Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,775,779 |
A→G |
I252V (ATT→GTT) |
lldP → |
L‑lactate permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,775,779 | 0 | A | G | 99.3%
| 958.4
/ ‑3.4
| 299 | I252V (ATT→GTT) | lldP | L‑lactate permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base G (147/149); total (147/152) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.64e-01 |
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
GAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACATTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGG > NC_000913/3775689‑3775868
|
gTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTAtctc > 1:2377133/1‑93 (MQ=255)
ggCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTTGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCtt < 1:6923077/93‑1 (MQ=255)
ggCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCtt > 1:9221079/1‑93 (MQ=255)
ggCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCtt < 2:4952896/93‑1 (MQ=255)
gCCTGCTGTCGTGGTTGCGGGCGGCTAGTTTGCCAGCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTc < 2:5985427/93‑1 (MQ=255)
gCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTc < 2:8021829/93‑1 (MQ=255)
cTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGCAGCTGCCGGTCGTGATCTCTTCGc > 2:8176487/1‑93 (MQ=255)
gTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTa < 1:8392034/93‑1 (MQ=255)
gTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCa < 1:4235566/93‑1 (MQ=255)
tGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCTGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCAc > 1:5010565/1‑93 (MQ=255)
tGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCAc < 2:6664534/93‑1 (MQ=255)
tGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCAc > 1:8656097/1‑93 (MQ=255)
tGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCAc > 1:6686764/1‑93 (MQ=255)
ggTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACt < 2:2095361/93‑1 (MQ=255)
ttGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGc > 2:1341675/1‑93 (MQ=255)
gcgggcggCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGctc < 1:3417098/93‑1 (MQ=255)
gcgggcggCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGctc < 2:1707807/93‑1 (MQ=255)
gggcggCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTg > 2:9491716/1‑93 (MQ=255)
gcggcTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGcc < 1:4516987/93‑1 (MQ=255)
gcggcTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGcc < 2:574467/93‑1 (MQ=255)
gcTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGa > 2:1895905/1‑93 (MQ=255)
gcTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGa < 2:2700752/93‑1 (MQ=255)
gcTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGa > 2:7305838/1‑93 (MQ=255)
gcTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGa > 1:1951556/1‑93 (MQ=255)
gcTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGa > 2:3584610/1‑93 (MQ=255)
tCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACg > 1:2547828/1‑93 (MQ=255)
tCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACg < 1:7979166/93‑1 (MQ=255)
cGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGc < 2:6528292/93‑1 (MQ=255)
gTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCt > 1:3927910/1‑93 (MQ=255)
gTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCt < 2:4083465/93‑1 (MQ=255)
tttGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTg > 2:445572/1‑93 (MQ=255)
tGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCCTTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGtt > 1:9759966/1‑93 (MQ=255)
tGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGtt < 1:3188202/93‑1 (MQ=255)
gCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTc < 2:11619/93‑1 (MQ=255)
gcATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTcc < 1:1090523/92‑1 (MQ=255)
cATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCt > 2:9006490/1‑93 (MQ=255)
aTCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTc > 2:8762713/1‑93 (MQ=255)
gCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCaaa < 1:6486275/93‑1 (MQ=255)
cAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGc > 2:9251115/1‑93 (MQ=255)
cAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGc > 1:4446144/1‑93 (MQ=255)
aGTACCTTAGCTCTATCTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCt < 2:7207710/93‑1 (MQ=255)
aGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCt > 1:3314853/1‑93 (MQ=255)
aGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCt < 2:3274887/93‑1 (MQ=255)
aGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCt > 2:4684520/1‑93 (MQ=255)
aGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCt < 1:6397244/93‑1 (MQ=255)
gTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTg > 2:2321612/1‑93 (MQ=255)
tACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTgg < 2:2420870/93‑1 (MQ=255)
tACCTTAGCTCAAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTgg > 1:6742909/1‑93 (MQ=255)
aCCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGc > 2:6775296/1‑93 (MQ=255)
aCCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGc > 2:4876963/1‑93 (MQ=255)
ccTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCa > 1:9168265/1‑93 (MQ=255)
cTTAGCTCTAACTTCAGTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAg < 1:5301166/93‑1 (MQ=255)
ttAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGc > 2:9734900/1‑93 (MQ=255)
tAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGcc > 2:5423989/1‑93 (MQ=255)
tAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGcc > 1:2129625/1‑93 (MQ=255)
aGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCa < 2:4736706/93‑1 (MQ=255)
aGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCa > 1:6128581/1‑93 (MQ=255)
aGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACATTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCa < 2:8815508/93‑1 (MQ=255)
gCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAg < 1:5610889/93‑1 (MQ=255)
gCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAg < 2:10035050/93‑1 (MQ=255)
gCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAg < 2:5263761/93‑1 (MQ=255)
ctctAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGt > 1:9460539/1‑93 (MQ=255)
ctctAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGt > 2:8530082/1‑93 (MQ=255)
tAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCg > 2:9901450/1‑93 (MQ=255)
aCTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCgtg < 1:5828400/93‑1 (MQ=255)
aCTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCgtg > 1:9923077/1‑93 (MQ=255)
aCTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCgtg > 1:4714129/1‑93 (MQ=255)
aCTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCgtg > 2:7599769/1‑93 (MQ=255)
aCTTCATTGGGCAGGGGCGGCCCGACGTTATCTGTTCGCTGGTATCGCTGCACTGCCTGACGCTGTGCCTCAAGCGCTGGCAGCCAGTGCgtg < 2:440247/93‑1 (MQ=255)
cTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCgtgt < 2:9404688/93‑1 (MQ=255)
ttCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTa < 1:1719098/93‑1 (MQ=255)
ttCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTa > 1:5215019/1‑93 (MQ=255)
tCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTAt < 2:2518040/93‑1 (MQ=255)
tCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTAt < 2:1491460/93‑1 (MQ=255)
tCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTAt > 1:2191944/1‑93 (MQ=255)
cagtGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTAtt < 2:2234546/90‑1 (MQ=255)
cATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTAtt > 2:3963398/1‑93 (MQ=255)
cATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTAtt > 2:8120622/1‑93 (MQ=255)
aTTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTc < 1:3795093/93‑1 (MQ=255)
aTTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTc < 1:748993/93‑1 (MQ=255)
ttGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTcc < 1:1401497/93‑1 (MQ=255)
gggCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGt > 1:2672521/1‑93 (MQ=255)
ggCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGtt < 1:784827/93‑1 (MQ=255)
ggCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGtt > 2:2963403/1‑93 (MQ=255)
gCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGttt < 2:4183370/93‑1 (MQ=255)
cGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTg > 2:6959138/1‑93 (MQ=255)
cGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTg < 1:4350397/93‑1 (MQ=255)
gAGCTGCCGGGCGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGt < 1:3148060/93‑1 (MQ=255)
gAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGt > 2:6246941/1‑93 (MQ=255)
gCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTgt > 2:5623938/1‑92 (MQ=255)
tGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGAtt < 1:8917432/93‑1 (MQ=255)
tGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGAtt > 2:9581660/1‑93 (MQ=255)
tGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGAtt < 1:7220513/93‑1 (MQ=255)
gCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGAttt < 1:3065800/93‑1 (MQ=255)
gCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGAttt > 2:3745884/1‑93 (MQ=255)
ccGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTg < 1:8218879/93‑1 (MQ=255)
cGGACGTTATCTCTTCGCTGGTACCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTgg < 2:5531797/93‑1 (MQ=255)
ggACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTggg < 1:1918937/93‑1 (MQ=255)
ggACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGGGTATTCCGTTTTGGTGATTTggg > 1:2763007/1‑93 (MQ=255)
gACGTTATCTCTTCGCTGGTATCCCTGCTCTGCATGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTgggg < 1:9134892/93‑1 (MQ=255)
|
GAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACATTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGG > NC_000913/3775689‑3775868
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACATTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGT > NC_000913/3775686‑3775872
|
AAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACG > SRR4302540.1904076/1‑94 (MQ=60)
AAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGT > SRR4302540.9922736/1‑94 (MQ=60)
AAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGT > SRR4302540.4315047/1‑94 (MQ=60)
AGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTT < SRR4302540.5091657/94‑1 (MQ=60)
GAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTA < SRR4302540.1922434/94‑1 (MQ=60)
AGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTCACTTCATTGGGCCGAAGCTGCCGGACGTTAT > SRR4302540.8309313/1‑94 (MQ=60)
CGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTC > SRR4302540.2402751/1‑94 (MQ=60)
CGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTC < SRR4302540.1235841/94‑1 (MQ=60)
GTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCT > SRR4302540.6055126/1‑94 (MQ=60)
TGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTT > SRR4302540.9331665/1‑94 (MQ=60)
GGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTTGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTC < SRR4302540.7000119/94‑1 (MQ=60)
GGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTC < SRR4302540.5417022/94‑1 (MQ=60)
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GCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCG > SRR4302540.4326067/1‑94 (MQ=60)
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GCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGCTATCTCTTCG > SRR4302540.9032764/1‑94 (MQ=60)
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CCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCT < SRR4302540.9985167/94‑1 (MQ=60)
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ACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCA > SRR4302540.9278258/1‑94 (MQ=60)
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TTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCC > SRR4302540.2152475/1‑94 (MQ=60)
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CTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGCCGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGGCTGACGCTGTTACTCACACGCTGGCAGCCACTG > SRR4302540.1625621/1‑94 (MQ=60)
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TAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGT > SRR4302540.2173960/1‑94 (MQ=60)
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AACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTG > SRR4302540.4764493/1‑94 (MQ=60)
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TTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTAT > SRR4302540.2215616/1‑94 (MQ=60)
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GAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTG > SRR4302540.3217673/1‑94 (MQ=60)
GAGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTG < SRR4302540.2164885/94‑1 (MQ=60)
AGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGA > SRR4302540.5219950/1‑94 (MQ=60)
AGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGA > SRR4302540.6570891/1‑94 (MQ=60)
AGCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGA > SRR4302540.2708502/1‑94 (MQ=60)
GCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGAT < SRR4302540.8479837/94‑1 (MQ=60)
GCTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGAT > SRR4302540.7247304/1‑94 (MQ=60)
CTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATT > SRR4302540.3380662/1‑94 (MQ=60)
CTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATT < SRR4302540.9385694/94‑1 (MQ=60)
CTGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATT < SRR4302540.453078/94‑1 (MQ=60)
TGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTT > SRR4302540.4411688/1‑94 (MQ=60)
TGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTT < SRR4302540.9020706/94‑1 (MQ=60)
TGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTT > SRR4302540.9280216/1‑94 (MQ=60)
TGCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTT < SRR4302540.7300991/94‑1 (MQ=60)
GCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTG < SRR4302540.3099437/94‑1 (MQ=60)
GCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTG > SRR4302540.2713174/1‑94 (MQ=60)
GCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTG < SRR4302540.8295336/94‑1 (MQ=60)
GCCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTACTCCAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGGTTTGGTGATTTG > SRR4302540.3711489/1‑94 (MQ=60)
CCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGG < SRR4302540.8314404/94‑1 (MQ=60)
CCGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGG < SRR4302540.8314405/94‑1 (MQ=60)
CGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGG > SRR4302540.9329404/1‑94 (MQ=60)
CGGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGGGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGG > SRR4302540.2792857/1‑94 (MQ=60)
GGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGG < SRR4302540.1939871/94‑1 (MQ=60)
GGACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGG > SRR4302540.584401/1‑94 (MQ=60)
GACGTTATCTCTTCGCTGGTATCCCTGCTCTGCATGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGG < SRR4302540.9244670/94‑1 (MQ=60)
ACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGG > SRR4302540.3282246/1‑94 (MQ=60)
ACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGC < SRR4302540.6081524/94‑1 (MQ=60)
ACGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGC < SRR4302540.6081525/94‑1 (MQ=60)
CGTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCG < SRR4302540.1050326/94‑1 (MQ=60)
GTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAATGCTGGCAGCTAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGT > SRR4302540.8980587/1‑94 (MQ=60)
GTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGT < SRR4302540.2095963/94‑1 (MQ=60)
GTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGT > SRR4302540.8980586/1‑94 (MQ=60)
GTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGT > SRR4302540.1299253/1‑94 (MQ=60)
GTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGT > SRR4302540.9862012/1‑94 (MQ=60)
GTTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGT > SRR4302540.1296054/1‑94 (MQ=60)
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AAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCTAACTTCATTGGGCCGGAGCTGCCGGACATTATCTCTTCGCTGGTATCACTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGT > NC_000913/3775686‑3775872
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
