Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1357 |
179.3 |
9500450 |
96.1% |
9129932 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,874,785 |
T→C |
G363G (GGT→GGC) |
yeaN → |
putative amino acid/amine transport protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,874,785 | 0 | T | C | 100.0%
| 424.2
/ NA
| 131 | G363G (GGT→GGC) | yeaN | putative amino acid/amine transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (69/62); total (69/62) |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
GCGGCACTCTCGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGTAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGAAATTCG > NC_000913/1874696‑1874874
|
gcggcACTCTCGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAAc < 1:1510282/93‑1 (MQ=255)
ggcACTCTCGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTg > 2:2637629/1‑93 (MQ=255)
aCTCTCGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTACCGGCAACTCGTc > 2:3417003/1‑93 (MQ=255)
aCTCTCGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTc > 1:3618955/1‑93 (MQ=255)
aCTCTCGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTc > 2:798274/1‑93 (MQ=255)
ctctCGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCt > 1:1802294/1‑93 (MQ=255)
tctcGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTg > 2:2004642/1‑93 (MQ=255)
tctcGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTg < 1:4405291/93‑1 (MQ=255)
ctcGGGGATGGCAGAAGCCGTCGGGGATGTGTTGGCAGGCTGTGGTCCGCCTCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGt < 2:1892118/93‑1 (MQ=255)
ctcGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGt < 2:1892116/93‑1 (MQ=255)
ctcGGGGATGGCACAATCCGTCGGGCATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACAATGCTCGCGACAACTGGTCTGt > 2:3653892/1‑93 (MQ=255)
tcGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTa > 2:1768424/1‑93 (MQ=255)
ggggATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTAcc > 1:1334052/1‑93 (MQ=255)
gggATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCa > 1:3454344/1‑93 (MQ=255)
aTGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACtt > 2:4376486/1‑93 (MQ=255)
tGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTa < 1:1747552/93‑1 (MQ=255)
tGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTa < 1:3770950/93‑1 (MQ=255)
gCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTTGTCTGTACCACTTATg < 2:3131987/93‑1 (MQ=255)
gCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATg < 2:3947456/93‑1 (MQ=255)
acaATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATggg < 1:1236281/93‑1 (MQ=255)
acaATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATggg > 1:965453/1‑93 (MQ=255)
acaATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATggg < 1:2427181/93‑1 (MQ=255)
caATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGgt < 1:42717/93‑1 (MQ=255)
caATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGgt < 2:2735734/93‑1 (MQ=255)
aTCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTTTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGgtgt < 2:3882115/93‑1 (MQ=255)
aTCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGgtgt < 1:3292788/93‑1 (MQ=255)
aTCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGgtgt < 2:1479531/93‑1 (MQ=255)
aTCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACCGGTCTGTACCACTTATGGgtgt < 2:2815505/93‑1 (MQ=255)
tCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGtt > 1:3795004/1‑93 (MQ=255)
cGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGc < 2:625626/93‑1 (MQ=255)
cGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGc < 1:3212764/93‑1 (MQ=255)
cGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGc > 2:141673/1‑93 (MQ=255)
gTCGGGGATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCCCTTATGGGTGTTGcc > 1:1438432/1‑93 (MQ=255)
tCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCa < 2:390998/93‑1 (MQ=255)
tCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCa > 1:3741365/1‑93 (MQ=255)
cGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCAt > 1:4128933/1‑93 (MQ=255)
gTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACt > 1:872211/1‑93 (MQ=255)
gTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACt < 1:1796110/93‑1 (MQ=255)
gTAGTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACt < 2:3062889/93‑1 (MQ=255)
tATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACtt > 2:4619846/1‑93 (MQ=255)
tATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACtt > 2:1107049/1‑93 (MQ=255)
tATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACtt > 2:4619953/1‑93 (MQ=255)
aTTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACttt > 1:2457010/1‑93 (MQ=255)
aTTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACttt < 1:1739286/93‑1 (MQ=255)
aTTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACttt > 1:1592518/1‑93 (MQ=255)
tttGTTGGCAGCCTGTGGGACGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTc > 2:1359565/1‑93 (MQ=255)
ttgGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCacta > 1:2783108/1‑93 (MQ=255)
cAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGa < 2:1660975/93‑1 (MQ=255)
cAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGa < 2:90209/93‑1 (MQ=255)
aGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGAt < 1:1983381/93‑1 (MQ=255)
aGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGAt < 2:3832326/93‑1 (MQ=255)
aGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGAt > 2:1369522/1‑93 (MQ=255)
aGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGAt < 1:2895344/93‑1 (MQ=255)
gCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATg > 2:636190/1‑93 (MQ=255)
gCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATg > 1:2045902/1‑93 (MQ=255)
gCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATg > 2:3421317/1‑93 (MQ=255)
ccTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATgg < 2:2911386/93‑1 (MQ=255)
gtgGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGa > 2:3349905/1‑93 (MQ=255)
gtgGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGa < 2:2711396/93‑1 (MQ=255)
gggCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGAtt > 2:489866/1‑93 (MQ=255)
gccgccGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGAtttt < 1:3019902/93‑1 (MQ=255)
cgccgcTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCg < 1:4626140/93‑1 (MQ=255)
ccgcTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGa < 1:2865405/93‑1 (MQ=255)
gcTGATGGGTAAAATACACGATTCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACt < 1:582304/93‑1 (MQ=255)
gcTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACt > 2:2173350/1‑93 (MQ=255)
gcTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACt < 2:2525229/93‑1 (MQ=255)
gcTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACt < 1:582303/93‑1 (MQ=255)
cTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACtt > 1:3353349/1‑93 (MQ=255)
tGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACttt < 1:1490696/93‑1 (MQ=255)
tGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACttt > 1:3902555/1‑93 (MQ=255)
gATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTg < 2:1252027/93‑1 (MQ=255)
aTGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTgc < 2:4451305/93‑1 (MQ=255)
aTGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTgc > 1:2745838/1‑93 (MQ=255)
tGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTgcg > 1:589169/1‑93 (MQ=255)
tGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTgcg < 1:3854520/93‑1 (MQ=255)
gggTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTgcgc > 1:184188/1‑93 (MQ=255)
gggTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTgcgc > 1:4177521/1‑93 (MQ=255)
ggTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGcc > 1:4556166/1‑93 (MQ=255)
gTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCg < 1:1364007/93‑1 (MQ=255)
tAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCgg < 1:48281/93‑1 (MQ=255)
aaaaTACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCggg > 2:3358500/1‑93 (MQ=255)
aaaTACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGga < 2:2259252/93‑1 (MQ=255)
aaaTACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGga < 2:3885556/93‑1 (MQ=255)
aaaTACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGga < 2:647105/93‑1 (MQ=255)
aaTACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCCCTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGCTTTTCGGACTTTGCGCCGGgag > 2:342207/1‑93 (MQ=255)
aTACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACCTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGAGTTTGCGCCGGgaga < 2:4305969/93‑1 (MQ=255)
tACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGgagag > 1:1957806/1‑93 (MQ=255)
acacGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGgagaga > 2:2518354/1‑93 (MQ=255)
acacGAGTCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTTGGACTTTGCGCCGGgagaga < 1:2285358/93‑1 (MQ=255)
cacGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGAc > 1:4411023/1‑93 (MQ=255)
acGATGCTAACGGCATCTGGTCTGTACCCCTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACa < 1:4205126/93‑1 (MQ=255)
acGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACa > 1:2304911/1‑93 (MQ=255)
gATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACaaa < 2:1715396/93‑1 (MQ=255)
gATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACaaa > 1:4052843/1‑93 (MQ=255)
tGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGa > 2:4245537/1‑93 (MQ=255)
tGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGa > 1:1456911/1‑93 (MQ=255)
tAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGAAAt < 1:4109857/93‑1 (MQ=255)
tAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGAAAt < 1:3025661/93‑1 (MQ=255)
aaCGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGAAAtt > 1:1163923/1‑93 (MQ=255)
cGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGAAATTCg > 1:2581726/1‑93 (MQ=255)
|
GCGGCACTCTCGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGTAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGAAATTCG > NC_000913/1874696‑1874874
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCGGCGGCACTCTCGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGTAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGAAATTCGCTAA > NC_000913/1874693‑1874878
|
GCGGCGGCACTCTCGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCA < SRR4302544.1029010/94‑1 (MQ=60)
gctgctctgtctgagaggtgacagtccctcgggtattgttgcgcagcatgtcggccaCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACT < SRR4302544.1525252/37‑1 (MQ=60)
GCGGCACTCTCGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACT < SRR4302544.1525253/94‑1 (MQ=60)
CACTCTCGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTC > SRR4302544.3655013/1‑94 (MQ=60)
ACTCTCGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCT > SRR4302544.1819900/1‑94 (MQ=60)
ACTCTCGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCT > SRR4302544.2137999/1‑94 (MQ=60)
ACTCTCGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCT > SRR4302544.1897748/1‑94 (MQ=60)
TCTCGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGT < SRR4302544.4449784/94‑1 (MQ=60)
CGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACC > SRR4302544.1347194/1‑94 (MQ=60)
GGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCA > SRR4302544.335181/1‑94 (MQ=60)
GGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCA > SRR4302544.3487318/1‑94 (MQ=60)
GATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTT > SRR4302544.1494490/1‑94 (MQ=60)
GATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTT < SRR4302544.1782211/94‑1 (MQ=60)
ATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTA > SRR4302544.4510511/1‑94 (MQ=60)
ATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTA > SRR4302544.2897738/1‑94 (MQ=60)
TGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTAT < SRR4302544.3808330/94‑1 (MQ=60)
TGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTAT < SRR4302544.1764659/94‑1 (MQ=60)
GCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGG < SRR4302544.517630/94‑1 (MQ=60)
CACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGG > SRR4302544.974924/1‑94 (MQ=60)
ACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGT < SRR4302544.1248505/94‑1 (MQ=60)
ACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGT < SRR4302544.2450281/94‑1 (MQ=60)
CAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTG < SRR4302544.43137/94‑1 (MQ=60)
ATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTT > SRR4302544.3832577/1‑94 (MQ=60)
ATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTT < SRR4302544.3324153/94‑1 (MQ=60)
CGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCC < SRR4302544.3243403/94‑1 (MQ=60)
CGTCGGGGATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCCCTTATGGGTGTTGCC > SRR4302544.1452748/1‑94 (MQ=60)
GTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCA > SRR4302544.3778544/1‑94 (MQ=60)
TCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCAT > SRR4302544.4169870/1‑94 (MQ=60)
GGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACT > SRR4302544.880862/1‑94 (MQ=60)
GTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTT < SRR4302544.1813674/94‑1 (MQ=60)
TATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTT > SRR4302544.2480448/1‑94 (MQ=60)
TATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTT > SRR4302544.2423722/1‑94 (MQ=60)
TATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTT > SRR4302544.1608212/1‑94 (MQ=60)
ATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTC < SRR4302544.2757793/94‑1 (MQ=60)
ATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTC < SRR4302544.1756316/94‑1 (MQ=60)
GTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTA > SRR4302544.2809890/1‑94 (MQ=60)
TTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGCCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTAC > SRR4302544.707391/1‑94 (MQ=60)
AGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATG < SRR4302544.2923232/94‑1 (MQ=60)
AGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATG > SRR4302544.2065620/1‑94 (MQ=60)
AGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATG < SRR4302544.2002640/94‑1 (MQ=60)
GCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTC < SRR4302544.3048847/94‑1 (MQ=60)
CGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGG < SRR4302544.4672015/94‑1 (MQ=60)
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CCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGAC < SRR4302544.2893070/94‑1 (MQ=60)
GCTGATGGGTAAAATACACGATTCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTT < SRR4302544.588014/94‑1 (MQ=60)
GCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTT > SRR4302544.3385348/1‑94 (MQ=60)
GCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTT < SRR4302544.588013/94‑1 (MQ=60)
GCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTT > SRR4302544.4211966/1‑94 (MQ=60)
CTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTT > SRR4302544.3941322/1‑94 (MQ=60)
TGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTG < SRR4302544.1505439/94‑1 (MQ=60)
GATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGC > SRR4302544.2772290/1‑94 (MQ=60)
ATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCG < SRR4302544.3740920/94‑1 (MQ=60)
ATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCG > SRR4302544.594956/1‑94 (MQ=60)
TGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGC > SRR4302544.186014/1‑94 (MQ=60)
TGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGC < SRR4302544.3892783/94‑1 (MQ=60)
TGGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGC > SRR4302544.4218902/1‑94 (MQ=60)
GGGTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCC > SRR4302544.4601632/1‑94 (MQ=60)
GTAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGG < SRR4302544.1377563/94‑1 (MQ=60)
TAAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGG < SRR4302544.48766/94‑1 (MQ=60)
AAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGA > SRR4302544.3121536/1‑94 (MQ=60)
AAAATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGA > SRR4302544.3877471/1‑94 (MQ=60)
ATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAG > SRR4302544.4372501/1‑94 (MQ=60)
ATACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAG > SRR4302544.1976798/1‑94 (MQ=60)
ACACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGAC > SRR4302544.4455562/1‑94 (MQ=60)
ACACGAGTCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTTGGACTTTGCGCCGGGAGAGAC < SRR4302544.2306901/94‑1 (MQ=60)
CACGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACA > SRR4302544.2326689/1‑94 (MQ=60)
ACGATGCTAACGGCATCTGGTCTGTACCCCTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAA < SRR4302544.4247280/94‑1 (MQ=60)
CGATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAA > SRR4302544.4093202/1‑94 (MQ=60)
ATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGA > SRR4302544.1471380/1‑94 (MQ=60)
ATGCTAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGA > SRR4302544.3980552/1‑94 (MQ=60)
TAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGAAATT > SRR4302544.1175526/1‑94 (MQ=60)
TAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGAAATT < SRR4302544.3054649/94‑1 (MQ=60)
TAACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGAAATT < SRR4302544.4150708/94‑1 (MQ=60)
ACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGAAATTCG > SRR4302544.2606538/1‑94 (MQ=60)
ACGGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGAAATTCG < SRR4302544.1672767/94‑1 (MQ=60)
GGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGAAATTCGCT > SRR4302544.697935/1‑94 (MQ=60)
GGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGAAATTCGCT > SRR4302544.4352621/1‑94 (MQ=60)
GGCAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGAAATTCGCT > SRR4302544.811213/1‑94 (MQ=60)
CAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGAAATTCGCTAA > SRR4302544.576192/1‑94 (MQ=60)
CAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGAAATTCGCTAA > SRR4302544.1289731/1‑94 (MQ=60)
|
GCGGCGGCACTCTCGGGGATGGCACAATCCGTCGGGTATTTGTTGGCAGCCTGTGGGCCGCCGCTGATGGGTAAAATACACGATGCTAACGGTAACTGGTCTGTACCACTTATGGGTGTTGCCATACTTTCACTACTGATGGCGATTTTCGGACTTTGCGCCGGGAGAGACAAAGAAATTCGCTAA > NC_000913/1874693‑1874878
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
