Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1357 |
179.3 |
9500450 |
96.1% |
9129932 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,776,008 |
T→C |
Y264Y (TAT→TAC) |
b1695 → |
putative oxidoreductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,776,008 | 0 | T | C | 98.2%
| 345.2
/ ‑2.9
| 111 | Y264Y (TAT→TAC) | b1695 | putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base C (63/46); total (63/48) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.85e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.29e-01 |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTATGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAA > NC_000913/1775918‑1776097
|
tgtgATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGc > 2:165773/1‑93 (MQ=255)
tgtgATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGc < 2:2167712/93‑1 (MQ=255)
tgATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGcca > 2:4514105/1‑93 (MQ=255)
gATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGccaa > 2:3594357/1‑93 (MQ=255)
aTGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGccaac > 1:62073/1‑93 (MQ=255)
gTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGccaacca > 2:2215464/1‑93 (MQ=255)
tACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGccaaccaa > 1:2533748/1‑93 (MQ=255)
aCAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCcaaccaac < 2:486392/93‑1 (MQ=255)
aCTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTa > 2:646258/1‑93 (MQ=255)
aCTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTa > 2:1285614/1‑93 (MQ=255)
gaTGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCttt < 2:2478864/93‑1 (MQ=255)
aTGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCtttt < 2:4291803/93‑1 (MQ=255)
aTGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCtttt > 2:1494845/1‑93 (MQ=255)
aTGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCtttt > 1:1334973/1‑93 (MQ=255)
aTGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCtttt > 2:3500158/1‑93 (MQ=255)
tGGAGCGTCTGCTCAACGCCGCGCGGAGCTCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTg < 2:3103678/93‑1 (MQ=38)
tGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTg > 2:2670223/1‑93 (MQ=255)
gAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGt < 2:683032/93‑1 (MQ=255)
gcgcCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTaa < 2:1011845/93‑1 (MQ=255)
gcgcCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTaa < 2:4128156/93‑1 (MQ=255)
cgcCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAg > 2:4340531/1‑93 (MQ=255)
cgcCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAg < 2:2176235/93‑1 (MQ=255)
gcCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGc < 2:4258688/93‑1 (MQ=255)
tGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCa < 1:3561210/93‑1 (MQ=255)
tGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCa > 2:4383183/1‑93 (MQ=255)
gATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCAt > 2:2616144/1‑93 (MQ=255)
gATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCAt > 1:3289579/1‑93 (MQ=255)
gATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCAt > 2:2105778/1‑93 (MQ=255)
aTCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAATATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCAtt > 1:4397054/1‑93 (MQ=255)
aTCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCAtt < 1:262587/93‑1 (MQ=255)
aTCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCAtt > 1:1376207/1‑93 (MQ=255)
aTCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCAtt < 1:4673397/93‑1 (MQ=255)
aTCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCAtt > 1:2085809/1‑93 (MQ=255)
aTCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCAtt < 2:4181716/93‑1 (MQ=255)
tCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTg > 1:2802486/1‑93 (MQ=255)
aaCGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGt > 1:1594202/1‑93 (MQ=255)
aCGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTc > 1:1296621/1‑93 (MQ=255)
aCGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTc > 2:2002679/1‑93 (MQ=255)
gccgcGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCAt > 1:3774834/1‑93 (MQ=255)
gccgcGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCAt > 1:3774835/1‑93 (MQ=255)
gccgcGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCAt < 1:2159289/93‑1 (MQ=255)
ccgcGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATa > 1:1829512/1‑93 (MQ=255)
ccgcGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATa < 1:1743001/93‑1 (MQ=255)
cgcgcgCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATaa > 1:1147913/1‑93 (MQ=255)
gcgcAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAAACa > 1:4377767/1‑93 (MQ=255)
gcagcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAga < 1:975445/93‑1 (MQ=255)
cagcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgat > 1:58740/1‑93 (MQ=255)
cagcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgat < 1:955711/93‑1 (MQ=255)
agcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgatg > 2:3807607/1‑93 (MQ=255)
agcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgatg < 1:3523768/93‑1 (MQ=255)
gcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgatga > 2:234526/1‑93 (MQ=255)
gaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgatgat < 1:785442/92‑1 (MQ=255)
caCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgatgat > 2:3841616/1‑93 (MQ=255)
ccGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATcc > 1:4587908/1‑93 (MQ=255)
ccGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATcc < 2:3320559/93‑1 (MQ=255)
ccGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATcc > 1:3507249/1‑93 (MQ=255)
cGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCa < 1:1519575/93‑1 (MQ=255)
ggCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAg > 1:1823716/1‑93 (MQ=255)
gCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAgg > 2:3521760/1‑93 (MQ=255)
gCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAgg > 1:2154569/1‑93 (MQ=255)
cTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGa < 1:3211428/93‑1 (MQ=255)
tttGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGaa < 1:3955249/93‑1 (MQ=255)
tGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGaaaa < 2:1164441/93‑1 (MQ=255)
gCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGaaaaa > 1:2504172/1‑93 (MQ=255)
cGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACt > 1:3246823/1‑93 (MQ=255)
gAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTg > 1:3301106/1‑93 (MQ=255)
gAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTg < 2:656943/93‑1 (MQ=255)
gAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTg < 1:2361645/93‑1 (MQ=255)
gAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTg > 1:4150298/1‑93 (MQ=255)
aaTGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTATGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTgg < 1:2329640/93‑1 (MQ=255)
aaTGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTATGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTgg < 1:2329641/93‑1 (MQ=255)
aaTGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTgg > 1:1985043/1‑93 (MQ=255)
aaTGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTgg > 2:4693767/1‑93 (MQ=255)
aTGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGACAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGgc > 2:1795216/1‑93 (MQ=255)
ctccTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCt < 1:1788467/91‑1 (MQ=255)
cgcCTTTGAAAATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTACCGCTTTTGGTAAGCCAATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCt < 2:1416175/93‑1 (MQ=255)
gcCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTg > 2:4437879/1‑93 (MQ=255)
gcCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTg > 1:2576769/1‑93 (MQ=255)
ccTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCACATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGa < 2:2927308/93‑1 (MQ=255)
cTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGAt < 1:1512782/93‑1 (MQ=255)
tttGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATg < 2:627553/93‑1 (MQ=255)
tGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGc < 1:33052/93‑1 (MQ=255)
aaaTGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCACATTGGTCATAATCAGATGATCCAGGAAAAAATGGCGCTGATGGCggt > 2:1508363/3‑91 (MQ=255)
aGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGCCGAt > 2:1508507/1‑93 (MQ=255)
gATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGAtt < 2:385806/93‑1 (MQ=255)
gATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCACTGATGGCGAta > 2:2502734/1‑92 (MQ=255)
tGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTaa > 1:2366040/1‑93 (MQ=255)
gccgccCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAg < 2:2925374/93‑1 (MQ=255)
ccgcccgcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGa > 2:2512241/1‑93 (MQ=255)
ccgcccgcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGa < 1:3156655/93‑1 (MQ=255)
cgcccgcTACACCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGAt < 2:1541195/93‑1 (MQ=255)
gcccgcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATc > 1:1566503/1‑93 (MQ=255)
gcccgcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATc > 1:1172252/1‑93 (MQ=255)
cccgcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCATGAAAAACTGGCGCTGATGGCGCTTAAGATCg > 2:2511316/1‑93 (MQ=255)
cccgcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCg < 1:3408216/93‑1 (MQ=255)
cccgcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCg > 2:1041320/1‑93 (MQ=255)
cccgaTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCg > 1:4698744/1‑93 (MQ=255)
ccgcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGa > 2:3077392/1‑93 (MQ=255)
cgcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGac < 1:1580958/93‑1 (MQ=255)
gcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGaca > 2:3166973/1‑93 (MQ=255)
|
TGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTATGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAA > NC_000913/1775918‑1776097
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CAATGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTATGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAACATG > NC_000913/1775915‑1776101
|
CAATGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTAC > SRR4302544.3779167/1‑94 (MQ=60)
CAATGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTAC < SRR4302544.1188350/94‑1 (MQ=60)
GATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAAC > SRR4302544.62706/1‑94 (MQ=60)
GTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAA > SRR4302544.2558087/1‑94 (MQ=60)
GATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTT > SRR4302544.1348130/1‑94 (MQ=60)
ATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTG < SRR4302544.2377914/94‑1 (MQ=60)
GCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGAAGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAC > SRR4302544.4358237/1‑94 (MQ=60)
CGCCTGATCAACGC‑‑CGCGCAGCACCCGCTTTGCCGCATGCGCCTTTGTAGATGCCGCGCGCTATGCCcaacaacacatcgcgctttgtaagagc > SRR4302544.38034/1‑67 (MQ=42)
TGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCAT < SRR4302544.3595351/94‑1 (MQ=60)
TGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCAT < SRR4302544.4035843/94‑1 (MQ=60)
TGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCAT > SRR4302544.3320924/1‑94 (MQ=60)
GATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAATATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATT > SRR4302544.4441509/1‑94 (MQ=60)
GATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATT > SRR4302544.1389931/1‑94 (MQ=60)
GATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATT > SRR4302544.2105874/1‑94 (MQ=60)
ATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTG < SRR4302544.4719584/94‑1 (MQ=60)
ATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTG > SRR4302544.2829499/1‑94 (MQ=60)
ATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTG > SRR4302544.2829498/1‑94 (MQ=60)
ATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTG < SRR4302544.265362/94‑1 (MQ=60)
CAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGT > SRR4302544.1609902/1‑94 (MQ=60)
AACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTC > SRR4302544.1309389/1‑94 (MQ=60)
CGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCAT > SRR4302544.3812244/1‑94 (MQ=60)
CGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCAT > SRR4302544.3812245/1‑94 (MQ=60)
GCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATA > SRR4302544.1847302/1‑94 (MQ=60)
GCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATA < SRR4302544.2179805/94‑1 (MQ=60)
CCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAA > SRR4302544.1159331/1‑94 (MQ=60)
CCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAA < SRR4302544.1760067/94‑1 (MQ=60)
CGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAAACA > SRR4302544.4422131/1‑94 (MQ=60)
GCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGAT < SRR4302544.985014/94‑1 (MQ=60)
GCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGAT > SRR4302544.59336/1‑94 (MQ=60)
CAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATG < SRR4302544.965104/94‑1 (MQ=60)
AGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGA < SRR4302544.3557431/94‑1 (MQ=60)
GACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATC < SRR4302544.793041/94‑1 (MQ=60)
ACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCC > SRR4302544.3540703/1‑94 (MQ=60)
ACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCC > SRR4302544.4633575/1‑94 (MQ=60)
CGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAG > SRR4302544.1841485/1‑94 (MQ=60)
CGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAG < SRR4302544.1534660/94‑1 (MQ=60)
GGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGG > SRR4302544.2175056/1‑94 (MQ=60)
CTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAA < SRR4302544.3242053/94‑1 (MQ=60)
TTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAA < SRR4302544.3994570/94‑1 (MQ=60)
TGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAA > SRR4302544.2528180/1‑94 (MQ=60)
CCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACT > SRR4302544.3277902/1‑94 (MQ=60)
CGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTG > SRR4302544.3332548/1‑94 (MQ=60)
CGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTG > SRR4302544.4191396/1‑94 (MQ=60)
GAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGG > SRR4302544.2004315/1‑94 (MQ=60)
GAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGG < SRR4302544.2384008/94‑1 (MQ=60)
AATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTATGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGC < SRR4302544.2351727/94‑1 (MQ=60)
AATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTATGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGC < SRR4302544.2351728/94‑1 (MQ=60)
CTCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTG < SRR4302544.1805946/94‑1 (MQ=60)
CGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTG > SRR4302544.2601522/1‑94 (MQ=60)
CTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATG < SRR4302544.1527774/94‑1 (MQ=60)
CTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATG < SRR4302544.3476399/94‑1 (MQ=60)
TGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCG < SRR4302544.33372/94‑1 (MQ=60)
ATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAA > SRR4302544.2388429/1‑94 (MQ=60)
ATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAA < SRR4302544.1887459/94‑1 (MQ=60)
CCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGAT < SRR4302544.3186681/94‑1 (MQ=60)
CGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATC < SRR4302544.1534784/94‑1 (MQ=60)
CGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATC > SRR4302544.1582031/1‑94 (MQ=60)
CGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATC > SRR4302544.1183944/1‑94 (MQ=60)
GCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAACACTTGCGCTGATGGCGATTAAGATCA > SRR4302544.597529/1‑94 (MQ=60)
GCCCGATACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCG > SRR4302544.4745121/1‑94 (MQ=60)
CCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGA < SRR4302544.3440805/94‑1 (MQ=60)
CGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACA < SRR4302544.1596581/94‑1 (MQ=60)
CTACGCCAACCCACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAAC > SRR4302544.3369148/1‑94 (MQ=60)
TACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAACA > SRR4302544.3927820/1‑94 (MQ=60)
CGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAACATG < SRR4302544.4695993/94‑1 (MQ=60)
CGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCACTGATGGCGATTAAGATCGACAACATG < SRR4302544.4771684/94‑1 (MQ=60)
|
CAATGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTATGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAACATG > NC_000913/1775915‑1776101
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
