Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,772,157 |
T→C |
V36A (GTA→GCA) |
mtlD → |
mannitol‑1‑phosphate dehydrogenase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,772,157 | 0 | T | C | 99.6%
| 853.0
/ ‑5.9
| 267 | V36A (GTA→GCA) | mtlD | mannitol‑1‑phosphate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (123/143); total (123/144) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
TGGCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGTACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATGCTG > NC_000913/3772068‑3772246
|
ggCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACtt > 2:332501/1‑93 (MQ=255)
ggcAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGa < 1:4391243/92‑1 (MQ=255)
gcAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGAt > 2:1310252/1‑93 (MQ=255)
gcAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGAt > 1:4961146/1‑93 (MQ=255)
aGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAGCTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGc < 2:5816821/93‑1 (MQ=255)
aGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGc > 2:3387105/1‑93 (MQ=255)
ggTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGcc > 1:3466731/1‑93 (MQ=255)
ggTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGcc > 1:2613268/1‑93 (MQ=255)
aaTATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTg > 1:3288700/1‑93 (MQ=255)
atatCGGTCGTGGTTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGa < 1:3707244/93‑1 (MQ=255)
atatCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACt > 1:676088/1‑82 (MQ=255)
atatCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACt < 2:676088/82‑1 (MQ=255)
tatCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGaa > 2:1288532/1‑93 (MQ=255)
tatCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTGGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGaa < 2:484065/93‑1 (MQ=255)
atCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAAt < 1:4112918/93‑1 (MQ=255)
atCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAAt > 2:4809495/1‑93 (MQ=255)
atCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAAt < 2:5330487/93‑1 (MQ=255)
tCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATg > 2:2004650/1‑93 (MQ=255)
ggTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGcc < 2:5450081/93‑1 (MQ=255)
gTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGccc < 2:2292725/93‑1 (MQ=255)
gTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGccc > 2:4519513/1‑93 (MQ=255)
cGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGt < 1:3210148/93‑1 (MQ=255)
gTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTc < 1:3069874/93‑1 (MQ=255)
gTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTc > 2:5905328/1‑93 (MQ=255)
tGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCa > 2:2440573/1‑93 (MQ=255)
ggCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCAGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCAt < 2:6286117/93‑1 (MQ=255)
gCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATa < 1:1013538/93‑1 (MQ=255)
cTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAg > 2:2159891/1‑93 (MQ=255)
cTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAg < 1:6149164/93‑1 (MQ=255)
tttATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGc > 2:6260986/1‑93 (MQ=255)
ttATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCt < 2:3925440/93‑1 (MQ=255)
aTCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTAt > 1:3595896/1‑93 (MQ=255)
aTCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATACCCGTCATAGCTAt > 2:2137853/1‑93 (MQ=255)
cGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGTCCGTCATAGCTATCa > 1:1712421/1‑93 (MQ=255)
cGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCa < 2:384818/93‑1 (MQ=255)
ggTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAg < 1:748689/93‑1 (MQ=255)
ggTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAg > 2:819806/1‑93 (MQ=255)
gTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAgg < 2:4570403/93‑1 (MQ=255)
gTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAgg > 1:4635137/1‑93 (MQ=255)
gTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAgg > 2:4919280/1‑93 (MQ=255)
gTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAgg > 1:1302361/1‑93 (MQ=255)
tAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGt < 1:3138595/93‑1 (MQ=255)
aCTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACa < 2:6095940/93‑1 (MQ=255)
aCTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACa < 1:1905870/93‑1 (MQ=255)
ctgctgGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACAt < 2:2239286/93‑1 (MQ=255)
tgctgGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACAtg > 1:1096517/1‑93 (MQ=255)
ctgGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACAtgtg > 1:1571310/1‑93 (MQ=255)
gCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGtggtt < 1:4303747/93‑1 (MQ=255)
cAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGtggttg < 2:3187651/93‑1 (MQ=255)
aGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGtggttgg > 1:627801/1‑93 (MQ=255)
aGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGtggttgg > 2:2923708/1‑93 (MQ=255)
aGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGtggttgg > 1:2013394/1‑93 (MQ=255)
aGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGtggttgg > 1:5821971/1‑93 (MQ=255)
gcgGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGaa > 1:1868278/1‑93 (MQ=255)
cgGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGaaa < 1:997525/93‑1 (MQ=255)
gggTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAAc > 2:1623229/1‑93 (MQ=255)
ggTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAAcc > 1:2261629/1‑93 (MQ=255)
tATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGa < 1:1531045/93‑1 (MQ=255)
tCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGc > 2:4032571/1‑93 (MQ=255)
tCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGc > 2:3605814/1‑93 (MQ=255)
ccAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCa < 1:3999021/93‑1 (MQ=255)
ccAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCa < 2:2787491/93‑1 (MQ=255)
cAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAg > 1:1954480/1‑93 (MQ=255)
cAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAg < 1:3866825/93‑1 (MQ=255)
cAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGCTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAg > 2:5089169/1‑93 (MQ=255)
aaCTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAgg < 1:5719036/93‑1 (MQ=255)
aaCTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAgg < 2:1216851/93‑1 (MQ=255)
cTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTa < 1:2918349/93‑1 (MQ=255)
tGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTaa > 2:3047348/1‑92 (MQ=255)
tGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAg > 2:1339204/1‑93 (MQ=255)
tGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAg < 1:5659187/93‑1 (MQ=255)
gACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGa > 2:1160767/1‑93 (MQ=255)
gACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGa > 2:4609190/1‑93 (MQ=255)
gACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGa > 2:4100580/1‑93 (MQ=255)
aCGTTTGCGGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGAt < 2:4448809/93‑1 (MQ=255)
aCGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGAt < 1:520048/93‑1 (MQ=255)
cGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATa < 2:3504713/93‑1 (MQ=255)
gTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATAc > 2:1835104/1‑93 (MQ=255)
tttGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATAcc < 1:6043269/93‑1 (MQ=255)
tGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGt > 2:5379215/1‑93 (MQ=255)
cGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTc < 2:3629060/93‑1 (MQ=255)
gATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTcc > 1:5555268/1‑93 (MQ=255)
gATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTcc < 1:5336948/93‑1 (MQ=255)
gATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTcc < 2:6176168/93‑1 (MQ=255)
aTGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGTTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCg < 2:5550069/93‑1 (MQ=255)
aTGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCg < 2:3978795/93‑1 (MQ=255)
tGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCgg > 1:4065212/1‑93 (MQ=255)
gTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGc > 1:1195796/1‑93 (MQ=255)
gTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGc > 1:3805625/1‑93 (MQ=255)
cAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGt < 1:6132459/93‑1 (MQ=255)
aaTCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTc > 1:2714434/1‑93 (MQ=255)
aaTCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTc < 2:2613268/93‑1 (MQ=255)
tCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCaa < 1:2467803/93‑1 (MQ=255)
tCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCaa > 2:5696080/1‑93 (MQ=255)
tCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCaa > 1:4703136/1‑93 (MQ=255)
tCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCaa < 2:1924410/93‑1 (MQ=255)
aGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATg < 1:4833998/93‑1 (MQ=255)
aGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATg < 1:5469140/93‑1 (MQ=255)
ggtggcACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATGc < 1:2868872/93‑1 (MQ=255)
gtggcACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATGCt < 1:2095280/93‑1 (MQ=255)
|
TGGCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGTACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATGCTG > NC_000913/3772068‑3772246
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATTTTGGCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGTACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATGCTGTCAG > NC_000913/3772064‑3772250
|
ATTTTGGCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGC > SRR4302533.2420263/1‑94 (MQ=60)
TTTTGGCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCA < SRR4302533.2482235/94‑1 (MQ=60)
TTTTGGCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCA < SRR4302533.1449166/94‑1 (MQ=60)
TGGCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTT > SRR4302533.4072931/1‑94 (MQ=60)
GCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGA < SRR4302533.3500386/94‑1 (MQ=60)
GCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGA < SRR4302533.4442069/94‑1 (MQ=60)
GGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGAT < SRR4302533.4417752/94‑1 (MQ=60)
CGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGAT < SRR4302533.4294411/94‑1 (MQ=60)
CGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGAT < SRR4302533.3806523/94‑1 (MQ=60)
CGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGAT > SRR4302533.4991228/1‑94 (MQ=60)
GCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATG > SRR4302533.5429570/1‑94 (MQ=60)
CAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGC > SRR4302533.4941674/1‑94 (MQ=60)
AGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCC > SRR4302533.1889201/1‑94 (MQ=60)
AGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCC > SRR4302533.3488126/1‑94 (MQ=60)
AGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCC > SRR4302533.2629308/1‑94 (MQ=60)
GTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCT < SRR4302533.2063999/94‑1 (MQ=60)
GTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCT < SRR4302533.6142677/94‑1 (MQ=60)
TAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTG > SRR4302533.3309000/1‑94 (MQ=60)
TAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCAGGCAGACGCGGGGATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTCGATGCCCTG > SRR4302533.650315/1‑94 (MQ=60)
AATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGA > SRR4302533.141432/1‑94 (MQ=60)
ATATCGGTCGTGGTTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAA < SRR4302533.3730013/94‑1 (MQ=60)
ATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAA < SRR4302533.73487/94‑1 (MQ=60)
TATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAAT > SRR4302533.4366103/1‑94 (MQ=60)
TATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAAT < SRR4302533.5880858/94‑1 (MQ=60)
ATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATG < SRR4302533.4137912/94‑1 (MQ=60)
ATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATG > SRR4302533.330160/1‑94 (MQ=60)
TCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGC < SRR4302533.102746/94‑1 (MQ=60)
TCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGT < SRR4302533.6173467/94‑1 (MQ=60)
CGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTC > SRR4302533.4844785/1‑94 (MQ=60)
CGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTC > SRR4302533.1208488/1‑94 (MQ=60)
CGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTC < SRR4302533.3229922/94‑1 (MQ=60)
CGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTC < SRR4302533.725607/94‑1 (MQ=60)
GTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCA > SRR4302533.1652324/1‑94 (MQ=60)
GTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCA < SRR4302533.3137047/94‑1 (MQ=60)
GTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCA < SRR4302533.3088720/94‑1 (MQ=60)
TGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCAT < SRR4302533.5550729/94‑1 (MQ=60)
GGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATA > SRR4302533.1957796/1‑94 (MQ=60)
GCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAG < SRR4302533.1019473/94‑1 (MQ=60)
GCTCTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAG > SRR4302533.3706715/1‑94 (MQ=60)
CTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGC < SRR4302533.953955/94‑1 (MQ=60)
CTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGC < SRR4302533.6186180/94‑1 (MQ=60)
CTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGC > SRR4302533.5164610/1‑94 (MQ=60)
CTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGC < SRR4302533.393465/94‑1 (MQ=60)
CTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGC < SRR4302533.3347022/94‑1 (MQ=60)
TATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTAT > SRR4302533.3618018/1‑94 (MQ=60)
ATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATC > SRR4302533.155023/1‑94 (MQ=60)
TCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGTCCGTCATAGCTATCA > SRR4302533.1722797/1‑94 (MQ=60)
TCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCA < SRR4302533.1803105/94‑1 (MQ=60)
CGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAG < SRR4302533.1886803/94‑1 (MQ=60)
CGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAG > SRR4302533.4936750/1‑94 (MQ=60)
GGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGG < SRR4302533.1800840/94‑1 (MQ=60)
GGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGG > SRR4302533.4663223/1‑94 (MQ=60)
GGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGG < SRR4302533.753099/94‑1 (MQ=60)
GGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGG > SRR4302533.1310191/1‑94 (MQ=60)
GTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGT < SRR4302533.5738981/94‑1 (MQ=60)
TAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTA < SRR4302533.3157890/94‑1 (MQ=60)
AAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTAC > SRR4302533.3675728/1‑94 (MQ=60)
AAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGCAC > SRR4302533.6241581/1‑94 (MQ=60)
AACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACA < SRR4302533.1280373/94‑1 (MQ=60)
ACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACAT < SRR4302533.1917496/94‑1 (MQ=60)
CTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATG > SRR4302533.1103011/1‑94 (MQ=60)
TGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGT > SRR4302533.4102924/1‑94 (MQ=60)
GCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTG > SRR4302533.1580775/1‑94 (MQ=60)
TGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGT > SRR4302533.255534/1‑94 (MQ=60)
GGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTT < SRR4302533.135814/94‑1 (MQ=60)
GCAGACGCGGGTATCCATCTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTG < SRR4302533.5444795/94‑1 (MQ=60)
GCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTG < SRR4302533.5952435/94‑1 (MQ=60)
GCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTG < SRR4302533.4329639/94‑1 (MQ=60)
GCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTG > SRR4302533.3200429/1‑94 (MQ=60)
GCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTG < SRR4302533.26160/94‑1 (MQ=60)
CAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGG > SRR4302533.2025799/1‑94 (MQ=60)
CAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGG > SRR4302533.631491/1‑94 (MQ=60)
CAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGG > SRR4302533.5857138/1‑94 (MQ=60)
GACGCAGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTG < SRR4302533.2474060/94‑1 (MQ=60)
ACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGA < SRR4302533.5813533/94‑1 (MQ=60)
CGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAA > SRR4302533.1879668/1‑94 (MQ=60)
GCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAA > SRR4302533.1195600/1‑94 (MQ=60)
CGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAAC > SRR4302533.5570024/1‑94 (MQ=60)
CGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAAC < SRR4302533.5645306/94‑1 (MQ=60)
CGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAAC < SRR4302533.1003351/94‑1 (MQ=60)
GGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACC < SRR4302533.2660392/94‑1 (MQ=60)
GGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACC > SRR4302533.4031746/1‑94 (MQ=60)
GGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACC > SRR4302533.2275615/1‑94 (MQ=60)
GGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACC < SRR4302533.2925842/94‑1 (MQ=60)
GGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACC < SRR4302533.3530246/94‑1 (MQ=60)
GGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACC > SRR4302533.3916775/1‑94 (MQ=60)
GGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACC > SRR4302533.2024727/1‑94 (MQ=60)
GTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGA < SRR4302533.4398474/94‑1 (MQ=60)
TATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAG < SRR4302533.3409069/94‑1 (MQ=60)
TATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAG < SRR4302533.1540248/94‑1 (MQ=60)
TATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAG < SRR4302533.2791058/94‑1 (MQ=60)
TCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCA < SRR4302533.2251058/94‑1 (MQ=60)
CCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAG < SRR4302533.4722091/94‑1 (MQ=60)
CCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAG > SRR4302533.1966388/1‑94 (MQ=60)
CCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAG < SRR4302533.4023366/94‑1 (MQ=60)
CAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGG < SRR4302533.3890428/94‑1 (MQ=60)
AACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGT < SRR4302533.5753569/94‑1 (MQ=60)
AACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGT < SRR4302533.6156473/94‑1 (MQ=60)
ACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTA < SRR4302533.3835541/94‑1 (MQ=60)
CTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAG < SRR4302533.2936235/94‑1 (MQ=60)
TGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGA < SRR4302533.5693384/94‑1 (MQ=60)
ACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATA < SRR4302533.523136/94‑1 (MQ=60)
GTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACC < SRR4302533.4420547/94‑1 (MQ=60)
GTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACC < SRR4302533.3141322/94‑1 (MQ=60)
TTTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCG < SRR4302533.6079882/94‑1 (MQ=60)
TTGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGT > SRR4302533.1159529/1‑94 (MQ=60)
TGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTT < SRR4302533.4811475/94‑1 (MQ=60)
TGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTT < SRR4302533.5357625/94‑1 (MQ=60)
TGCCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTT > SRR4302533.623438/1‑94 (MQ=60)
CCGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTC < SRR4302533.5665742/94‑1 (MQ=60)
CGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCC > SRR4302533.5206592/1‑94 (MQ=60)
CGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCC > SRR4302533.3085185/1‑94 (MQ=60)
CGATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCC > SRR4302533.5588818/1‑94 (MQ=60)
GATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCG < SRR4302533.5368941/94‑1 (MQ=60)
GATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCG < SRR4302533.2999357/94‑1 (MQ=60)
ATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGG > SRR4302533.4089956/1‑94 (MQ=60)
ATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGG > SRR4302533.653436/1‑94 (MQ=60)
ATGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGG < SRR4302533.1968464/94‑1 (MQ=60)
TGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGC > SRR4302533.3828911/1‑94 (MQ=60)
TGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGC > SRR4302533.1202983/1‑94 (MQ=60)
TGTCAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGC > SRR4302533.3215121/1‑94 (MQ=60)
CAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTC > SRR4302533.2731101/1‑94 (MQ=60)
CAATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTC < SRR4302533.6169407/94‑1 (MQ=60)
AATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCA < SRR4302533.3839979/94‑1 (MQ=60)
AATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCA < SRR4302533.1583225/94‑1 (MQ=60)
ATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAA > SRR4302533.2876025/1‑94 (MQ=60)
ATCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAA > SRR4302533.4731647/1‑94 (MQ=60)
TCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAAT < SRR4302533.2483023/94‑1 (MQ=60)
TCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAAT < SRR4302533.580630/94‑1 (MQ=60)
TCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAAT < SRR4302533.4263163/94‑1 (MQ=60)
TCAGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAAT < SRR4302533.2705698/94‑1 (MQ=60)
AGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATGC < SRR4302533.5502103/94‑1 (MQ=60)
AGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATGC < SRR4302533.4863299/94‑1 (MQ=60)
AGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATGC > SRR4302533.2063122/1‑94 (MQ=60)
AGGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATGC < SRR4302533.2214731/94‑1 (MQ=60)
GGTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATGCT < SRR4302533.2886521/94‑1 (MQ=60)
GTGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATGCTG < SRR4302533.2108184/94‑1 (MQ=60)
TGGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATGCTGT > SRR4302533.6186468/1‑94 (MQ=60)
GGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATGCTGTC < SRR4302533.4900005/94‑1 (MQ=60)
GGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATGCTGTC < SRR4302533.321418/94‑1 (MQ=60)
GGCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATGCTGTA > SRR4302533.5003187/1‑94 (MQ=60)
GCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATGCTGTCA < SRR4302533.67408/94‑1 (MQ=60)
GCACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGCTTCCGGCGTCAATGCTGTCA > SRR4302533.4369641/1‑94 (MQ=60)
CACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATGCTGTCAG < SRR4302533.6055939/94‑1 (MQ=60)
|
ATTTTGGCGCAGGTAATATCGGTCGTGGCTTTATCGGTAAACTGCTGGCAGACGCGGGTATCCAACTGACGTTTGCCGATGTCAATCAGGTGGTACTTGATGCCCTGAATGCCCGTCATAGCTATCAGGTACATGTGGTTGGTGAAACCGAGCAGGTAGATACCGTTTCCGGCGTCAATGCTGTCAG > NC_000913/3772064‑3772250
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
