Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,614,182 |
T→C |
F124L (TTC→CTC) |
nikC → |
NikC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,614,182 | 0 | T | C | 99.3%
| 985.4
/ ‑5.0
| 305 | F124L (TTC→CTC) | nikC | NikC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (141/162); total (142/163) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
GGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGTTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATGGTG > NC_000913/3614092‑3614271
|
ggcAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTc < 2:8219152/93‑1 (MQ=255)
ggcAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTc > 2:5642674/1‑93 (MQ=255)
gcAGCGCCGGGTTGTTTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGctct < 2:7745052/93‑1 (MQ=255)
aGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCttt < 2:8384185/93‑1 (MQ=255)
aGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCttt < 2:1826812/93‑1 (MQ=255)
gcgcCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGCTTCTGTCGCTCTTTa > 1:1102299/1‑93 (MQ=255)
gcgcCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTa > 2:9660007/1‑93 (MQ=255)
gcgcCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTa < 1:2574906/93‑1 (MQ=255)
gcgcCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTa < 1:5861378/93‑1 (MQ=255)
gcgcCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTa < 2:4088409/93‑1 (MQ=255)
ccGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATgg > 2:1496130/1‑93 (MQ=255)
cGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGt < 1:2716144/93‑1 (MQ=255)
cGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGt > 2:8075294/1‑93 (MQ=255)
gggTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGtt > 1:4755271/1‑93 (MQ=255)
ggTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTAttgttg > 1:8430532/1‑93 (MQ=255)
gATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATTGGTGGCgg > 2:9166404/1‑92 (MQ=255)
aTTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGTTTGGCggg > 1:2363179/1‑91 (MQ=255)
ttGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGc < 2:2146062/93‑1 (MQ=255)
tGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCt < 2:4777204/93‑1 (MQ=255)
tGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCt > 2:7562322/1‑93 (MQ=255)
tGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCt < 2:3982615/93‑1 (MQ=255)
ggcgggcgCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTc < 2:3460140/93‑1 (MQ=255)
ggcgggcgCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTc > 2:1384547/1‑93 (MQ=255)
gcgggcgCGTTTATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCg < 1:8236379/93‑1 (MQ=255)
cgggcgCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCgg > 2:890092/1‑93 (MQ=255)
ggcgCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCa > 1:4383791/1‑93 (MQ=255)
gcgcGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCAc < 1:71746/93‑1 (MQ=255)
gcgTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCg < 1:7780949/93‑1 (MQ=255)
gTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCggg < 2:6899832/93‑1 (MQ=255)
gTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCggg > 2:5915976/1‑93 (MQ=255)
gTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCggg < 1:4035212/93‑1 (MQ=255)
gTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCAGATATGTTTATTACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCggg < 2:2626966/93‑1 (MQ=255)
ttGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGc < 1:5673602/93‑1 (MQ=255)
gATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTg > 1:7308781/1‑93 (MQ=255)
ggCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCaa > 2:608302/1‑93 (MQ=255)
ggCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCaa > 1:647962/1‑93 (MQ=255)
ccaccaTGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACg > 1:7473784/1‑93 (MQ=255)
accaTGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTa > 2:72861/1‑93 (MQ=255)
ccaTGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTaa < 2:9397536/93‑1 (MQ=255)
caTGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAAt > 2:5975782/1‑93 (MQ=255)
aTGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAAtt < 2:3886432/93‑1 (MQ=255)
tGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTa > 1:7040872/1‑93 (MQ=255)
gcgcGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTat < 2:5796098/93‑1 (MQ=255)
cgcgTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTatc < 2:643252/93‑1 (MQ=255)
cgTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGTGCTGACCAACGTAATTatcgc > 1:6802994/1‑93 (MQ=255)
gTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTatcgcc > 2:8324296/1‑93 (MQ=255)
gTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGCTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTatagca > 1:1847396/1‑92 (MQ=255)
tCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTatcgcca > 1:5315993/1‑93 (MQ=255)
tCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTatcgcca < 2:7787926/93‑1 (MQ=255)
tCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTatcgcca > 2:8994413/1‑93 (MQ=255)
tCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTatcgcca > 2:3071681/1‑93 (MQ=255)
cGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCATGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTatcgccat < 2:5521846/93‑1 (MQ=255)
gCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTatcgccatc > 2:7048891/1‑93 (MQ=255)
gCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTatcgccatc < 2:3402455/93‑1 (MQ=255)
cGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTatcgccatcgc > 2:8767661/1‑93 (MQ=255)
gATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTatcgccatcgcc > 2:9256911/1‑93 (MQ=255)
catatGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTatcgccatcgcc < 1:3612480/92‑1 (MQ=255)
atatGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGccc > 1:6202766/1‑93 (MQ=255)
atatGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGccc < 1:6006088/93‑1 (MQ=255)
atatGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGccc < 1:470330/93‑1 (MQ=255)
atatGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGACATCGccc > 2:4620145/1‑93 (MQ=255)
tatGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCt > 1:1068804/1‑93 (MQ=255)
tatGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCt > 2:9133070/1‑93 (MQ=255)
tGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGt > 1:1540335/1‑93 (MQ=255)
ttttATGACCCTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGTCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTc < 1:4953947/92‑1 (MQ=255)
gTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTc > 2:7149884/1‑93 (MQ=255)
gTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTc > 2:3603264/1‑93 (MQ=255)
gTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTc > 2:3262690/1‑93 (MQ=255)
gTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTc > 1:7913026/1‑93 (MQ=255)
gTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTc < 2:7667604/93‑1 (MQ=255)
tttATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCg > 1:3871785/1‑93 (MQ=255)
tATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCa < 2:2291260/93‑1 (MQ=255)
aTGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGTCCTGTCGCAc < 2:5868473/93‑1 (MQ=255)
aTGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCAc < 1:3453498/93‑1 (MQ=255)
aTGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCAc < 2:177005/93‑1 (MQ=255)
tGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGTTCTTTAGGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACt < 1:2908749/93‑1 (MQ=255)
gACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTg > 2:1841305/1‑93 (MQ=255)
ccTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCCCTggg > 2:4348221/1‑93 (MQ=255)
cTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGc < 1:1264654/93‑1 (MQ=255)
tCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGt > 1:550516/1‑93 (MQ=255)
cGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGt > 2:2556482/1‑93 (MQ=255)
gACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTa < 1:7239388/93‑1 (MQ=255)
gACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTa > 1:8740758/1‑93 (MQ=255)
gccTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTAt < 2:5216777/92‑1 (MQ=255)
aCCTCGATTCTGTCGTTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTAt > 1:3203739/1‑93 (MQ=255)
aCCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTAt > 1:152332/1‑93 (MQ=255)
ccTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATg > 2:4738299/1‑93 (MQ=255)
cTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGc > 2:5052255/1‑93 (MQ=255)
cTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGc < 2:5899722/93‑1 (MQ=255)
tCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCa < 1:4859838/93‑1 (MQ=255)
tCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCa < 1:4486673/93‑1 (MQ=255)
ttCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCa < 1:5116260/93‑1 (MQ=255)
cTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATg > 2:1189837/1‑93 (MQ=255)
cTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATg < 1:1770883/93‑1 (MQ=255)
cTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATg < 2:2884493/93‑1 (MQ=255)
tGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATgg < 1:9256912/93‑1 (MQ=255)
tGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATgg < 1:6231332/93‑1 (MQ=255)
gTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATGGt < 1:203882/93‑1 (MQ=255)
gTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGACCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATGGt > 1:9731319/1‑93 (MQ=255)
tCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATGGTg > 1:9452471/1‑93 (MQ=255)
|
GGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGTTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATGGTG > NC_000913/3614092‑3614271
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGTTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATGGTGCGCA > NC_000913/3614090‑3614275
|
GCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCT < SRR4302540.2631087/94‑1 (MQ=60)
GCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCT < SRR4302540.7298607/94‑1 (MQ=60)
GCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTT > SRR4302540.1541188/1‑94 (MQ=60)
AGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGCTTCTGTCGCTCTTTA > SRR4302540.1113660/1‑94 (MQ=60)
AGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTA > SRR4302540.9823073/1‑94 (MQ=60)
AGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTA > SRR4302540.4183361/1‑94 (MQ=60)
GCGCCTGGTTGATGGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTAT < SRR4302540.5926192/94‑1 (MQ=60)
GCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTAT < SRR4302540.5926191/94‑1 (MQ=60)
GCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTAT < SRR4302540.2602661/94‑1 (MQ=60)
GGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATG < SRR4302540.7323662/94‑1 (MQ=60)
CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATG < SRR4302540.3915615/94‑1 (MQ=60)
CGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATG < SRR4302540.384443/94‑1 (MQ=60)
CCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGT < SRR4302540.454462/94‑1 (MQ=60)
CGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTT < SRR4302540.2745433/94‑1 (MQ=60)
CGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTT > SRR4302540.4806010/1‑94 (MQ=60)
GGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATTGTTG > SRR4302540.8528404/1‑94 (MQ=60)
GGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTG < SRR4302540.1802068/94‑1 (MQ=60)
GGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGGTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGGTG > SRR4302540.6418972/1‑94 (MQ=60)
GGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGG < SRR4302540.586961/94‑1 (MQ=60)
GTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATTCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGC > SRR4302540.6273997/1‑94 (MQ=60)
GTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACATCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTAGC > SRR4302540.6273991/1‑94 (MQ=60)
TTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCG > SRR4302540.7505913/1‑94 (MQ=60)
GATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGTTTGGCGGG > SRR4302540.2388629/1‑94 (MQ=60)
ATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGC < SRR4302540.1104467/94‑1 (MQ=60)
TTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCT > SRR4302540.5601797/1‑94 (MQ=60)
TGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTC < SRR4302540.7292959/94‑1 (MQ=60)
TGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTC < SRR4302540.2052789/94‑1 (MQ=60)
GGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCG < SRR4302540.2710689/94‑1 (MQ=60)
GCGGGCGCGTTTATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGG < SRR4302540.8332109/94‑1 (MQ=60)
GGGCGCGTTGGTCAGGCCCCCATGCGCGGCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCA < SRR4302540.7990699/94‑1 (MQ=60)
GGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCA > SRR4302540.4431390/1‑94 (MQ=60)
GCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACC < SRR4302540.7378999/94‑1 (MQ=60)
GCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACC < SRR4302540.72478/94‑1 (MQ=60)
GCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACC < SRR4302540.5403201/94‑1 (MQ=60)
GCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACC < SRR4302540.395045/94‑1 (MQ=60)
GCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGG < SRR4302540.7871903/94‑1 (MQ=60)
GTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGC < SRR4302540.4078724/94‑1 (MQ=60)
GTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGC > SRR4302540.8463814/1‑94 (MQ=60)
GTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGC > SRR4302540.1550430/1‑94 (MQ=60)
TTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCT < SRR4302540.5736077/94‑1 (MQ=60)
TGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTG > SRR4302540.4798382/1‑94 (MQ=60)
TGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTG > SRR4302540.7390374/1‑94 (MQ=60)
TGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGCGCTG > SRR4302540.4798383/1‑94 (MQ=60)
GATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGA > SRR4302540.7328450/1‑94 (MQ=60)
GATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGA > SRR4302540.6847068/1‑94 (MQ=60)
GATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGA > SRR4302540.2555470/1‑94 (MQ=60)
ATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGAC > SRR4302540.8977480/1‑94 (MQ=60)
AGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAA > SRR4302540.654863/1‑94 (MQ=60)
GGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAAC < SRR4302540.8097253/94‑1 (MQ=60)
GGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAAC < SRR4302540.2827539/94‑1 (MQ=60)
GCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACG > SRR4302540.7557184/1‑94 (MQ=60)
GCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACG > SRR4302540.5007246/1‑94 (MQ=60)
CCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGT > SRR4302540.516585/1‑94 (MQ=60)
CACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTA > SRR4302540.1571180/1‑94 (MQ=60)
ACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGGGCCCGGCACCGGGCTGACCAACGTAA > SRR4302540.5532256/1‑94 (MQ=60)
CATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATT < SRR4302540.7521570/94‑1 (MQ=60)
ATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTA < SRR4302540.9494679/94‑1 (MQ=60)
ATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTA > SRR4302540.3545633/1‑94 (MQ=60)
ATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTA > SRR4302540.7119150/1‑94 (MQ=60)
tgtgcggccCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTAT < SRR4302540.1751875/85‑1 (MQ=60)
CGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCG > SRR4302540.3621998/1‑94 (MQ=60)
GCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGTGCTGACCAACGTAATTATCGC > SRR4302540.6878264/1‑94 (MQ=60)
GCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGC < SRR4302540.683179/94‑1 (MQ=60)
CGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCC > SRR4302540.384744/1‑94 (MQ=60)
CGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGCTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATagca > SRR4302540.1867653/1‑90 (MQ=60)
GTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCTGGCTGACCAACGTAATTATCGCCA > SRR4302540.8872419/1‑94 (MQ=60)
GTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCA > SRR4302540.4926660/1‑94 (MQ=60)
GTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCA > SRR4302540.5374198/1‑94 (MQ=60)
GTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCA > SRR4302540.9598604/1‑94 (MQ=60)
CGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATC < SRR4302540.4720215/94‑1 (MQ=60)
CGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATC < SRR4302540.5123820/94‑1 (MQ=60)
CGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATC < SRR4302540.10061235/94‑1 (MQ=60)
GCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCG < SRR4302540.1185185/94‑1 (MQ=60)
CGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCC > SRR4302540.7272537/1‑94 (MQ=60)
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GATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCC > SRR4302540.3272180/1‑94 (MQ=60)
GATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCC > SRR4302540.7604535/1‑94 (MQ=60)
GATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCC > SRR4302540.9561029/1‑94 (MQ=60)
CATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCC < SRR4302540.3651975/94‑1 (MQ=60)
ATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCT < SRR4302540.6072675/94‑1 (MQ=60)
ATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCT < SRR4302540.8610140/94‑1 (MQ=60)
ATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCT > SRR4302540.1079694/1‑94 (MQ=60)
ATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCT < SRR4302540.475367/94‑1 (MQ=60)
TATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTG < SRR4302540.1716307/94‑1 (MQ=60)
TATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTG > SRR4302540.4996455/1‑94 (MQ=60)
TATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGCGCTCGGaacagggcagcccaacgtcattaccgacatcggcctt > SRR4302540.4996457/1‑57 (MQ=60)
ATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGT > SRR4302540.1557359/1‑94 (MQ=60)
ATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGT > SRR4302540.8382354/1‑94 (MQ=60)
ATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGT > SRR4302540.6428650/1‑94 (MQ=60)
TGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTC < SRR4302540.1816348/94‑1 (MQ=60)
TGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTC < SRR4302540.6057125/94‑1 (MQ=60)
TGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTC > SRR4302540.8005287/1‑94 (MQ=60)
TTTTATGACCCTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGTCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCG < SRR4302540.5007474/94‑1 (MQ=60)
GTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCG < SRR4302540.5746123/94‑1 (MQ=60)
GTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCG > SRR4302540.3913876/1‑94 (MQ=60)
TATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCAC > SRR4302540.7943580/1‑94 (MQ=60)
ATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACT < SRR4302540.3491074/94‑1 (MQ=60)
TGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGTTCTTTAGGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTG < SRR4302540.2940526/94‑1 (MQ=60)
TGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTG > SRR4302540.7125298/1‑94 (MQ=60)
TGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTG < SRR4302540.758548/94‑1 (MQ=60)
GACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGG < SRR4302540.2141556/94‑1 (MQ=60)
CCTTCCCGGCCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGC < SRR4302540.2802367/94‑1 (MQ=60)
CCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGC < SRR4302540.2718702/94‑1 (MQ=60)
CCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGC > SRR4302540.6133613/1‑94 (MQ=60)
CCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGC < SRR4302540.4859650/94‑1 (MQ=60)
CTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCG > SRR4302540.6212046/1‑94 (MQ=60)
CTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCG < SRR4302540.1383952/94‑1 (MQ=60)
CTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCG < SRR4302540.1277651/94‑1 (MQ=60)
CTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCG > SRR4302540.3784300/1‑94 (MQ=60)
CTTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCG < SRR4302540.1277650/94‑1 (MQ=60)
TTCCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGT > SRR4302540.556517/1‑94 (MQ=60)
CCCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGG > SRR4302540.2561254/1‑94 (MQ=60)
CCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGT < SRR4302540.4316771/94‑1 (MQ=60)
CCGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGT < SRR4302540.5316033/94‑1 (MQ=60)
CGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCGCCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTA < SRR4302540.3231901/94‑1 (MQ=60)
CGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTA > SRR4302540.8842226/1‑94 (MQ=60)
CGACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTA > SRR4302540.6226758/1‑94 (MQ=60)
GACCTCGATTCTGTCGTTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTAT > SRR4302540.3238534/1‑94 (MQ=60)
GACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTAT > SRR4302540.6508525/1‑94 (MQ=60)
GACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTAT < SRR4302540.7320132/94‑1 (MQ=60)
GACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTAT > SRR4302540.153898/1‑94 (MQ=60)
GACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTAT < SRR4302540.1093523/94‑1 (MQ=60)
ACCTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATG > SRR4302540.7158694/1‑94 (MQ=60)
CTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCA < SRR4302540.2380123/94‑1 (MQ=60)
CTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCA > SRR4302540.5258404/1‑94 (MQ=60)
CTCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCA < SRR4302540.2964270/94‑1 (MQ=60)
TCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCAC < SRR4302540.4911951/94‑1 (MQ=60)
TCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCAC < SRR4302540.4891497/94‑1 (MQ=60)
TCGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCAC < SRR4302540.4535336/94‑1 (MQ=60)
CGATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACG < SRR4302540.2366239/94‑1 (MQ=60)
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ATTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCA > SRR4302540.8564364/1‑94 (MQ=60)
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TTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCAT > SRR4302540.6890908/1‑94 (MQ=60)
TTCTGTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCAT < SRR4302540.2018804/94‑1 (MQ=60)
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GTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATGGTG < SRR4302540.5573764/94‑1 (MQ=60)
GTCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATGGTG > SRR4302540.9564666/1‑94 (MQ=60)
TCGCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATGGTGC > SRR4302540.7964726/1‑94 (MQ=60)
GCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATGGTGCGC > SRR4302540.8510090/1‑94 (MQ=60)
GCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATGGTGCGC > SRR4302540.2269027/1‑94 (MQ=60)
GCTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATGGTGCGC > SRR4302540.5252056/1‑94 (MQ=60)
CTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATGGTGCGCA > SRR4302540.4702206/1‑94 (MQ=60)
CTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATGGGGCGCC > SRR4302540.3526822/1‑94 (MQ=60)
CTCTTTATGGTTGGCGTGCCCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCACTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATGGTGCGCA > SRR4302540.995468/1‑94 (MQ=60)
|
GCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGTTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATGGTGCGCA > NC_000913/3614090‑3614275
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
