Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F58 I0 R1
|
35 |
61.1 |
1410250 |
95.0% |
1339737 |
139.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,211,305 |
A→G |
24.9% |
intergenic (+298/+515) |
USA300HOU_RS11275 → / ← yidC |
hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,211,305 | 0 | A | G | 24.9%
| 88.3
/ 11.1
| 63 | intergenic (+298/+515) | USA300HOU_RS11275/yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/23); new base G (11/5); total (33/30) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTT > USA300TCH1516_ALE/2211168‑2211444
|
ggtggtttGCTGTGTTGTGGTGTTGTAGTCGGGGCTGGGTTAGATGTCATGTTACTGTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatg < 2:536415/134‑1 (MQ=11)
ggggcggtGCGGTGGTGTGGTGTTGTTGGGGGGTTTGGGGGGGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatg < 2:552875/133‑1 (MQ=14)
gCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttg > 1:534980/1‑140 (MQ=255)
aTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTGCTTTGATGTGCTGGTACTACGATGCGGCTTGGTGTAGTGCTATGGTGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTGGTGGCCGGGgtggtgttgat > 2:639717/1‑140 (MQ=11)
aTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTATTTTGATGTGCTGGTACTACGATGCGGCTTGCTGTAGTGCTATGGTGTGGCGTCGCGGTGAGATGGTGTTATAGGCGGGTttggtggtgag > 2:452432/1‑139 (MQ=11)
gCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCAGGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTGTGGGCTGGTttggtgaggatggc > 2:601889/1‑138 (MQ=14)
gCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGCGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGTCCGTTTTTGTGTTGATGcc > 2:364763/1‑140 (MQ=14)
cGGTGTTGTGGTGTTATAGACAGGTCTGGCGTTGAGGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCGCGACGCGAGTTGATGTAGCGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTAGGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCa < 1:615616/140‑1 (MQ=18)
cGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCa > 1:244314/1‑140 (MQ=255)
ggtgttatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCCACGAGGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACTGAGttggtgttgatgtaat > 2:177484/1‑136 (MQ=11)
tgttatggtgttgtAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGt < 1:112634/140‑1 (MQ=255)
tatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTAc > 1:343239/1‑140 (MQ=255)
ggtgttatCGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCGTGTTAGttt > 1:408861/1‑140 (MQ=17)
gACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTCCCACGATGCGCCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGCTGTTGATGCCATGTTTCTTTGATGTGCTg > 1:125740/1‑140 (MQ=255)
aCAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACGTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTGCTTTGATGTGCTgg > 1:212685/1‑140 (MQ=255)
gTTTGGGGGTCATGCCAGGTCACCTTGTTGTGCTGGTCCCATGACGCGCCTGGATGTAGTGCGATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCt < 2:244314/140‑1 (MQ=14)
gTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCGATGTTACTTTTATGTGCTGGTGCTACGATGc > 1:474748/1‑140 (MQ=255)
gTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGCTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGc > 1:516468/1‑140 (MQ=255)
gATGCCATGTTACTTTGCTGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGTGTGGATGTCCTGTGAGTGTGATGTGCTGGTGCTACGATgagag > 2:306305/1‑139 (MQ=14)
gATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTGCGATGCGAc > 1:573527/1‑140 (MQ=255)
gATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGGGTTATGGTGTTATAGACCAGTTTCGGGTTGATGTCACGCTATTTCGATTTTCTGATGTTGCGGTGGGAc > 2:670080/1‑140 (MQ=14)
gATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCAATGATGTGGAATTGCGGTGTTATGGGGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGGGCTACGATgggga > 1:19011/1‑136 (MQ=14)
gtcATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTg < 1:178221/138‑1 (MQ=255)
gCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATCGACCGGCGTGGTGTTGTGGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGGGACGTg > 1:226486/1‑140 (MQ=14)
cATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGAt < 2:319764/140‑1 (MQ=255)
tGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGCTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGGGTTGATGCCGTGTCGTTTTGATGCGCTGGTGCTATGTTGCgacgtgacgt > 2:546497/1‑140 (MQ=14)
aCTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGGTGGTGCTACGATGCGACTTGATgtggtg > 1:585727/1‑140 (MQ=255)
ttGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGTCTTGCTGTAGTGCTa > 1:436525/1‑140 (MQ=255)
gATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTatg > 1:451594/1‑140 (MQ=255)
tgtgCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTAGGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGGTGTGTTGCTatgat > 1:285045/1‑140 (MQ=255)
tgCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGTGTTGATGCGATGTTAGTTTGATGTGCTGGGGCTACGACGCGACGTGATGTAGTGCTATGAtgt > 2:327636/1‑140 (MQ=11)
cTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGGGTTGATGCCATGCTAACAACTGGTTCGGGTGCTCCGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGAtgtag > 2:312806/1‑138 (MQ=11)
cTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCCGGTTTGGTGTTGCTGTGCTGCTGGTCTGATGTGCTGGTGTTGCGATGCGACGTGGTGTCGTGCTATGAtctgc > 2:139396/1‑139 (MQ=14)
ggTACCACGGTGCGTCTTGGTGTAGTGTCATGGTGTGGCATTGCGGCGTTATGGTGTTATAGACCGGTCTGGCGTTCATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCg < 2:590899/140‑1 (MQ=11)
gttccACGATGCGTCTTGGTGTAGTGCTATGATGTGGCCTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGt < 2:626093/137‑1 (MQ=11)
aCCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTg > 1:506937/1‑140 (MQ=255)
ccACGATGCGACTTTATGTAGGGTTATGATGTTGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTgc < 1:201264/140‑1 (MQ=255)
cACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTGCTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGGCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTgcg > 1:146183/1‑140 (MQ=255)
cACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTgtg > 1:179259/1‑138 (MQ=255)
cACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTgcg > 1:101097/1‑140 (MQ=255)
attaTGCGACTGGATGTAGTGCTGTGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTgcgc < 1:186364/137‑1 (MQ=255)
aCGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTgcgc < 1:616596/140‑1 (MQ=255)
cGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGGTGCGCt > 1:115458/1‑140 (MQ=255)
ttttgctttGATGGAGTGCTATGATGTGGCATTGGGTTGTTATGGTGTTATAGACGGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGt < 1:104624/133‑1 (MQ=14)
aTGTGACTTGATGTATTGTTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGAGCGGTTTGATGTAGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGt < 1:402911/140‑1 (MQ=17)
aTGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCGACGATGCGACGTGATGTCGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGt > 2:619037/1‑140 (MQ=11)
tGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGtt > 1:186648/1‑140 (MQ=255)
tGCGACGTGATGGAGTGCTAGGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGtt < 1:241043/140‑1 (MQ=255)
tcGACTTCGTGTAGTGCTATGGGGTTGCCTTGCTGTTTTGTGGTGTTGTTGTGCGGGTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTa < 2:158038/139‑1 (MQ=17)
gtgttttGGTGTAGTGCTAGGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTGTAGTCCGGGTTGGTGGTGATGCCATGTTACTTTCATGTGCTGGTGCGACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTa < 2:356849/135‑1 (MQ=14)
gCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTTGCAGTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTa < 1:416487/140‑1 (MQ=255)
cGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTATGATGTGCTGGTGCTACGATGGGACGTGGTGTAGTGCTATGAGGCGGCGTTGCGCTGTTAt > 2:566330/1‑140 (MQ=17)
cTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGgt < 1:392541/140‑1 (MQ=255)
tGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTCGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCGACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTtat < 1:215582/140‑1 (MQ=255)
tGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGTTGCGTGGTGACTACCAGGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCa < 1:327636/140‑1 (MQ=17)
atgatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGGCCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGtt < 1:417160/140‑1 (MQ=255)
tttgGTATTGTGGCGTTGTGGTGTTGTTATGCGGGTTGTGGGTGATGCCATGGTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGgt < 2:590929/138‑1 (MQ=14)
tgtgGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTGACTTTGATGTGATGGTGGGACGAGGCGACGTGATGTAGTGCTGTGATGTGGCGTTGAGCTGATATGGTGTTATGGCCGGGTTgggg > 2:394096/1‑139 (MQ=14)
tgGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGATGTTATGGTGTGACAGGCAGGTGTGgggt > 2:66834/1‑140 (MQ=17)
cgctgttgtgttgtggtgttgtTGACGGGGCTGGGGGTGATGCCATGCTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGa < 1:62771/133‑1 (MQ=17)
gCGGTGTTATGGTGTGAGAGTCCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTGTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTc < 1:243132/140‑1 (MQ=255)
ggtgttatggtgttatTGGGCGGTTTGTTGGTGATGCCATGTTCCTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTGATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCAt < 2:363748/140‑1 (MQ=18)
ttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGAGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCg < 1:444930/140‑1 (MQ=255)
tgatgctgttgtGGGCCGGTGTGGTGTTGAGGCCATGTTACTTGGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCg < 2:285045/138‑1 (MQ=18)
tggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGAGGTCATGCCGTTa > 2:157362/1‑140 (MQ=255)
tggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGGTGCGACTTGGTGTAGTGCTATGATGTGGCGTGGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTGTGGTGTGGGTGTCGTgttacta > 2:392579/1‑134 (MQ=11)
gtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACg < 1:639717/140‑1 (MQ=255)
gtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACg < 1:102936/140‑1 (MQ=255)
gtgttatAGACCGGTCTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACg < 1:452432/140‑1 (MQ=255)
aCCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTGTGATGTGCTCGTGCTCCACCGCGACCTTATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGa < 1:511186/140‑1 (MQ=25)
tgatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGCTTCTATGATAtgttg > 1:195291/1‑140 (MQ=255)
tgatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTCTGATAtgttg > 1:287638/1‑140 (MQ=255)
tgatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtgttg > 1:200848/1‑140 (MQ=255)
gatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtgttgt > 1:176016/1‑140 (MQ=255)
gatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtgttgt > 1:648738/1‑140 (MQ=255)
atgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATgttgtt > 1:574068/1‑140 (MQ=255)
|
GTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTT > USA300TCH1516_ALE/2211168‑2211444
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
