Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1357 |
179.3 |
9500450 |
96.1% |
9129932 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,008,480 |
+A |
coding (637/654 nt) |
yedK → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,008,476 | 1 | . | A | 98.2%
| 390.2
/ ‑0.4
| 112 | coding (633/654 nt) | yedK | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base A (44/66); total (46/66) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.89e-01 |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
AGCGGTAAAGAAGCCTCAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTT‑AAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCTCTATTA > NC_000913/2008384‑2008563
|
aGCGGTAAAGAAGCCTCAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGtt > 1:1293515/1‑93 (MQ=255)
aGCGGTAAAGAAGCCTCAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGtt > 2:3822357/1‑93 (MQ=255)
gCGGTAAAGAAGCCTCAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTT‑a < 2:106751/93‑1 (MQ=255)
gCGGTAAAGAAGCCTCAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTT‑a > 1:167677/1‑93 (MQ=255)
gCGGTAAAGAAGCCTCAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTT‑a > 1:1740586/1‑93 (MQ=255)
cGGTAAAGAAGCCTCAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTT‑aa < 2:2676122/93‑1 (MQ=255)
agCCTCAGAAATCGCGGCCAGTTGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGCTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAggg > 2:3763518/1‑93 (MQ=255)
agCCTCAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAggg < 1:3279804/93‑1 (MQ=255)
agCCTCAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAggg < 2:2390046/93‑1 (MQ=255)
gCCTCAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGgc > 2:1837788/1‑93 (MQ=255)
gCCTCAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGgc < 1:1544997/93‑1 (MQ=255)
cTCAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGgcgc < 2:2298590/93‑1 (MQ=255)
tCAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGcgcg > 2:627612/1‑93 (MQ=255)
tCAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGcgcg < 2:3842818/93‑1 (MQ=255)
ccAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGcgcg < 2:3842819/92‑1 (MQ=255)
cAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCgg > 1:1956551/1‑93 (MQ=255)
aGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGa < 2:2740455/93‑1 (MQ=255)
aGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGa < 2:4703279/93‑1 (MQ=255)
gAAATCGCGGCCAGTGTCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAg < 2:2686200/93‑1 (MQ=255)
gAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAg > 1:2343124/1‑93 (MQ=255)
gAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAg < 2:2726037/93‑1 (MQ=255)
aaTCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAggt > 2:2988683/1‑91 (MQ=255)
cgcgGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAAt < 1:3375561/93‑1 (MQ=255)
cgGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCGAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTc < 1:4648206/93‑1 (MQ=255)
ggCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCa > 2:3190013/1‑93 (MQ=255)
gCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCaa > 2:2137281/1‑93 (MQ=255)
cAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAAcc > 1:506445/1‑93 (MQ=255)
aGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCt > 2:3927917/1‑93 (MQ=255)
aGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCt > 2:2408854/1‑93 (MQ=255)
gTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGGGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTg < 1:1000102/93‑1 (MQ=255)
gTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTg > 2:1560562/1‑93 (MQ=255)
tGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGt < 2:4248858/93‑1 (MQ=255)
ggCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTTAACCTGtt < 1:4630321/93‑1 (MQ=255)
ggCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGtt < 1:1166480/93‑1 (MQ=255)
cTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTg > 1:4713956/1‑93 (MQ=255)
gtgtTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGAt > 2:4510647/1‑93 (MQ=255)
tgtTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATa < 1:684234/93‑1 (MQ=255)
tgtTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATa > 1:2343355/1‑93 (MQ=255)
tgtTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATa > 1:218920/1‑93 (MQ=255)
gtTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATaa > 2:1651479/1‑93 (MQ=255)
gtTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATaa > 2:1732954/1‑93 (MQ=255)
ttCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAg > 2:70283/1‑93 (MQ=255)
tCCATCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGc < 1:2188602/93‑1 (MQ=255)
ccAGCAAACCAGTTCTCCTGGCCCCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGcc < 2:3906228/93‑1 (MQ=255)
ccAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGcc < 2:3461389/93‑1 (MQ=255)
cAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCt < 1:3534447/93‑1 (MQ=255)
cAGCAAACCAGTGCTCCTGGCACGCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGGGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCt < 1:3534446/93‑1 (MQ=255)
aGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTg < 2:2557256/93‑1 (MQ=255)
gCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTgg < 2:1379591/93‑1 (MQ=255)
cAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGga < 2:4682167/93‑1 (MQ=255)
aaCCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGgaga > 1:3490462/1‑93 (MQ=255)
cAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGatta < 2:1217099/93‑1 (MQ=255)
aGTTCTCCTGGCAGCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGattat < 1:3781417/93‑1 (MQ=255)
aGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGattat < 2:2587425/93‑1 (MQ=255)
aGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGAGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGattat < 2:2587424/93‑1 (MQ=255)
gTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGattatt < 1:733297/93‑1 (MQ=255)
gTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGattatt < 2:2876534/93‑1 (MQ=255)
ttCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTg < 1:1271290/93‑1 (MQ=255)
tctcCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGa < 2:1535790/93‑1 (MQ=255)
ctcCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGAt < 1:2745869/93‑1 (MQ=255)
tcCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGAta > 1:4235095/1‑92 (MQ=255)
tcCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATc < 2:784833/93‑1 (MQ=255)
tcCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATc > 1:4235094/1‑93 (MQ=255)
ccTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATca > 2:3918980/1‑93 (MQ=255)
tGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATcaac > 1:2008711/1‑93 (MQ=255)
ggCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATcaaca < 2:3865409/93‑1 (MQ=255)
ggCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATcaaca > 1:1825210/1‑93 (MQ=255)
gCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATcaacaa < 1:4117554/93‑1 (MQ=255)
gCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATcaacaa < 1:1242386/93‑1 (MQ=255)
aCCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATa > 2:1913532/1‑93 (MQ=255)
aCCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATa > 2:1167678/1‑93 (MQ=255)
aCCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATa < 1:3240407/93‑1 (MQ=255)
cccGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATAc < 1:2365097/93‑1 (MQ=255)
ccGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACt < 1:795886/93‑1 (MQ=255)
cGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTg < 2:4042112/93‑1 (MQ=255)
ggTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGc > 1:1146851/1‑93 (MQ=255)
gTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCg < 2:802886/93‑1 (MQ=255)
gTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATAAACAATACTGCg > 1:3885560/1‑93 (MQ=255)
gTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTT‑AAAGACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGCTTATTGATCAACAATACTGCg > 1:1410279/1‑93 (MQ=255)
tATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGt < 2:4161011/93‑1 (MQ=255)
tATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGt < 1:4221663/93‑1 (MQ=255)
aTCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTc > 2:2567705/1‑93 (MQ=255)
aTCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTc < 1:4345397/93‑1 (MQ=255)
cgcgcgcgGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCAt > 1:2990361/1‑93 (MQ=255)
gcgcgcgGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATa < 2:2955323/93‑1 (MQ=255)
gcgcgGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAg < 1:1106769/93‑1 (MQ=255)
gcgcgGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAg > 1:3709015/1‑93 (MQ=255)
gcgGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGaa > 2:3382709/1‑93 (MQ=255)
cgGTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGaaa > 2:3558759/1‑93 (MQ=255)
ggTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAAt > 1:3826513/1‑93 (MQ=255)
ggTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAAt > 1:3172121/1‑93 (MQ=255)
gTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAAtc > 2:114388/1‑93 (MQ=255)
gTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAAtc < 2:2604353/93‑1 (MQ=255)
gTGGGTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAAtc < 2:297178/93‑1 (MQ=255)
ggTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATctct < 1:3917500/93‑1 (MQ=255)
ggTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATctct < 1:3347447/93‑1 (MQ=255)
ggTAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATctct > 2:585488/1‑93 (MQ=255)
tAATGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCTCTAt < 2:4097216/93‑1 (MQ=255)
aTGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCTCTATTa < 1:665021/93‑1 (MQ=255)
aTGTTAAAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCTCTATTa < 1:2372519/93‑1 (MQ=255)
|
AGCGGTAAAGAAGCCTCAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTT‑AAA‑ACCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCTCTATTA > NC_000913/2008384‑2008563
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AGCCTCAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTT‑AAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCTCTATTAGACAAAGATT > NC_000913/2008395‑2008573
|
AGCCTCAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGC < SRR4302544.3311058/94‑1 (MQ=60)
GCCTCAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCG < SRR4302544.1560383/94‑1 (MQ=60)
TCAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGG > SRR4302544.1975526/1‑94 (MQ=60)
AGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAG > SRR4302544.2365320/1‑94 (MQ=60)
AAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTT < SRR4302544.1003441/94‑1 (MQ=60)
CGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATT < SRR4302544.3407784/94‑1 (MQ=60)
CGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCGAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCA < SRR4302544.4694221/94‑1 (MQ=60)
CGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCA < SRR4302544.2359277/94‑1 (MQ=60)
GCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAAC < SRR4302544.1513814/94‑1 (MQ=60)
CCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACC > SRR4302544.511423/1‑94 (MQ=60)
GTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGGGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGT < SRR4302544.1010009/94‑1 (MQ=60)
GGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTTAACCTGTTT < SRR4302544.4676220/94‑1 (MQ=60)
GGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTT < SRR4302544.1178113/94‑1 (MQ=60)
GCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTG > SRR4302544.4760521/1‑94 (MQ=60)
CTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGA > SRR4302544.1897220/1‑94 (MQ=60)
GTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATA > SRR4302544.221184/1‑94 (MQ=60)
GTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATA > SRR4302544.2365551/1‑94 (MQ=60)
TGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAA < SRR4302544.691041/94‑1 (MQ=60)
TCCATCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCC < SRR4302544.2209283/94‑1 (MQ=60)
CAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTG < SRR4302544.3568254/94‑1 (MQ=60)
CAGCAAACCAGTGCTCCTGGCACGCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGGGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTG < SRR4302544.3568253/94‑1 (MQ=60)
AAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGA > SRR4302544.3523737/1‑94 (MQ=60)
AGTTCTCCTGGCAGCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATT < SRR4302544.3818868/94‑1 (MQ=60)
AGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATT > SRR4302544.329399/1‑94 (MQ=60)
GTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTG < SRR4302544.740465/94‑1 (MQ=60)
TTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGA < SRR4302544.1283795/94‑1 (MQ=60)
TCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGAT < SRR4302544.3525018/94‑1 (MQ=60)
CTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATC < SRR4302544.2772321/94‑1 (MQ=60)
CTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATC > SRR4302544.4278260/1‑94 (MQ=60)
CTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATC > SRR4302544.1231817/1‑94 (MQ=60)
CTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATA > SRR4302544.4278261/1‑94 (MQ=60)
TCCTGGCCCCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCA < SRR4302544.2728304/94‑1 (MQ=60)
CTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAAC > SRR4302544.2028227/1‑94 (MQ=60)
TGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACA > SRR4302544.1842987/1‑94 (MQ=60)
GCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAAT < SRR4302544.1254647/94‑1 (MQ=60)
GCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAAT < SRR4302544.4158440/94‑1 (MQ=60)
CACCCGGTATCGTGTTCGGTGGGTAATGTT‑AAA‑ATCCAGGGCGCTTAGTTAATTTAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAAAA > SRR4302544.4237690/1‑94 (MQ=60)
ACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATAC < SRR4302544.3271426/94‑1 (MQ=60)
CCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACT < SRR4302544.2387480/94‑1 (MQ=60)
CCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTG < SRR4302544.803597/94‑1 (MQ=60)
CGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGC > SRR4302544.1158258/1‑94 (MQ=60)
GGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATAAACAATACTGCG > SRR4302544.3924152/1‑94 (MQ=60)
GGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTT‑AAAGA‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGCTTATTGATCAACAATACTGCG > SRR4302544.1424323/1‑94 (MQ=60)
TATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTC < SRR4302544.4264486/94‑1 (MQ=60)
ATCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCA < SRR4302544.4389576/94‑1 (MQ=60)
TCGCGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCAT > SRR4302544.3019039/1‑94 (MQ=60)
CGCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAG > SRR4302544.3745911/1‑94 (MQ=60)
GCGCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGA < SRR4302544.1117803/94‑1 (MQ=60)
GCGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAA < SRR4302544.4619036/94‑1 (MQ=60)
CGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAAT > SRR4302544.3202303/1‑94 (MQ=60)
CGGTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAAT > SRR4302544.3864463/1‑94 (MQ=60)
GTGGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCT < SRR4302544.3860251/94‑1 (MQ=60)
GGGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCTCT > SRR4302544.591207/1‑94 (MQ=60)
GGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCTCTA < SRR4302544.3379383/94‑1 (MQ=60)
GGTAATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCTCTA < SRR4302544.3956407/94‑1 (MQ=60)
ATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCTCTATTAG > SRR4302544.3535786/1‑94 (MQ=60)
ATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCTCTATTAG < SRR4302544.671588/94‑1 (MQ=60)
ATGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCTCTATTAG < SRR4302544.2394974/94‑1 (MQ=60)
TGTTAAAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGAGCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCTCTATTAGA > SRR4302544.2739256/1‑94 (MQ=60)
TA‑AAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCTCTATTAGACAA > SRR4302544.1414270/1‑94 (MQ=60)
A‑AAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCTCTATTAGACAAA < SRR4302544.3552057/94‑1 (MQ=60)
AAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCTCTATTAGACAAAG > SRR4302544.4033114/1‑94 (MQ=60)
AAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCTCTATTAGACAAAG < SRR4302544.693802/94‑1 (MQ=60)
A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCTCTATTAGACAAAGATT < SRR4302544.2978279/94‑1 (MQ=60)
A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCTCTATTAGACAAAGATT < SRR4302544.2022790/94‑1 (MQ=60)
|
AGCCTCAGAAATCGCGGCCAGTGGCTGTGTTCCAGCAAACCAGTTCTCCTGGCACCCGGTATCGCGCGCGGTGGGTAATGTT‑AAA‑A‑CCAGGGCGCGGAGTTAATTCAACCTGTTTGATAAGCCTGGAGATTATTGATCAACAATACTGCGTCATAAGAAATCTCTATTAGACAAAGATT > NC_000913/2008395‑2008573
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
