Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
647 |
270.1 |
21258240 |
98.4% |
20918108 |
94.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,791,003 |
T→C |
E108G (GAG→GGG) |
htrL ← |
HtrL |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,791,003 | 0 | T | C | 99.7%
| 2525.8
/ ‑5.3
| 719 | E108G (GAG→GGG) | htrL | HtrL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base C (274/442); total (274/445) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.27e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 724 total aligned reads displayed.
GTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAA > NC_000913/3790912‑3791093
|
ttGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCaa < 2:2036544/94‑1 (MQ=255)
tGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAg > 1:451980/1‑94 (MQ=255)
gATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGt < 1:9940185/94‑1 (MQ=255)
aTAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTc < 2:3320925/94‑1 (MQ=255)
aTAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTc > 2:2316441/1‑94 (MQ=255)
aGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTa < 1:5097656/94‑1 (MQ=255)
aGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTa > 2:4848746/1‑94 (MQ=255)
aGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTa > 1:7829379/1‑94 (MQ=255)
cTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGCTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTAtt > 1:10315962/1‑94 (MQ=255)
tttatttaCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTAttt > 1:1426420/1‑94 (MQ=255)
tttatttaCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTAttt < 1:1850363/94‑1 (MQ=255)
atttaCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTa > 1:481587/1‑94 (MQ=255)
tttaCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTaa < 2:801353/94‑1 (MQ=255)
ttaCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTaaa < 2:4538201/94‑1 (MQ=255)
ttaCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTaaa < 1:4074055/94‑1 (MQ=255)
taCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCATAACATTCTCTGGTGACCAGTTCTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAAc < 2:10309404/94‑1 (MQ=255)
taCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAAc < 2:2925808/94‑1 (MQ=255)
taCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAAc < 1:766929/94‑1 (MQ=255)
taCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAAc < 1:8635290/94‑1 (MQ=255)
aaaaTAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGAc < 1:8250794/94‑1 (MQ=255)
aaaaTAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGAc > 1:6942829/1‑94 (MQ=255)
aaaTAGCCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACt < 1:6526845/94‑1 (MQ=255)
aaTAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTc < 1:2382617/94‑1 (MQ=255)
aGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATc < 2:3567955/94‑1 (MQ=255)
ggCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCt > 1:9071433/1‑94 (MQ=255)
ggCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCt > 2:8670474/1‑94 (MQ=255)
gCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCtt < 1:9389857/94‑1 (MQ=255)
gCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCtt < 2:8918447/94‑1 (MQ=255)
gCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCtt > 2:7017012/1‑94 (MQ=255)
ccTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCttt < 2:7663349/94‑1 (MQ=255)
ccTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCttt < 1:4251944/94‑1 (MQ=255)
cTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCtttt < 2:7298421/94‑1 (MQ=255)
cTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGCTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCtttt < 2:521686/94‑1 (MQ=255)
ttAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCttttt < 1:9537521/94‑1 (MQ=255)
ttAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCttttt > 1:8492304/1‑94 (MQ=255)
tAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTg < 1:52632/94‑1 (MQ=255)
gTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAAtt < 1:713416/94‑1 (MQ=255)
gTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAAtt > 2:4618122/1‑94 (MQ=255)
ttACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAAttt < 1:5363194/94‑1 (MQ=255)
tACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAAtttt > 1:7228526/1‑94 (MQ=255)
aCATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAAttttt < 2:3745752/94‑1 (MQ=255)
aCATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAAttttt < 2:10582484/94‑1 (MQ=255)
cATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAAtttttt > 2:5981924/1‑94 (MQ=255)
aTACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTc > 1:8545869/1‑94 (MQ=255)
tACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCg > 2:1808535/1‑94 (MQ=255)
ccAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGAt < 2:2520642/94‑1 (MQ=255)
ccAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGAt > 1:10239532/1‑94 (MQ=255)
acAAAACACACTCTGGTGACCAGTACTCGGGTTTTTTTAAATGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCGTGTTGAATTTTTTCGAt < 2:9113292/93‑1 (MQ=255)
cAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATa > 1:7330859/1‑94 (MQ=255)
cAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATa > 1:2183192/1‑94 (MQ=255)
aaaaCATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATAc > 2:3460107/1‑94 (MQ=255)
cATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACt < 2:2694994/94‑1 (MQ=255)
cATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACt < 1:8143042/94‑1 (MQ=255)
aCTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCt > 2:6076684/1‑94 (MQ=255)
aCTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCt > 2:7197588/1‑94 (MQ=255)
ctctGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTg < 1:8925085/94‑1 (MQ=255)
tctGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGa > 1:10023422/1‑94 (MQ=255)
tctGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGa > 1:1143835/1‑94 (MQ=255)
tGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGata < 2:10495326/94‑1 (MQ=255)
gtcaCCAGTACTCTGAGTTTTGTAATTGTCGAGTCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGatata < 1:614354/91‑1 (MQ=255)
gTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGatata > 2:1142595/1‑94 (MQ=255)
gACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATc < 2:7883803/94‑1 (MQ=255)
aCCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCt > 2:6708601/1‑94 (MQ=255)
ccAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTa < 2:6568376/94‑1 (MQ=255)
cAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTaa < 2:9685350/94‑1 (MQ=255)
cAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTaa > 1:1170325/1‑94 (MQ=255)
aGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTaaa < 1:8860074/94‑1 (MQ=255)
aGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTaaa < 1:5547458/94‑1 (MQ=255)
gTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAAt > 2:9229865/1‑94 (MQ=255)
gTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAAt > 2:5512150/1‑94 (MQ=255)
gTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAAt < 1:6713694/94‑1 (MQ=255)
tACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAAtt > 1:2579787/1‑94 (MQ=255)
tACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAAtt < 2:3170164/94‑1 (MQ=255)
tACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAAtt > 1:920747/1‑94 (MQ=255)
tACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAAtt > 2:4272045/1‑94 (MQ=255)
aCTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAAttt < 2:9393939/94‑1 (MQ=255)
ctctGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTc > 2:4142190/1‑94 (MQ=255)
ctctGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTc < 2:8391400/94‑1 (MQ=255)
tctGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCt < 1:2832098/94‑1 (MQ=255)
tctGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCt < 2:3845680/94‑1 (MQ=255)
ctGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCtt < 1:3103591/94‑1 (MQ=255)
tGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCttt < 1:3638380/94‑1 (MQ=255)
gggTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCtttt > 1:1680195/1‑94 (MQ=255)
gggTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCtttt < 1:9814348/94‑1 (MQ=255)
ggTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCttttt > 2:8131931/1‑94 (MQ=255)
gTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCtttttt < 1:3548355/94‑1 (MQ=255)
gTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCtttttt > 2:6244577/1‑94 (MQ=255)
tttAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTatat < 2:5047339/94‑1 (MQ=255)
tAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcg > 1:6242060/1‑94 (MQ=255)
tAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcg > 2:1610525/1‑94 (MQ=255)
aaTTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcga < 1:5749357/94‑1 (MQ=255)
aTTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgat > 2:5801341/1‑94 (MQ=255)
aTTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgat < 1:7439128/94‑1 (MQ=255)
ttGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgata < 2:4941943/94‑1 (MQ=255)
tGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgataa < 1:5862972/94‑1 (MQ=255)
tCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgataacg < 1:6422784/94‑1 (MQ=255)
cGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgataacga < 2:8541899/94‑1 (MQ=255)
gAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgataacgat < 2:1463230/94‑1 (MQ=255)
aGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgataacgata > 2:7486694/1‑94 (MQ=255)
ggCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgataacgataa < 1:970802/94‑1 (MQ=255)
|
GTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAA > NC_000913/3790912‑3791093
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 419 total aligned reads displayed.
TCTTTACTCATAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACTGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCTTTAACAACAGCAGCAACCGCTCCATTTAAAC > NC_000913/3799004‑3799190
|
TCTTTACTCATAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACC > SRR4302545.8374508/1‑94 (MQ=60)
TTTACTCATAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGC < SRR4302545.7810931/94‑1 (MQ=60)
TTACTCATAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCC < SRR4302545.10713746/94‑1 (MQ=60)
ACTCATAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCA > SRR4302545.8226263/1‑94 (MQ=60)
CTCATAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAA > SRR4302545.8923399/1‑94 (MQ=60)
CTCATAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAA > SRR4302545.6576731/1‑94 (MQ=60)
CTCATAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAA > SRR4302545.2616000/1‑94 (MQ=60)
CTCATAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAA > SRR4302545.2175438/1‑94 (MQ=60)
CTCATAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAA > SRR4302545.5206478/1‑94 (MQ=60)
TCATAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAG > SRR4302545.252846/1‑94 (MQ=60)
TCATAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAG > SRR4302545.2965633/1‑94 (MQ=60)
TCATAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAG < SRR4302545.5316155/94‑1 (MQ=60)
CATAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGT < SRR4302545.595725/94‑1 (MQ=60)
CATAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGT > SRR4302545.8966369/1‑94 (MQ=60)
CATAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGA > SRR4302545.8489727/1‑94 (MQ=60)
ATAAGAATAGACATCGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTA < SRR4302545.8468685/94‑1 (MQ=60)
ATAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTA < SRR4302545.8933059/94‑1 (MQ=60)
ATAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACAGCCCAAGTA > SRR4302545.549304/1‑94 (MQ=60)
TAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAT > SRR4302545.10472963/1‑94 (MQ=60)
TAAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAA > SRR4302545.4762974/1‑94 (MQ=60)
AAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAAT > SRR4302545.2771410/1‑94 (MQ=60)
AAGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAAT > SRR4302545.4125227/1‑94 (MQ=60)
AGAATAGATAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATT > SRR4302545.6615228/1‑94 (MQ=60)
AGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATT > SRR4302545.1352374/1‑94 (MQ=60)
AGAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATT > SRR4302545.6132164/1‑94 (MQ=60)
GAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTC > SRR4302545.2729863/1‑94 (MQ=60)
GAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTC < SRR4302545.3099270/94‑1 (MQ=60)
GAATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTC > SRR4302545.4668913/1‑94 (MQ=60)
AATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCA > SRR4302545.7317283/1‑94 (MQ=60)
AATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAACTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCA > SRR4302545.5968127/1‑94 (MQ=60)
ATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAG > SRR4302545.4092367/1‑94 (MQ=60)
ATAGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAG < SRR4302545.4382233/94‑1 (MQ=60)
AGACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGA > SRR4302545.7621062/1‑94 (MQ=60)
GACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGAT < SRR4302545.876743/94‑1 (MQ=60)
ACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATC < SRR4302545.2441971/94‑1 (MQ=60)
ACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATC > SRR4302545.3792324/1‑94 (MQ=60)
ACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATC > SRR4302545.470088/1‑94 (MQ=60)
ACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATC < SRR4302545.91411/94‑1 (MQ=60)
ACAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATC > SRR4302545.1374560/1‑94 (MQ=60)
CAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCA < SRR4302545.7878495/94‑1 (MQ=60)
CAACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCA > SRR4302545.10192719/1‑94 (MQ=60)
AACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAG > SRR4302545.9836756/1‑94 (MQ=60)
AACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAG > SRR4302545.7670312/1‑94 (MQ=60)
ACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCATGATCAGA < SRR4302545.5757589/94‑1 (MQ=60)
ACGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGA > SRR4302545.2130019/1‑94 (MQ=60)
CGCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGAC > SRR4302545.8686285/1‑94 (MQ=60)
GCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACA > SRR4302545.6589913/1‑94 (MQ=60)
GCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACA < SRR4302545.3636297/94‑1 (MQ=60)
GCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACA > SRR4302545.756659/1‑94 (MQ=60)
GCTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACA < SRR4302545.8445227/94‑1 (MQ=60)
CTTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAA > SRR4302545.10295081/1‑94 (MQ=60)
TTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCATCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAAC < SRR4302545.6694683/94‑1 (MQ=60)
TTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAAC > SRR4302545.7099630/1‑94 (MQ=60)
TTTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAAC < SRR4302545.562275/94‑1 (MQ=60)
TTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACC < SRR4302545.10035903/94‑1 (MQ=60)
TTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACC < SRR4302545.2592925/94‑1 (MQ=60)
TTTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACC > SRR4302545.511935/1‑94 (MQ=60)
TTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCT < SRR4302545.1627688/94‑1 (MQ=60)
TTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCT > SRR4302545.8481387/1‑94 (MQ=60)
TTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCT < SRR4302545.4674848/94‑1 (MQ=60)
TTTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCT < SRR4302545.9246413/94‑1 (MQ=60)
TTCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTG < SRR4302545.5652580/94‑1 (MQ=60)
TCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGG > SRR4302545.7844703/1‑94 (MQ=60)
TCTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGG < SRR4302545.4730722/94‑1 (MQ=60)
CTGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGA > SRR4302545.8922703/1‑94 (MQ=60)
TGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGAT > SRR4302545.89746/1‑94 (MQ=60)
TGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGAT < SRR4302545.3298620/94‑1 (MQ=60)
TGTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGAT < SRR4302545.8643394/94‑1 (MQ=60)
GTTAGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATA > SRR4302545.9501151/1‑94 (MQ=60)
AGTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCG < SRR4302545.5515155/94‑1 (MQ=60)
GTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGC > SRR4302545.8750254/1‑94 (MQ=60)
GTTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGC > SRR4302545.2835231/1‑94 (MQ=60)
GTTCTGCGTCATCCCGTTTTTTTAAGGCTAAATCAACGACACCGGAATTAAAGTACCGACCAAGTAATTCAGGAGCACACAACCTGGATACCGC > SRR4302545.8057730/1‑94 (MQ=55)
TTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCC > SRR4302545.9053459/1‑94 (MQ=60)
TTTTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCC < SRR4302545.3756695/94‑1 (MQ=60)
TTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTT > SRR4302545.578372/1‑94 (MQ=60)
TTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTT > SRR4302545.423609/1‑94 (MQ=60)
TTGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTT < SRR4302545.8133084/94‑1 (MQ=60)
TGCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTT < SRR4302545.7701123/94‑1 (MQ=60)
GCGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTT < SRR4302545.4598746/94‑1 (MQ=60)
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CGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTC < SRR4302545.6918583/94‑1 (MQ=60)
CGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTC > SRR4302545.1098019/1‑94 (MQ=60)
CGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTC > SRR4302545.1934703/1‑94 (MQ=60)
CGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTC > SRR4302545.8519599/1‑94 (MQ=60)
CGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTC > SRR4302545.7778863/1‑94 (MQ=60)
CGTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTC > SRR4302545.3605590/1‑94 (MQ=60)
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GTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTCAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCT > SRR4302545.3230250/1‑94 (MQ=60)
GTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCT < SRR4302545.5085995/94‑1 (MQ=60)
GTCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCT < SRR4302545.525612/94‑1 (MQ=60)
TCAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTT < SRR4302545.4830706/94‑1 (MQ=60)
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CAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTG > SRR4302545.9536972/1‑94 (MQ=60)
CAGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTG < SRR4302545.9717296/94‑1 (MQ=60)
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AGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGC > SRR4302545.5358639/1‑94 (MQ=60)
AGCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTCGATACCccctgttcgtga > SRR4302545.9876485/1‑82 (MQ=60)
GCCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCA < SRR4302545.6192209/94‑1 (MQ=60)
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CCCATTTTTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCAT > SRR4302545.2486876/1‑94 (MQ=60)
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TTTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCA > SRR4302545.6774450/1‑94 (MQ=60)
TTTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAA < SRR4302545.4650836/94‑1 (MQ=60)
TTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAAC > SRR4302545.9615214/1‑94 (MQ=60)
TTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAAC > SRR4302545.9813350/1‑94 (MQ=60)
TTAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAAC > SRR4302545.5103224/1‑94 (MQ=60)
TTAAGTCTAAATAAACGACAACGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAAC > SRR4302545.5637507/1‑94 (MQ=60)
TAAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACA < SRR4302545.1267057/94‑1 (MQ=60)
AAGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACAT > SRR4302545.7679000/1‑94 (MQ=60)
AGTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATC > SRR4302545.1447094/1‑94 (MQ=60)
GTCTAAATAAACGGCACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCT < SRR4302545.1915001/94‑1 (MQ=60)
GTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCT > SRR4302545.4740611/1‑94 (MQ=60)
GTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCT > SRR4302545.10736139/1‑94 (MQ=60)
GTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCT > SRR4302545.8019158/1‑94 (MQ=60)
GTCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCA < SRR4302545.3625572/94‑1 (MQ=60)
TCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCTT < SRR4302545.1000026/94‑1 (MQ=60)
TCTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCTT < SRR4302545.10549913/94‑1 (MQ=60)
CTAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCTTT > SRR4302545.6632480/1‑94 (MQ=60)
TAAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCTTTA > SRR4302545.6977963/1‑94 (MQ=60)
aggttgtctgatcctGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCTTTAA > SRR4302545.7471412/16‑94 (MQ=60)
AAATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCTTTAA > SRR4302545.5822048/1‑94 (MQ=60)
AATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCTTTAAC > SRR4302545.4013170/1‑94 (MQ=60)
ATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCTTTAACA > SRR4302545.8886868/1‑94 (MQ=60)
ATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCTTTAACA > SRR4302545.2220413/1‑94 (MQ=60)
ATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCTTTAACA > SRR4302545.4336134/1‑94 (MQ=60)
ATAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCTTTAACA > SRR4302545.6071118/1‑94 (MQ=60)
TAAACTACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCTTTAACAA > SRR4302545.1573795/1‑94 (MQ=60)
TAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCTTTAACAA > SRR4302545.10376800/1‑94 (MQ=60)
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TAAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCTTTAACAA > SRR4302545.1126789/1‑94 (MQ=60)
AAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCTTTAACAAC < SRR4302545.5902283/94‑1 (MQ=60)
AAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCTTTAACAAC > SRR4302545.1505323/1‑94 (MQ=60)
AAACGACACCGGAATTAAAGTACCGCCCAAGTAATTCAGGATCAGACAACCTGGATACCGCCTTTTCTTGCATTGGCTCAACATCTTTAACAAC > SRR4302545.6299386/1‑94 (MQ=60)
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
