Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑G‑‑C‑CCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG > NC_000913/3951074‑3951249
|
GAGACAGATACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑C < SRR4302540.2117749/94‑1 (MQ=60)
GAGACAGATACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑C < SRR4302540.9804666/94‑1 (MQ=60)
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑C < SRR4302540.2838043/94‑1 (MQ=60)
AGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑Gcg < SRR4302540.4273706/94‑3 (MQ=60)
ACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑Gcgcg < SRR4302540.3349508/94‑5 (MQ=60)
ATACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑Gcgcgccac < SRR4302540.9598555/94‑9 (MQ=60)
TACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑Gcgcgccacc < SRR4302540.9635039/94‑10 (MQ=60)
CACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑Gcgcgccacc < SRR4302540.7079164/94‑10 (MQ=60)
CTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑Gcgcgccaccgg < SRR4302540.3275951/94‑12 (MQ=60)
CTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑Gcgcgccaccgg < SRR4302540.6958479/94‑12 (MQ=60)
TGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGA < SRR4302540.9140761/94‑1 (MQ=60)
TGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGC‑‑GG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑Ggcgcccccgga > SRR4302540.6792797/1‑83 (MQ=60)
GGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAA < SRR4302540.219240/94‑1 (MQ=60)
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAAT < SRR4302540.144844/94‑1 (MQ=60)
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAAT < SRR4302540.1788730/94‑1 (MQ=60)
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAAT < SRR4302540.4779467/94‑1 (MQ=60)
GAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATG < SRR4302540.5172402/94‑1 (MQ=60)
GAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAAGATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATG < SRR4302540.8283337/94‑1 (MQ=60)
GAGTAAATAAAGTATGCCGAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATG < SRR4302540.982278/94‑1 (MQ=60)
AGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGA < SRR4302540.7239723/94‑1 (MQ=60)
GTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑Gcgcgcccccggacagac > SRR4302540.772405/1‑77 (MQ=60)
GTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑Gcgcgccccccggatgac > SRR4302540.4889417/1‑77 (MQ=60)
TAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACC < SRR4302540.7363054/94‑1 (MQ=60)
TAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACC < SRR4302540.8891340/94‑1 (MQ=60)
TAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACC < SRR4302540.6801441/94‑1 (MQ=60)
TAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCCTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑Ggggcccaccggacggac > SRR4302540.356693/1‑77 (MQ=60)
ATAAAGTTTGCCTTAGGTCCCTTCCCCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGAC < SRR4302540.7325585/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGAC < SRR4302540.4158906/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGAC < SRR4302540.2972822/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGAC < SRR4302540.3459215/94‑1 (MQ=60)
TAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACG < SRR4302540.2674244/94‑1 (MQ=60)
AAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGC < SRR4302540.3619784/94‑1 (MQ=60)
AGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCCCCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TGTT‑‑‑G‑‑C‑‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG < SRR4302540.5351554/94‑1 (MQ=60)
GTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑A < SRR4302540.8132289/94‑1 (MQ=60)
TATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑AT < SRR4302540.4337859/94‑1 (MQ=60)
GATGCCTAAGTGCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑AT < SRR4302540.5070913/94‑1 (MQ=60)
ATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATT < SRR4302540.8898327/94‑1 (MQ=60)
TGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GGGCG‑‑C‑CCCCCGG‑ATGACCCACGCCG‑ATTT > SRR4302540.3279133/1‑94 (MQ=60)
GCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTC < SRR4302540.632035/94‑1 (MQ=60)
GCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑Ggcggcccccgacagaccgacgccgacttt > SRR4302540.4479362/1‑65 (MQ=60)
CCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCG < SRR4302540.7489318/94‑1 (MQ=60)
CCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCG < SRR4302540.8478860/94‑1 (MQ=60)
CCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑TG‑TTTGG‑‑C‑‑‑G‑‑C‑CC‑CCGGGATGACCGACGCCG‑CTTTCG > SRR4302540.399843/1‑94 (MQ=60)
TAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCCCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCCGGATGACCGACGCCG‑AGTTCGGT > SRR4302540.2029313/1‑94 (MQ=60)
AAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTA < SRR4302540.9632823/94‑1 (MQ=60)
AAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTA < SRR4302540.3673232/94‑1 (MQ=60)
AGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAA < SRR4302540.9754259/94‑1 (MQ=60)
AGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAA < SRR4302540.8861389/94‑1 (MQ=60)
AGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑Gccggccacccgcatgaacgacctcgacatcggtga > SRR4302540.7566919/1‑59 (MQ=60)
AGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑Ggcgccacccgaatgacccacccccattttgggaa > SRR4302540.423557/1‑60 (MQ=60)
GTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAG < SRR4302540.6994225/94‑1 (MQ=60)
GTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAG < SRR4302540.8506369/94‑1 (MQ=60)
GTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGGGC‑‑GG‑TGGCG‑‑G‑‑‑G‑‑C‑CC‑CCGGAATGACCGCCCCCG‑GTTTCGGTAAG > SRR4302540.8715864/1‑94 (MQ=38)
GTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGCCGTG‑G‑‑‑G‑‑G‑‑‑G‑‑G‑GCACCCGGATGACCGACGCCG‑CTTTCGGTAAG > SRR4302540.5310893/1‑94 (MQ=42)
TACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGGTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑Ggcgccacccgaatgaaccacgccgcctttggtgaac > SRR4302540.996661/1‑58 (MQ=60)
CCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCG < SRR4302540.9168484/94‑1 (MQ=60)
CGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑Ggcgccacccggaataacgaagccgcctttgggaagccgg > SRR4302540.4044434/1‑55 (MQ=60)
GTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGAT < SRR4302540.10042803/94‑1 (MQ=60)
GTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGAT < SRR4302540.8568868/94‑1 (MQ=60)
GTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑Gcgcggcaccgggatgaacgacccccatttcgggaagacgat > SRR4302540.7665279/1‑53 (MQ=60)
GTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑CG‑T‑‑‑GGCG‑‑‑G‑‑G‑CCACCGGGATGACCGACcccgcgttcggtaaacccgc > SRR4302540.2073661/1‑74 (MQ=52)
CTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGAT < SRR4302540.2884809/94‑1 (MQ=60)
TTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATT < SRR4302540.1119332/94‑1 (MQ=60)
TTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATT < SRR4302540.6806685/94‑1 (MQ=60)
TCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTA < SRR4302540.2000999/94‑1 (MQ=60)
CCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTAT < SRR4302540.8469691/94‑1 (MQ=60)
CCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTAT < SRR4302540.6588045/94‑1 (MQ=60)
CCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTAT < SRR4302540.1388087/94‑1 (MQ=60)
CCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTAT < SRR4302540.6947116/94‑1 (MQ=60)
CCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTAT < SRR4302540.687178/94‑1 (MQ=60)
CGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATC < SRR4302540.762713/94‑1 (MQ=60)
GCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCG < SRR4302540.7446601/94‑1 (MQ=60)
GCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCG < SRR4302540.4055676/94‑1 (MQ=60)
GCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCG < SRR4302540.8113350/94‑1 (MQ=60)
GCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCG < SRR4302540.1010537/94‑1 (MQ=60)
GCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑TG‑TGGCG‑‑G‑‑‑G‑‑C‑CCCCCGG‑ATGACCGACCCCG‑ACTTCGGTAAGCCGACTATTG > SRR4302540.6305835/1‑94 (MQ=53)
GCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑Gcgcgccacccgaatgaaccacgcccatttcggtaaaccgagtatcc > SRR4302540.6305836/1‑48 (MQ=60)
CCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCG < SRR4302540.7933936/94‑1 (MQ=60)
CCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCG < SRR4302540.7933935/94‑1 (MQ=60)
CCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCG < SRR4302540.2278769/94‑1 (MQ=60)
CACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCG < SRR4302540.4045983/94‑1 (MQ=60)
CACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGCAAGACCGACGCCG‑ATTTCGGGAAGCCGATTATCGCG > SRR4302540.2978475/1‑94 (MQ=60)
CACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑GGCG‑‑‑G‑‑G‑CCACCGGAATGACCGACGCCcgtttcgggaaagccattatcgcg > SRR4302540.6128877/1‑70 (MQ=60)
ACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGGGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑Ggcgcccccggaatggccgacaccggttttggtgagccgattttggcgg > SRR4302540.8708943/1‑46 (MQ=55)
ACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑GGCG‑CCACCCGGATGAACGACGCCGAATTTCGGT‑AGCCGATTATTGCGG > SRR4302540.331141/1‑94 (MQ=26)
ACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑GGCG‑CCACCGGAATGAACGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGT > SRR4302540.2991303/1‑94 (MQ=60)
CCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGT < SRR4302540.9003470/94‑1 (MQ=60)
CCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGGGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GCGCG‑‑C‑CCCCCGG‑ATGGCCGACGCCG‑ATTTCGGTtaggcgattaatgcggg > SRR4302540.1760546/1‑77 (MQ=25)
CCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGCGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GCGCG‑‑C‑CC‑CCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGT > SRR4302540.8612282/1‑94 (MQ=60)
CACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTT < SRR4302540.3004396/94‑1 (MQ=60)
CCCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTG < SRR4302540.10029803/94‑1 (MQ=60)
CCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGT < SRR4302540.8860977/94‑1 (MQ=60)
CCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGT < SRR4302540.8507329/94‑1 (MQ=60)
CCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGGGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑Ggcgccccccgaaagaacgacgccgatttccgtaaggcgattattgcgggttg > SRR4302540.10090325/1‑42 (MQ=60)
CACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTG < SRR4302540.5634357/94‑1 (MQ=60)
CACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTG < SRR4302540.2002554/94‑1 (MQ=60)
CACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑AATTCGGTAAGGCGATTATCGCGGTTGTG > SRR4302540.816630/1‑94 (MQ=60)
CACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑Gcgcgccccccggatgacccacacccgcttctgtaagccgattatcgccgcgctg > SRR4302540.5789050/1‑40 (MQ=54)
CCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGA < SRR4302540.8226257/94‑1 (MQ=60)
ACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGA < SRR4302540.7453444/94‑1 (MQ=60)
ACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGA < SRR4302540.8226524/94‑1 (MQ=60)
ACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCCGGATGACCGACGCCG‑ATCTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGA > SRR4302540.6526817/1‑94 (MQ=60)
ACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑CG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑GGCG‑CCACCGGGATGACCGACGCCG‑CTTTTGGTGAGACGGTTATTGCGGTTGTGA > SRR4302540.3230239/1‑94 (MQ=23)
CTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAA < SRR4302540.1458252/94‑1 (MQ=60)
CTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGC‑‑CG‑T‑‑‑G‑‑GGGCG‑‑C‑CCCCCGG‑ATGAACGACGCCG‑CTTTCCGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGTA > SRR4302540.62776/1‑94 (MQ=30)
CTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCGGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAAAGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGGTGTGGA > SRR4302540.8867235/1‑94 (MQ=57)
TCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAC < SRR4302540.9191196/94‑1 (MQ=60)
TCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAC < SRR4302540.8526166/94‑1 (MQ=60)
TCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAC < SRR4302540.6271143/94‑1 (MQ=60)
TCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAC < SRR4302540.6189027/94‑1 (MQ=60)
TCATGGGCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAC < SRR4302540.6971422/94‑1 (MQ=60)
CATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACT < SRR4302540.7552399/94‑1 (MQ=60)
CATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACT < SRR4302540.6921545/94‑1 (MQ=60)
ATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTC < SRR4302540.7366563/94‑1 (MQ=60)
ATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTC < SRR4302540.5938374/94‑1 (MQ=60)
ATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTC < SRR4302540.673312/94‑1 (MQ=60)
ATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTC < SRR4302540.3721587/94‑1 (MQ=60)
ATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑GGCG‑CCACCGGAATGAACGACGCCC‑GTTTCTGTAAGCCCATTATCGCGGgtgtggaatc > SRR4302540.10025239/1‑84 (MQ=35)
ATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑CG‑T‑‑‑G‑‑GGGCG‑‑C‑CC‑CCGGGATGACCGACGCCG‑AGTTCGGTAAGCCGCTTATCGCGGGTGTGGACTC > SRR4302540.7216327/1‑94 (MQ=34)
TGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCG < SRR4302540.3507976/94‑1 (MQ=60)
TGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCG < SRR4302540.625300/94‑1 (MQ=60)
GGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGT < SRR4302540.7556963/94‑1 (MQ=60)
GTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTT < SRR4302540.1711561/94‑1 (MQ=60)
GTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGC‑‑TG‑G‑‑‑G‑‑GGGCG‑‑C‑CC‑CCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGGAAGCCGATTATCGCGGGTGTGGAATCGTT > SRR4302540.9993410/1‑94 (MQ=38)
TCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTC < SRR4302540.3643301/94‑1 (MQ=60)
TCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTC < SRR4302540.3643302/94‑1 (MQ=60)
CGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCA < SRR4302540.1812347/94‑1 (MQ=60)
GTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGGAAGACCCACGCCG‑CTTTCGGTAAGACGATTATAGCGGGTGTGAACTCGCTCAC > SRR4302540.4085819/1‑94 (MQ=30)
GTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAC < SRR4302540.358363/94‑1 (MQ=60)
AATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCC < SRR4302540.8662414/94‑1 (MQ=60)
AATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCA < SRR4302540.7184579/94‑1 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGGTTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCA > SRR4302540.81687/1‑94 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCA > SRR4302540.81688/1‑94 (MQ=60)
TATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAA < SRR4302540.5646561/94‑1 (MQ=60)
ATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAT < SRR4302540.3141864/94‑1 (MQ=60)
TGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCTATT > SRR4302540.7068972/1‑94 (MQ=60)
TGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATT < SRR4302540.8213620/94‑1 (MQ=60)
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GGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302540.3199051/94‑1 (MQ=60)
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GCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGG > SRR4302540.7039192/1‑94 (MQ=60)
CTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGG < SRR4302540.3344019/94‑1 (MQ=60)
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CGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC < SRR4302540.3934525/94‑1 (MQ=60)
GTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCACTTTGTACCGGGTCA > SRR4302540.2690316/1‑94 (MQ=60)
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GTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCA > SRR4302540.2687606/1‑94 (MQ=60)
TGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC < SRR4302540.6211401/94‑1 (MQ=60)
TGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC < SRR4302540.5761341/94‑1 (MQ=60)
GCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG < SRR4302540.8430431/94‑1 (MQ=60)
GCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG < SRR4302540.1252160/94‑1 (MQ=60)
|
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑G‑‑C‑CCACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG > NC_000913/3951074‑3951249
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |