Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F71 I0 R1
|
28 |
65.2 |
1510494 |
95.1% |
1436479 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,892,051 |
A→T |
8.4% |
intergenic (‑144/+376) |
rot ← / ← USA300TCH1516_01749 |
HTH‑type transcriptional regulator rot/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,892,051 | 0 | A | T | 8.4%
| 126.7
/ 5.5
| 49 | intergenic (‑144/+376) | rot/USA300TCH1516_01749 | HTH‑type transcriptional regulator rot/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/18); new base T (2/2); total (29/20) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.76e-01 |
ACATCTCCCAATTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAATATATCAATATTAC > USA300TCH1516_ALE/1891913‑1892191
|
aCATCTCCCAATTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGt < 2:584231/141‑1 (MQ=255)
tcCCAATTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCACAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAACAAACTTACTTTCTATTAAATTCTCACAGTTGAAt > 2:359588/1‑141 (MQ=255)
aaTTAATAATCACATATTTAGCTACTATATTAGTATTAATAAACATCCCATCAATTCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATaaaa < 1:37229/141‑1 (MQ=255)
ttAATAATCAAATAATTAGCTACTAGATGAGTATTAACAAATATACAAACAATCTCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAAGTGTCAATGTTGAATAAAAtt < 2:265018/141‑1 (MQ=255)
taataaTCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTATCAAAGTTGAATAAAATTa > 2:459231/1‑141 (MQ=255)
tCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAg < 1:655419/141‑1 (MQ=255)
atatTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTACATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGCCAAAGTTGAATAAAATTACATAAGtata > 1:330930/1‑141 (MQ=255)
atTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATaaa < 1:265266/141‑1 (MQ=255)
tactaTACAAGTATTAACAAACATCCCAACAAACCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAATTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCaat > 2:665050/1‑141 (MQ=255)
gctaGACTAGTATTGACAAACAGCACAACAATCCCAAAACGTGCATGTGCTAACTTATGAATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATGGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCtata < 2:742321/140‑1 (MQ=255)
ctaTACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCaataa > 1:250172/1‑141 (MQ=255)
cAAGTATGAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAAt < 1:441735/141‑1 (MQ=255)
aGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATaa > 2:720487/1‑140 (MQ=255)
aTTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGt > 2:409862/1‑141 (MQ=255)
ttAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGtt < 2:21203/141‑1 (MQ=255)
tAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGATAACTTATGCATAAAACTACAATTGTAAATAAAATAGCTTTATATTCAAAAATCAAAGTTGAATAAAATTAAATAACTATAAAAACCAAAAATCAAttgcataa > 2:193915/1‑134 (MQ=255)
aacaaacaTGCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGGGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCTATAATGAATAGAGTTaa > 1:231147/1‑141 (MQ=255)
aacaaacaTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTaa > 2:126307/1‑141 (MQ=255)
acaaacaTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATACTCAATAGAGTTAat > 1:340436/1‑141 (MQ=255)
acaaacaTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAat < 1:76877/141‑1 (MQ=255)
aacaTGCCAAAAATCCGGAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATAtt < 2:65912/141‑1 (MQ=255)
aacaTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATATAGTTAATAtt > 2:374847/1‑141 (MQ=255)
caTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTa < 1:457341/141‑1 (MQ=255)
cccAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGaa > 2:306141/1‑141 (MQ=255)
cccAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGATGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGaa > 2:702273/1‑141 (MQ=255)
acaaTCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTAAATTGTCAAAATTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATaa < 2:597460/141‑1 (MQ=255)
aaTCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCGTAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGa < 1:74681/141‑1 (MQ=255)
aCTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTAc > 1:338993/1‑141 (MQ=255)
gTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATaa > 1:339027/1‑141 (MQ=255)
tATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTAAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACAAATAATCAATAGAATTAATATTTAGAAATAAAATAATAGTACATaaa > 2:205956/1‑141 (MQ=255)
tgtgCTAACTTATGAATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAAc < 2:147040/141‑1 (MQ=255)
cTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAAt < 2:69705/141‑1 (MQ=255)
ttATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCActc < 2:250172/141‑1 (MQ=255)
cATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACAGAAAACAAATCACTCTATTa > 1:422401/1‑141 (MQ=255)
aaaCTACAAGTGTCAATAAACTTGCTTCCTATTCAATTGTCCAAGTTGCATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCACTAATCAATCACCTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAACACAACTCACTCTAttccctc > 2:304720/1‑136 (MQ=255)
aGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAAtttt < 1:373099/141‑1 (MQ=255)
taaataaaCTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAGGTTAAGTAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATaa > 2:615777/1‑141 (MQ=255)
taaataaaCTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATaa > 2:638472/1‑141 (MQ=255)
aataaaCTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAAtt > 2:615594/1‑141 (MQ=255)
ataaaCTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAAttt > 1:667468/1‑141 (MQ=255)
taaaCTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTta > 1:186958/1‑141 (MQ=255)
aaCTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGATGAAGAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTtata > 2:92483/1‑141 (MQ=255)
tttCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAg < 1:409862/141‑1 (MQ=255)
ttCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAGGGTCATTAAAAGGACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGa > 1:175471/1‑141 (MQ=255)
ttCTATACAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCATTCCGCAATGCAAGCAAGCTCAAGCCCATACAGAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGa < 2:733396/141‑1 (MQ=255)
tCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGaa > 1:556263/1‑141 (MQ=255)
tCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAatat < 1:156383/141‑1 (MQ=255)
cAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTATATAGTTTACAATTATAGAAAatata > 1:743399/1‑141 (MQ=255)
tCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAATATATCAata > 2:267223/1‑141 (MQ=255)
aaGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAAACCATAAAAAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTCTAATTTATATACAAAAAAAATATATAAATATTa > 2:53247/1‑141 (MQ=255)
aGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAATTATATCAATATTAc > 2:151959/1‑141 (MQ=255)
|
ACATCTCCCAATTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAATATATCAATATTAC > USA300TCH1516_ALE/1891913‑1892191
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
