Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F60 I0 R1
|
73 |
395.3 |
8837978 |
95.5% |
8440268 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,211,305 |
A→G |
5.5% |
intergenic (+298/+515) |
USA300HOU_RS11275 → / ← yidC |
hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,211,305 | 0 | A | G | 5.5%
| 840.2
/ 2.7
| 383 | intergenic (+298/+515) | USA300HOU_RS11275/yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (212/133); new base G (13/17); total (229/154) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.87e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 445 total aligned reads displayed.
GATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTG > USA300TCH1516_ALE/2211165‑2211445
|
gatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttga > 1:2444417/1‑141 (MQ=255)
tgtgGCATTGCGGTGTTATGGTGTTGTAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatg > 1:2034778/1‑141 (MQ=255)
tgtgGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCCACGATGCGGCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttggtg > 2:2604075/1‑141 (MQ=11)
gCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGAACGGTttggtgttga > 2:1623929/1‑141 (MQ=255)
aTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTCTGGTGTTATAGCCCGGTttggtgttgatt > 2:1517950/1‑140 (MQ=11)
ttGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGc > 1:674648/1‑141 (MQ=255)
gCGGTGTTTTTGTGTGTTTGTCGGGTTTGGGGTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCa < 2:1239151/141‑1 (MQ=17)
ggtgttatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATg > 1:1469943/1‑141 (MQ=255)
tgttattgtgttatAGACAGGGTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGtt < 1:3109802/141‑1 (MQ=255)
ttatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTAACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTAc > 1:2682462/1‑141 (MQ=255)
tatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACt > 1:1294556/1‑141 (MQ=255)
ggtgttatAGACAGGTTTGGGGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTg < 1:3542979/141‑1 (MQ=255)
ggtgtgatCGAGAGGTTTGGCGTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGGCTGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTg < 1:1618079/141‑1 (MQ=17)
gtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGa > 2:3182248/1‑141 (MQ=255)
tgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTgct > 1:385752/1‑139 (MQ=255)
tataGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGAtgtg > 1:2640561/1‑141 (MQ=255)
tataGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGAtgtg > 1:2797019/1‑141 (MQ=255)
ataGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGc > 1:1443882/1‑141 (MQ=255)
aGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTg > 1:4021096/1‑141 (MQ=255)
cAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTg > 1:2527911/1‑141 (MQ=255)
ggTGTGGGGTTGTTGCCATGTTACTTTGATGTGTTGGTACTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTGTGATGTGGCATTGCGGTGTTATAGTGTTATAGACCGGTTTATTGTTGATGCCATGTTACTTTCATGTGCTGGTGCt < 1:1813151/141‑1 (MQ=17)
tttGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTTCTGATGCAAc > 2:1175238/1‑141 (MQ=255)
tttGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTAc > 1:4389594/1‑141 (MQ=255)
tttGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTACGGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCttt > 2:2150158/1‑139 (MQ=255)
tGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCGATGTTCTTTCGATGTGCTGGTGCGACgg > 2:1958640/1‑140 (MQ=17)
tGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGa > 1:2860379/1‑141 (MQ=255)
ggCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGCCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATGGACCGGTTTGATGTAGCTGCCAGTTGACTTTGATTTGCTGGTGCTACgtt > 2:25002/1‑139 (MQ=17)
ggCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGAt > 1:3989197/1‑141 (MQ=255)
ggCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCAATCTTACTTTGATGTTCTGGTGCtttgat > 2:3679161/1‑136 (MQ=255)
gCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGTCCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTAATTTGATGTGCTGGTGCTACGATg > 1:836687/1‑141 (MQ=255)
gCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATg > 2:4036123/1‑141 (MQ=255)
ggggggtGCCATGGTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGc < 2:1568321/135‑1 (MQ=255)
gTTGATGCCATGCTACTTTCATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCg < 1:2379427/141‑1 (MQ=255)
tttgttGTTACTTTGATGGGGTGGTGCCACGTTGTGTTTTGGTGTAGTGCTATGATGTGGCATTGGGGTGTTATGGTGTTATTGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTg < 2:503332/136‑1 (MQ=14)
tgacgtGTTACTTTGATGTGCTGGTAGCACGATGTGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTg < 2:2081373/136‑1 (MQ=255)
ccATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGAt > 1:1849774/1‑141 (MQ=255)
cATGTTAGTTTGATGGGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATg < 1:3898114/141‑1 (MQ=255)
aTGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGGTgg > 1:4138868/1‑140 (MQ=255)
ttACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACTATGCGACTTGATGTAGt > 1:314944/1‑141 (MQ=255)
ttACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTGGt > 1:337795/1‑141 (MQ=255)
tgcTTTGATGTGCTGGTAGCACGATGCGTTTGGATGTAGTGCTGTTTTTTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGCTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTg < 2:1331233/139‑1 (MQ=11)
aCTTTGATTTCCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGc < 1:2560536/141‑1 (MQ=255)
aCTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGc > 1:560835/1‑141 (MQ=255)
cTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTCGATTCATTGGTGCTGCGTTGCGACTTGATGTAGTGCt > 2:2888191/1‑141 (MQ=14)
gATGTTCTAGTGCTACGACGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTatga < 1:121667/141‑1 (MQ=14)
gATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACGTGATGTAGTGCtgtgt > 2:106776/1‑140 (MQ=255)
aTGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGGCACATCGTGTCGTGCTatgat > 2:13966/1‑141 (MQ=14)
tgCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGTCCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGAtg‑tg > 2:788941/1‑141 (MQ=255)
cTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGc > 1:100025/1‑141 (MQ=255)
cTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGc > 1:3353616/1‑141 (MQ=255)
cTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGGTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑Tggg > 1:3704639/1‑140 (MQ=255)
gTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACGTGCCGTAGTGCTATGATG‑TGGCGtt > 2:144694/1‑141 (MQ=255)
aCCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTgc < 1:3761421/141‑1 (MQ=255)
caggATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTgcgc < 1:452706/138‑1 (MQ=255)
cACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTgcgc < 1:3805480/141‑1 (MQ=255)
cACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTgcgc < 1:2209034/141‑1 (MQ=255)
gaggCGATTTGATGTAGTGCTATCATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTCTAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGt < 1:534756/138‑1 (MQ=255)
gggtgttttGATGTAGGGGTATGATGTGGTATTGTTGTGTTATGGTGTTGTTGTCGGGTTTGGCGTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGtt < 2:612346/134‑1 (MQ=11)
tgggACTTGGTGTTGTGGTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATTGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTCATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTa < 2:3919488/138‑1 (MQ=17)
tGCGACTTGATGTAGTGCTATGATATGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTa > 2:1874978/1‑141 (MQ=255)
gACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGGTGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATgg > 1:212196/1‑141 (MQ=255)
aCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGgt > 1:4164490/1‑141 (MQ=255)
cTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCGTGGTTGCGACTTGGGGACGTGTTATAATG‑TGGCGTGGCGCTGTTAttgcg > 2:3965981/1‑137 (MQ=11)
cTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGGTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGGCTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGGTGCGCTGTTATGgtg > 1:274008/1‑141 (MQ=255)
tAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTTATGTAGTGCTTTGATG‑TGGCGTTGCGATGTTATTGTGTTATGGc > 2:3419599/1‑141 (MQ=14)
tAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAAAACGGTTTGATATTGATGTCATGTTACTATGATATGCTGATACTACAATAAGACGTTATAAAGTACTATGATG‑TAGCGTTGAGCTATTATAGtattattga > 2:3271998/1‑138 (MQ=9)
tAGTGCGATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTCTAGc > 1:104790/1‑141 (MQ=255)
tAGGGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTTCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGc > 2:2226545/1‑141 (MQ=255)
acttgtgtgatgTGGTATTGAGGTCGTATTGTGTTATGGTCCGGTTTGGTGGTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGcc < 2:3328476/134‑1 (MQ=14)
aGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGcc < 1:1541083/141‑1 (MQ=255)
gTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGcta > 1:2976805/1‑139 (MQ=255)
tagggtttgGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATTGTGCGGTTTGATGTTTGTGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGtt < 2:1761169/134‑1 (MQ=17)
tATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGtt > 1:738033/1‑141 (MQ=255)
tATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTAATTTGAGGCGCTGGAGATAATCATTTACGTGATATTGTGCTATGATG‑TGTCGTTGCGCTGTTATGGTGTTCTAGCAAGttt > 2:4289971/1‑141 (MQ=12)
attgtgtgGCCGTGCGGTGTTGTGGTGTTGTAGTGGGGTTTGAGGTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCAGGttt < 2:3509087/137‑1 (MQ=14)
tgatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTg > 2:2423565/1‑141 (MQ=255)
gatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTgg < 1:1358485/141‑1 (MQ=255)
gatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTgg > 1:872137/1‑141 (MQ=255)
gCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCTATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGATTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGa < 2:661166/141‑1 (MQ=255)
ttggtgtgttatggtgttgtAGGCGGGGTTGGTGTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGt < 2:4113532/136‑1 (MQ=17)
tGCGGTGTTATGGTGTTGTAGACGGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTc < 2:3733872/141‑1 (MQ=255)
tGCGGTGTTATGGTGTTATAAACGGTGTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGTTGTTATAGCCAGGTTtggtgttggtgtt > 2:3859712/1‑140 (MQ=17)
cagtgttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCCGCTTTGGGGTTGATGTCAt > 2:4347751/3‑141 (MQ=255)
gtgttgtggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGc < 1:1712934/141‑1 (MQ=255)
gttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCg < 1:3295936/141‑1 (MQ=255)
gttagggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCg < 1:3039276/141‑1 (MQ=255)
tatggtgttatAGACGGTTTTGATGTTGAGGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGTGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGtt < 2:2797019/141‑1 (MQ=255)
atggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTa < 1:3182248/141‑1 (MQ=255)
ggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGAGTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCTGTGTTTTGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGTGGTTCTGCGGTTACg > 2:2353535/1‑141 (MQ=17)
gtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGa > 1:4265773/1‑141 (MQ=255)
tgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTG‑TTTGACGTTGACGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGAt > 1:3229103/1‑141 (MQ=21)
ccGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTGTATGata > 1:1770739/1‑141 (MQ=255)
ccGGTTTGATGTTGAGGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGata < 1:2284167/141‑1 (MQ=255)
gTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtgt < 1:3597861/141‑1 (MQ=255)
ttgatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATCGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGCTCAGATTCTATGATCggttg > 2:2751455/1‑141 (MQ=18)
gatgttgattCCATGTTACTTTTATGTGCTGGTGCTAAGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATgttgtt < 1:967435/141‑1 (MQ=255)
gatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGACTCGCTGATCTgttgtt > 2:907595/1‑141 (MQ=255)
gatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGAGGGTACTACGATGCTACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATgttgtt > 1:1916510/1‑141 (MQ=255)
atgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTCCGATAGGACGTGTTGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATATCATGCCGTTACGATTCTATGATAtgttgtag > 2:4305702/1‑139 (MQ=21)
atgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGttgttg > 2:3091920/1‑141 (MQ=255)
|
GATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATG‑TGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTG > USA300TCH1516_ALE/2211165‑2211445
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
