Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1357 |
179.3 |
9500450 |
96.1% |
9129932 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,463,677 |
C→T |
G166G (GGC→GGT) |
hofD → |
leader peptidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,463,677 | 0 | C | T | 99.2%
| 443.5
/ NA
| 128 | G166G (GGC→GGT) | hofD | leader peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (48/79); minor base G (1/0); total (49/79) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.83e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCA > NC_000913/3463590‑3463766
|
gCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATg > 2:4331172/1‑93 (MQ=255)
gCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATg < 1:4710765/93‑1 (MQ=255)
tgtgGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGgt < 2:3670791/93‑1 (MQ=255)
tgtgGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGgt > 1:97690/1‑93 (MQ=255)
gtggtgTGTTTACTGGGGAGTGTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATGGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGgtg < 1:2251454/93‑1 (MQ=255)
tggtgTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGgtgt < 1:385096/93‑1 (MQ=255)
gtgtgtTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGtgg < 1:103470/93‑1 (MQ=255)
tgtgtTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGtggc > 1:574230/1‑93 (MQ=255)
tgtgtTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGtggc < 1:771862/93‑1 (MQ=255)
tgtgtTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGtggc < 1:775373/93‑1 (MQ=255)
tgtgtTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGtggc < 2:1395422/93‑1 (MQ=255)
gtgtgtACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTGCGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGtggct < 1:2548876/93‑1 (MQ=255)
gtgtTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGtggct < 2:2843240/93‑1 (MQ=255)
gtgtTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGtggct < 1:4485240/93‑1 (MQ=255)
gtgtTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGtggct < 2:3957947/93‑1 (MQ=255)
gtgtTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGtggct < 1:2299330/93‑1 (MQ=255)
gtgtTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGtggct < 2:3519103/93‑1 (MQ=255)
tgtTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGtggctg < 1:4739769/93‑1 (MQ=255)
gtTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGtggctgg < 1:3091028/93‑1 (MQ=255)
gtTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGGGtggctgg > 2:1616077/1‑93 (MQ=255)
tttACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGtggctggc < 1:3582660/93‑1 (MQ=255)
aCTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAGGAGGGGTTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTGCTGGCCGCTGCAGTTGCATGGTGgggctgggcaa > 2:390110/1‑89 (MQ=255)
aCTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCaaa < 2:3498805/93‑1 (MQ=255)
aCTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCaaa > 2:390111/1‑93 (MQ=255)
tGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACg > 1:2144010/1‑93 (MQ=255)
ggggCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGt < 1:3912899/93‑1 (MQ=255)
ggggCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCAGGGTATGGCTGGTAAACGt < 1:3912900/93‑1 (MQ=255)
gggCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGtt < 1:1039470/93‑1 (MQ=255)
gggCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCGGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGtt < 2:1720293/93‑1 (MQ=255)
ggCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTg < 1:3955098/93‑1 (MQ=255)
gCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGc < 2:79299/93‑1 (MQ=255)
tCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGccca > 2:169389/1‑91 (MQ=255)
ctcgTTAGTATGCAACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTTATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAAt < 2:2301743/90‑1 (MQ=255)
cTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAAt < 1:3038573/93‑1 (MQ=255)
tGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATg < 1:1469538/93‑1 (MQ=255)
tGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATg > 1:3716632/1‑93 (MQ=255)
ggTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGa > 2:3355052/1‑93 (MQ=255)
ggTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGa > 2:3739748/1‑93 (MQ=255)
ttAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATa < 2:2027775/93‑1 (MQ=255)
ttAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATa > 2:1672004/1‑93 (MQ=255)
ttAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATa < 1:2449490/93‑1 (MQ=255)
tAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATAc < 2:3813158/93‑1 (MQ=255)
tAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATAc < 1:2083603/93‑1 (MQ=255)
tAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATAc < 2:2452590/93‑1 (MQ=255)
tAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACAGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATAc < 2:1466403/93‑1 (MQ=255)
aGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATAct > 1:3392433/1‑93 (MQ=255)
gTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGGAAACGTTGCCAATTATTctg > 1:1936572/1‑93 (MQ=255)
tttGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATActgc < 2:2535066/93‑1 (MQ=255)
tttGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATActgc > 2:822978/1‑93 (MQ=255)
cacaAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGAtt > 2:711970/1‑93 (MQ=255)
aaaGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGcc < 2:1768663/93‑1 (MQ=255)
aaaGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGcc > 2:3385235/1‑93 (MQ=255)
aaGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCt > 1:186281/1‑93 (MQ=255)
aaGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCt > 2:4663308/1‑93 (MQ=255)
aaGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCt > 1:4166200/1‑93 (MQ=255)
agagGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTc < 2:3429456/93‑1 (MQ=255)
agagGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTc < 2:548158/93‑1 (MQ=255)
gagGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCg > 2:2108579/1‑93 (MQ=255)
agGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGc < 2:2974823/93‑1 (MQ=255)
gggATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCt < 1:3032213/93‑1 (MQ=255)
ggATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTg > 1:129371/1‑93 (MQ=255)
ggATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTg < 2:4464639/93‑1 (MQ=255)
aTTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTggg < 1:1062840/93‑1 (MQ=255)
ttGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGt < 1:272519/93‑1 (MQ=255)
tGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTg < 2:2666663/93‑1 (MQ=255)
ggCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGc < 1:2543955/93‑1 (MQ=255)
gCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCa < 1:4197518/93‑1 (MQ=255)
cTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGGAAACGCTGACAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCAt > 1:740300/1‑93 (MQ=255)
tACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCCGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGGTACTGCTGATTGCGTTGTTGGGTGGCGtt > 2:2136927/1‑93 (MQ=255)
tACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCAtt > 2:4148362/1‑93 (MQ=255)
aCGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTg < 2:2119589/93‑1 (MQ=255)
aCGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTg < 1:3453818/93‑1 (MQ=255)
aCGGTGATGTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTg < 1:2253194/93‑1 (MQ=255)
cGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTgg < 2:3133366/93‑1 (MQ=255)
cGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGATGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCAttcg < 2:3133367/93‑3 (MQ=255)
ggTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGt > 2:4480911/1‑93 (MQ=255)
ggTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGt < 2:943220/93‑1 (MQ=255)
ggTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGt > 2:2433835/1‑93 (MQ=255)
gTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCCAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGGGGGATTGGtt > 1:2065510/1‑93 (MQ=255)
gATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTAc > 2:4096992/1‑93 (MQ=255)
aTTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACg > 2:1598778/1‑93 (MQ=255)
tttCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGc > 1:2414315/1‑93 (MQ=255)
cAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCAt < 1:3685019/93‑1 (MQ=255)
aaGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATc < 1:1312235/93‑1 (MQ=255)
aGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCg > 1:1355855/1‑93 (MQ=255)
aGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCg > 2:4105756/1‑93 (MQ=255)
gCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGt > 2:2878679/1‑93 (MQ=255)
cTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGtt < 1:635123/93‑1 (MQ=255)
tACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGttt > 1:1011347/1‑93 (MQ=255)
tACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGGGTGGCTGGCAACCGTTGCCAATGATACTCCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGttt > 1:1504638/1‑93 (MQ=255)
tgtccGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGTCATTGGTTACGCCATCGTTTcac < 1:2897785/90‑1 (MQ=255)
tGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTcac < 1:1193501/93‑1 (MQ=255)
ggCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTcaca > 2:2653196/1‑93 (MQ=255)
ccGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAAc < 1:1715580/93‑1 (MQ=255)
cGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACt < 2:1912641/93‑1 (MQ=255)
cTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTc < 1:931457/93‑1 (MQ=255)
tGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCt > 2:3102568/1‑93 (MQ=255)
tGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGACAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCt < 2:3578789/93‑1 (MQ=255)
gCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTg > 1:767328/1‑93 (MQ=255)
cAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGc > 1:4293845/1‑93 (MQ=255)
|
GCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCA > NC_000913/3463590‑3463766
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCAACGC > NC_000913/3463590‑3463770
|
GCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGG < SRR4302544.4757302/94‑1 (MQ=60)
CTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGT > SRR4302544.98583/1‑94 (MQ=60)
GTGGTGTGTTTACTGGGGAGTGTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATGGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGT < SRR4302544.2272614/94‑1 (MQ=60)
TGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTG < SRR4302544.389012/94‑1 (MQ=60)
GTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGC < SRR4302544.104421/94‑1 (MQ=60)
GTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGC > SRR4302544.579844/1‑94 (MQ=60)
TGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCT < SRR4302544.779369/94‑1 (MQ=60)
TGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCT < SRR4302544.782899/94‑1 (MQ=60)
GTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTG < SRR4302544.4530300/94‑1 (MQ=60)
GTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTG < SRR4302544.2321036/94‑1 (MQ=60)
GTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTGGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTG < SRR4302544.2573356/94‑1 (MQ=60)
GTGTGTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTGCGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTG < SRR4302544.2573357/94‑1 (MQ=60)
TGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGG < SRR4302544.4786483/94‑1 (MQ=60)
GTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGC < SRR4302544.3120475/94‑1 (MQ=60)
TTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCA < SRR4302544.3617037/94‑1 (MQ=60)
CTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACG > SRR4302544.2164457/1‑94 (MQ=60)
GGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTT < SRR4302544.3951772/94‑1 (MQ=60)
GGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCAGGGTATGGCTGGTAAACGTT < SRR4302544.3951773/94‑1 (MQ=60)
GGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTG < SRR4302544.1049793/94‑1 (MQ=60)
GGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGC < SRR4302544.3994417/94‑1 (MQ=60)
GCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCC > SRR4302544.1353926/1‑94 (MQ=60)
GCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGGGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCC > SRR4302544.3943742/1‑94 (MQ=60)
GTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGCTTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGCGTGGCTcgccaaagttggcaa > SRR4302544.1120340/1‑79 (MQ=60)
CTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATG > SRR4302544.75209/1‑94 (MQ=60)
CTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATG < SRR4302544.3067651/94‑1 (MQ=60)
CTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATG > SRR4302544.3753604/1‑94 (MQ=60)
TGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGA < SRR4302544.1484102/94‑1 (MQ=60)
TGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGA > SRR4302544.4386111/1‑94 (MQ=60)
TTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATAC < SRR4302544.2472854/94‑1 (MQ=60)
TAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACT < SRR4302544.2103640/94‑1 (MQ=60)
TAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACT > SRR4302544.3424865/1‑94 (MQ=60)
AGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGGAAACGTTGCCAATTATTCTG > SRR4302544.1955318/1‑94 (MQ=60)
ACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGC < SRR4302544.2382018/94‑1 (MQ=60)
AAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCT > SRR4302544.188134/1‑94 (MQ=60)
AAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCT > SRR4302544.4207471/1‑94 (MQ=60)
GGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTG > SRR4302544.130561/1‑94 (MQ=60)
GGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTG < SRR4302544.3061262/94‑1 (MQ=60)
GATTGGGCTAAGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATATTGCTGATTGCCTCGCTGGG < SRR4302544.2958860/94‑1 (MQ=60)
ATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGT < SRR4302544.1073410/94‑1 (MQ=60)
TTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTG < SRR4302544.275386/94‑1 (MQ=60)
GGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCA < SRR4302544.2568377/94‑1 (MQ=60)
GCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGGAAACGCTGACAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCAT > SRR4302544.747546/1‑94 (MQ=60)
GCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCAT < SRR4302544.4239285/94‑1 (MQ=60)
ACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGG < SRR4302544.3486791/94‑1 (MQ=60)
ACGGTGATGTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGG < SRR4302544.2274378/94‑1 (MQ=60)
CGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGT < SRR4302544.3356808/94‑1 (MQ=60)
CGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGT < SRR4302544.3693009/94‑1 (MQ=60)
CGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGT < SRR4302544.1688144/94‑1 (MQ=60)
CGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGAATGGGGTGGCTGGGGAACGTTGCCCATGATACTGGTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTTGT > SRR4302544.4055364/1‑94 (MQ=60)
GGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCCAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGGGGGATTGGTT > SRR4302544.2085359/1‑94 (MQ=60)
TGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTAC < SRR4302544.53633/94‑1 (MQ=60)
GGATTGCAAGCTACCTGCCGCTGCAGGTGCGTGGTGTGGCTGGCAAACTTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTAGCATTGGTTAC < SRR4302544.53634/94‑1 (MQ=60)
GATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACG < SRR4302544.4153638/94‑1 (MQ=60)
ATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGC > SRR4302544.2437284/1‑94 (MQ=60)
CAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATC < SRR4302544.3721758/94‑1 (MQ=60)
AAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCG < SRR4302544.859650/94‑1 (MQ=60)
AAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCG > SRR4302544.1369304/1‑94 (MQ=60)
AAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCG < SRR4302544.1325138/94‑1 (MQ=60)
CTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTT > SRR4302544.1021423/1‑94 (MQ=60)
CTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTT < SRR4302544.641385/94‑1 (MQ=60)
CTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGGGTGGCTGGCAACCGTTGCCAATGATACTCCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTT > SRR4302544.1519536/1‑94 (MQ=60)
ACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCA < SRR4302544.2270195/94‑1 (MQ=60)
TGTCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGTCATTGGTTACGCCATCGTTTCACA < SRR4302544.2925692/94‑1 (MQ=60)
TGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACA < SRR4302544.1205339/94‑1 (MQ=60)
CCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACT < SRR4302544.1732451/94‑1 (MQ=60)
CGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTT > SRR4302544.2041805/1‑94 (MQ=60)
CTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCT < SRR4302544.940635/94‑1 (MQ=60)
TGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTG > SRR4302544.774800/1‑94 (MQ=60)
GCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGC > SRR4302544.4337683/1‑94 (MQ=60)
AGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCAA > SRR4302544.2837023/1‑94 (MQ=60)
AGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGCTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTTGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTTACAACTTCTGCAA > SRR4302544.681813/1‑94 (MQ=60)
GGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCAAC < SRR4302544.1118235/94‑1 (MQ=60)
GGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCAAC < SRR4302544.1432491/94‑1 (MQ=60)
TGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTAGGCCATCGTTTCACAACTTCTGCAACGC > SRR4302544.1546789/1‑94 (MQ=60)
TGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCAACGC > SRR4302544.3181667/1‑94 (MQ=60)
|
GCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCAACGC > NC_000913/3463590‑3463770
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
