Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1357 |
179.3 |
9500450 |
96.1% |
9129932 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,826,476 |
T→C |
N428S (AAC→AGC) |
b1746 ← |
putative aldehyde dehydrogenase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,826,476 | 0 | T | C | 98.1%
| 326.3
/ ‑2.7
| 103 | N428S (AAC→AGC) | b1746 | putative aldehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (49/52); total (50/53) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
ATACCAGGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGTTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGAAGCGAGT > NC_000913/1826388‑1826564
|
aTACCAGGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAAc > 1:3384999/1‑93 (MQ=255)
tACCAGGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACa > 1:1420277/1‑93 (MQ=255)
tACCAGGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGCTCCAGCTAACa > 1:1967095/1‑93 (MQ=255)
ccAGGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAAt < 1:1461219/93‑1 (MQ=255)
cAGGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATc < 2:2175054/93‑1 (MQ=255)
aGGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATcc > 1:4199151/1‑93 (MQ=255)
aGGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACAAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATcc > 2:2740049/1‑93 (MQ=255)
aGGCGCGGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATcc < 1:576305/93‑1 (MQ=255)
ggCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATccc < 1:3019396/93‑1 (MQ=255)
ggCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATccc > 1:4484260/1‑93 (MQ=255)
ggCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATccc > 2:4716824/1‑93 (MQ=255)
ggCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGGACTGGCAGCACCGGTAAGCGGCTTGTTCCAGCTAACCATccc > 2:2564160/1‑93 (MQ=255)
gcgcTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTACAGCTAACAATcccc < 2:4684088/93‑1 (MQ=255)
gcgcTGGGGCGATGGTGACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGTGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATcccc < 2:1258629/93‑1 (MQ=255)
gcTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCcccgc > 2:1477944/1‑93 (MQ=255)
gcTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCcccgc > 2:823103/1‑93 (MQ=255)
gcTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGCTCCAGCTAACAATCcccgc > 1:2438631/1‑93 (MQ=255)
cTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCcccgcc < 1:3379231/93‑1 (MQ=255)
tGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCcccgccc > 1:3757147/1‑93 (MQ=255)
ggggCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCcccgcccg < 2:2939028/93‑1 (MQ=255)
gggCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCcccgcccgg > 1:3535152/1‑92 (MQ=255)
gggCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCccgcccgc > 2:4297348/1‑93 (MQ=255)
gCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCgcgc > 1:4402143/1‑93 (MQ=255)
cGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGcc > 1:2991994/1‑93 (MQ=255)
gATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCt > 1:2094851/1‑93 (MQ=255)
tGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTcc < 2:230409/93‑1 (MQ=255)
tGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTcc < 2:3176059/93‑1 (MQ=255)
gTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAg < 1:1041695/93‑1 (MQ=255)
cGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACa < 1:4300236/93‑1 (MQ=255)
ggAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCTGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAg < 2:3582494/93‑1 (MQ=255)
ggAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAg < 2:923806/93‑1 (MQ=255)
ggAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAg < 2:4277443/93‑1 (MQ=255)
gAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGTTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGt > 1:4137357/1‑93 (MQ=255)
gAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGt < 2:3218334/93‑1 (MQ=255)
gAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGt > 1:1819190/1‑93 (MQ=255)
gAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGt > 2:3605288/1‑93 (MQ=255)
aGCACCAATGCCCCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCACCTCCAGCAACAGTTg < 2:3428918/93‑1 (MQ=255)
gCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGAGGTTTGTTCCAGCTAACAATACTCGCACGCTCCTCGCGCAACAGTTgt > 2:1165769/1‑92 (MQ=255)
acACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGa < 1:736537/92‑1 (MQ=255)
caaaTGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCg < 2:869457/91‑1 (MQ=255)
cAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGa > 1:3123546/1‑93 (MQ=255)
cAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGa < 1:2883580/93‑1 (MQ=255)
cAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGa > 2:566015/1‑93 (MQ=255)
aTGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAAc > 1:524631/1‑93 (MQ=255)
gccgccGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGTTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACtt < 1:3911147/93‑1 (MQ=255)
cctccgAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACttt < 2:1366790/90‑1 (MQ=255)
ccgccgAATGGCGGGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACttt < 2:1603825/93‑1 (MQ=255)
ccgccgAATGGCGCGGTCCTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACttt < 2:4729698/93‑1 (MQ=255)
gccgAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCCCGCCTCGCCCGACAGTTGATCGAACTTTTc > 2:1095112/1‑93 (MQ=255)
ccgAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTcc > 1:4484412/1‑93 (MQ=255)
ccgAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTcc < 2:1047983/93‑1 (MQ=255)
ccgAAGGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTcc < 2:3922079/93‑1 (MQ=255)
aaTGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGc < 1:1789701/93‑1 (MQ=255)
aTGGCGCGGTACTGGCCGCGCCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCt < 2:1088356/93‑1 (MQ=255)
aTGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCt > 1:4726105/1‑93 (MQ=255)
tGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTc > 1:2055607/1‑93 (MQ=255)
cgcgGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCggg > 2:2134344/1‑93 (MQ=255)
gcgGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCgggg > 1:1114164/1‑93 (MQ=255)
cgGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCggggg < 1:2360654/93‑1 (MQ=255)
ggTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGa < 1:2996404/93‑1 (MQ=255)
ggTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCCCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCCCTCGGGGGa > 1:1598949/1‑93 (MQ=255)
gTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGaa > 2:2195898/1‑93 (MQ=255)
cTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTACCGCTCGGGGGAAAcc > 1:2714542/1‑93 (MQ=255)
tGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCa < 1:2284859/93‑1 (MQ=255)
ggCAGCACGGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAg < 1:3063394/93‑1 (MQ=255)
ggCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAg > 1:1417253/1‑93 (MQ=255)
ggCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAg > 1:3616997/1‑93 (MQ=255)
ggCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAg > 1:3512872/1‑93 (MQ=255)
gcagcaCCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGa < 2:76017/93‑1 (MQ=255)
gcagcaCCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGa < 2:4568526/93‑1 (MQ=255)
cagcaCCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGAc < 1:2292789/93‑1 (MQ=255)
agcaCCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGAcc < 1:1769027/93‑1 (MQ=255)
gcaCCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCAGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCg > 2:4063673/1‑93 (MQ=255)
caCCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGc > 1:964902/1‑93 (MQ=255)
caCCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGc > 1:1219343/1‑93 (MQ=255)
aCCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCa > 1:4614971/1‑93 (MQ=255)
aCCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCa > 1:4555281/1‑93 (MQ=255)
aCCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCa > 1:1538847/1‑93 (MQ=255)
ccGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCaa > 1:4051362/1‑93 (MQ=255)
cGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCTGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAag < 2:4556137/93‑1 (MQ=255)
cGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCCag > 1:3532390/1‑93 (MQ=255)
cGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAag < 2:3344680/93‑1 (MQ=255)
ggTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAaga < 2:1907461/93‑1 (MQ=255)
tAAGCGGTTTTTTCCAGCTAACAATCCCCGCCAGCACCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAagaga < 2:3978273/93‑1 (MQ=255)
tAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAagaga > 2:4513947/1‑93 (MQ=255)
tAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAagaga < 2:4199151/93‑1 (MQ=255)
aGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGt < 2:1641903/93‑1 (MQ=255)
aGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGt < 1:2006759/93‑1 (MQ=255)
aGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGt > 2:974325/1‑93 (MQ=255)
ggTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCg > 1:3758341/1‑93 (MQ=255)
ggTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCg < 1:3346995/93‑1 (MQ=255)
ggTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCg < 2:749783/93‑1 (MQ=255)
gTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGa < 1:2477628/93‑1 (MQ=255)
ttttttCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGaa < 2:1018000/93‑1 (MQ=255)
tttGTTCCAGCTAACAATTCCCGCCCGCGCCTGCAGCAAAAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAAACAGACCGCAAGAGAATCCGaa < 2:1688362/93‑1 (MQ=255)
tttGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGaa < 1:3064394/93‑1 (MQ=255)
tttGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGaa < 1:1464824/93‑1 (MQ=255)
gTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGCAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGAAGCg > 1:2649924/1‑93 (MQ=255)
ccAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGAAGCGAgt < 1:2316971/93‑1 (MQ=255)
ccAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGAAGCGAgt < 2:3830768/93‑1 (MQ=255)
|
ATACCAGGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGTTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGAAGCGAGT > NC_000913/1826388‑1826564
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCGGCATACCAGGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGTTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGAAGCGAGTGTTAT > NC_000913/1826383‑1826569
|
GCGGCATACCAGGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGC < SRR4302544.341543/94‑1 (MQ=60)
GCGGCATACCAGGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGC < SRR4302544.4618351/94‑1 (MQ=60)
CATACCAGGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAAC > SRR4302544.3417341/1‑94 (MQ=60)
ATACCAGGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACA > SRR4302544.1434417/1‑94 (MQ=60)
ATACCAGGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGCTCCAGCTAACA > SRR4302544.1986200/1‑94 (MQ=60)
CCAGGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATC < SRR4302544.1475716/94‑1 (MQ=60)
CAGGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCC > SRR4302544.4241021/1‑94 (MQ=60)
AGGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCC > SRR4302544.4529315/1‑94 (MQ=60)
AGGCGCGGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCC < SRR4302544.581940/94‑1 (MQ=60)
GGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCC > SRR4302544.3122009/1‑94 (MQ=60)
GGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCC < SRR4302544.3048335/94‑1 (MQ=60)
CGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGCTCCAGCTAACAATCCCCGC > SRR4302544.2461878/1‑94 (MQ=60)
CTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCC > SRR4302544.3794440/1‑94 (MQ=60)
CTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCC < SRR4302544.3411484/94‑1 (MQ=60)
TGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCG < SRR4302544.1791174/94‑1 (MQ=60)
GGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGG > SRR4302544.3568969/1‑94 (MQ=60)
GGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGC > SRR4302544.4446622/1‑94 (MQ=60)
GCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCC > SRR4302544.3020686/1‑94 (MQ=60)
CGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCT > SRR4302544.2115008/1‑94 (MQ=60)
GTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGC > SRR4302544.3948160/1‑94 (MQ=60)
GTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGC < SRR4302544.1052032/94‑1 (MQ=60)
CGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAG < SRR4302544.4344112/94‑1 (MQ=60)
GGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGTTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGT > SRR4302544.4178338/1‑94 (MQ=60)
GGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGT > SRR4302544.1836931/1‑94 (MQ=60)
ACACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGAT < SRR4302544.743741/94‑1 (MQ=60)
CCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGA > SRR4302544.3153237/1‑94 (MQ=60)
CAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAA < SRR4302544.2911395/94‑1 (MQ=60)
AATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAAC > SRR4302544.529822/1‑94 (MQ=60)
GCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGTTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTT < SRR4302544.3950004/94‑1 (MQ=60)
GCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCC > SRR4302544.4529469/1‑94 (MQ=60)
GCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCC > SRR4302544.4719827/1‑94 (MQ=60)
AATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCT > SRR4302544.4772751/1‑94 (MQ=60)
AATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCT < SRR4302544.1807195/94‑1 (MQ=60)
ATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTC > SRR4302544.2075387/1‑94 (MQ=60)
gctctGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGG < SRR4302544.781760/89‑1 (MQ=60)
CGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGG > SRR4302544.2414288/1‑94 (MQ=60)
CGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGG > SRR4302544.1125276/1‑94 (MQ=60)
CGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGA < SRR4302544.2383004/94‑1 (MQ=60)
CGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCCCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCCCTCGGGGGA > SRR4302544.1614710/1‑94 (MQ=60)
GGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAA < SRR4302544.3025138/94‑1 (MQ=60)
ACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTACCGCTCGGGGGAAACC > SRR4302544.2740660/1‑94 (MQ=60)
TGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAG > SRR4302544.1431363/1‑94 (MQ=60)
TGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAG > SRR4302544.3546385/1‑94 (MQ=60)
TGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAG < SRR4302544.2306395/94‑1 (MQ=60)
TGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAG > SRR4302544.3652809/1‑94 (MQ=60)
GGCAGCACGGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGA < SRR4302544.3092612/94‑1 (MQ=60)
CAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACC < SRR4302544.2314401/94‑1 (MQ=60)
AGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCG < SRR4302544.1786344/94‑1 (MQ=60)
GCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGC > SRR4302544.974373/1‑94 (MQ=60)
GCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGC > SRR4302544.1231406/1‑94 (MQ=60)
CACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCA > SRR4302544.4600740/1‑94 (MQ=60)
CACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCA > SRR4302544.1554136/1‑94 (MQ=60)
CACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCA > SRR4302544.4660784/1‑94 (MQ=60)
ACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAA > SRR4302544.4091709/1‑94 (MQ=60)
CCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCCAG > SRR4302544.3566175/1‑94 (MQ=60)
AGCGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTC < SRR4302544.2026257/94‑1 (MQ=60)
CGGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCG > SRR4302544.3795645/1‑94 (MQ=60)
GGTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGA < SRR4302544.3378923/94‑1 (MQ=60)
GTTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGAA < SRR4302544.2501326/94‑1 (MQ=60)
TTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGAAG < SRR4302544.3093615/94‑1 (MQ=60)
TTTGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGAAG < SRR4302544.1479339/94‑1 (MQ=60)
TGTTCCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGCAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGAAGCG > SRR4302544.2675341/1‑94 (MQ=60)
CCAGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGAAGCGAGTG < SRR4302544.2338902/94‑1 (MQ=60)
AGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGAAGCGAGTGTT < SRR4302544.2594124/94‑1 (MQ=60)
AGCTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGAAGCGAGTGTT > SRR4302544.811948/1‑94 (MQ=60)
GTAACAACCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGAAGCGAGTGTTAT < SRR4302544.1023942/94‑1 (MQ=60)
CTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGAAGCGAGTGTTAT < SRR4302544.2819988/94‑1 (MQ=60)
|
GCGGCATACCAGGCGCTGGGGCGATGGTTACCGGAAGCACCAATGCCGCCGAATGGCGCGGTACTGGCAGCACCGGTAAGCGGTTTGTTCCAGTTAACAATCCCCGCCCGCGCCTCCAGCAACAGTTGATCGAACTTTTCCCGCTCGGGGGAAACCAGACCGCAAGAGAGTCCGAAGCGAGTGTTAT > NC_000913/1826383‑1826569
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
