Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F43 I0 R1
|
32 |
68.2 |
1528488 |
95.6% |
1461234 |
139.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,211,305 |
A→G |
20.9% |
intergenic (+298/+515) |
USA300HOU_RS11275 → / ← yidC |
hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,211,305 | 0 | A | G | 20.9%
| 108.4
/ 10.2
| 65 | intergenic (+298/+515) | USA300HOU_RS11275/yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/24); new base G (7/7); total (33/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTT > USA300TCH1516_ALE/2211170‑2211444
|
ggCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgtt > 1:485465/1‑140 (MQ=255)
ggaTTGCGGTGTTGAGGTGTTGTAGTCAGGTCTGGCGGTGATGTCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttg < 2:435442/138‑1 (MQ=18)
gCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttg > 1:538165/1‑140 (MQ=255)
tttctgtgtaatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGACATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttgatg < 1:615413/135‑1 (MQ=255)
ttGCGGTTTTAAGCTGTCATAGACACACTTGGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTTCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttgatg < 1:240283/140‑1 (MQ=18)
ttGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTTGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttgatg < 1:536038/140‑1 (MQ=255)
ttGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTgtgctgttgatg > 2:240158/1‑140 (MQ=255)
tGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGc > 1:39935/1‑140 (MQ=255)
gtgtgatgctgttagAGCTAGGTTTGGCGTTCATGACATGCT‑ACTTTGATGTGCTCGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTAACATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATg < 1:201561/140‑1 (MQ=17)
gttgtAGACAGGTCTGGCGGTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGAt < 1:182717/140‑1 (MQ=255)
aGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTGCTTTGTTGTGCt > 2:12459/1‑140 (MQ=255)
aGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCt > 1:597368/1‑140 (MQ=255)
aGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGGT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCCTGTTACTTTGATGTGCt > 1:377267/1‑140 (MQ=255)
gtgtGGCGTTGATGCCATGTG‑ACTGTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCt < 1:374959/137‑1 (MQ=255)
tttGGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACGTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGAGGTTGATGCCATGTTACTTTGGTGTGCTGGTGCTa > 1:224519/1‑140 (MQ=255)
tGGCGTTGATGCCCTGTTAACCATGAT‑ACCCGGGACCACGATGCGACTTGATGTATTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGGGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGCGGCCATGTTACTTTGATGTGCTGTTGCTACg > 2:546681/1‑140 (MQ=14)
ggCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGa > 1:365639/1‑140 (MQ=255)
ggCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGATGCTACGa > 2:452817/1‑140 (MQ=255)
tGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGa < 1:348156/140‑1 (MQ=255)
aTGCTATGTT‑ACTTTGGTGTGCTGGGAGCACTATGCGTTTGGATGTGGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACt < 2:135670/140‑1 (MQ=14)
aTGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGGGACGTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACt < 1:344697/140‑1 (MQ=255)
gcgaggTT‑ACTTTGATGTGGGGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTg < 1:297675/135‑1 (MQ=255)
tGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGACATGTTACTTTGATGTGATGGTGTTACGATGCGACGTGATGt > 2:108731/1‑140 (MQ=255)
ct‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAg < 1:99685/139‑1 (MQ=255)
cTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGc > 1:38280/1‑140 (MQ=255)
cTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGc < 1:524914/140‑1 (MQ=255)
tttGATGTGCTGGTGCCTCGGTGCGTTTTGGTGTAGTGCTGTGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTTGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCt < 2:37729/140‑1 (MQ=11)
ttGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTa > 1:415086/1‑140 (MQ=255)
ttGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTCGTGCTACGATGCGACTTGACCTAGTGCtc > 1:154981/1‑139 (MQ=255)
ttGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGGTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCGGCGATGCGACCTGATGTAGTGCTa > 1:536839/1‑140 (MQ=255)
ttGATCTGCTGGTACCTCGATGCGGCTTGTTGTATTGCTGTGGTGGGTCAGTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTa < 2:538165/140‑1 (MQ=14)
tggtggggCTGGTCCCAGGGTGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCCGGTGTGTTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTa < 2:416611/133‑1 (MQ=11)
tGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGc > 2:145025/1‑90 (MQ=255)
tGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGc < 1:145025/90‑1 (MQ=255)
tgCTGGTGCCATGGTGCGTTTTGGTGTATTGCTATGATCTGGCTGTGCTGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGAtgt < 2:474518/140‑1 (MQ=11)
cTGGTACCACGATGCGACTTGAAGTTGGCCCTGGAGGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTGGTAGTCGGGGTTGATGTTGATGCCATGATGCTTTGATGTGTTGGTGCGACGATGTGAGGTGGTGTCGTGCTttgtggtgt > 2:664597/1‑134 (MQ=9)
gTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGTCATGTTGCTTTGATGTGCTGATGCTACGTTGCGACGTTGCGTTGTGCTATGATGcgtcgt > 2:355085/1‑140 (MQ=14)
gTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGGTGTTGTGCTTTGATGTGGCGt > 2:749258/1‑140 (MQ=255)
aCCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCGTGTTGCTATGATGTGCTGATGCGACGATGCGACGTGATGTAGTGCTTTGAGGTGTCGTTg > 2:589048/1‑140 (MQ=14)
aCCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTAAGCTGCGTCTGGATGTAGTGCTATGTGGTGGTGTTg > 1:64216/1‑140 (MQ=17)
ccACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTGTAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTgc < 2:399754/140‑1 (MQ=255)
aCGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGGAGTGCTATGATGTGGCGTGgcgc > 1:142100/1‑140 (MQ=255)
gttGCGTCTTGGTGTAGGGCTTGGATGTGGCATGGGTGTGTTGTGGTGTTATTGACCGGTTTGAGGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTg < 2:211909/138‑1 (MQ=14)
tgggACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGGTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGtt < 1:103525/137‑1 (MQ=255)
gACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTGTGATGTGGCGTTGCGCTGTTATg > 1:362867/1‑140 (MQ=255)
tGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGgtgt < 1:499545/140‑1 (MQ=255)
ttgTGGTATGGTGGGGCGTTGTTGTGTTGTGGTGTTGTAGTTGGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAg < 2:395865/138‑1 (MQ=14)
tAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTG‑TATAGACCGGTTTGAGGTTGATGGCATGTTCCTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACGTGATGTAGTGCTCTGATGTGGCGGTGCGCTGTTATGGGGTTATAgg > 2:479653/1‑139 (MQ=14)
tAGTGCTAGGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAg < 1:41701/140‑1 (MQ=255)
tGCTATGATGTGGCATTACGTTGTGATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCa < 1:101484/140‑1 (MQ=255)
gCTATGGTGTGGCAGTGCGGTGTTATGGTGTTATTGATCGGTTTGAGGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAg < 2:39935/140‑1 (MQ=17)
cTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTGCTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGGGACGTGGCGTTGTGCTATGTGGTGTTGTTGCGCTGTTATGGTGTTCTGGcccgt > 2:611285/1‑137 (MQ=14)
cTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAgg < 1:424884/140‑1 (MQ=255)
cTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTGCTTTGATGTGCTGGTACTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAgg > 2:179174/1‑140 (MQ=11)
atgatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACGGGTTTGGCGTTGCTGCCATGTTATTTTGATGTGCTGGTGTGACGTTGCGACGTGCGTTAGTGTTCTGATGTGGCGTGGCGATTTTATTGTGTTATATCCGGGtt > 2:617818/1‑140 (MQ=2)
tgatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGttt < 1:405789/140‑1 (MQ=255)
ggttgtgGCATTGTTGTGTTATTGTGTTGTTGTGCGGTTTGGTTTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGttt < 2:392257/137‑1 (MQ=17)
ggtgGCGTTGCGGTGTTGTGGTGGTATAGTGCGGTTTGGTGTTCATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGgt < 2:171252/139‑1 (MQ=17)
ggCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTGACGATGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACGTGATGTAGTGCTATGATGTTGGGTTGCGCGGTTATGGGGTTATAGCAAGGATAGGTGtt > 2:204815/1‑140 (MQ=17)
gCATTGCGGTGTTATGGTGTTATACACCGGTTTGCTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTTTGATGTGGCTTTGCTCTGTTATCGTGTTATAGCCAGGTCGGGTGTTg > 2:169601/1‑140 (MQ=17)
tagtGCGGTGTTATGGTGTTGTAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGGGCTACGATGCGACTTGGTGTTGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGa < 2:318642/137‑1 (MQ=18)
tttGGGGTGTTTTGGTGGTGTTGACCGGTTTGGTGTCGATGCCATGTTAGTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGAt < 2:189158/139‑1 (MQ=17)
aTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGGTTGGTGGTGAt > 1:113723/1‑140 (MQ=255)
ttGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATg > 1:100700/1‑140 (MQ=255)
tGCGGTGTTGTGGTGTCCTCGCTGCGTTCGATGTTGATGCCATGCTACGTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGt < 2:567444/140‑1 (MQ=17)
ggtgttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCAt > 1:616688/1‑140 (MQ=255)
gtgttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCGGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTGATGGTGGTATAGCCAGGTATGGTGCTGGTgcgatg > 2:36636/1‑135 (MQ=17)
ttattgtgttatAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGGTGTGCTGGTGCTAGGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCg < 2:517526/140‑1 (MQ=255)
tatggtgttagAGACCGGGTTGATGTTCATGCCATGTTACGTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGt < 2:695171/140‑1 (MQ=255)
taGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTa > 2:314331/1‑140 (MQ=255)
taGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACGTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGGTGATGTCATGCCGTTACGGTTCTa > 1:672722/1‑140 (MQ=255)
aCCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGa < 2:38280/140‑1 (MQ=255)
gatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtgttgt > 1:209667/1‑140 (MQ=255)
atgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATgttgtt > 1:522901/1‑140 (MQ=255)
|
GGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTT > USA300TCH1516_ALE/2211170‑2211444
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
