Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1357 |
179.3 |
9500450 |
96.1% |
9129932 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,723,269 |
G→A |
P130S (CCA→TCA) |
b1647 ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,723,269 | 0 | G | A | 100.0%
| 438.6
/ NA
| 123 | P130S (CCA→TCA) | b1647 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (55/68); total (55/68) |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
AGTTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGGTCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGTG > NC_000913/1723179‑1723357
|
aGTTCGATCCGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCCTCCATTAACGGGACTGATc > 2:1934143/1‑93 (MQ=255)
aGTTCGATACGCCAAAACGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATc > 2:4554288/1‑93 (MQ=255)
tCGATACGCCAAATTGCCGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCTGCATCCATTAGCGGGTCTGATCGGt < 2:855043/93‑1 (MQ=255)
tCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGt < 1:3527502/93‑1 (MQ=255)
tCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGt < 1:1694081/93‑1 (MQ=255)
cGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTg < 1:2593302/93‑1 (MQ=255)
taTACGCAAAAATGACGCTCTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTgg < 2:858461/92‑1 (MQ=255)
gATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTgg > 2:273658/1‑93 (MQ=255)
gATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTgg > 2:1969932/1‑93 (MQ=255)
tACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGTTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGAt > 2:3012343/1‑93 (MQ=255)
aCGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGAtt > 2:2073974/1‑93 (MQ=255)
aCGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGAtt > 1:3014972/1‑93 (MQ=255)
cGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTa > 2:771755/1‑93 (MQ=255)
cGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTa > 2:2917248/1‑93 (MQ=255)
ccAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAAc > 2:2525798/1‑93 (MQ=255)
ccAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAAc > 2:1122797/1‑93 (MQ=255)
cAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACa > 2:3061428/1‑93 (MQ=255)
cAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACa > 1:2567820/1‑93 (MQ=255)
cAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACa > 2:3708256/1‑93 (MQ=255)
cAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACa < 1:847342/93‑1 (MQ=255)
cAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACa > 1:1727292/1‑93 (MQ=255)
cAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACa < 2:2020809/93‑1 (MQ=255)
aaaaTGACACCCTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAg < 1:1993894/93‑1 (MQ=255)
aaTGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGAGTAACAGCa > 2:4221717/1‑93 (MQ=255)
aaTGACGCACTTTGCCGCTCTGACGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCa < 2:2631024/93‑1 (MQ=255)
aTGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCaa > 1:1891353/1‑93 (MQ=255)
aTGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCaa > 2:4468265/1‑93 (MQ=255)
aTGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCaa > 1:3726208/1‑93 (MQ=255)
tGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCaaa > 1:1042322/1‑93 (MQ=255)
tGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCaaa < 1:2520135/93‑1 (MQ=255)
aCGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATc > 2:545640/1‑93 (MQ=255)
cGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATcc < 1:1450759/93‑1 (MQ=255)
cGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATcc < 1:263067/93‑1 (MQ=255)
cGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATcc < 1:166426/93‑1 (MQ=255)
aCTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAga > 2:2387401/1‑93 (MQ=255)
aCTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAga > 2:2346281/1‑93 (MQ=255)
aCTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGGGGATTAACTGCAAATCCAga > 2:2387402/1‑93 (MQ=255)
cTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAgat < 2:193394/93‑1 (MQ=255)
tttGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATACAgatg > 1:826900/1‑93 (MQ=255)
ttGGCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAgatga < 2:1164581/93‑1 (MQ=255)
ttGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAgatga < 1:4302436/93‑1 (MQ=255)
ttGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAgatga < 2:3580537/93‑1 (MQ=255)
ttGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAgatga < 2:3437206/93‑1 (MQ=255)
ttGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAgatga < 1:3553034/93‑1 (MQ=255)
ttGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAgatga < 1:3004786/93‑1 (MQ=255)
gCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATc < 2:1525679/93‑1 (MQ=255)
ccGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCg > 1:251008/1‑93 (MQ=255)
ccGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCg > 1:4513196/1‑93 (MQ=255)
ctctGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTc < 2:537155/93‑1 (MQ=255)
tctGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTcg > 1:608323/1‑93 (MQ=255)
ctGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTcgc > 1:2450310/1‑93 (MQ=255)
tGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTcgcg < 2:2148836/93‑1 (MQ=255)
gATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCga < 2:739892/93‑1 (MQ=255)
gATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCga < 2:138018/93‑1 (MQ=255)
cAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGatt > 1:1308738/1‑93 (MQ=255)
gATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGattaa > 2:2046288/1‑93 (MQ=255)
aTGTTTGAACCCGGCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACTGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGattaat < 2:1537702/93‑1 (MQ=255)
tGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGattaatt < 2:410862/93‑1 (MQ=255)
tGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGattaatt > 1:4400450/1‑93 (MQ=255)
gTTTGAACGCGTCCGACACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGattaatta < 1:1244240/93‑1 (MQ=255)
tttGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGCTTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGGATAATTAg > 2:1158748/1‑93 (MQ=255)
tttGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAg > 1:1260230/1‑93 (MQ=255)
aaCGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGAc < 1:4456658/93‑1 (MQ=255)
aaCGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGAc > 2:4738834/1‑93 (MQ=255)
cgcgTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTg < 1:401607/93‑1 (MQ=255)
gcgTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGt < 2:425760/93‑1 (MQ=255)
gTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTc > 1:3801973/1‑93 (MQ=255)
tCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCg < 1:243667/93‑1 (MQ=255)
tCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCg > 1:2260039/1‑93 (MQ=255)
tCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCg > 1:4149226/1‑93 (MQ=255)
tCCGCCAATTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCg > 2:1635790/1‑93 (MQ=255)
cGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGgc < 1:4086120/93‑1 (MQ=255)
gCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGgcg > 2:2824587/1‑93 (MQ=255)
ccACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGgcgc < 1:3131264/93‑1 (MQ=255)
aCTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGctc > 2:912543/1‑93 (MQ=255)
aCTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGctc < 1:1187088/93‑1 (MQ=255)
aCTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGctc > 1:1407687/1‑93 (MQ=255)
cTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGctct < 1:4372559/93‑1 (MQ=255)
ttCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCtt < 2:3269270/93‑1 (MQ=255)
ttCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCtt > 1:527477/1‑93 (MQ=255)
tCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCCTa < 2:3231690/93‑1 (MQ=255)
cATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTaa < 2:3583155/93‑1 (MQ=255)
cATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTaa > 1:3110283/1‑93 (MQ=255)
cGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAatga < 1:2440891/93‑1 (MQ=255)
ggCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATAGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGAGCTCTTaataat > 2:578198/1‑93 (MQ=255)
cATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGAtgt < 1:4542295/93‑1 (MQ=255)
tCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGa < 2:4527344/93‑1 (MQ=255)
tCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGa > 2:4348903/1‑93 (MQ=255)
ccATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGAt < 2:2419639/93‑1 (MQ=255)
cATTAACGGGTCTGATCGGTGGAATAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATc < 2:2611455/93‑1 (MQ=255)
aTTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATcg > 2:601171/1‑93 (MQ=255)
aTTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTAGGCGCTCTTAATGATGTGATcg < 1:276515/93‑1 (MQ=255)
ttAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATcgc > 2:640237/1‑93 (MQ=255)
tAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATcgcg > 1:2766807/1‑93 (MQ=255)
aCGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGt > 1:2332896/1‑93 (MQ=255)
aCGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGt < 1:1416041/93‑1 (MQ=255)
gcgTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCa < 1:2208707/91‑1 (MQ=255)
ggTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAg < 2:4243275/93‑1 (MQ=255)
gTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCCCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGt < 1:783169/93‑1 (MQ=255)
tCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGTg < 1:4605397/93‑1 (MQ=255)
|
AGTTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGGTCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGTG > NC_000913/1723179‑1723357
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TAAAGTTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGGTCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGTGATG > NC_000913/1723176‑1723360
|
TAAAGTTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGA < SRR4302544.2133910/94‑1 (MQ=60)
AAGTTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATC < SRR4302544.3311854/94‑1 (MQ=60)
AAGTTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATC < SRR4302544.249273/94‑1 (MQ=60)
TCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTG < SRR4302544.3561219/94‑1 (MQ=60)
TCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTG < SRR4302544.1710798/94‑1 (MQ=60)
CGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGG < SRR4302544.2618247/94‑1 (MQ=60)
GATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGA < SRR4302544.3407722/94‑1 (MQ=60)
TACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATT > SRR4302544.3043872/1‑94 (MQ=60)
TACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATT > SRR4302544.4516318/1‑94 (MQ=60)
CCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACA > SRR4302544.2592489/1‑94 (MQ=60)
CCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACA > SRR4302544.1744232/1‑94 (MQ=60)
CAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAG < SRR4302544.855711/94‑1 (MQ=60)
AAAATGACACCCTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGC < SRR4302544.2013253/94‑1 (MQ=60)
AATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAA > SRR4302544.3763262/1‑94 (MQ=60)
AATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAA > SRR4302544.1909624/1‑94 (MQ=60)
ATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAA > SRR4302544.1052660/1‑94 (MQ=60)
TGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAAT > SRR4302544.565887/1‑94 (MQ=60)
TGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAAT < SRR4302544.2544346/94‑1 (MQ=60)
GACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATC < SRR4302544.96941/94‑1 (MQ=60)
GACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATC > SRR4302544.2921986/1‑94 (MQ=60)
CGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCA < SRR4302544.265850/94‑1 (MQ=60)
CGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCA < SRR4302544.1465176/94‑1 (MQ=60)
CGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCA < SRR4302544.168060/94‑1 (MQ=60)
GCAGTTTGCCGCTCTGAGGCAGATGTCTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAG < SRR4302544.2632460/94‑1 (MQ=60)
CACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGA > SRR4302544.439810/1‑94 (MQ=60)
CTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATACAGATG > SRR4302544.835016/1‑94 (MQ=60)
TTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGAT < SRR4302544.3587071/94‑1 (MQ=60)
TTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGAT < SRR4302544.3033590/94‑1 (MQ=60)
TTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGAT < SRR4302544.4346325/94‑1 (MQ=60)
GCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCG > SRR4302544.253647/1‑94 (MQ=60)
GCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCG > SRR4302544.4558413/1‑94 (MQ=60)
CTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCG > SRR4302544.614293/1‑94 (MQ=60)
CTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCG > SRR4302544.394896/1‑94 (MQ=60)
TCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGC > SRR4302544.2473685/1‑94 (MQ=60)
TGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGAT < SRR4302544.2330191/94‑1 (MQ=60)
GCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATT > SRR4302544.1321604/1‑94 (MQ=60)
ATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATT > SRR4302544.4444921/1‑94 (MQ=60)
GTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAG > SRR4302544.1272626/1‑94 (MQ=60)
GTTTGAACGCGTCCGACACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAG < SRR4302544.1256508/94‑1 (MQ=60)
AACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACT > SRR4302544.1475532/1‑94 (MQ=60)
AACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACT < SRR4302544.4501536/94‑1 (MQ=60)
CGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGT < SRR4302544.405688/94‑1 (MQ=60)
CGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTC > SRR4302544.3839638/1‑94 (MQ=60)
GTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCG > SRR4302544.4190309/1‑94 (MQ=60)
GTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCG > SRR4302544.2281299/1‑94 (MQ=60)
GTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCG < SRR4302544.2012776/94‑1 (MQ=60)
TCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGG < SRR4302544.2487235/94‑1 (MQ=60)
TCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGG < SRR4302544.246205/94‑1 (MQ=60)
CGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCG < SRR4302544.4126759/94‑1 (MQ=60)
CCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCT < SRR4302544.3161013/94‑1 (MQ=60)
CACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTC > SRR4302544.1421702/1‑94 (MQ=60)
ACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCT < SRR4302544.1198879/94‑1 (MQ=60)
CTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTT < SRR4302544.4416887/94‑1 (MQ=60)
CTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTT > SRR4302544.532710/1‑94 (MQ=60)
TCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAA > SRR4302544.3139878/1‑94 (MQ=60)
CGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGAT < SRR4302544.2464168/94‑1 (MQ=60)
CATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTG < SRR4302544.4587684/94‑1 (MQ=60)
ATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTAGGCGCTCTTAATGATGTGATCGC < SRR4302544.279411/94‑1 (MQ=60)
TTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCG > SRR4302544.2793414/1‑94 (MQ=60)
AACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGT > SRR4302544.2355015/1‑94 (MQ=60)
ACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTC < SRR4302544.1430140/94‑1 (MQ=60)
GCGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAG < SRR4302544.2229494/94‑1 (MQ=60)
GTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGTG < SRR4302544.1292459/94‑1 (MQ=60)
GTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCCCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGTG < SRR4302544.790753/94‑1 (MQ=60)
TCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGTGA < SRR4302544.4651158/94‑1 (MQ=60)
CTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGTGAT > SRR4302544.3895676/1‑94 (MQ=60)
TGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATTGCGGTCAGTGATG > SRR4302544.3955500/1‑94 (MQ=60)
TGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGTGATG > SRR4302544.4466659/1‑94 (MQ=60)
TGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGTGATG > SRR4302544.207877/1‑94 (MQ=60)
|
TAAAGTTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGGTCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGTGATG > NC_000913/1723176‑1723360
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
