Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1357 |
179.3 |
9500450 |
96.1% |
9129932 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,365,769 |
T→C |
C227R (TGC→CGC) |
b2254 → |
putative sugar transferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,365,769 | 0 | T | C | 96.1%
| 383.7
/ 4.6
| 129 | C227R (TGC→CGC) | b2254 | putative sugar transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/2); new base C (51/73); total (54/75) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.49e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.35e-01 |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
ATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCTGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATT > NC_000913/2365682‑2365858
|
aTTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCtt < 1:4571212/93‑1 (MQ=255)
ttCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTa > 1:4242345/1‑93 (MQ=255)
ttCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTa < 2:2282521/93‑1 (MQ=255)
tCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTAc > 2:4496716/1‑93 (MQ=255)
ccAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTAcc < 2:4149066/93‑1 (MQ=255)
ccAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTAcc > 1:3417699/1‑93 (MQ=255)
cAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACca < 2:1475459/93‑1 (MQ=255)
cAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACca < 1:2661244/93‑1 (MQ=255)
cAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACca < 2:2569423/93‑1 (MQ=255)
tACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACaa > 2:3661216/1‑93 (MQ=255)
tACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACaa < 1:3089978/93‑1 (MQ=255)
gaCATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACaa < 1:2525370/92‑1 (MQ=255)
aCATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAAc > 2:3666885/1‑93 (MQ=255)
atcatGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAAcgc < 1:3017198/93‑1 (MQ=255)
tcatGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAAcgcc < 2:4243858/93‑1 (MQ=255)
tcatGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAAcgcc > 1:1104939/1‑93 (MQ=255)
gCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTa < 1:763104/93‑1 (MQ=255)
aGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTa < 2:873227/93‑1 (MQ=255)
aGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTa < 2:873224/93‑1 (MQ=255)
gCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTAt > 1:1794035/1‑93 (MQ=255)
gCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTAt < 1:2461643/93‑1 (MQ=255)
cGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATg < 1:722602/93‑1 (MQ=255)
gTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGc < 1:3015732/93‑1 (MQ=255)
gAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTg < 1:571308/93‑1 (MQ=255)
gTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAg > 1:3373646/1‑93 (MQ=255)
ttGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTc > 2:1748820/1‑93 (MQ=255)
ttGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTc < 1:4106454/93‑1 (MQ=255)
tGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCt < 1:2189540/93‑1 (MQ=255)
tGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCt > 2:1487874/1‑93 (MQ=255)
ggTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTg < 2:624535/93‑1 (MQ=255)
gTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGc > 2:337070/1‑93 (MQ=255)
tGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCt > 1:2202334/1‑93 (MQ=255)
gAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTc > 1:3090847/1‑93 (MQ=255)
aaTCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCg > 2:1023784/1‑93 (MQ=255)
aTCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCgg > 1:1239379/1‑93 (MQ=255)
aTCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCgg > 2:2119919/1‑93 (MQ=255)
tCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgc < 2:4690223/93‑1 (MQ=255)
accAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgc < 1:3115815/92‑1 (MQ=255)
ccAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgca < 1:680266/93‑1 (MQ=255)
ccAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgca > 1:1903683/1‑93 (MQ=255)
cAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgcag > 1:215921/1‑93 (MQ=255)
cAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgcag > 2:2642380/1‑93 (MQ=255)
cAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgcag > 2:2642381/1‑93 (MQ=255)
cAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgcag > 2:297356/1‑93 (MQ=255)
aaaTACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgcagc > 2:2703510/1‑93 (MQ=255)
aaTACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgcagct > 2:3471866/1‑92 (MQ=255)
aaTACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgcagca < 2:1374315/93‑1 (MQ=255)
tACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCatt < 1:4284369/93‑1 (MQ=255)
tACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCatt > 2:3096032/1‑93 (MQ=255)
tACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCatt < 1:2949348/93‑1 (MQ=255)
cAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCattat > 1:508171/1‑93 (MQ=255)
cAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCattat < 2:4552395/93‑1 (MQ=255)
ttttATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGc < 2:3046318/93‑1 (MQ=255)
ttttATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGc > 1:813715/1‑93 (MQ=255)
ttttATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGc > 1:813849/1‑93 (MQ=255)
ttttATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGc < 1:541785/93‑1 (MQ=255)
tttATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCg < 1:3226403/93‑1 (MQ=255)
tATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCTGCCTTACCACAACGCCGCTAAGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGAt > 2:4272139/1‑93 (MQ=255)
tATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGAt < 1:3169937/93‑1 (MQ=255)
tATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGAt < 2:1776978/93‑1 (MQ=255)
tATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGAt < 1:4061410/93‑1 (MQ=255)
aTGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCTGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGAtt > 1:4112060/1‑93 (MQ=255)
aTGCCCCTGATTAATTTGATGTCCGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGAtt < 1:2330595/93‑1 (MQ=255)
gcgcCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTgg < 2:3788558/93‑1 (MQ=255)
ctccTGATTAGTTTGATGTACGCCCTGGTGTCCCGCCTTACCCCAACGCCGTTTCGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGa < 2:4076176/91‑1 (MQ=255)
gcCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAg > 1:1117698/1‑93 (MQ=255)
gcCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAg > 1:3922760/1‑93 (MQ=255)
gcCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAg < 2:195544/93‑1 (MQ=255)
ccTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAgg < 2:3890283/93‑1 (MQ=255)
cTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGt < 2:2278075/93‑1 (MQ=255)
tGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGtt < 2:4207065/93‑1 (MQ=255)
tGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGtt > 1:3892026/1‑93 (MQ=255)
tGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGtt > 1:3831176/1‑93 (MQ=255)
gATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGttt < 2:1158521/93‑1 (MQ=255)
gATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGttt < 1:3736874/93‑1 (MQ=255)
ttAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTa < 1:3710065/93‑1 (MQ=255)
ttAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTa < 2:4641050/93‑1 (MQ=255)
aTTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCa > 1:387972/1‑93 (MQ=255)
tttGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCAt < 1:3729477/93‑1 (MQ=255)
ttGATGTGCGACCGGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCAtt < 2:4368142/93‑1 (MQ=255)
ttGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCAtt < 1:3448345/93‑1 (MQ=255)
ttGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCAtt < 1:3401481/93‑1 (MQ=255)
ttGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCAtt < 1:2648288/93‑1 (MQ=255)
ttGATGTACCACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCAtt > 2:1217610/1‑93 (MQ=255)
gATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTgg > 2:1630774/1‑92 (MQ=255)
aTGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCg < 2:2106041/93‑1 (MQ=255)
aTGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCg > 2:1080965/1‑93 (MQ=255)
tGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCgg < 2:4444762/93‑1 (MQ=255)
gTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGt < 2:2196227/93‑1 (MQ=255)
tACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGtg > 1:1300942/1‑93 (MQ=255)
aCGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGtgc < 2:1104939/93‑1 (MQ=255)
caCCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGtgctg < 1:448541/92‑1 (MQ=255)
aCCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGtgctgc < 1:1517533/93‑1 (MQ=255)
ccTGGTGACCTGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTgctgct < 2:3735410/93‑1 (MQ=255)
ccTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTgctgct < 2:70198/93‑1 (MQ=255)
cTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGctgctg < 2:2957943/93‑1 (MQ=255)
ggTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGt > 1:793727/1‑93 (MQ=255)
ggTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGt < 1:2332189/93‑1 (MQ=255)
gACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGAt > 2:397669/1‑93 (MQ=255)
aCCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGAtt > 1:4045135/1‑93 (MQ=255)
|
ATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCTGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATT > NC_000913/2365682‑2365858
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATTGAAATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCTGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTTAC > NC_000913/2365676‑2365862
|
ATTGAAATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCC > SRR4302544.3064067/1‑94 (MQ=60)
TTGAAATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCG > SRR4302544.3584693/1‑94 (MQ=60)
ATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTA < SRR4302544.4616775/94‑1 (MQ=60)
ATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTA > SRR4302544.4285591/1‑94 (MQ=60)
TCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACC > SRR4302544.3450369/1‑94 (MQ=60)
CCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCA > SRR4302544.3149169/1‑94 (MQ=60)
CAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCAC < SRR4302544.2686765/94‑1 (MQ=60)
TACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAAC > SRR4302544.790357/1‑94 (MQ=60)
TACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAAC < SRR4302544.3119415/94‑1 (MQ=60)
GACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAAC < SRR4302544.2549641/94‑1 (MQ=60)
ACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACG < SRR4302544.3078386/94‑1 (MQ=60)
ATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCC > SRR4302544.1115941/1‑94 (MQ=60)
ATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCC < SRR4302544.3046125/94‑1 (MQ=60)
GCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTAC < SRR4302544.770543/94‑1 (MQ=60)
AGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTAT > SRR4302544.1811577/1‑94 (MQ=60)
GCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATG < SRR4302544.2485145/94‑1 (MQ=60)
CGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGC < SRR4302544.729716/94‑1 (MQ=60)
CGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGC > SRR4302544.4105221/1‑94 (MQ=60)
GTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCT < SRR4302544.3044643/94‑1 (MQ=60)
GTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAACTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCT > SRR4302544.4307403/1‑94 (MQ=60)
GAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGA < SRR4302544.576894/94‑1 (MQ=60)
AGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAG > SRR4302544.3405855/1‑94 (MQ=60)
TTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTC > SRR4302544.252042/1‑94 (MQ=60)
TTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCT < SRR4302544.4147291/94‑1 (MQ=60)
TTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCT < SRR4302544.1455259/94‑1 (MQ=60)
TGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTG < SRR4302544.2210224/94‑1 (MQ=60)
GTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCT > SRR4302544.2223083/1‑94 (MQ=60)
TGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTC > SRR4302544.3120293/1‑94 (MQ=60)
AATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGG > SRR4302544.1251621/1‑94 (MQ=60)
TCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCA > SRR4302544.1922082/1‑94 (MQ=60)
ACCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCA < SRR4302544.3145453/94‑1 (MQ=60)
CCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCTGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAG > SRR4302544.3851071/1‑94 (MQ=60)
CCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAG < SRR4302544.687021/94‑1 (MQ=60)
CCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAG < SRR4302544.3950118/94‑1 (MQ=60)
CCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAG > SRR4302544.218147/1‑94 (MQ=60)
ATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATT > SRR4302544.3419188/1‑94 (MQ=60)
TACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTA < SRR4302544.4328135/94‑1 (MQ=60)
TACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTA > SRR4302544.841452/1‑94 (MQ=60)
TACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTA < SRR4302544.2977674/94‑1 (MQ=60)
ACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTAT > SRR4302544.513179/1‑94 (MQ=60)
GTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGC > SRR4302544.821660/1‑94 (MQ=60)
GTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGC > SRR4302544.821794/1‑94 (MQ=60)
TTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCG < SRR4302544.547117/94‑1 (MQ=60)
TTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGA < SRR4302544.3257251/94‑1 (MQ=60)
TATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCTGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATT > SRR4302544.4152926/1‑94 (MQ=60)
TATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATT < SRR4302544.3526082/94‑1 (MQ=60)
TATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATT < SRR4302544.3200103/94‑1 (MQ=60)
TATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATT < SRR4302544.4101856/94‑1 (MQ=60)
ATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTG > SRR4302544.193059/1‑94 (MQ=60)
ATGCCCCTGATTAATTTGATGTCCGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTG < SRR4302544.2352693/94‑1 (MQ=60)
CGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAG > SRR4302544.1128852/1‑94 (MQ=60)
CGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAG > SRR4302544.3961727/1‑94 (MQ=60)
CTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTT > SRR4302544.3930687/1‑94 (MQ=60)
CTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTT > SRR4302544.3869163/1‑94 (MQ=60)
GATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTT < SRR4302544.2738820/94‑1 (MQ=60)
GATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTT < SRR4302544.3774022/94‑1 (MQ=60)
GATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTT > SRR4302544.1932407/1‑94 (MQ=60)
TTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAG < SRR4302544.3746971/94‑1 (MQ=60)
AATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCA > SRR4302544.391916/1‑94 (MQ=60)
TTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATT < SRR4302544.3766558/94‑1 (MQ=60)
TTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTG < SRR4302544.3481280/94‑1 (MQ=60)
TTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTG < SRR4302544.2673685/94‑1 (MQ=60)
TTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTG < SRR4302544.3434001/94‑1 (MQ=60)
ATGTACGACCTGGTGACCTGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGG < SRR4302544.2226557/94‑1 (MQ=60)
GTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTG > SRR4302544.1313735/1‑94 (MQ=60)
CGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTG > SRR4302544.4697454/1‑94 (MQ=60)
CACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGC < SRR4302544.453001/94‑1 (MQ=60)
ACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCT < SRR4302544.1532593/94‑1 (MQ=60)
CCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGGTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTG < SRR4302544.669592/94‑1 (MQ=60)
TGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGT > SRR4302544.801409/1‑94 (MQ=60)
GGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTG < SRR4302544.2354304/94‑1 (MQ=60)
GACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATT > SRR4302544.4085428/1‑94 (MQ=60)
CCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTT > SRR4302544.1399458/1‑94 (MQ=60)
CCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTT < SRR4302544.4059099/94‑1 (MQ=60)
CGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTTAC > SRR4302544.4547922/1‑94 (MQ=60)
CGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTTAC < SRR4302544.139058/94‑1 (MQ=60)
|
ATTGAAATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCTGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTTAC > NC_000913/2365676‑2365862
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
