Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1357 |
179.3 |
9500450 |
96.1% |
9129932 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,544,360 |
+G |
coding (166/1314 nt) |
gntT → |
gluconate permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,544,358 | 1 | . | G | 100.0%
| 508.8
/ NA
| 156 | A55G (GCG→GGG) | gntT | gluconate permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base G (63/93); total (63/93) |
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GC‑GGACG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > NC_000913/3544283‑3544437
|
tCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGcc > 1:483713/1‑93 (MQ=255)
tCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGcc < 1:1363508/93‑1 (MQ=255)
cGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCt < 1:1254710/93‑1 (MQ=255)
cGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCt < 1:3838179/93‑1 (MQ=255)
cGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCt < 2:4055064/93‑1 (MQ=255)
cGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCt < 2:3165191/93‑1 (MQ=255)
gTGGCGCTTGCTGTTGGATTACTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCtt > 1:3083358/1‑93 (MQ=255)
gTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCtt < 2:1063644/93‑1 (MQ=255)
gTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCtt < 2:1429623/93‑1 (MQ=255)
cgcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGccc < 1:2363813/93‑1 (MQ=255)
gcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGGCTTGCCCt > 2:3879782/1‑93 (MQ=255)
tGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGGCTTGCCCTGAt > 2:4592915/1‑93 (MQ=255)
tGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGAt > 2:2955420/1‑93 (MQ=255)
gCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATc < 1:4464944/93‑1 (MQ=255)
cTGTTGGATTCATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTGCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCa < 2:762057/93‑1 (MQ=255)
cTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCa < 1:1229933/93‑1 (MQ=255)
tGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAt > 1:431237/1‑93 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 2:2786709/1‑93 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 2:1426498/1‑93 (MQ=255)
tGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATggg < 1:218938/93‑1 (MQ=255)
tGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATggg < 2:1446/93‑1 (MQ=255)
gATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtt < 1:2587350/93‑1 (MQ=255)
gATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtt < 1:3036900/93‑1 (MQ=255)
gATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTACCCTTGCCCTGATCATGGGtt > 1:3304090/1‑93 (MQ=255)
ttAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtttt > 2:2123065/1‑93 (MQ=255)
ttAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtttt > 1:2061471/1‑93 (MQ=255)
aTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAATTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgc < 1:4362492/93‑1 (MQ=255)
aTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgc < 1:2324345/93‑1 (MQ=255)
aTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgc < 1:4362493/93‑1 (MQ=255)
aTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgc < 1:2324346/93‑1 (MQ=255)
aTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGgc > 1:918434/1‑93 (MQ=255)
tGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgcg < 1:794824/93‑1 (MQ=255)
gCAATGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgcgc < 1:369908/93‑1 (MQ=255)
cAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCa > 1:4595682/1‑93 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCCTGGGTTTTGGCGCaa > 1:1882039/1‑93 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa > 2:4056128/1‑93 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa > 1:3908447/1‑93 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa < 2:2782305/93‑1 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt > 1:1635872/1‑93 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt < 2:2502488/93‑1 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCATGATCATGGGTTTTGGCGCAAt < 1:3747036/93‑1 (MQ=255)
ggAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATg < 2:1953898/93‑1 (MQ=255)
ggAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATg < 1:1145982/93‑1 (MQ=255)
ggAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATg > 1:2729835/1‑93 (MQ=255)
gAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGc > 1:1532520/1‑93 (MQ=255)
gAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGc < 2:353441/93‑1 (MQ=255)
gAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGc < 2:4321555/93‑1 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGTTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTg > 2:3968893/1‑93 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTg > 1:468356/1‑93 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTg < 1:4337125/93‑1 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTg < 2:466895/93‑1 (MQ=255)
tGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTgg < 2:3157782/93‑1 (MQ=255)
tGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTgg < 2:2964480/93‑1 (MQ=255)
ccGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGc < 2:649036/93‑1 (MQ=255)
cGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCa < 2:3688070/93‑1 (MQ=255)
gCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaa < 2:1429170/93‑1 (MQ=255)
gCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaa > 1:814864/1‑93 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa < 2:1255701/93‑1 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa > 1:3336406/1‑93 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa < 2:1734457/93‑1 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa < 1:1646231/93‑1 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa < 1:752164/93‑1 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa < 2:1907487/93‑1 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa > 1:3631273/1‑93 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa > 1:3530719/1‑93 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa < 2:4237807/93‑1 (MQ=255)
ggATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAt < 2:2359693/93‑1 (MQ=255)
agATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAt < 1:2978527/92‑1 (MQ=255)
tAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCt < 2:2425359/93‑1 (MQ=255)
tAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCt < 1:602314/93‑1 (MQ=255)
aaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTgg < 1:1050645/93‑1 (MQ=255)
aaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTgg < 2:550139/93‑1 (MQ=255)
aaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTgg < 2:708141/93‑1 (MQ=255)
aaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTgg > 1:4349528/1‑93 (MQ=255)
aGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGc > 2:3675824/1‑93 (MQ=255)
gTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCa < 2:214138/93‑1 (MQ=255)
gTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCa > 1:1404509/1‑93 (MQ=255)
gTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCa > 1:4472136/1‑93 (MQ=255)
ttATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAg > 2:4331029/1‑93 (MQ=255)
ttATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAg < 2:3470284/93‑1 (MQ=255)
ttATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAg > 1:932953/1‑93 (MQ=255)
ttGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACt < 2:4251103/93‑1 (MQ=255)
ttGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACt > 2:1754865/1‑93 (MQ=255)
ggCTCCATCAAATCGGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGc < 2:910201/93‑1 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt < 2:4706646/93‑1 (MQ=255)
ccATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTg > 2:4168490/1‑93 (MQ=255)
ccATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTg < 2:1392262/93‑1 (MQ=255)
ccATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTg < 1:3402241/93‑1 (MQ=255)
cATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTgg < 1:2124477/93‑1 (MQ=255)
cATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTgg > 1:2713731/1‑93 (MQ=255)
aTCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgc < 2:1850702/93‑1 (MQ=255)
aaaGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGca < 2:3230536/93‑1 (MQ=255)
aaaGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGca > 1:2520236/1‑93 (MQ=255)
aaGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcac > 1:2676946/1‑93 (MQ=255)
aGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcaca > 1:2463363/1‑93 (MQ=255)
gCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa < 2:3864068/93‑1 (MQ=255)
gCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa < 1:1518471/93‑1 (MQ=255)
gCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa > 1:1883538/1‑93 (MQ=255)
gCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa < 1:133427/93‑1 (MQ=255)
gCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa < 1:604832/93‑1 (MQ=255)
|
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GC‑GGACG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > NC_000913/3544283‑3544437
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G‑‑CGG‑‑ACG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACG > NC_000913/3544268‑3544452
|
TCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGG < SRR4302544.1957546/94‑1 (MQ=60)
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCT < SRR4302544.1377058/94‑1 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTACTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTT > SRR4302544.3112731/1‑94 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTT < SRR4302544.1267056/94‑1 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTT > SRR4302544.1289943/1‑94 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTT < SRR4302544.3876239/94‑1 (MQ=60)
CGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCT < SRR4302544.2386190/94‑1 (MQ=60)
GCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCA < SRR4302544.4509870/94‑1 (MQ=60)
GCCGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCA < SRR4302544.1613675/94‑1 (MQ=60)
CTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAT < SRR4302544.1242098/94‑1 (MQ=60)
CTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAT > SRR4302544.435606/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG < SRR4302544.1984091/94‑1 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302544.4521592/1‑94 (MQ=60)
GTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGG < SRR4302544.3609077/94‑1 (MQ=60)
TGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGT < SRR4302544.221202/94‑1 (MQ=60)
GGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTACCCTTGCCCTGATCATGGGTT > SRR4302544.3335561/1‑94 (MQ=60)
GATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTT < SRR4302544.2612237/94‑1 (MQ=60)
GATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTT < SRR4302544.2612236/94‑1 (MQ=60)
GATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTT < SRR4302544.3065972/94‑1 (MQ=60)
GATTAATGCAAGCAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCGCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTT < SRR4302544.3065971/94‑1 (MQ=60)
ATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTT < SRR4302544.718458/94‑1 (MQ=60)
ATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTT > SRR4302544.2081297/1‑94 (MQ=60)
TTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTG < SRR4302544.4713243/94‑1 (MQ=60)
AATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGC > SRR4302544.927501/1‑94 (MQ=60)
ATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAATTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCG < SRR4302544.4406756/94‑1 (MQ=60)
ATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCG < SRR4302544.4406757/94‑1 (MQ=60)
ATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCG < SRR4302544.2346381/94‑1 (MQ=60)
ATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCG < SRR4302544.2346382/94‑1 (MQ=60)
TGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGC < SRR4302544.802514/94‑1 (MQ=60)
GCAATGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCA < SRR4302544.373683/94‑1 (MQ=60)
GCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCA < SRR4302544.3815388/94‑1 (MQ=60)
GCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCA > SRR4302544.4641391/1‑94 (MQ=60)
CAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCCTGGGTTTTGGCGCAA > SRR4302544.1900231/1‑94 (MQ=60)
CAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAA > SRR4302544.3947281/1‑94 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT > SRR4302544.2432985/1‑94 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT > SRR4302544.1651971/1‑94 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATG < SRR4302544.3699372/94‑1 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATG > SRR4302544.2756143/1‑94 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCATGATCATGGGTTTTGGCGCAATG < SRR4302544.3784261/94‑1 (MQ=60)
GGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGC < SRR4302544.1157383/94‑1 (MQ=60)
GGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGC > SRR4302544.1547739/1‑94 (MQ=60)
GAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCT > SRR4302544.2365326/1‑94 (MQ=60)
AATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACCC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGGGCAATGCTG > SRR4302544.2776825/1‑94 (MQ=60)
AATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTG > SRR4302544.2712233/1‑94 (MQ=60)
AATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTG > SRR4302544.472943/1‑94 (MQ=60)
AATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTG < SRR4302544.3034834/94‑1 (MQ=60)
ATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGG < SRR4302544.4381264/94‑1 (MQ=60)
TGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGG < SRR4302544.4505393/94‑1 (MQ=60)
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CGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAA > SRR4302544.822822/1‑94 (MQ=60)
GCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAA > SRR4302544.1508986/1‑94 (MQ=60)
CTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAA > SRR4302544.2120419/1‑94 (MQ=60)
CTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAA > SRR4302544.1223979/1‑94 (MQ=60)
CTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAA > SRR4302544.3667451/1‑94 (MQ=60)
CTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAA > SRR4302544.3564489/1‑94 (MQ=60)
CTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAA > SRR4302544.3368195/1‑94 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT < SRR4302544.759508/94‑1 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT < SRR4302544.1662464/94‑1 (MQ=60)
GGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATG < SRR4302544.545698/94‑1 (MQ=60)
GGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATG > SRR4302544.864220/1‑94 (MQ=60)
AGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATG < SRR4302544.3007092/94‑1 (MQ=60)
TAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTG < SRR4302544.608222/94‑1 (MQ=60)
AAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGG < SRR4302544.2277642/94‑1 (MQ=60)
AAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGG > SRR4302544.4393729/1‑94 (MQ=60)
AAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGC < SRR4302544.1061053/94‑1 (MQ=60)
AGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCA > SRR4302544.4517114/1‑94 (MQ=60)
AGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCA > SRR4302544.1418497/1‑94 (MQ=60)
GTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAG > SRR4302544.942144/1‑94 (MQ=60)
ATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACT < SRR4302544.1394373/94‑1 (MQ=60)
TTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTG > SRR4302544.3138932/1‑94 (MQ=60)
TCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG < SRR4302544.956909/94‑1 (MQ=60)
TCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG < SRR4302544.4138632/94‑1 (MQ=60)
CCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGG > SRR4302544.1731774/1‑94 (MQ=60)
CCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGG < SRR4302544.3434770/94‑1 (MQ=60)
CCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGG > SRR4302544.2739839/1‑94 (MQ=60)
CATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGC > SRR4302544.771516/1‑94 (MQ=60)
CATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGC < SRR4302544.2144854/94‑1 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG > SRR4302544.4365275/1‑94 (MQ=60)
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CAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCA > SRR4302544.3374146/1‑94 (MQ=60)
AAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCAC > SRR4302544.2702602/1‑94 (MQ=60)
AAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACA > SRR4302544.2486889/1‑94 (MQ=60)
AGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > SRR4302544.1901748/1‑94 (MQ=60)
GCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC < SRR4302544.610771/94‑1 (MQ=60)
GCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC < SRR4302544.134666/94‑1 (MQ=60)
GCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC < SRR4302544.1533542/94‑1 (MQ=60)
GG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCAC < SRR4302544.2097893/94‑1 (MQ=60)
GG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCAC < SRR4302544.4170356/94‑1 (MQ=60)
GG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCAC < SRR4302544.1430850/94‑1 (MQ=60)
GG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCAC < SRR4302544.4285167/94‑1 (MQ=60)
G‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACG < SRR4302544.1200520/94‑1 (MQ=60)
G‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACG < SRR4302544.3152743/94‑1 (MQ=60)
|
TCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G‑‑CGG‑‑ACG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAACGTATCGCCACCACG > NC_000913/3544268‑3544452
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
