Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1475 |
266.7 |
13469680 |
98.2% |
13227225 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,776,008 |
T→C |
Y264Y (TAT→TAC) |
b1695 → |
putative oxidoreductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,776,008 | 0 | T | C | 99.6%
| 795.6
/ ‑4.8
| 245 | Y264Y (TAT→TAC) | b1695 | putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (116/128); total (116/129) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.49e-01 |
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
TGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTATGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAA > NC_000913/1775918‑1776097
|
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gtgATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGcc > 1:3476983/1‑93 (MQ=255)
tgATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGcca > 1:4039898/1‑93 (MQ=255)
tgATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGcca > 2:4293854/1‑93 (MQ=255)
gATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGccaa > 2:2097240/1‑93 (MQ=255)
gATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGccaa > 2:3677927/1‑93 (MQ=255)
aTGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGccaac > 1:1745119/1‑93 (MQ=255)
aTGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGccaac < 1:4442887/93‑1 (MQ=255)
aTGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGccaac < 2:4637010/93‑1 (MQ=255)
tACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGccaaccaa < 1:3115929/93‑1 (MQ=255)
aCAACTTTGAGATGGAGCGCGTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCcaaccaac < 2:4439925/93‑1 (MQ=255)
aCAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCcaaccaac < 2:6389476/93‑1 (MQ=255)
aCAACTTTGAGATGGAGCGCCTGACCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCcaacaaac > 1:846928/1‑93 (MQ=255)
cAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACg > 2:2624339/1‑93 (MQ=255)
aaCTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGt < 1:3707553/93‑1 (MQ=255)
cTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTAt > 1:5387103/1‑93 (MQ=255)
cTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTAt < 2:2740768/93‑1 (MQ=255)
ttGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCg > 1:3365377/1‑93 (MQ=255)
gagaTGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCt < 1:6103007/93‑1 (MQ=255)
agaTGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCtt < 1:4360241/93‑1 (MQ=255)
agaTGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCtt < 2:3074712/93‑1 (MQ=255)
aTGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCtttt > 1:2552069/1‑93 (MQ=255)
aTGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCtttt < 2:6176965/93‑1 (MQ=255)
tGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTg < 1:3594481/93‑1 (MQ=255)
ggAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTgg > 1:1232789/1‑93 (MQ=255)
ggAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTgg > 2:5200421/1‑93 (MQ=255)
aGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTa < 2:140563/93‑1 (MQ=255)
gcgcCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTaa < 2:3588069/93‑1 (MQ=255)
gcgcCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTaa < 2:4932653/93‑1 (MQ=255)
gcCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGc > 2:2307350/1‑93 (MQ=255)
ccTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGcc > 1:975496/1‑93 (MQ=255)
cTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGccc > 1:1075994/1‑93 (MQ=255)
tGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCa > 1:4821732/1‑93 (MQ=255)
tGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCa > 1:4858510/1‑93 (MQ=255)
gATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCAt < 1:2689915/93‑1 (MQ=255)
gATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCAt > 1:631727/1‑93 (MQ=255)
aTCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCAtt < 2:3276797/93‑1 (MQ=255)
tCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTg > 2:6087146/1‑93 (MQ=255)
tCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTg > 2:5401644/1‑93 (MQ=255)
aaCGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGt > 1:4484398/1‑93 (MQ=255)
aaCGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGt < 2:615521/93‑1 (MQ=255)
aCGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTc > 2:6672329/1‑93 (MQ=255)
aCGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTc < 2:744814/93‑1 (MQ=255)
cgccgcGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCa < 1:3563005/93‑1 (MQ=255)
ccgcGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATa > 2:1546992/1‑93 (MQ=255)
cgcgcAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAAcc > 1:4374512/1‑93 (MQ=255)
gcgcAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCa < 2:6527167/93‑1 (MQ=255)
cgcAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAg < 1:5617520/93‑1 (MQ=255)
gcagcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAga > 1:619618/1‑93 (MQ=255)
gcagcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAga > 2:6631789/1‑93 (MQ=255)
gcagcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAga < 1:2812339/93‑1 (MQ=255)
cagcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgat < 2:6005458/93‑1 (MQ=255)
cagcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgat < 2:1475660/93‑1 (MQ=255)
agcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgatc < 1:6436585/93‑2 (MQ=255)
gcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgatga > 2:1114384/1‑93 (MQ=255)
gcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgatga < 1:2219517/93‑1 (MQ=255)
gcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgatga > 2:4540901/1‑93 (MQ=255)
gcaCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgatga < 1:3846996/93‑1 (MQ=255)
caCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgatgat > 1:4004633/1‑93 (MQ=255)
caCCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAgatgat > 2:6415576/1‑93 (MQ=255)
ccGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATcc < 1:5071652/93‑1 (MQ=255)
ccGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATcc > 2:5728090/1‑93 (MQ=255)
ggCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAg < 2:4162832/93‑1 (MQ=255)
cgCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAg < 2:712616/92‑1 (MQ=255)
tttGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGaa > 2:1211340/1‑93 (MQ=255)
tttGCCGAATGCGCCTTTGAAGATACCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGaa > 1:2094885/1‑93 (MQ=255)
ttGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGaaa < 1:1946216/93‑1 (MQ=255)
tGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGaaaa > 2:4826148/1‑93 (MQ=255)
tGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGaaaa > 1:287159/1‑93 (MQ=255)
gCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGaaaaa > 1:6636797/1‑93 (MQ=255)
ccGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAAc < 1:250254/93‑1 (MQ=255)
ccGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAAc < 1:3884870/93‑1 (MQ=255)
gAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTg > 2:5813720/1‑93 (MQ=255)
gAATGCGCCTTAGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAGCGTATGGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTg < 1:3779998/93‑1 (MQ=255)
aaTGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTgg < 2:3139635/93‑1 (MQ=255)
aTGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGgc > 2:2851473/1‑93 (MQ=255)
tGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGgcg > 2:3996462/1‑93 (MQ=255)
tGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGgcg > 2:3377173/1‑93 (MQ=255)
tGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGgcg > 2:1761550/1‑93 (MQ=255)
gcgcCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGgcgc < 1:238094/93‑1 (MQ=255)
cgcCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCGATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCt < 1:670395/93‑1 (MQ=255)
cgcCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCt < 2:5274681/93‑1 (MQ=255)
ccTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGa < 1:5268727/93‑1 (MQ=255)
cTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGAt < 2:4350125/93‑1 (MQ=255)
cTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGAt < 1:4722678/93‑1 (MQ=255)
cTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGAt > 1:5516615/1‑93 (MQ=255)
cTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGAt > 1:5967146/1‑93 (MQ=255)
tttGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATg < 1:1931251/93‑1 (MQ=255)
aaGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGa < 1:5775213/93‑1 (MQ=255)
aGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGAt > 1:4301767/1‑93 (MQ=255)
aGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGAt > 2:1841123/1‑93 (MQ=255)
agccgccCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTaa < 2:3971115/92‑1 (MQ=255)
gccgccCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAg < 1:3923717/93‑1 (MQ=255)
gccgccCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAg < 1:6253223/93‑1 (MQ=255)
ccgcccgcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGa < 2:498644/93‑1 (MQ=255)
cgcccgcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGAt < 1:1820857/93‑1 (MQ=255)
gcccgcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGGGCTGATGGCGATTAAGATc > 1:166082/1‑93 (MQ=255)
ccgcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGa < 1:6732621/93‑1 (MQ=255)
gcTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGaca > 2:1887309/1‑93 (MQ=255)
cTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGacaa < 1:1510203/93‑1 (MQ=255)
|
TGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTATGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAA > NC_000913/1775918‑1776097
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CAATGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTATGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAACATG > NC_000913/1775915‑1776101
|
CAATGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTAC < SRR4302536.345783/94‑1 (MQ=60)
CAATGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTAC > SRR4302536.4927177/1‑94 (MQ=60)
AATGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGGAGATGCCGCCCGCTACG > SRR4302536.5320838/1‑94 (MQ=60)
AATGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACG < SRR4302536.4239151/94‑1 (MQ=60)
AATGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACG < SRR4302536.2506710/94‑1 (MQ=60)
AATGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGACCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCTCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACG < SRR4302536.6566030/94‑1 (MQ=60)
ATGTGATGGACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGGCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATTGGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGC > SRR4302536.1795756/1‑94 (MQ=60)
TGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCC > SRR4302536.6046778/1‑94 (MQ=60)
TGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCC > SRR4302536.3580623/1‑94 (MQ=60)
GTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCA > SRR4302536.4533476/1‑94 (MQ=60)
GTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCA > SRR4302536.4159675/1‑94 (MQ=60)
GATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAAC > SRR4302536.1795772/1‑94 (MQ=60)
ATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACC < SRR4302536.4576293/94‑1 (MQ=60)
ATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACC > SRR4302536.3585549/1‑94 (MQ=60)
TACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAAC < SRR4302536.5615588/94‑1 (MQ=60)
TACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAAC < SRR4302536.3206957/94‑1 (MQ=60)
TACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGACCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACAAAC > SRR4302536.871835/1‑94 (MQ=60)
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ACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACG > SRR4302536.2508081/1‑94 (MQ=60)
AACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTA < SRR4302536.3818391/94‑1 (MQ=60)
ACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTAT < SRR4302536.954245/94‑1 (MQ=60)
ACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTAT > SRR4302536.5547884/1‑94 (MQ=60)
TTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCG > SRR4302536.3465345/1‑94 (MQ=60)
TTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCG > SRR4302536.5361908/1‑94 (MQ=60)
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TGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGG < SRR4302536.3701975/94‑1 (MQ=60)
TGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGG > SRR4302536.1269812/1‑94 (MQ=60)
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TGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCAT > SRR4302536.2630526/1‑94 (MQ=60)
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GCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGAC < SRR4302536.3961525/94‑1 (MQ=60)
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ACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCC > SRR4302536.3836084/1‑94 (MQ=60)
cgtGCTTTGCAGAAGGCGCCTTTAAAGATGCCGCCCGCTACGCAAACCAGCGTCTCGCTTTTGGAAAGCCCATTGGTCATAACCAGATCATCCA < SRR4302536.569235/91‑1 (MQ=47)
CCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCA < SRR4302536.5223489/94‑1 (MQ=60)
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CCGGCTTTGCCGAATGCCCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCA < SRR4302536.3737808/94‑1 (MQ=60)
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ATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCG > SRR4302536.291099/1‑94 (MQ=60)
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ATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCG < SRR4302536.6870810/94‑1 (MQ=60)
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AAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGAT < SRR4302536.5947058/94‑1 (MQ=60)
AAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGAT > SRR4302536.4430385/1‑94 (MQ=60)
AAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGAT < SRR4302536.4408938/94‑1 (MQ=60)
AAGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTAATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGAT > SRR4302536.796354/1‑94 (MQ=60)
AGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATT < SRR4302536.3525407/94‑1 (MQ=60)
AGATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATT < SRR4302536.2848772/94‑1 (MQ=60)
GATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTA < SRR4302536.408562/94‑1 (MQ=60)
GATGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTA > SRR4302536.1869164/1‑94 (MQ=60)
TGCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAG > SRR4302536.6065133/1‑94 (MQ=60)
GCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGA < SRR4302536.6439519/94‑1 (MQ=60)
GCCGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGA < SRR4302536.4040316/94‑1 (MQ=60)
CGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGGGCTGATGGCGATTAAGATC > SRR4302536.170414/1‑94 (MQ=60)
CGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATC < SRR4302536.1933681/94‑1 (MQ=60)
CGCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATC < SRR4302536.1875786/94‑1 (MQ=60)
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GCCCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCG < SRR4302536.2591401/94‑1 (MQ=60)
CCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGAC > SRR4302536.414177/1‑94 (MQ=60)
CCGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGAC < SRR4302536.6932821/94‑1 (MQ=60)
CGCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACA > SRR4302536.6504993/1‑94 (MQ=60)
GCTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAA < SRR4302536.5579030/94‑1 (MQ=60)
CTACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAAC < SRR4302536.1554692/94‑1 (MQ=60)
TACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAACA > SRR4302536.6841472/1‑94 (MQ=60)
ACGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAACAT < SRR4302536.1671373/94‑1 (MQ=60)
CGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAACATG > SRR4302536.6238187/1‑94 (MQ=60)
CGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAACATG < SRR4302536.6303752/94‑1 (MQ=60)
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CAATGTGATGTACAACTTTGAGATGGAGCGCCTGATCAACGCCGCGCGCAGCACCGGCTTTGCCGAATGCGCCTTTGAAGATGCCGCCCGCTATGCCAACCAACGTATCGCTTTTGGTAAGCCCATTGGTCATAACCAGATGATCCAGGAAAAACTGGCGCTGATGGCGATTAAGATCGACAACATG > NC_000913/1775915‑1776101
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
