Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F40 I1 R1
|
29 |
30.2 |
1007882 |
98.6% |
993771 |
143.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,722,492 |
C→A |
T847K (ACG→AAG) |
pka → |
protein lysine acetyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,722,492 | 0 | C | A | 100.0%
| 89.4
/ NA
| 26 | T847K (ACG→AAG) | pka | protein lysine acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (16/10); total (16/10) |
CGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTACGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGTTGATATCCAGCTCGAAGAGGGGATCGTTGGGCTTACGCTAAATCTTGCCCAGCGCGAGGAATCATGAGTAAGGTACTGGAAATGTTG > NC_000913/2722355‑2722633
|
cGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAAc > 6:71001/1‑148 (MQ=255)
aTAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTgg < 5:71001/148‑1 (MQ=255)
tttGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGc > 3:3229/1‑146 (MQ=255)
gTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGtt > 1:110706/1‑149 (MQ=255)
gTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGt > 5:1260/1‑148 (MQ=255)
gTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGt < 6:1260/148‑1 (MQ=255)
gCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGCCGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAAc > 1:81661/1‑149 (MQ=255)
cTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTgg > 6:90653/1‑114 (MQ=255)
cTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTgg < 5:90653/114‑1 (MQ=255)
tCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCCCGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGt > 3:114959/1‑149 (MQ=255)
tCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGt > 3:114958/1‑149 (MQ=255)
ggATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATTGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGt < 4:3229/147‑1 (MQ=255)
gATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGTTGa < 2:110706/149‑1 (MQ=255)
aaaGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGTTGATATc > 6:67953/1‑147 (MQ=255)
aaaGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGTTGATATc > 4:66978/1‑147 (MQ=255)
cTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGCTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACCACGTCTGCATGGTCTTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCCAGCCCGCAAGCTCGGGTGCAACGCTGATATCCAGCTCGAAGCgg < 4:52764/149‑1 (MQ=255)
cGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGTTGATATCCAGCTCGAAGAGGGGATCGt > 1:72115/1‑149 (MQ=255)
ttACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGTTGATATCCAGCTCGAAGAGGGGATCGTTGGGCTTACGCTAAATCTTGcc > 2:23266/1‑149 (MQ=255)
taCGCGAGATCACTGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGTTGATATCCAGCTCGAAGAGGGGATCGTTGGGCTTACGCTAAATCTTGCCCAgcg < 4:114958/147‑1 (MQ=255)
taCGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGTTGATATCCAGCTCGAAGAGGGGATCGTTGGGCTTACGCTAAATCTTGCCCAgcg < 4:114959/147‑1 (MQ=255)
gcgAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGTTGATATCCAGCTCGAAGAGGGGATCGTTGGGCTTACGCTAAATCTTGCCCAGCGCGAgg < 3:66978/149‑1 (MQ=255)
gcgAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGTTGATATCCAGCTCGAAGAGGGGATCGTTGGGCTTACGCTAAATCTTGCCCAGCGCGAg > 5:78637/1‑148 (MQ=255)
gcgAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGTTGATATCCAGCTCGAAGAGGGGATCGTTGGGCTTACCCTAAATCTTGCCACGCGCGAg > 8:29160/1‑148 (MQ=255)
gagaTCACGGACTACAACGTATGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCTCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGGTGATATCCAGCTCGAAGATGGGATCGTTGGGCTTACGCTAAATCTTGCGAAGCGCGAGGaa > 8:76492/1‑149 (MQ=255)
tGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGTTGATATCCAGCTCGAAGAGGGGATCGTTGGGCTTACGCTAAATCTTGCCCAGCGCGAGGAATCATGAGTAAGGTACTGGaaa > 4:65097/1‑149 (MQ=255)
gTATTAAGATGCCAAACAATCGAGGCATGGTCGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTCTAACGGTGATATCCAGCTCGAAGAGGGGATCGTTGGGCTTACGCTAAATCTTGCCCAGCGCGAGGAAGCATGAGTAAGGTACTGGAAATGTTg < 7:104287/148‑1 (MQ=255)
|
CGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTACGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGTTGATATCCAGCTCGAAGAGGGGATCGTTGGGCTTACGCTAAATCTTGCCCAGCGCGAGGAATCATGAGTAAGGTACTGGAAATGTTG > NC_000913/2722355‑2722633
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTACGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGTTGATATCCAGCTCGAAGAGGGGATCGTTGGGCTTACGCTAAATCTTGCCCAGCGCGAGGAATCATGAGTAAGGTACTGGAAATGTTGA > NC_000913/2722362‑2722634
|
GATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGC < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21403:6937:5219/150‑1 (MQ=60)
ATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCC > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:11103:14030:3542/1‑148 (MQ=60)
GGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTT > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21206:5557:3694/1‑151 (MQ=60)
GGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTT > NB501016:228:HFK2FAFXY:3:11401:15088:13627/1‑150 (MQ=60)
CGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGCCGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACG > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:21103:9997:16933/1‑151 (MQ=60)
GCTCGGATCTCAACGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGC < NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21502:24887:15625/116‑1 (MQ=60)
GTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGTT > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21312:2959:19295/1‑151 (MQ=60)
CTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCCCGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGTT > NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21312:2948:19301/1‑151 (MQ=60)
TCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGTTGATATCCAGCTCGAAGAGGGGATCGTT > NB501016:228:HFK2FAFXY:1:11311:24228:5386/1‑151 (MQ=60)
CGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGTTGATATCCAGCTCGAAGAGGGGATCGTTGGGCTTACGCTAAATCTTGCCCAGCGCGAGGA < NB501016:228:HFK2FAFXY:2:21106:11573:17346/151‑1 (MQ=60)
CGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTAAGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGTTGATATCCAGCTCGAAGAGGGGATCGTTGGGCTTACGCTAAATCTTGCCCAGCGCGAGG > NB501016:228:HFK2FAFXY:3:21407:22938:14476/1‑150 (MQ=60)
GGTATTAAGATGCCAAACAATCGAGGCATGGTCGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTCTAACGGTGATATCCAGCTCGAAGAGGGGATCGTTGGGCTTACGCTAAATCTTGCCCAGCGCGAGGAAGCATGAGTAAGGTACTGGAAATGTTGA < NB501016:228:HFK2FAFXY:4:21608:21494:18751/150‑1 (MQ=60)
|
GATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACCTATACGCGAGATCACGGACTACAACGTCTGAATGGTATTACGATGCCAAACAATCGTGGCATGGTGGCGCTAGCCCGCAAGCTCGGGTTTAACGTTGATATCCAGCTCGAAGAGGGGATCGTTGGGCTTACGCTAAATCTTGCCCAGCGCGAGGAATCATGAGTAAGGTACTGGAAATGTTGA > NC_000913/2722362‑2722634
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
