Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1357 |
179.3 |
9500450 |
96.1% |
9129932 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,973,518 |
A→T |
D254E (GAT→GAA) |
motB ← |
MotB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,973,518 | 0 | A | T | 99.1%
| 366.2
/ NA
| 107 | D254E (GAT→GAA) | motB | MotB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (66/39); minor base C (1/0); total (68/39) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TGGCTCATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCATCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAACCCTCCGACCATCAG > NC_000913/1973428‑1973607
|
tGGCTTATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTCCCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGcttc < 2:1113001/93‑1 (MQ=255)
tGGCTCATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGcttc < 2:1758663/93‑1 (MQ=255)
tGGCTCATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGcttc > 1:253318/1‑93 (MQ=255)
tGGCTCATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGcttc < 1:2197422/93‑1 (MQ=255)
gCTCATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGcttcat < 2:3077297/93‑1 (MQ=255)
cTCATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCttcatc < 2:2853106/93‑1 (MQ=255)
tCATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTtcatca < 1:2505485/93‑1 (MQ=255)
cATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAg > 2:914677/1‑93 (MQ=255)
aTTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAgg < 2:515595/93‑1 (MQ=255)
ttCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGt < 2:95571/93‑1 (MQ=255)
tCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTc < 2:7207/93‑1 (MQ=255)
tCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTc < 2:3556125/93‑1 (MQ=255)
tGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCcg < 2:4657912/93‑1 (MQ=255)
gCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCcgcg > 1:967841/1‑93 (MQ=255)
tttCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGAt > 2:277268/1‑93 (MQ=255)
tttCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGAt > 2:4283678/1‑93 (MQ=255)
tttCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCCTCATCAGGTCCGCGAt > 1:1714369/1‑93 (MQ=255)
tCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCg < 2:2474902/93‑1 (MQ=255)
cGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGc > 1:2866258/1‑93 (MQ=255)
ggCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCt < 1:49270/93‑1 (MQ=255)
ggCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCt > 1:3079186/1‑93 (MQ=255)
ggCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGATGATGCGGCGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCAATCGCt > 2:3850716/1‑93 (MQ=255)
gCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCtt > 2:347862/1‑93 (MQ=255)
cGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTa > 1:2637935/1‑93 (MQ=255)
ttttCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAg > 1:3745444/1‑93 (MQ=255)
ttttCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAg > 2:4479830/1‑93 (MQ=255)
ttttCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCACGTCCGCGGTCGCTTAAg > 1:1786140/1‑93 (MQ=255)
tttCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGGTCGCTTaacg > 2:3546723/1‑91 (MQ=255)
tttCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAgc > 2:3546724/1‑93 (MQ=255)
tttCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAgc < 1:3586747/93‑1 (MQ=255)
ttCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAgcg > 2:1618306/1‑93 (MQ=255)
cATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCa > 1:2583599/1‑93 (MQ=255)
aTGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCAt > 2:1884805/1‑93 (MQ=255)
tGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATTAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATc > 1:3615805/1‑93 (MQ=255)
tGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATc > 1:740613/1‑93 (MQ=255)
tcAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCg < 1:3659458/92‑1 (MQ=255)
cAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGt > 1:2327696/1‑93 (MQ=255)
aaaaTGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGtt > 2:2203559/1‑93 (MQ=255)
aaaaTGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGtt > 2:4300761/1‑93 (MQ=255)
aaaaTGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGtt < 2:609426/93‑1 (MQ=255)
aaaaTGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGtt < 2:1134657/93‑1 (MQ=255)
aaTGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTgc > 2:11554/1‑93 (MQ=255)
aaTGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTgc > 2:106221/1‑93 (MQ=255)
aaTGGCCTGTTCGGCTCGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTgc > 1:1673615/1‑93 (MQ=255)
aTGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTgcc > 1:3780569/1‑93 (MQ=255)
aTGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTgcc > 1:2840159/1‑93 (MQ=255)
ggCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTgccgc < 1:498913/93‑1 (MQ=255)
ggCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTgccgc > 1:2479620/1‑93 (MQ=255)
ccTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCa < 2:3354917/93‑1 (MQ=255)
cTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCAt < 2:3558079/93‑1 (MQ=255)
cTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCAt < 2:134039/93‑1 (MQ=255)
tGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGACGCCATg > 1:1186544/1‑93 (MQ=255)
ttCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGcc > 1:1156285/1‑93 (MQ=255)
tCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCcg > 1:1587393/1‑93 (MQ=255)
tggCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCGGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCcga < 2:3264614/92‑1 (MQ=255)
cGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCcga < 1:4076211/93‑1 (MQ=255)
ggCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCcgcc > 1:3774698/1‑91 (MQ=255)
gCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCcgacg > 1:3134324/1‑93 (MQ=255)
gCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCcgacg > 1:3276947/1‑93 (MQ=255)
cTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCcgacga > 2:2887573/1‑93 (MQ=255)
ttgtttgtTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCgacgac > 1:1200424/1‑93 (MQ=255)
ttgtttgtTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCgacgac > 2:4168784/1‑93 (MQ=255)
tgtttgttCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACTGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGaca < 2:3296486/93‑1 (MQ=255)
tgtttgttCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGaca > 1:2273887/1‑93 (MQ=255)
tttgttCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACg < 1:221295/93‑1 (MQ=255)
tttgttCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACg > 2:3256030/1‑93 (MQ=255)
tgttCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACAAGTa > 1:3410254/1‑93 (MQ=255)
tCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAaca > 2:4362139/1‑93 (MQ=255)
aGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACt > 2:1178198/1‑93 (MQ=255)
aGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACt < 1:1483449/93‑1 (MQ=255)
gTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACtt > 1:727529/1‑93 (MQ=255)
gTACCAGCAGGCGGATGCGACGGTTGAGGGCTGCAACAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCACCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACtt < 1:1606335/93‑1 (MQ=255)
aCCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTg > 2:1221902/1‑93 (MQ=255)
ccAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGc < 1:466252/93‑1 (MQ=255)
cagcagGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGCCACGTAACACTTTGcc > 1:1271440/1‑93 (MQ=255)
agcagGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCg < 1:318090/93‑1 (MQ=255)
agcagGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCg < 1:3722173/93‑1 (MQ=255)
agcagGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCg > 1:2678679/1‑93 (MQ=255)
cagGCTGAGGCGACGGTGTACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCt < 2:220807/93‑1 (MQ=255)
agGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTa > 2:4307339/1‑93 (MQ=255)
agGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTa > 2:3848843/1‑93 (MQ=255)
ggCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTAt > 1:1055933/1‑93 (MQ=255)
gCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATc < 2:116840/93‑1 (MQ=255)
cTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATcc < 1:3360911/93‑1 (MQ=255)
tGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCa < 1:3139718/93‑1 (MQ=255)
gATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCaa > 1:3697417/1‑93 (MQ=255)
gATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACAATTTGCCGCTATCCaa > 2:1868197/1‑93 (MQ=255)
gATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGGACCACTTTGCCGCTATACac > 1:4540907/1‑92 (MQ=255)
aTGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAAc < 1:783584/93‑1 (MQ=255)
aTGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAAc > 1:1610684/1‑93 (MQ=255)
aTGCGACGGTTGACGGCATCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAAc > 1:1589368/1‑93 (MQ=255)
tGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCAGCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAAcc < 2:3773239/93‑1 (MQ=255)
gCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAAccc < 1:4043371/93‑1 (MQ=255)
gCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAAccc < 2:1884232/93‑1 (MQ=255)
cGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAACCCt < 2:1082276/93‑1 (MQ=255)
gACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTCAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAACCCTc > 2:4695108/1‑93 (MQ=255)
gACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTACCCAACCCTCCGAccct > 2:2387284/1‑91 (MQ=255)
ggCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAACCCTCCGACCATCAg > 1:996082/1‑93 (MQ=255)
ggCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAACCCTCCGACCATCAg > 1:996083/1‑93 (MQ=255)
ggCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAAAACTTTGCCGCTATCCAACCCTCCGACCATCAg > 1:731588/1‑93 (MQ=255)
|
TGGCTCATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCATCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAACCCTCCGACCATCAG > NC_000913/1973428‑1973607
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTGGCTCATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCATCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAACCCTCCGACCATCAGTTC > NC_000913/1973427‑1973610
|
CTGGCTCATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTC < SRR4302544.2262659/94‑1 (MQ=60)
CTGGCTCATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTC > SRR4302544.255982/1‑94 (MQ=60)
TGGCTCATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCA < SRR4302544.2218139/94‑1 (MQ=60)
TGGCTCATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCA < SRR4302544.707301/94‑1 (MQ=60)
CTCATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCA < SRR4302544.3356763/94‑1 (MQ=60)
TCATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAG < SRR4302544.2409500/94‑1 (MQ=60)
TCATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAG < SRR4302544.2529508/94‑1 (MQ=60)
TCATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAG < SRR4302544.2056045/94‑1 (MQ=60)
ATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGT > SRR4302544.956587/1‑94 (MQ=60)
ATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGT < SRR4302544.2636971/94‑1 (MQ=60)
GGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCG > SRR4302544.977331/1‑94 (MQ=60)
CTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCCTCATCAGGTCCGCGAT > SRR4302544.1731230/1‑94 (MQ=60)
TCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGC > SRR4302544.2893930/1‑94 (MQ=60)
CGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCT > SRR4302544.3108523/1‑94 (MQ=60)
GGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTT < SRR4302544.49764/94‑1 (MQ=60)
GCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTA > SRR4302544.2663219/1‑94 (MQ=60)
GTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAG > SRR4302544.3793259/1‑94 (MQ=60)
GTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAG > SRR4302544.3782654/1‑94 (MQ=60)
GTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCACGTCCGCGGTCGCTTAAG > SRR4302544.1803600/1‑94 (MQ=60)
TTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCG < SRR4302544.3621176/94‑1 (MQ=60)
TCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCA > SRR4302544.2608439/1‑94 (MQ=60)
ATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATTAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATC > SRR4302544.3651485/1‑94 (MQ=60)
ATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATC > SRR4302544.747865/1‑94 (MQ=60)
TCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGT < SRR4302544.3695967/94‑1 (MQ=60)
GCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGT < SRR4302544.3695966/94‑1 (MQ=60)
GCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGT > SRR4302544.2349762/1‑94 (MQ=60)
AAATGGCCTGTTCGGCTCGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGC > SRR4302544.1690103/1‑94 (MQ=60)
AATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCC > SRR4302544.2867580/1‑94 (MQ=60)
AATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCC > SRR4302544.3818015/1‑94 (MQ=60)
TGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGC > SRR4302544.2503349/1‑94 (MQ=60)
GGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCC < SRR4302544.503816/94‑1 (MQ=60)
CTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGACGCCATG > SRR4302544.1198334/1‑94 (MQ=60)
GTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCC > SRR4302544.1167792/1‑94 (MQ=60)
TTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCG > SRR4302544.1603061/1‑94 (MQ=60)
CGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGCC > SRR4302544.3812108/1‑94 (MQ=60)
CGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGAC < SRR4302544.4116774/94‑1 (MQ=60)
GGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACG > SRR4302544.3164097/1‑94 (MQ=60)
GGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACG > SRR4302544.3308177/1‑94 (MQ=60)
CTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGAC > SRR4302544.1212312/1‑94 (MQ=60)
TTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACA > SRR4302544.2295296/1‑94 (MQ=60)
TGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACAC > SRR4302544.1435789/1‑94 (MQ=60)
TTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGT < SRR4302544.223586/94‑1 (MQ=60)
TTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACAAGTA > SRR4302544.3442856/1‑94 (MQ=60)
AGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTT < SRR4302544.1498105/94‑1 (MQ=60)
AGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTT > SRR4302544.734668/1‑94 (MQ=60)
GTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTT < SRR4302544.1622174/94‑1 (MQ=60)
GTACCAGCAGGCGGATGCGACGGTTGAGGGCTGCAACAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCACCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTT < SRR4302544.1622170/94‑1 (MQ=60)
ACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGC < SRR4302544.3022990/94‑1 (MQ=60)
CCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGCCACGTAACACTTTGCC > SRR4302544.1283948/1‑94 (MQ=60)
CCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCC < SRR4302544.470823/94‑1 (MQ=60)
CAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCG > SRR4302544.2704349/1‑94 (MQ=60)
AGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGC < SRR4302544.3759196/94‑1 (MQ=60)
AGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGC < SRR4302544.321399/94‑1 (MQ=60)
AGGCTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTAT > SRR4302544.1066407/1‑94 (MQ=60)
CTGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCA < SRR4302544.3392987/94‑1 (MQ=60)
TGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAC > SRR4302544.4586290/1‑94 (MQ=60)
TGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAA < SRR4302544.3169553/94‑1 (MQ=60)
TGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAA > SRR4302544.3734238/1‑94 (MQ=60)
TGATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGGACCACTTTGCCGCTATacac > SRR4302544.4586291/1‑90 (MQ=60)
GATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAAC > SRR4302544.1626563/1‑94 (MQ=60)
GATGCGACGGTTGACGGCATCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAAC > SRR4302544.1605044/1‑94 (MQ=60)
ATGCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAACC < SRR4302544.791171/94‑1 (MQ=60)
GCGACGGTTGACGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAACCCT < SRR4302544.4083637/94‑1 (MQ=60)
CGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAACCCTCCGACCATCAG > SRR4302544.1005936/1‑94 (MQ=60)
CGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAACCCTCCGACCATCAG > SRR4302544.1005935/1‑94 (MQ=60)
CGGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAAAACTTTGCCGCTATCCAACCCTCCGACCATCAG > SRR4302544.738748/1‑94 (MQ=60)
GGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAACCCTCCGACCATCAGT > SRR4302544.1351454/1‑94 (MQ=60)
GGCTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAACCCTCCGACCATCAGT > SRR4302544.4593441/1‑94 (MQ=60)
CTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAACCCTCCGACCATCAGTTC < SRR4302544.1463721/94‑1 (MQ=60)
CTTCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAACCCTCCGACCATCAGTTC > SRR4302544.4181454/1‑94 (MQ=60)
|
CTGGCTCATTCTGGCTTTCGGCGTTTTCATGCAAAATGGCCTGTTCGGCTTGTTTGTTCAGTACCAGCAGGCTGATGCGACGGTTGACGGCATCATCAGGTCCGCGATCGCTTAAGCGCATCGTTGCCGCCATGCCGACGACACGTAACACTTTGCCGCTATCCAACCCTCCGACCATCAGTTC > NC_000913/1973427‑1973610
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
