Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
647 |
270.1 |
21258240 |
98.4% |
20918108 |
94.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,951,166 |
+C |
coding (35/1818 nt) |
ilvD → |
dihydroxyacid dehydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,951,166 | 1 | . | C | 99.3%
| 1023.3
/ ‑1.8
| 299 | coding (35/1818 nt) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (41/256); total (42/257) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.62e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.73e-01 |
Only 100 of 397 total aligned reads displayed.
CGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑G‑GC‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG > NC_000913/3951073‑3951249
|
cGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGGCGTGCGCTGT‑‑g‑‑g > 2:2469865/1‑94 (MQ=255)
gagaCAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑gc < 1:5073769/94‑2 (MQ=255)
gagaCAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑gc < 2:5119743/94‑2 (MQ=255)
agacagacACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑gcg < 1:8325503/94‑3 (MQ=255)
acagacaCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑gcgcg < 1:2157550/94‑5 (MQ=255)
aGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGa < 1:697850/94‑1 (MQ=255)
gTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGAc < 1:10284989/94‑1 (MQ=255)
gTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGAc < 2:3983628/94‑1 (MQ=255)
gTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGAc < 2:7714741/94‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGAcc < 2:1414784/94‑1 (MQ=255)
aataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGa < 2:6958564/94‑1 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGAc < 2:5618748/94‑1 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGAc < 1:6739999/94‑1 (MQ=255)
taaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACg < 1:7461654/94‑1 (MQ=255)
aaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGc < 1:7953667/94‑1 (MQ=255)
aaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCCCCCGGATGACCGACGc > 2:10471900/1‑94 (MQ=255)
tATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGAt < 2:1283310/94‑1 (MQ=255)
tATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCCGGATGACCGACGcccct > 1:6158435/1‑91 (MQ=255)
aTGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGAtt < 1:9503569/94‑1 (MQ=255)
tGCCTAAGTACCGTCCCCCCACCACCTCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGAttt < 1:3778611/94‑1 (MQ=255)
gCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTc < 1:5323581/94‑1 (MQ=255)
gCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGGGCGCCGTG‑G‑‑G‑GCGCCACCCGAATGAACGACGCCCAtttt > 2:3123140/1‑93 (MQ=255)
ccTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGCATGACCGACCCCGCTTTCg > 1:9158170/1‑94 (MQ=255)
cTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCgg < 1:204554/94‑1 (MQ=255)
tAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCCGTG‑G‑‑G‑GCGCCACCCGGATGACCCACCCCGCTTTCggg > 2:7595102/1‑93 (MQ=255)
aGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTaa < 1:9284773/94‑1 (MQ=255)
tACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGc < 1:7790739/94‑1 (MQ=255)
tACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGc < 2:901485/94‑1 (MQ=255)
tACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGc < 2:8242818/94‑1 (MQ=255)
aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGcc < 2:6669376/94‑1 (MQ=255)
ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGT‑‑GGCG‑GG‑GCACCGGAATGAACGACGCCCCATTCGGTGAGGCg > 1:5844987/1‑94 (MQ=255)
tCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGTG‑G‑‑G‑GCGCCACCGGGATGAACGACGCCCCCTTTGGTGAGCCCAttt > 2:3945062/1‑93 (MQ=255)
ccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAt < 2:636490/94‑1 (MQ=255)
ccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAt < 1:3085168/94‑1 (MQ=255)
ccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAt < 2:4700758/94‑1 (MQ=255)
ccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAt < 2:1941980/94‑1 (MQ=255)
cGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:4158976/94‑1 (MQ=255)
gCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcg < 1:9017542/94‑1 (MQ=255)
gCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGGGCTGTGGG‑‑G‑GG‑CCCCCGGAATGACCCAAGCCCGTTTTGGGAAGGCGATTAttg > 2:6620257/1‑92 (MQ=255)
ccaccaccaCTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGGATGACCGCCGCCGATTTCGGTTAGACGATTATcgc > 2:4509462/1‑94 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgcg < 2:2296622/94‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgcg < 2:713834/94‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgcg < 1:2622911/94‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgcg < 2:1775401/94‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCCCCGGGATGACCGACCCCGATTTTCGTAAGCCGATTATcgcg > 2:9783757/1‑94 (MQ=255)
accaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCgg < 2:10571810/94‑1 (MQ=255)
caccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGtt < 1:1388122/94‑1 (MQ=255)
caccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTACGCTGT‑‑G‑‑GCGCGACACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGtt < 1:7308757/94‑1 (MQ=255)
accacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtg < 2:10010197/94‑1 (MQ=255)
accacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtg < 2:7072629/94‑1 (MQ=255)
accacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCCGT‑‑GGCG‑GG‑CCACCGGGATGAACCACCCCCATTTCGGGAAGCCCATTATTGCCGttt > 2:3315465/1‑93 (MQ=255)
cacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgtg < 1:1277471/94‑1 (MQ=255)
cacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgtg < 2:302653/94‑1 (MQ=255)
acTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGa < 1:974273/94‑1 (MQ=255)
acTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGa < 2:6001614/94‑1 (MQ=255)
acTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCAGGAGCACCGAGGCCGGTTTTGGTGAGCAGACTATCACGCGtgtgt > 2:9425880/1‑93 (MQ=255)
acTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCCCCCGGATGACCGACCCCCCTTTTGGTAAGCCGATTATTGCCGGtgtgg > 2:2869278/1‑93 (MQ=255)
tCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc < 2:10222475/94‑1 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACt < 2:8069912/94‑1 (MQ=255)
aTGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 1:3360512/94‑1 (MQ=255)
tGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGCATGAACCACGCCGCGTTCGGTCAGCCGATTATCGCGGGTGTGAACTCg > 2:4237799/1‑94 (MQ=255)
tGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGACTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCg < 2:4353007/94‑1 (MQ=255)
tCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTc < 2:78791/94‑1 (MQ=255)
tCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTc < 1:10018549/94‑1 (MQ=255)
cGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCa < 1:108479/94‑1 (MQ=255)
cGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCa < 2:931929/94‑1 (MQ=255)
cGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCa < 1:155188/94‑1 (MQ=255)
cGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCa < 2:154824/94‑1 (MQ=255)
atgtGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCa < 2:3842716/91‑1 (MQ=255)
atatGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAGTGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCa < 1:9384668/94‑1 (MQ=255)
atatGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCa < 1:6562381/94‑1 (MQ=255)
atatGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCa > 2:8317874/1‑94 (MQ=255)
atGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCCAt > 2:7386340/1‑94 (MQ=255)
atGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAt > 1:600559/1‑94 (MQ=255)
agggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAt < 2:5879025/92‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAtt < 2:8539869/94‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAtt > 1:8754558/1‑94 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTg < 1:8171246/94‑1 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTg < 1:3898951/94‑1 (MQ=255)
cGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGt > 2:5740562/1‑94 (MQ=255)
gggTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 2:8602832/94‑1 (MQ=255)
gggTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 2:1041188/94‑1 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAc > 1:4069333/1‑94 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTGCACCCAATTTGTAcc > 2:5250373/1‑94 (MQ=255)
tGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCTCACAATTTGTTCCg < 1:4728888/94‑1 (MQ=255)
tGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg > 1:8537405/1‑94 (MQ=255)
gCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCgg > 2:6524530/1‑94 (MQ=255)
gCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCgg > 1:9623952/1‑94 (MQ=255)
gCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCgg < 2:2091789/94‑1 (MQ=255)
cTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCggg < 1:2409217/94‑1 (MQ=255)
tCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt < 1:5460766/94‑1 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 2:7245612/94‑1 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc > 2:2597731/1‑94 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 1:2832744/94‑1 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 1:813675/94‑1 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc > 2:3695927/1‑94 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 2:35372/94‑1 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 1:1819362/94‑1 (MQ=255)
tGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc > 2:6737237/1‑94 (MQ=255)
gcgcTGT‑‑G‑‑GCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACg < 1:10453399/94‑1 (MQ=255)
|
CGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑G‑GC‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG > NC_000913/3951073‑3951249
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑G‑‑‑G‑‑C‑‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCG > NC_000913/3951089‑3951261
|
AGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGA < SRR4302545.713496/94‑1 (MQ=60)
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TCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CGCCGGGATGAACGACGCCGATTTTGGGAAGCCGATTATCGCGGGTGTGAAA > SRR4302545.6096206/1‑94 (MQ=38)
ATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTC < SRR4302545.3442509/94‑1 (MQ=60)
TGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCG < SRR4302545.3947254/94‑1 (MQ=60)
GGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GCGCG‑‑C‑‑‑C‑‑CCCCGG‑ATGACCGACGCCGATTTCGGTGAGCCGATTATCGCGGGTGTGAACTCGT > SRR4302545.4154362/1‑94 (MQ=60)
GTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTT < SRR4302545.9891679/94‑1 (MQ=60)
TCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTC < SRR4302545.10315485/94‑1 (MQ=60)
TCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTC < SRR4302545.1402498/94‑1 (MQ=60)
TCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTC < SRR4302545.962494/94‑1 (MQ=60)
TCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTC < SRR4302545.8255858/94‑1 (MQ=60)
CGTAATATGGCGGGTGCTCGTGGG‑CTGTG‑‑‑‑GCGCG‑‑C‑‑‑C‑‑C‑CCCGAAAGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGCTTATCTCGGGTGTGAAattcttca > SRR4302545.586769/1‑86 (MQ=30)
CGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCA < SRR4302545.110954/94‑1 (MQ=60)
CGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCA < SRR4302545.158556/94‑1 (MQ=60)
GTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAC < SRR4302545.199949/94‑1 (MQ=60)
CTAATATGGCGGGTCCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CA‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAC < SRR4302545.4216977/94‑1 (MQ=60)
AATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCC < SRR4302545.3981266/94‑1 (MQ=60)
AATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCC < SRR4302545.7283202/94‑1 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAGTGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCA < SRR4302545.9660092/94‑1 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCA < SRR4302545.407624/94‑1 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCA < SRR4302545.6741944/94‑1 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCA > SRR4302545.9960186/1‑94 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCA < SRR4302545.52707/94‑1 (MQ=60)
ATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAT > SRR4302545.614093/1‑94 (MQ=60)
ATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAT < SRR4302545.10501879/94‑1 (MQ=60)
ATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAT < SRR4302545.5096837/94‑1 (MQ=60)
TGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATT < SRR4302545.9810387/94‑1 (MQ=60)
TGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATT > SRR4302545.9008667/1‑94 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302545.325508/94‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302545.9358530/94‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302545.9908551/94‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302545.2784240/94‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302545.9358531/94‑1 (MQ=60)
GCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTG > SRR4302545.8158833/1‑94 (MQ=60)
GCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTG < SRR4302545.8407537/94‑1 (MQ=60)
GCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTG > SRR4302545.575613/1‑94 (MQ=60)
GCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTG < SRR4302545.2503967/94‑1 (MQ=60)
GCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTG < SRR4302545.3996265/94‑1 (MQ=60)
GCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGCTCACCCAATTTG < SRR4302545.4162377/94‑1 (MQ=60)
CGGGTGCTCGTGCG‑CTGTGAC‑‑G‑‑‑C‑‑G‑‑‑C‑‑CACCGGCGTGACCGACGCCGATTTCGGTCTGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCATTCACCCAATTTGT < SRR4302545.9635602/94‑1 (MQ=53)
CGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTTACCCAATTTGT > SRR4302545.10077874/1‑94 (MQ=60)
CGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCTAATTTGT > SRR4302545.10077873/1‑94 (MQ=60)
GGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTC > SRR4302545.2762447/1‑94 (MQ=60)
GGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTA < SRR4302545.4340334/94‑1 (MQ=60)
GGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTA > SRR4302545.1673459/1‑94 (MQ=60)
GGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAC > SRR4302545.4171229/1‑94 (MQ=60)
GGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAC < SRR4302545.5529272/94‑1 (MQ=60)
GTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACC < SRR4302545.6587208/94‑1 (MQ=60)
GTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACC > SRR4302545.2435580/1‑94 (MQ=60)
TGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCTCACAATTTGTTCCG < SRR4302545.4849489/94‑1 (MQ=60)
TGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCG > SRR4302545.2225342/1‑94 (MQ=60)
TGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCG > SRR4302545.8784239/1‑94 (MQ=60)
TGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCG < SRR4302545.6276713/94‑1 (MQ=60)
TGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCG < SRR4302545.1012195/94‑1 (MQ=60)
GCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGG > SRR4302545.5588864/1‑94 (MQ=60)
GCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGG < SRR4302545.217068/94‑1 (MQ=60)
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GCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑C‑‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTGCCGGG < SRR4302545.7556166/94‑1 (MQ=60)
CTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGG < SRR4302545.298215/94‑1 (MQ=60)
CTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGG < SRR4302545.2467608/94‑1 (MQ=60)
CTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGG > SRR4302545.4242736/1‑94 (MQ=60)
TCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGT > SRR4302545.6035636/1‑94 (MQ=60)
TCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGT < SRR4302545.5603900/94‑1 (MQ=60)
TCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGT < SRR4302545.7351854/94‑1 (MQ=60)
CGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCTATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC < SRR4302545.1761149/94‑1 (MQ=60)
CGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC < SRR4302545.1863469/94‑1 (MQ=60)
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CGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC < SRR4302545.2901282/94‑1 (MQ=60)
CGTGCG‑CTG‑G‑‑‑‑G‑‑‑G‑‑CGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGGCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGAGAACTCGTTCACCAAATTTGgacaggggc > SRR4302545.5620443/1‑85 (MQ=60)
GTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CGCCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAACGGGTCA > SRR4302545.5765117/1‑94 (MQ=60)
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GTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCA > SRR4302545.8443986/1‑94 (MQ=60)
GTGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCA < SRR4302545.8393158/94‑1 (MQ=60)
TGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC < SRR4302545.10879575/94‑1 (MQ=60)
TGCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCCGTAAGCCGATTATTGCGGTTGTGAGCTCGTTCTCTCAATGTGTACCGGGACAC > SRR4302545.171092/1‑94 (MQ=46)
GCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG < SRR4302545.1724701/94‑1 (MQ=60)
GCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG < SRR4302545.672062/94‑1 (MQ=60)
GCG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG < SRR4302545.10761574/94‑1 (MQ=60)
CG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGT > SRR4302545.7179637/1‑94 (MQ=60)
CG‑CTGTG‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGC > SRR4302545.8184594/1‑94 (MQ=60)
ggcgctgtggcgcC‑‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC < SRR4302545.9341186/81‑1 (MQ=60)
G‑‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCG > SRR4302545.9446868/1‑94 (MQ=60)
G‑‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCG < SRR4302545.7443244/94‑1 (MQ=60)
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AGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑CTGTG‑‑‑‑G‑‑‑G‑‑C‑‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCG > NC_000913/3951089‑3951261
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
