Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1357 |
179.3 |
9500450 |
96.1% |
9129932 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,713,746 |
C→T |
P56P (CCG→CCA) |
pdxY ← |
pyridoxal kinase 2 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,713,746 | 0 | C | T | 95.5%
| 415.0
/ 2.5
| 132 | P56P (CCG→CCA) | pdxY | pyridoxal kinase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/1); new base T (80/46); total (85/47) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.21e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CGATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGCGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGCGGCG > NC_000913/1713656‑1713835
|
cgATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGggtgg > 1:3139693/1‑93 (MQ=255)
gATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGggtggc > 2:1955330/1‑93 (MQ=255)
gATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGggtggc > 1:2668214/1‑93 (MQ=255)
aTCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCa > 1:1071612/1‑93 (MQ=255)
tCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCAt > 2:1504130/1‑93 (MQ=255)
cAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCAc > 2:1971689/1‑93 (MQ=255)
aGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGGTGGGTGGCATCACg > 2:157861/1‑93 (MQ=255)
aGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACg > 2:1937674/1‑93 (MQ=255)
gATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGTGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGc > 2:2773966/1‑93 (MQ=255)
gATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGc > 2:2668694/1‑93 (MQ=255)
aGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGc < 2:3938064/93‑1 (MQ=255)
aGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGGTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGc > 2:4207367/1‑93 (MQ=255)
gCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGcc > 1:4028985/1‑93 (MQ=255)
gCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGcc > 2:1083779/1‑93 (MQ=255)
gCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGcc > 2:3383642/1‑93 (MQ=255)
gCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGcc > 1:2220717/1‑93 (MQ=255)
ccACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCa < 1:3130294/93‑1 (MQ=255)
aCTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGt > 2:3510827/1‑93 (MQ=255)
cTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTc < 1:1019476/93‑1 (MQ=255)
cTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGCGGCATCACGCAGACAGTc > 1:3829530/1‑93 (MQ=255)
cTTAATACGGCATCACAGGTATGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTc < 2:76159/93‑1 (MQ=255)
ttAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTcc > 1:2319772/1‑93 (MQ=255)
tAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCa < 1:3030809/93‑1 (MQ=255)
tAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCa > 1:1478298/1‑93 (MQ=255)
aaTACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCAt > 2:270027/1‑93 (MQ=255)
tACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCAttt > 2:4689287/1‑93 (MQ=255)
tACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGCGGCATCACGCAGCCAGTCCAttt > 1:810781/1‑93 (MQ=255)
aCGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTg > 2:4137828/1‑93 (MQ=255)
ggCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGcc > 1:2428783/1‑93 (MQ=255)
ggCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGCGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGcc < 1:2776361/93‑1 (MQ=255)
gCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCg > 1:4750173/1‑93 (MQ=255)
aTCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTa < 2:4390271/93‑1 (MQ=255)
aTCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTa < 1:1924223/93‑1 (MQ=255)
tCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCGATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTAt > 2:788485/1‑93 (MQ=255)
tCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTAt < 1:2818246/93‑1 (MQ=255)
tCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTAt < 2:2831004/93‑1 (MQ=255)
cacaGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTGCATTTGCCGTAtt > 1:822321/1‑93 (MQ=255)
cacaGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTAtt < 1:1177282/93‑1 (MQ=255)
cacaGGAGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTAtt > 2:3381729/1‑93 (MQ=255)
acaGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTg > 2:1001662/1‑93 (MQ=255)
caGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTgg > 2:2888745/1‑93 (MQ=255)
aGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTggg < 1:1920911/93‑1 (MQ=255)
ggTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGgt > 1:3057705/1‑93 (MQ=255)
gtgtgtAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGgtg > 1:4358796/1‑93 (MQ=255)
tgtAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGa > 2:2908302/1‑93 (MQ=255)
tgtAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGa > 1:42030/1‑93 (MQ=255)
tgtAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGa > 2:1508346/1‑93 (MQ=255)
gtAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGAt < 1:4306218/93‑1 (MQ=255)
gtAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCAGCACGCAGCCAGTCCAGTTGCCGTATCGTGTGCGAt > 1:3542193/1‑93 (MQ=255)
tAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGAtt > 2:2345052/1‑93 (MQ=255)
cAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAAtt > 2:2551693/1‑93 (MQ=255)
cAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAAtt < 2:1828020/93‑1 (MQ=255)
aaTGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTg > 2:1344633/1‑93 (MQ=255)
aTGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAAttta > 1:4070157/1‑91 (MQ=255)
ggcggcAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGaag > 1:874380/1‑92 (MQ=255)
ggcggcAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAAc > 2:4075599/1‑93 (MQ=255)
ggcggcAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAAc < 1:2844144/93‑1 (MQ=255)
ggcggcAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAAc > 1:649606/1‑93 (MQ=255)
ggcggcAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAAc < 2:1906257/93‑1 (MQ=255)
gcggcAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACg < 2:4122943/93‑1 (MQ=255)
gcggcAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACg < 2:4493281/93‑1 (MQ=255)
cgtcAATGCCTCGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACgg < 2:2135233/90‑1 (MQ=255)
gcAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGgtg > 1:1487966/1‑93 (MQ=255)
gcAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGgtg > 2:2492381/1‑93 (MQ=255)
cAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGgtgt < 2:1260184/93‑1 (MQ=255)
aaTGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGtt > 2:47708/1‑93 (MQ=255)
aTGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTc < 1:3304269/93‑1 (MQ=255)
aTGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTc < 1:4485036/93‑1 (MQ=255)
tGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCa < 1:2696137/93‑1 (MQ=255)
gCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAg > 2:678841/1‑93 (MQ=255)
cTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCg > 1:4064234/1‑93 (MQ=255)
cTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCg > 1:2580775/1‑93 (MQ=255)
cTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCg > 2:3132425/1‑93 (MQ=255)
ttGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCgg > 1:3356171/1‑93 (MQ=255)
ttGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCgg > 2:368586/1‑93 (MQ=255)
ttGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGACAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCgg > 1:3113083/1‑93 (MQ=255)
gCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTTAACGGTGTTCAGCGGcc > 1:408360/1‑93 (MQ=255)
cacaATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCa > 1:3860015/1‑93 (MQ=255)
cacaATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCa < 1:2131445/93‑1 (MQ=255)
acaATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAg > 2:1013909/1‑93 (MQ=255)
acaATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAg > 1:2346876/1‑93 (MQ=255)
aaTTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGAc < 2:2920051/93‑1 (MQ=255)
aaTTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGAc > 1:1708339/1‑93 (MQ=255)
aaTTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGAc < 2:3458445/93‑1 (MQ=255)
tCGGTTAAATGGCTGTGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGTTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTc < 2:2672870/93‑1 (MQ=255)
tCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTc > 2:4490362/1‑93 (MQ=255)
tCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTc < 2:3341155/93‑1 (MQ=255)
tCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTc < 1:1609675/93‑1 (MQ=255)
ttAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCgcgc > 2:534941/1‑93 (MQ=255)
ttAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGAGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCgcgc > 1:1455623/1‑93 (MQ=255)
tAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGcc > 1:3327643/1‑93 (MQ=255)
aTGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCGATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAg < 2:2545300/93‑1 (MQ=255)
tGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAgg < 1:4263795/93‑1 (MQ=255)
ggCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAggc > 1:614027/1‑93 (MQ=255)
ggCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAggc > 2:3094644/1‑93 (MQ=255)
ggCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAggc > 1:4660133/1‑93 (MQ=255)
cTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAggcgg > 2:3805974/1‑93 (MQ=255)
cTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAggcgg < 2:604608/93‑1 (MQ=255)
cTGGGCGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAggcgc > 1:3866410/1‑92 (MQ=255)
gggCGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGCGTTCACCGGCCAGACGTTCGCGCCCCGgcggcg > 2:4006147/1‑93 (MQ=255)
|
CGATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGCGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGCGGCG > NC_000913/1713656‑1713835
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGCCGATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGCGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGCGGCGC > NC_000913/1713653‑1713836
|
CGCCGATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGG > SRR4302544.3122063/1‑94 (MQ=60)
CCGATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGG > SRR4302544.3169528/1‑94 (MQ=60)
CGATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGC > SRR4302544.2693792/1‑94 (MQ=60)
GATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCA > SRR4302544.1082262/1‑94 (MQ=60)
CCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCA > SRR4302544.598144/1‑94 (MQ=60)
CCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCA > SRR4302544.1534222/1‑94 (MQ=60)
AGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCC > SRR4302544.4069115/1‑94 (MQ=60)
AGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCC > SRR4302544.2241607/1‑94 (MQ=60)
AGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGGGGCATCACGCAGCA > SRR4302544.4069116/1‑94 (MQ=60)
CCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAG < SRR4302544.3160035/94‑1 (MQ=60)
CACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGT > SRR4302544.935929/1‑94 (MQ=60)
ACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGCGGCATCACGCAGACAGTC > SRR4302544.3867504/1‑94 (MQ=60)
CTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCC < SRR4302544.1029656/94‑1 (MQ=60)
CTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCC > SRR4302544.2341740/1‑94 (MQ=60)
TTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCA > SRR4302544.1492911/1‑94 (MQ=60)
TAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCAT < SRR4302544.3059847/94‑1 (MQ=60)
ATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGCGGCATCACGCAGCCAGTCCATTT > SRR4302544.818688/1‑94 (MQ=60)
CGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCC > SRR4302544.3885173/1‑94 (MQ=60)
CGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCC > SRR4302544.2451900/1‑94 (MQ=60)
GGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCG > SRR4302544.4796955/1‑94 (MQ=60)
GGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGCGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCG < SRR4302544.2803064/94‑1 (MQ=60)
ATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTAT < SRR4302544.2194736/94‑1 (MQ=60)
ATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTAT < SRR4302544.1942835/94‑1 (MQ=60)
TCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTGCATTTGCCGTATT > SRR4302544.830360/1‑94 (MQ=60)
TCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATT < SRR4302544.2845458/94‑1 (MQ=60)
TCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATT < SRR4302544.2997118/94‑1 (MQ=60)
TCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTACATTTGCCGTATT < SRR4302544.4120716/94‑1 (MQ=60)
CACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTG < SRR4302544.1189018/94‑1 (MQ=60)
AGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGT > SRR4302544.3086890/1‑94 (MQ=60)
AGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGT < SRR4302544.1939480/94‑1 (MQ=60)
GGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTG > SRR4302544.4403035/1‑94 (MQ=60)
GTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGA > SRR4302544.42443/1‑94 (MQ=60)
TGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCAGCACGCAGCCAGTCCAGTTGCCGTATcgtgtgcgat > SRR4302544.3576108/1‑84 (MQ=60)
GTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATT < SRR4302544.4350128/94‑1 (MQ=60)
TATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGGGTGATTAGAAAA > SRR4302544.1334229/1‑94 (MQ=60)
AATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTTA > SRR4302544.4110666/1‑94 (MQ=60)
AATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTACATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGA > SRR4302544.824820/1‑94 (MQ=60)
TGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAAG > SRR4302544.883056/1‑94 (MQ=60)
TGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAAC > SRR4302544.656027/1‑94 (MQ=60)
GGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACG < SRR4302544.2871605/94‑1 (MQ=60)
GGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTG > SRR4302544.1502674/1‑94 (MQ=60)
AATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTC > SRR4302544.2685230/1‑94 (MQ=60)
ATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCA < SRR4302544.3335742/94‑1 (MQ=60)
ATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCA < SRR4302544.3335741/94‑1 (MQ=60)
ATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCA < SRR4302544.4530096/94‑1 (MQ=60)
TGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAG < SRR4302544.2722021/94‑1 (MQ=60)
TGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAG < SRR4302544.2722020/94‑1 (MQ=60)
CCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCG > SRR4302544.4104704/1‑94 (MQ=60)
CCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCG > SRR4302544.2605578/1‑94 (MQ=60)
CTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGG > SRR4302544.3388199/1‑94 (MQ=60)
CTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGG > SRR4302544.3142699/1‑94 (MQ=60)
CTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGACAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGG > SRR4302544.3142698/1‑94 (MQ=60)
TGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTTAACGGTGTTCAGCGGCC > SRR4302544.412513/1‑94 (MQ=60)
GCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCA > SRR4302544.3898335/1‑94 (MQ=60)
CACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAG > SRR4302544.2369110/1‑94 (MQ=60)
CACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAG < SRR4302544.2151851/94‑1 (MQ=60)
CAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGAC > SRR4302544.1725171/1‑94 (MQ=60)
CAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGAC < SRR4302544.4685047/94‑1 (MQ=60)
TCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCG < SRR4302544.1625543/94‑1 (MQ=60)
GGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCG > SRR4302544.2352155/1‑94 (MQ=60)
GTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGAGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGC > SRR4302544.1470080/1‑94 (MQ=60)
TTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCC > SRR4302544.3359332/1‑94 (MQ=60)
AAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCA > SRR4302544.1863126/1‑94 (MQ=60)
TGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGC > SRR4302544.4706231/1‑94 (MQ=60)
TGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGC > SRR4302544.620049/1‑94 (MQ=60)
TGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGC < SRR4302544.4307290/94‑1 (MQ=60)
TGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGC < SRR4302544.4307289/94‑1 (MQ=60)
GCTGGGCGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGCGC > SRR4302544.3904802/1‑94 (MQ=60)
CTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGCGGC > SRR4302544.3511968/1‑94 (MQ=60)
GGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGCGGCGC > SRR4302544.582942/1‑94 (MQ=60)
|
CGCCGATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGCGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGCGGCGC > NC_000913/1713653‑1713836
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
