Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1475 |
266.7 |
13469680 |
98.2% |
13227225 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,723,269 |
G→A |
P130S (CCA→TCA) |
b1647 ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,723,269 | 0 | G | A | 100.0%
| 906.3
/ NA
| 243 | P130S (CCA→TCA) | b1647 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (110/133); total (110/133) |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
AGTTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGGTCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGTGA > NC_000913/1723179‑1723358
|
aGTTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATc > 1:1635511/1‑93 (MQ=255)
ttCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCgg < 1:5044801/93‑1 (MQ=255)
ttCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCgg < 1:379255/93‑1 (MQ=255)
tCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGt > 1:985291/1‑93 (MQ=255)
tCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGt < 2:2553253/93‑1 (MQ=255)
gATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTgg > 2:5675343/1‑93 (MQ=255)
aTACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGa > 1:1150123/1‑93 (MQ=255)
aTACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGa < 2:4745025/93‑1 (MQ=255)
aCGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGAtt > 1:2614773/1‑93 (MQ=255)
cGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTa > 1:5338227/1‑93 (MQ=255)
ccAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAAc < 1:4559549/93‑1 (MQ=255)
aaaaTGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAg > 1:4891957/1‑93 (MQ=255)
aaaTGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGCTCGGTGGATTAACAGc > 1:762718/1‑93 (MQ=255)
aaTGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCa > 2:2930211/1‑93 (MQ=255)
aaTGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCa > 2:229491/1‑93 (MQ=255)
aTGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCaa > 2:4484115/1‑93 (MQ=255)
aTGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCaa < 1:2833823/93‑1 (MQ=255)
aTGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCaa > 1:116508/1‑93 (MQ=255)
aCGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATc > 2:1793424/1‑93 (MQ=255)
aCGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATc > 2:597552/1‑93 (MQ=255)
ccTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAga < 1:2455590/92‑1 (MQ=255)
aCTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAga > 2:2742766/1‑93 (MQ=255)
aCTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAga > 1:1039037/1‑93 (MQ=255)
aCTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAga > 2:4256481/1‑93 (MQ=255)
aCTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAga > 2:697619/1‑93 (MQ=255)
aCTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAga > 1:3226141/1‑93 (MQ=255)
aCTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAga > 1:2655203/1‑93 (MQ=255)
cTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAgat > 1:5632450/1‑93 (MQ=255)
tttGCCGCTGTGATGCAAATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTACCGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAgatg < 1:1103566/93‑1 (MQ=255)
tGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAgatgat < 1:1305800/93‑1 (MQ=255)
ccGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCg > 1:5968519/1‑93 (MQ=255)
ccGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCg < 2:471433/93‑1 (MQ=255)
gCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGt > 2:4308570/1‑93 (MQ=255)
gCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGt > 1:3018795/1‑93 (MQ=255)
tctGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTcg > 1:4250605/1‑93 (MQ=255)
ctGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTcgc < 2:5542668/93‑1 (MQ=255)
ctGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTcgc > 2:1153831/1‑93 (MQ=255)
tGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTcgcg > 1:4374791/1‑93 (MQ=255)
aTGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCgag > 1:2259322/1‑93 (MQ=255)
tGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCgaga > 2:1598386/1‑93 (MQ=255)
gCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGat < 2:5581447/93‑1 (MQ=255)
gATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGattaa > 2:2467637/1‑93 (MQ=255)
aTGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGattaat > 2:3259067/1‑93 (MQ=255)
gTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGattaatta < 1:694188/93‑1 (MQ=255)
gTTGGAGCGCGTCGGCCACTGCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGattaatta < 2:4405568/93‑1 (MQ=255)
tGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCg < 1:4182467/93‑1 (MQ=255)
gaccgcgCCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGa < 1:6351796/90‑1 (MQ=255)
aaCGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGAc < 2:173745/93‑1 (MQ=255)
aCGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACt > 2:4524852/1‑93 (MQ=255)
gcgTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGt < 1:6664910/93‑1 (MQ=255)
ccgTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGt < 1:3439492/92‑1 (MQ=255)
tCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCg < 2:3692542/93‑1 (MQ=255)
ccGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCgg < 2:1549091/93‑1 (MQ=255)
gCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGgcg > 2:3905912/1‑93 (MQ=255)
aCTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGctc < 2:2037639/93‑1 (MQ=255)
cTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGctct > 1:5395386/1‑93 (MQ=255)
cTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGctct < 1:5923475/93‑1 (MQ=255)
cTTCAGCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGctct < 2:3816121/93‑1 (MQ=255)
ttCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCtt > 2:2902916/1‑93 (MQ=255)
ttCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCtt < 2:5184878/93‑1 (MQ=255)
taTCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTaa < 2:1181396/92‑1 (MQ=255)
cATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTaa > 2:533023/1‑93 (MQ=255)
cATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTaa > 2:5274485/1‑93 (MQ=255)
cATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTaa < 2:1381890/93‑1 (MQ=255)
cATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTaa < 1:35776/93‑1 (MQ=255)
cATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTaa < 1:4797641/93‑1 (MQ=255)
aTCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAat > 2:5870005/1‑93 (MQ=255)
aTCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAat < 2:3323448/93‑1 (MQ=255)
cGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAatga < 1:3149148/93‑1 (MQ=255)
cGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAatga < 2:5718374/93‑1 (MQ=255)
ggCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAatgat < 2:3484077/93‑1 (MQ=255)
gCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAatgatg > 1:3910595/1‑93 (MQ=255)
cATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGAtgt < 2:6376692/93‑1 (MQ=255)
aTCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGAtgtg > 2:507732/1‑93 (MQ=255)
tCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGa > 1:2551194/1‑93 (MQ=255)
tCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGa > 2:2262005/1‑93 (MQ=255)
tCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGa < 2:6555634/93‑1 (MQ=255)
ccATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGAt < 2:261473/93‑1 (MQ=255)
ccATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGAt > 1:1869955/1‑93 (MQ=255)
ccATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGAt < 1:3371083/93‑1 (MQ=255)
cATTAACGGGTCTGATCGGTTGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATc < 1:2222571/93‑1 (MQ=255)
cATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATc < 2:66318/93‑1 (MQ=255)
cATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATc < 1:2917411/93‑1 (MQ=255)
ttAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATcgc > 1:5592986/1‑93 (MQ=255)
aaCGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCgg < 1:1011134/93‑1 (MQ=255)
aaCGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCgg < 1:863565/93‑1 (MQ=255)
aaCGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCgg > 2:4617725/1‑93 (MQ=255)
aCGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGACGCTCTTAATGATGTGATCGCGGt > 1:6588956/1‑93 (MQ=255)
gggTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCa > 1:6215153/1‑93 (MQ=255)
gggTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCa > 1:4920549/1‑93 (MQ=255)
gggTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGGCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATCATGTGATCGCGGTcg > 2:3525913/1‑92 (MQ=255)
ggTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAg > 1:4755647/1‑93 (MQ=255)
gTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGt > 2:3122033/1‑93 (MQ=255)
gTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGt < 2:2122138/93‑1 (MQ=255)
gTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGt < 1:1222921/93‑1 (MQ=255)
gTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGt > 2:4099346/1‑93 (MQ=255)
gTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGt < 2:4645024/93‑1 (MQ=255)
gTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGt < 1:4485465/93‑1 (MQ=255)
cTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGTGa > 2:4843155/1‑93 (MQ=255)
cTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGTGa < 2:458816/93‑1 (MQ=255)
|
AGTTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGGTCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGTGA > NC_000913/1723179‑1723358
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AAAGTTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGGTCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAATGATGTGATCGCGGTCAGTGATGTA > NC_000913/1723177‑1723362
|
AAAGTTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGAT > SRR4302536.409650/1‑94 (MQ=60)
AAAGTTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGAT < SRR4302536.5113368/94‑1 (MQ=60)
AAGTTCTATACGCCAAAATGACGCCCTTTGTCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATC < SRR4302536.605161/94‑1 (MQ=60)
AAGTTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATC > SRR4302536.2688065/1‑94 (MQ=60)
AAGTTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATC > SRR4302536.741398/1‑94 (MQ=60)
AAGTTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATC > SRR4302536.1683134/1‑94 (MQ=60)
GTTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGG > SRR4302536.2833247/1‑94 (MQ=60)
TTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGT > SRR4302536.1014364/1‑94 (MQ=60)
TTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGT < SRR4302536.389246/94‑1 (MQ=60)
TTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGT < SRR4302536.6588822/94‑1 (MQ=60)
TTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGT > SRR4302536.69816/1‑94 (MQ=60)
TTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGT < SRR4302536.5195985/94‑1 (MQ=60)
TTCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGT < SRR4302536.1181677/94‑1 (MQ=60)
TCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTG < SRR4302536.3023841/94‑1 (MQ=60)
TCGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTG > SRR4302536.1319027/1‑94 (MQ=60)
CGATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGG < SRR4302536.1762838/94‑1 (MQ=60)
GATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGA > SRR4302536.4432214/1‑94 (MQ=60)
GATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGA > SRR4302536.1184731/1‑94 (MQ=60)
CATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGA < SRR4302536.2014073/94‑1 (MQ=60)
ATACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGAT < SRR4302536.3610053/94‑1 (MQ=60)
TACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATT > SRR4302536.2693227/1‑94 (MQ=60)
ACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTA < SRR4302536.2198059/94‑1 (MQ=60)
ACGCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTA > SRR4302536.5497703/1‑94 (MQ=60)
GCCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAAC > SRR4302536.4347043/1‑94 (MQ=60)
CCAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACA < SRR4302536.4696344/94‑1 (MQ=60)
CAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAG < SRR4302536.336031/94‑1 (MQ=60)
CAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAG > SRR4302536.3280320/1‑94 (MQ=60)
CAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAG < SRR4302536.6895132/94‑1 (MQ=60)
CAAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAG > SRR4302536.5039104/1‑94 (MQ=60)
AAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGCTCGGTGGATTAACAGC > SRR4302536.785081/1‑94 (MQ=60)
AAAATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGC < SRR4302536.3611541/94‑1 (MQ=60)
AATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAA > SRR4302536.119586/1‑94 (MQ=60)
AATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAA < SRR4302536.249233/94‑1 (MQ=60)
ATGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAA < SRR4302536.2917699/94‑1 (MQ=60)
TGACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAAT < SRR4302536.4807692/94‑1 (MQ=60)
ACGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCC > SRR4302536.497634/1‑94 (MQ=60)
CGCACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCA < SRR4302536.5653288/94‑1 (MQ=60)
CACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGA > SRR4302536.2734697/1‑94 (MQ=60)
CACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGA > SRR4302536.1069885/1‑94 (MQ=60)
CACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGA > SRR4302536.3320721/1‑94 (MQ=60)
cgTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGAT < SRR4302536.2968899/92‑1 (MQ=60)
CCTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGAT < SRR4302536.2529735/94‑1 (MQ=60)
CCTTTGCCGCTCTAATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGAT < SRR4302536.1400547/94‑1 (MQ=60)
ACTTTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGAT > SRR4302536.5799763/1‑94 (MQ=60)
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TTGCCTCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGAT < SRR4302536.4914476/94‑1 (MQ=60)
TTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGAT < SRR4302536.4115910/94‑1 (MQ=60)
TTGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGAT < SRR4302536.5135452/94‑1 (MQ=60)
TGCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATC < SRR4302536.1344784/94‑1 (MQ=60)
GCCGCTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCG > SRR4302536.6146410/1‑94 (MQ=60)
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CTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCG > SRR4302536.4377232/1‑94 (MQ=60)
CTCTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCG > SRR4302536.5471119/1‑94 (MQ=60)
CTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCG > SRR4302536.4505438/1‑94 (MQ=60)
CTGATGCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCG > SRR4302536.2725752/1‑94 (MQ=60)
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GCAGATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATT > SRR4302536.3407811/1‑94 (MQ=60)
GCAGATGTTGGACCGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATT < SRR4302536.3926916/94‑1 (MQ=60)
GATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTACCGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAAT < SRR4302536.1366469/94‑1 (MQ=60)
GATGTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAAT < SRR4302536.5934692/94‑1 (MQ=60)
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GTTTGAACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAG < SRR4302536.714470/94‑1 (MQ=60)
TTTGACCGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGC < SRR4302536.3886744/94‑1 (MQ=60)
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GACCGCGCCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGAC < SRR4302536.6541002/94‑1 (MQ=60)
ACGCGTCCGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTG < SRR4302536.636907/94‑1 (MQ=60)
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CGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCG > SRR4302536.116485/1‑94 (MQ=60)
CGCCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCG < SRR4302536.5036343/94‑1 (MQ=60)
CCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCT > SRR4302536.3124506/1‑94 (MQ=60)
CCACTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCT < SRR4302536.5785594/94‑1 (MQ=60)
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CTTCATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTT < SRR4302536.6099928/94‑1 (MQ=60)
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CATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAAT < SRR4302536.36783/94‑1 (MQ=60)
CATCGGCATCCATTAACGGGTCTGATCGGTGGATTAACAGCAAATCCAGATGATCGGTCGCGAGATTAATTAGCGACTGTTCGGCGCTCTTAAT < SRR4302536.4942044/94‑1 (MQ=60)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
