:226039/1‑140 (MQ=255)
aCAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTCTTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAACACCCcataatta > 1:586756/1‑138 (MQ=255)
aCAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACGTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAAtcatca > 1:622327/1‑140 (MQ=255)
cAAGTAGTAACAAACAGCCCATAAACCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCaa < 2:226909/140‑1 (MQ=255)
acaaacaTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTAAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATTAATAGAGTTaa > 2:238685/1‑140 (MQ=255)
caaacaTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAat > 1:383058/1‑140 (MQ=255)
caaacaTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAat > 1:115522/1‑140 (MQ=255)
caaacaTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAat > 2:396667/1‑140 (MQ=255)
ccaTCCCACCACTCACATAAGTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATAtt < 2:298525/139‑1 (MQ=255)
aTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTa > 1:220474/1‑140 (MQ=255)
aTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTa > 2:641504/1‑140 (MQ=255)
cccAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGa > 1:537364/1‑140 (MQ=255)
ccAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGaa > 2:580373/1‑140 (MQ=255)
ccAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCGTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATACAAAACAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGaa > 2:193134/1‑140 (MQ=255)
caagaaACCCAAGTCTTGGATGTGGTAACGTATGCATAAAAAGACAAGTGTAAATAAAATTGCTTTCTATTAAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGaaa < 2:332049/140‑1 (MQ=255)
caacaaTCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCACTAGAATTCATTTTTCGaaa > 2:533960/1‑140 (MQ=255)
caacaaTCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATCTTTAGaaa > 1:92509/1‑140 (MQ=255)
aaCTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGt > 2:403007/1‑140 (MQ=255)
tGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACAt < 2:89776/140‑1 (MQ=255)
aTGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATaaa > 2:441776/1‑140 (MQ=255)
tgCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACa > 2:753590/1‑140 (MQ=255)
cTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACaaa > 1:367143/1‑140 (MQ=255)
tagtttATGCATAAAACTACAAATGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTATCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAAt < 2:449180/136‑1 (MQ=255)
tAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAATTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAAt < 1:350852/140‑1 (MQ=255)
tAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAGAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAAt < 2:385351/140‑1 (MQ=255)
aaCTTATGCATAGAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAACCACAAAAACCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATc < 1:324353/140‑1 (MQ=255)
aCTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGCGTTAATATTTAGAACTAAGATAATCGTACATAAAACAAATCa > 1:340395/1‑140 (MQ=255)
ttATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCAct < 1:89413/140‑1 (MQ=255)
gCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAGCTCActctgt > 1:535417/1‑138 (MQ=255)
gCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTAt > 1:428076/1‑140 (MQ=255)
aaaCTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATCTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACat > 1:753916/1‑140 (MQ=255)
aaaCTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTAAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAACACAATAATCAATACAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACat > 2:660914/1‑140 (MQ=255)
atgaCAATTGTAAATTAACTTGCTTTCTATTGAATTGTCAAAGTTAAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAAGAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACatat < 2:225957/137‑1 (MQ=255)
aCTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACatat > 1:647872/1‑140 (MQ=255)
cAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAAt > 2:464364/1‑140 (MQ=255)
cAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATAACTCTATTACATATTAAt > 2:685979/1‑140 (MQ=255)
aaGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAAtt > 1:27892/1‑140 (MQ=255)
aGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAAttt > 1:584776/1‑140 (MQ=255)
gtgtAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAAtttt > 1:463417/1‑140 (MQ=255)
gtgtAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAAtttt > 1:141818/1‑140 (MQ=255)
taaaCTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAAttt > 2:569436/1‑140 (MQ=255)
aaaCTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTta > 1:470485/1‑140 (MQ=255)
aaCTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACATGATAACATATTAATTTTATAATTtat > 2:120916/1‑140 (MQ=255)
cTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTtatat < 1:30928/140‑1 (MQ=255)
cTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTtatat < 1:475797/140‑1 (MQ=255)
tGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATCTTAGAATTTTTATAc > 1:271932/1‑140 (MQ=255)
gCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACa > 2:315724/1‑140 (MQ=255)
tttCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACaaa > 1:75189/1‑140 (MQ=255)
ttCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAg > 2:655046/1‑140 (MQ=255)
ttGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAATATATc > 1:350320/1‑140 (MQ=255)
ttGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAATATATc < 1:539563/140‑1 (MQ=255)
gTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAATATATCaa < 2:208516/140‑1 (MQ=255)
tCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAATATATCact > 1:336151/1‑138 (MQ=255)
tCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAATATATCAat > 1:668360/1‑140 (MQ=255)
|
CATCTCCCAATTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAATATATCAAT > USA300TCH1516_ALE/1891914‑1892186
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
