Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F58 I0 R1
|
35 |
61.1 |
1410250 |
95.0% |
1339737 |
139.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,892,051 |
A→T |
20.9% |
intergenic (‑144/+376) |
rot ← / ← USA300TCH1516_01749 |
HTH‑type transcriptional regulator rot/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,892,051 | 0 | A | T | 20.9%
| 114.2
/ 17.3
| 56 | intergenic (‑144/+376) | rot/USA300TCH1516_01749 | HTH‑type transcriptional regulator rot/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/17); new base T (8/4); total (35/21) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.47e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CATCTCCCAATTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAATATATCAATATT > USA300TCH1516_ALE/1891914‑1892189
|
cATCTCCCAATTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGt < 1:486813/140‑1 (MQ=255)
ctcCCAATTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTAAAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGa > 1:128279/1‑140 (MQ=255)
ctcCCAATTAATAATCACATATTTAGCTACCATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGa > 1:185581/1‑140 (MQ=255)
ccgaaTTAATAATCTCATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAAt < 2:270452/137‑1 (MQ=255)
cccAATTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGCGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGaaa > 2:206303/1‑139 (MQ=255)
aaTTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATACAAACAATCACAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAAATACCAGTGTAGAGAAACATGGTTTCTATTGAATTGTCAATGTTGAATaaa > 1:129323/1‑140 (MQ=255)
aTTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAACGTTGAATaaaa > 1:434399/1‑140 (MQ=255)
atatCTAGCTACTATACAAGTAGTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGtat < 2:262411/140‑1 (MQ=255)
aGCTACTATACAAGTATTAACGAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATATGCTAACTTATGCATAAAACTACAAATGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTAAATGTTCAACAAAAATAAATAAGTATAAAAAc < 2:577652/140‑1 (MQ=255)
tactaTACAAGGATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCaa < 2:395441/140‑1 (MQ=255)
tactaTACAAGCATTAACCAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCaa < 1:623339/140‑1 (MQ=255)
actaTACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGACAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAAcgcat > 2:454020/1‑136 (MQ=255)
ctaTACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCaata > 1:283739/1‑140 (MQ=255)
tataCAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAGAACCaataa < 1:490294/140‑1 (MQ=255)
cAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACGAATAATCag > 1:73800/1‑139 (MQ=255)
gaGTATTAACAAACAACCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAAt < 2:190805/139‑1 (MQ=255)
aGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAAGCAATAATCAATa > 1:577951/1‑140 (MQ=255)
aGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATa > 1:581906/1‑140 (MQ=255)
aTTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATagag > 1:680812/1‑140 (MQ=255)
aactaaaaTCCCAACAATCCCAAAACTAATATGTAATAACTTATGCATAACACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGATGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCACTAGAGTTa < 2:102897/140‑1 (MQ=255)
aacaaacaTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTa > 2:612628/1‑140 (MQ=255)
caaacaTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAat > 2:133896/1‑140 (MQ=255)
aaacaTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAata < 1:418789/140‑1 (MQ=255)
aTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTa > 1:537282/1‑140 (MQ=255)
tCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATACGTATCAAAACCAATAATCATTAGAGTTAATATTTAg > 2:118062/1‑140 (MQ=255)
ccccAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGACTAAAATGAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAg > 2:147212/2‑140 (MQ=255)
cccAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGa > 1:386808/1‑140 (MQ=255)
ccAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGaa > 1:580087/1‑140 (MQ=255)
ccAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGaa > 1:386742/1‑140 (MQ=255)
ccAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCACAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATGCAAGAATCAACGCTAAATACAAATAAAAAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGAAAAAATTAAGaa > 2:646512/1‑140 (MQ=255)
caacaaTCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAAAGTTAATATTTAGcaa > 2:205711/1‑140 (MQ=255)
aaTCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAg < 1:179519/140‑1 (MQ=255)
aTCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTACATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAAAGATAATAATTAGAAATaaaa > 2:216606/1‑138 (MQ=255)
aTCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGa > 2:379034/1‑140 (MQ=255)
ccAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGataa > 2:224725/1‑140 (MQ=255)
aCTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTa > 2:144243/1‑140 (MQ=255)
cTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTAc > 1:138776/1‑140 (MQ=255)
tgtgCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATaaaa > 1:398395/1‑140 (MQ=255)
gCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGATAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACaa > 2:577261/1‑140 (MQ=255)
aaCTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATc < 2:509190/140‑1 (MQ=255)
tATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCActc > 1:689667/1‑140 (MQ=255)
tATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCActc > 1:252839/1‑140 (MQ=255)
taaaagtaaaagTGGTAATTAACTTGCATTCTATACAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACAAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTAc < 2:580493/140‑1 (MQ=255)
tAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTAc > 1:493579/1‑140 (MQ=255)
aaaCTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACat < 1:597698/140‑1 (MQ=255)
tACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTa < 1:620537/140‑1 (MQ=255)
aaataaaCTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATaa < 2:582693/140‑1 (MQ=255)
ataaaCATGCTTTCTAATCAATTGACAAAGTTGAATAAAATGAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAAtt < 2:699666/140‑1 (MQ=255)
gCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACa > 2:133889/1‑140 (MQ=255)
cTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATGTTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAAGCACTCTAGTACATACTAATTATATGATGTATAGACag > 2:182489/1‑139 (MQ=255)
cTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACaa > 2:659630/1‑140 (MQ=255)
ttCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAg > 1:512736/1‑140 (MQ=255)
aTTCAATTGTCAATGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGaaaa < 1:612628/140‑1 (MQ=255)
aaTTGTCAAAGTTTAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAatata < 1:566306/140‑1 (MQ=255)
gTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTTATTTTTGCCGTTATATACAAAGAAAATATATCaa < 2:577951/140‑1 (MQ=255)
gTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAATATATCaa < 2:581906/140‑1 (MQ=255)
aaGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTACAATTTATATACAAAGAAAATATATCAATAtt > 2:79915/1‑140 (MQ=255)
|
CATCTCCCAATTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAATATATCAATATT > USA300TCH1516_ALE/1891914‑1892189
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
