Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1475 |
266.7 |
13469680 |
98.2% |
13227225 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,365,769 |
T→C |
C227R (TGC→CGC) |
b2254 → |
putative sugar transferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,365,769 | 0 | T | C | 100.0%
| 709.6
/ NA
| 218 | C227R (TGC→CGC) | b2254 | putative sugar transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (111/107); total (111/107) |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
GAAATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCTGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATT > NC_000913/2365679‑2365858
|
ttCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTa > 2:1777366/1‑93 (MQ=255)
tCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTAc < 1:4738474/93‑1 (MQ=255)
ccAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTAcc < 1:1165301/93‑1 (MQ=255)
ccAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTAcc > 2:4114095/1‑93 (MQ=255)
ccAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTAcc > 2:438737/1‑93 (MQ=255)
cAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACca < 2:6285089/93‑1 (MQ=255)
cAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACca > 1:3918086/1‑93 (MQ=255)
tACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACaa > 1:2482639/1‑93 (MQ=255)
tACATCATGCCGAGCGTGAGGTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATTCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGAGACCCGCCTTACCACaa > 1:6231504/1‑93 (MQ=255)
atcatGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAAcgc > 2:1260108/1‑93 (MQ=255)
atcatGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGGACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAAcgc > 1:2639155/1‑93 (MQ=255)
tGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCt > 2:2395999/1‑93 (MQ=255)
tGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCt < 2:1462859/93‑1 (MQ=255)
gCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTa < 1:1025478/93‑1 (MQ=255)
ccGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTAc < 2:4822501/93‑1 (MQ=255)
ccGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGAAGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTAc < 2:537161/93‑1 (MQ=255)
aGCGTGTGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGtt > 1:5081798/1‑92 (MQ=255)
aGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTa < 1:1305134/93‑1 (MQ=255)
gCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTAt > 1:5288332/1‑93 (MQ=255)
cGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATg < 1:5055746/93‑1 (MQ=255)
gTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGc > 2:551655/1‑93 (MQ=255)
gTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGc > 1:6094912/1‑93 (MQ=255)
gTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGc < 1:4086848/93‑1 (MQ=255)
gAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTg < 2:4242021/93‑1 (MQ=255)
aGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGa < 1:2866025/93‑1 (MQ=255)
tttGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGt < 2:596837/93‑1 (MQ=255)
tttGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGt < 1:4627474/93‑1 (MQ=255)
ttGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTc < 1:4146848/93‑1 (MQ=255)
tGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCt < 2:3693750/93‑1 (MQ=255)
aTCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCgg < 1:3135616/93‑1 (MQ=255)
tCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgc < 2:4021502/93‑1 (MQ=255)
tCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgc > 2:558836/1‑93 (MQ=255)
ccAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgca > 1:1242936/1‑93 (MQ=255)
ccAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgca < 2:206872/93‑1 (MQ=255)
ccAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgca < 2:5487636/93‑1 (MQ=255)
ccAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgca < 1:3869606/93‑1 (MQ=255)
cAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgcag > 2:4168751/1‑93 (MQ=255)
aaTACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgcagca > 1:3147154/1‑93 (MQ=255)
aaTACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgcagca < 2:4203918/93‑1 (MQ=255)
aTACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCat > 1:1890977/1‑93 (MQ=255)
aTACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCat > 2:2625856/1‑93 (MQ=255)
aTACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCat > 1:1719926/1‑93 (MQ=255)
tACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCatt < 1:2758824/93‑1 (MQ=255)
tACAGTTTTATGCGCCTGATTAATCTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCatt > 1:6463590/1‑93 (MQ=255)
aCAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCatta < 1:5241589/93‑1 (MQ=255)
cAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCattat > 2:3661453/1‑93 (MQ=255)
aGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCattatt < 1:3085563/93‑1 (MQ=255)
gTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTg > 2:1609310/1‑93 (MQ=255)
gTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTg > 1:565156/1‑93 (MQ=255)
gTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTg > 1:613693/1‑93 (MQ=255)
ttttATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGc < 2:3818757/93‑1 (MQ=255)
tttATGGGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCg < 1:4031113/93‑1 (MQ=255)
tttATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCg < 2:3774350/93‑1 (MQ=255)
ttATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGa < 2:2709438/93‑1 (MQ=255)
ttATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGa < 2:6022393/93‑1 (MQ=255)
aTGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGAtt < 2:6551875/93‑1 (MQ=255)
aTGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGAtt > 1:3617205/1‑93 (MQ=255)
aTGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGAtt > 1:43193/1‑93 (MQ=255)
tGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTg < 1:3588159/93‑1 (MQ=255)
tGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTg > 2:2844044/1‑93 (MQ=255)
tGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGACTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTg > 2:5758438/1‑93 (MQ=255)
gcgcCTGATTAATTTGATGTACGACATGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGAttcg < 2:6481904/93‑3 (MQ=255)
gcCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAg < 1:842962/93‑1 (MQ=255)
gcCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAg < 2:4091616/93‑1 (MQ=255)
ccTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAgg > 1:2537657/1‑93 (MQ=255)
cTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGt > 1:255547/1‑93 (MQ=255)
cTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGt < 2:3288813/93‑1 (MQ=255)
cTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGt < 2:143454/93‑1 (MQ=255)
tGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGtt > 2:3947642/1‑93 (MQ=255)
gATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGttt > 2:3502450/1‑93 (MQ=255)
gATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGttt < 1:3432349/93‑1 (MQ=255)
aTTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGtttt > 2:4992333/1‑93 (MQ=255)
aTTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGtttt < 1:5690790/93‑1 (MQ=255)
aTTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCa < 2:3058437/93‑1 (MQ=255)
aTTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCa > 1:3759682/1‑93 (MQ=255)
aTTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCa > 2:2262173/1‑93 (MQ=255)
aTTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCa < 1:5382361/93‑1 (MQ=255)
tttGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCAt < 1:4529005/93‑1 (MQ=255)
tttGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCAt < 1:1531693/93‑1 (MQ=255)
tttGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCAt > 1:6390765/1‑93 (MQ=255)
tttGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCAt < 2:3594290/93‑1 (MQ=255)
ttGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCAtt > 2:4781883/1‑93 (MQ=255)
gATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGc > 1:5814463/1‑93 (MQ=255)
gATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGc < 1:2669619/93‑1 (MQ=255)
tACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGtg < 1:4946564/93‑1 (MQ=255)
aCGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGtgc < 1:5164356/93‑1 (MQ=255)
cGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGtgct < 2:2890667/93‑1 (MQ=255)
gACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGtgctg > 1:3834961/1‑93 (MQ=255)
gccTGGTGCCCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGATGTTTTAGCATTGCGGtgcttc < 1:2146771/92‑3 (MQ=255)
ccTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTgctgct > 1:1139632/1‑93 (MQ=255)
cTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGctgctg > 2:4580570/1‑93 (MQ=255)
cTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGctgctg > 2:3902681/1‑93 (MQ=255)
ggTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTggg > 1:513134/1‑92 (MQ=255)
ggTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGt > 1:145981/1‑93 (MQ=255)
gTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTg > 1:1905080/1‑93 (MQ=255)
tGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGa < 2:3356599/93‑1 (MQ=255)
gACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGAt < 1:4305811/93‑1 (MQ=255)
gACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGAt > 1:6674306/1‑93 (MQ=255)
aCCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGAtt < 2:525926/93‑1 (MQ=255)
aCCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGAtt > 1:2054581/1‑93 (MQ=255)
|
GAAATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCTGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATT > NC_000913/2365679‑2365858
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TTGAAATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCTGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTTAC > NC_000913/2365677‑2365862
|
TTGAAATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCG < SRR4302536.1153507/94‑1 (MQ=60)
TTGAAATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCG < SRR4302536.564305/94‑1 (MQ=60)
TGAAATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGC < SRR4302536.1234843/94‑1 (MQ=60)
GAAATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCC < SRR4302536.3889867/94‑1 (MQ=60)
GAAATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCC < SRR4302536.2174864/94‑1 (MQ=60)
AATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTT < SRR4302536.4266639/94‑1 (MQ=60)
TCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACC < SRR4302536.4881053/94‑1 (MQ=60)
CCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCA > SRR4302536.4034555/1‑94 (MQ=60)
CCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCA < SRR4302536.1200378/94‑1 (MQ=60)
CAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCAC > SRR4302536.1158714/1‑94 (MQ=60)
GTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAA > SRR4302536.2557539/1‑94 (MQ=60)
GTACATCATGCCGAGCGTGAGGTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATTCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGAGACCCGCCTTACCACAA > SRR4302536.6417167/1‑94 (MQ=60)
ACATCATGCCGAGCGTCAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACG < SRR4302536.6319239/94‑1 (MQ=60)
CATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGC > SRR4302536.3966257/1‑94 (MQ=60)
CATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGGACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGC > SRR4302536.2718269/1‑94 (MQ=60)
ATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCC < SRR4302536.1285779/94‑1 (MQ=60)
ATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCC < SRR4302536.3830861/94‑1 (MQ=60)
ATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCC < SRR4302536.1274647/94‑1 (MQ=60)
ATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCC > SRR4302536.1961993/1‑94 (MQ=60)
TCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCG > SRR4302536.355112/1‑94 (MQ=60)
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AATCCAATTACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGTTGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGG > SRR4302536.5456682/1‑94 (MQ=60)
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CCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAG < SRR4302536.3984728/94‑1 (MQ=60)
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AAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCA > SRR4302536.3239310/1‑94 (MQ=60)
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GCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGG < SRR4302536.867746/94‑1 (MQ=60)
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tcgcctTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTGCGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCT < SRR4302536.3076847/88‑1 (MQ=60)
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CGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTG > SRR4302536.4179605/1‑94 (MQ=60)
GCCTGGTGCCCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGATGTTTTAGCATTGCGGTGCTTCT < SRR4302536.2211209/94‑1 (MQ=60)
ACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCT > SRR4302536.1173894/1‑94 (MQ=60)
CTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGG > SRR4302536.6299997/1‑94 (MQ=60)
TGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGT > SRR4302536.149786/1‑94 (MQ=60)
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TGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTTCGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTG < SRR4302536.3712703/94‑1 (MQ=60)
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GACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATT < SRR4302536.4434599/94‑1 (MQ=60)
ACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTT > SRR4302536.4456489/1‑94 (MQ=60)
ACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTT > SRR4302536.728822/1‑94 (MQ=60)
CCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTTA < SRR4302536.4642049/94‑1 (MQ=60)
CGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTTAC < SRR4302536.1536554/94‑1 (MQ=60)
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TTGAAATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCTGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATTTTAC > NC_000913/2365677‑2365862
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
