Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,951,166 |
+C |
coding (35/1818 nt) |
ilvD → |
dihydroxyacid dehydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,951,166 | 1 | . | C | 99.3%
| 435.0
/ ‑3.8
| 137 | coding (35/1818 nt) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (17/119); total (18/119) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑G‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > NC_000913/3951074‑3951248
|
gagaCAGATACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑g‑‑g < 2:4568766/93‑1 (MQ=255)
gagaCAGATACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑g‑‑g < 1:2934746/93‑1 (MQ=255)
agacagatACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGC‑‑CG‑T‑g‑‑g‑g > 1:1646917/1‑93 (MQ=255)
gacagataCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑g‑‑gcg < 1:1497856/93‑3 (MQ=255)
agataCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGC‑‑TG‑T‑g‑‑g‑ggcgc > 2:1465319/1‑89 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGaa < 1:3263310/93‑1 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGaa < 2:3451647/93‑1 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGaa < 2:3532371/93‑1 (MQ=255)
gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAAt < 2:4428060/93‑1 (MQ=255)
aGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATg < 1:5549333/93‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGAc < 2:1208837/93‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGAc < 1:2409744/93‑1 (MQ=255)
aaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGAcc < 2:4815837/93‑1 (MQ=255)
aataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATCTGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCg < 1:3385934/93‑1 (MQ=255)
aataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCg < 2:1010860/93‑1 (MQ=255)
aataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCg < 2:1565934/93‑1 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTCCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 1:3482414/93‑1 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 1:131338/93‑1 (MQ=255)
taaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGAc < 2:1909196/93‑1 (MQ=255)
taaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGAc < 1:1049559/93‑1 (MQ=255)
aaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACg < 1:653582/93‑1 (MQ=255)
aaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGc < 2:5520044/93‑1 (MQ=255)
aGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGcc < 1:5942098/93‑1 (MQ=255)
aGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGcc < 2:3786077/93‑1 (MQ=255)
tATGCCTAAGTACCGTTCCGCCAGCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGa < 2:2069836/93‑1 (MQ=255)
aTGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCGGTG‑G‑G‑‑G‑GG‑C‑‑CACCGGGATGAACGACGCCGAt > 2:3181960/1‑93 (MQ=255)
gCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGAttt < 1:4879426/93‑1 (MQ=255)
ccTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑TGG‑‑G‑GCGC‑‑CCACGGCAAGACCCACGCCGAtttt > 1:2057633/1‑92 (MQ=255)
ccTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTc < 1:2665552/93‑1 (MQ=255)
cTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCg < 1:1080363/93‑1 (MQ=255)
cTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCg < 1:2242642/93‑1 (MQ=255)
tAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACTGGAATGACCGACGCCGATTTCgg < 2:5071253/93‑1 (MQ=255)
tAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑GGTG‑GG‑C‑‑CACCCGCATGACCCACGCCCAtttttg > 2:3419926/1‑90 (MQ=255)
aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGt < 2:5854067/93‑1 (MQ=255)
aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGt < 1:1913452/93‑1 (MQ=255)
aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑TG‑TGG‑‑G‑GCGC‑‑CCCCCCGATGACCGACGCCGCTTTTGGt > 1:4603640/1‑93 (MQ=255)
gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTaa < 2:1983745/93‑1 (MQ=255)
tACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAg < 2:3786723/93‑1 (MQ=255)
ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGcc < 2:6229255/93‑1 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGC‑‑GG‑T‑G‑‑G‑GG‑CGGCACCCGAACGACCGCCGCCGGCTTCGGGAAGACgg > 1:3940146/1‑92 (MQ=255)
cttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 1:4349784/92‑1 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAt < 1:3213782/93‑1 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGGGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACACCGATTTTTGTAAGCCGAt > 2:5365309/1‑93 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCCTGGGC‑‑TG‑G‑GGCG‑GG‑G‑‑CACCGGAATGACCGCCGCCGCTTTGTGGAAGGCGAt > 1:1354609/1‑93 (MQ=255)
tCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAtt < 1:5453372/93‑1 (MQ=255)
ccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 2:5474787/93‑1 (MQ=255)
ccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 2:4707260/93‑1 (MQ=255)
cGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGCGGGG‑‑TG‑TGG‑‑G‑GCGC‑‑CACCCGGATGGGCGAGCCCCATTTCCGGAAGCCGCTTAt > 2:5615630/1‑93 (MQ=255)
gCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCTATTATc < 2:5240943/93‑1 (MQ=255)
gCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:4189553/93‑1 (MQ=255)
gCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGG‑‑TGTT‑G‑‑G‑GCGC‑‑CCCCCGGATGACCGGCGCCGCTTTTTGTGAGCCGATTAtt > 2:2315181/1‑92 (MQ=255)
cccaccaccaCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:5257367/92‑1 (MQ=255)
ccaccaccaCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcg < 2:1358351/93‑1 (MQ=255)
ccaccaccaCTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑G‑GG‑CGGCCCCGGGATGGCCGACGCCGGTTTTGGTGAGCCGGtttttg > 2:2162329/1‑89 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 2:1342560/93‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 1:477011/93‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑CG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CCCCCGGATGAGCGACGCCGGTTTTTGTAAGCCCATTATtgc > 2:5867941/1‑93 (MQ=255)
caccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt < 1:360541/93‑1 (MQ=255)
accacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGtt < 1:6174305/93‑1 (MQ=255)
ccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtg < 1:1067817/93‑1 (MQ=255)
ccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtg < 1:6015153/93‑1 (MQ=255)
acTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCCGGATGACCGACACCGATTTCTGTCAAGCGCCTATCGCGGGtgtg > 2:4936063/1‑93 (MQ=255)
cTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGa < 2:2604953/93‑1 (MQ=255)
cTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGa < 2:6028456/93‑1 (MQ=255)
tCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGaa < 1:3581630/93‑1 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc < 1:5796489/93‑1 (MQ=255)
tGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 2:1522853/93‑1 (MQ=255)
ggTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCg < 2:5000778/93‑1 (MQ=255)
tCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGtt < 2:4144774/93‑1 (MQ=255)
cGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑TGG‑‑G‑GCGC‑‑CCCCCGAATGACCGACGCCGCTTTTGGTAAGCCGATTATCGCGGTTTTGGACTCGttt > 2:2957579/1‑92 (MQ=255)
cGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTc < 2:5946509/93‑1 (MQ=255)
cGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTc < 1:3804710/93‑1 (MQ=255)
cGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTc < 1:1730530/93‑1 (MQ=255)
cGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGGATGACCGACGCCGCTTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTTTGAAATCCTTc > 2:5113910/1‑93 (MQ=255)
gTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCa < 1:5680021/93‑1 (MQ=255)
tAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAc < 2:6093264/93‑1 (MQ=255)
tatGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCa > 2:2293983/1‑93 (MQ=255)
tatGGCGGGTGCTCGGGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGGAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTGTACCCa > 2:5288434/1‑93 (MQ=255)
atGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCaa < 2:3952862/93‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAt < 1:5558079/93‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAt > 1:5437799/1‑93 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAt < 1:1873663/93‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAt < 2:232907/93‑1 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑TGG‑‑G‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACCCCGCTTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGGTGTGAACTCGTTCACCCACtt > 2:4160641/1‑93 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAttt > 2:3136331/1‑93 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 1:5449555/93‑1 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 1:2125318/93‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAc < 1:590840/93‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAc < 1:6204508/93‑1 (MQ=255)
gCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg < 1:2822024/93‑1 (MQ=255)
gCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg > 2:3579671/1‑93 (MQ=255)
gCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg < 2:1031390/93‑1 (MQ=255)
gCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGAAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg < 2:1041646/93‑1 (MQ=255)
cTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCgg < 2:5822362/93‑1 (MQ=255)
tCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCggg > 2:4324799/1‑93 (MQ=255)
tCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCggg < 2:1271836/93‑1 (MQ=255)
cGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt < 1:1811379/93‑1 (MQ=255)
cGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt > 2:818985/1‑93 (MQ=255)
gcgc‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc > 1:3011111/1‑93 (MQ=255)
gcgc‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc < 1:1792949/93‑1 (MQ=255)
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GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑G‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > NC_000913/3951074‑3951248
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑GC‑‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG > NC_000913/3951074‑3951249
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AGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG < SRR4302533.5978034/94‑1 (MQ=60)
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TGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > SRR4302533.3029532/1‑94 (MQ=60)
TGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC < SRR4302533.3548542/94‑1 (MQ=60)
GCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG < SRR4302533.1803856/94‑1 (MQ=60)
GCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG < SRR4302533.2959041/94‑1 (MQ=60)
GCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG > SRR4302533.3838505/1‑94 (MQ=60)
GCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG < SRR4302533.1113992/94‑1 (MQ=60)
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GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑GC‑‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG > NC_000913/3951074‑3951249
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
