Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1475 |
266.7 |
13469680 |
98.2% |
13227225 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,713,746 |
C→T |
P56P (CCG→CCA) |
pdxY ← |
pyridoxal kinase 2 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,713,746 | 0 | C | T | 100.0%
| 733.4
/ NA
| 205 | P56P (CCG→CCA) | pdxY | pyridoxal kinase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (95/110); total (95/110) |
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
CGATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGCGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGCGGCG > NC_000913/1713656‑1713835
|
cgATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGggtgg > 1:5605191/1‑93 (MQ=255)
gATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGggtggc > 2:3568708/1‑93 (MQ=255)
gATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGggtggc > 2:365931/1‑93 (MQ=255)
gATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGggtggc > 1:3793130/1‑93 (MQ=255)
aTCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCa > 1:6293833/1‑93 (MQ=255)
aTCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCa < 2:3271187/93‑1 (MQ=255)
cccAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATc < 1:2248852/93‑1 (MQ=255)
aGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACg > 2:5446187/1‑93 (MQ=255)
gATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGc > 1:5510206/1‑93 (MQ=255)
aGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGc > 2:3500562/1‑93 (MQ=255)
aGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGc > 1:241345/1‑93 (MQ=255)
gCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGcc > 2:3231202/1‑93 (MQ=255)
gCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGcc < 2:5861769/93‑1 (MQ=255)
gCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGcc < 1:3100284/93‑1 (MQ=255)
ccACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCa < 1:5275834/93‑1 (MQ=255)
cACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAg < 2:2511094/93‑1 (MQ=255)
aCTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGt < 1:5907630/93‑1 (MQ=255)
tAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCa < 1:5026961/93‑1 (MQ=255)
aaTACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCAt > 1:4646875/1‑93 (MQ=255)
aaTACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCAt < 2:5297763/93‑1 (MQ=255)
aaTACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCAt > 2:906521/1‑93 (MQ=255)
aaTACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCAt < 2:5746474/93‑1 (MQ=255)
aaTACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCAt < 2:5958411/93‑1 (MQ=255)
aaTACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCAt > 1:2542218/1‑93 (MQ=255)
aTACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCAtt < 1:3621750/93‑1 (MQ=255)
aTACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCAtt < 2:1270953/93‑1 (MQ=255)
aTACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCAtt < 2:4813572/93‑1 (MQ=255)
aTACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCAtt < 1:2763337/93‑1 (MQ=255)
aTACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCAtt < 1:6660638/93‑1 (MQ=255)
aTACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCAtt > 2:4194994/1‑93 (MQ=255)
tgcGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCAttt < 2:559745/91‑1 (MQ=255)
tACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCAttt < 1:4841550/93‑1 (MQ=255)
cGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGc < 2:5608190/93‑1 (MQ=255)
ggCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCCGTTAAATGGCTGGGTGGCATAACGCAGCCAGTCCATTTGcc > 1:4310867/1‑93 (MQ=255)
gCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCg > 1:5716073/1‑93 (MQ=255)
aTCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTa > 2:4514484/1‑93 (MQ=255)
aTCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTa < 1:2635407/93‑1 (MQ=255)
tCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTAt < 1:5813398/93‑1 (MQ=255)
cacaGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCCCAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTAtt > 1:1970397/1‑93 (MQ=255)
acaGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTg < 2:2841305/93‑1 (MQ=255)
aGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTggg < 1:1364193/93‑1 (MQ=255)
aGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTggg > 2:858142/1‑93 (MQ=255)
ggTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTTCCGTATTGGgt > 2:3001728/1‑93 (MQ=255)
ggTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGgt > 1:3444270/1‑93 (MQ=255)
ggTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGgt > 2:2111788/1‑93 (MQ=255)
gtgtgtAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGgtg > 1:6054312/1‑93 (MQ=255)
gtgtgtAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGgtg > 1:1561311/1‑93 (MQ=255)
tgtgtAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGgtgt > 1:6473807/1‑93 (MQ=255)
tgtgtAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGgtgt < 1:327293/93‑1 (MQ=255)
tgtgtAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGgtgt < 2:6263589/93‑1 (MQ=255)
tgtgtAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGgtgt > 2:2396858/1‑93 (MQ=255)
tgtgtAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGgtgt < 1:183733/93‑1 (MQ=255)
tgtAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGa < 2:6237572/93‑1 (MQ=255)
gtAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGAt < 1:442565/93‑1 (MQ=255)
aaTTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTa > 2:2427347/1‑93 (MQ=255)
ttATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGaa < 1:5202724/93‑1 (MQ=255)
tATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGaaa < 2:6440316/93‑1 (MQ=255)
aTCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGaaaa < 1:1006164/93‑1 (MQ=255)
tCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAAt < 2:1205047/93‑1 (MQ=255)
cAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCCTTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAAtt > 2:1831156/1‑93 (MQ=255)
cAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAAtt > 2:1891663/1‑93 (MQ=255)
aTGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGa > 1:1202929/1‑93 (MQ=255)
aTGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGa > 1:841771/1‑93 (MQ=255)
aTGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGa > 2:1653033/1‑93 (MQ=255)
tGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGaa < 2:3429107/93‑1 (MQ=255)
ggcAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGgt < 2:2707418/93‑1 (MQ=255)
cAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGgtgt < 2:2600962/93‑1 (MQ=255)
cAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGgtgt < 1:2878966/93‑1 (MQ=255)
cAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGgtgt < 2:6187509/93‑1 (MQ=255)
cAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGgtgt < 2:5721877/93‑1 (MQ=255)
aaTGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGtt > 2:3051895/1‑93 (MQ=255)
aaTGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGtt < 1:2065245/93‑1 (MQ=255)
aTGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTc > 2:4422650/1‑93 (MQ=255)
tGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCa < 2:484079/93‑1 (MQ=255)
tGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCGGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCa < 2:2896682/93‑1 (MQ=255)
gCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAg > 1:4773485/1‑93 (MQ=255)
ttGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCgg < 1:4251886/93‑1 (MQ=255)
gCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGcc < 2:1198862/93‑1 (MQ=255)
gCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGcc > 2:1756350/1‑93 (MQ=255)
cacaATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCa > 1:2998064/1‑93 (MQ=255)
cacaATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCa > 2:3598702/1‑93 (MQ=255)
cacaATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCa < 1:2486294/93‑1 (MQ=255)
caATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGa < 2:755198/93‑1 (MQ=255)
aaTTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGAc > 2:3848883/1‑93 (MQ=255)
aTTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACg > 2:4002498/1‑93 (MQ=255)
aTTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACg > 2:4613803/1‑93 (MQ=255)
tttCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGt < 1:3521645/93‑1 (MQ=255)
tCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTc < 1:1301516/93‑1 (MQ=255)
ggTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTcgc > 1:6092368/1‑93 (MQ=255)
ggTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTcgc < 2:5035534/93‑1 (MQ=255)
gTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTcgcg > 1:5132433/1‑93 (MQ=255)
gTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTcgcg > 2:2164059/1‑93 (MQ=255)
aaaTGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGccc < 2:1509167/93‑1 (MQ=255)
aaaTGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGccc < 2:5161167/93‑1 (MQ=255)
aaTGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCa > 1:4491607/1‑93 (MQ=255)
aaTGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCa < 2:3108701/93‑1 (MQ=255)
ggCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAggc > 2:732666/1‑93 (MQ=255)
gCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAggcg < 1:1422113/93‑1 (MQ=255)
cTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAggcgg < 2:220856/93‑1 (MQ=255)
gggTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGgcggcg > 2:456991/1‑93 (MQ=255)
|
CGATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGCGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGCGGCG > NC_000913/1713656‑1713835
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCGATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGCGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGCGGCGCATC > NC_000913/1713655‑1713839
|
CCGATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGG > SRR4302536.5771741/1‑94 (MQ=60)
CCGAGCCCAGATAGGCACTGAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGG < SRR4302536.1382377/94‑1 (MQ=60)
CAGATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGG < SRR4302536.2335469/94‑1 (MQ=60)
CGATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGC > SRR4302536.3906289/1‑94 (MQ=60)
GATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCA > SRR4302536.6481333/1‑94 (MQ=60)
ATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCAT < SRR4302536.2379179/94‑1 (MQ=60)
CCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCA < SRR4302536.1379472/94‑1 (MQ=60)
CCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCA > SRR4302536.1733901/1‑94 (MQ=60)
CCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCA < SRR4302536.5907154/94‑1 (MQ=60)
CCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCA < SRR4302536.2316927/94‑1 (MQ=60)
CCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCAC > SRR4302536.2093262/1‑94 (MQ=60)
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ATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAAT < SRR4302536.4718325/94‑1 (MQ=60)
ATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAAT < SRR4302536.1481184/94‑1 (MQ=60)
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AATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGA > SRR4302536.1239080/1‑94 (MQ=60)
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CAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTT > SRR4302536.6251840/1‑94 (MQ=60)
CAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTT < SRR4302536.1206000/94‑1 (MQ=60)
CAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTT < SRR4302536.2963942/94‑1 (MQ=60)
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TTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGC < SRR4302536.4378558/94‑1 (MQ=60)
TGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCC > SRR4302536.4403978/1‑94 (MQ=60)
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CGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGC > SRR4302536.6274046/1‑94 (MQ=60)
CGGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGC < SRR4302536.2732246/94‑1 (MQ=60)
GGTTAAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCG > SRR4302536.5285716/1‑94 (MQ=60)
AAATGGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCA > SRR4302536.4626465/1‑94 (MQ=60)
AAATGGCTGGGTGCCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCA < SRR4302536.1455612/94‑1 (MQ=60)
TGGCTGGGTGGCATCACGCAGCTAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGC < SRR4302536.3108703/94‑1 (MQ=60)
GGCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGCG > SRR4302536.4557212/1‑94 (MQ=60)
GCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGCGG < SRR4302536.345883/94‑1 (MQ=60)
GCTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGCGG < SRR4302536.1464379/94‑1 (MQ=60)
CTGGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGCGGC < SRR4302536.3100212/94‑1 (MQ=60)
GGGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGGGTGATTAGAAAATTGAACGGAGATCAGCGGCCAGACGATAGCCCCCAGGCGGCGC > SRR4302536.63903/1‑94 (MQ=60)
GGTGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGCGGCGCA < SRR4302536.366939/94‑1 (MQ=60)
TGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGCGGCGCATC > SRR4302536.3614317/1‑94 (MQ=60)
|
CCGATCCCAGATAGCCACTTAATACGGCATCACAGGTGTGTAATTTATCAATGGCGGCAATGCCTTGCACAATTTCGGTTAAATGGCTGGGCGGCATCACGCAGCCAGTCCATTTGCCGTATTGGGTGTGATTAGAAAATTGAACGGTGTTCAGCGGCCAGACGTTCGCGCCCAGGCGGCGCATC > NC_000913/1713655‑1713839
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
