Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
245 |
579.6 |
28867798 |
97.7% |
28203838 |
96.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,951,168 |
+G |
coding (37/1818 nt) |
ilvD → |
dihydroxyacid dehydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,951,168 | 1 | . | G | 99.5%
| 801.1
/ ‑3.6
| 212 | coding (37/1818 nt) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (27/184); total (27/185) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.81e-01 |
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GG‑GC‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTC > NC_000913/3951074‑3951251
|
tGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGaac < 1:11766637/96‑2 (MQ=255)
tGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAAt < 1:9543102/96‑1 (MQ=255)
tGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAAt < 2:14381411/96‑1 (MQ=255)
gggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCTCGCCACCGGAATg < 1:13868778/96‑1 (MQ=255)
gggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATg < 2:12166255/96‑1 (MQ=255)
gggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATg < 2:8286765/96‑1 (MQ=255)
gggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATg < 1:12755469/96‑1 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGa < 1:3329373/96‑1 (MQ=255)
gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGAc < 2:3140658/96‑1 (MQ=255)
aGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGAcc < 1:850536/96‑1 (MQ=255)
aGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGAcc < 2:8554455/96‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGa < 1:3943897/96‑1 (MQ=255)
aaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGAc < 1:4815120/96‑1 (MQ=255)
aaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGAGCGTGTGGGCGGTTGGG‑GG‑CCTCCGGAATGGCCgtc > 2:1311850/1‑94 (MQ=255)
aataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACg < 2:11153849/96‑1 (MQ=255)
taaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGcc < 2:6624847/96‑1 (MQ=255)
aaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCg < 1:11200716/96‑1 (MQ=255)
aaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGa < 1:1653144/96‑1 (MQ=255)
aaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGa < 2:10912750/96‑1 (MQ=255)
gtctGCCTAAGTACCGTTCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGAtt < 2:4360447/93‑1 (MQ=255)
gTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGAtt < 2:2851437/96‑1 (MQ=255)
aTGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTc < 2:9003674/96‑1 (MQ=255)
tGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCg < 1:5134281/96‑1 (MQ=255)
gCCTAAGTCCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCgg < 1:9710893/96‑1 (MQ=255)
gCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCgg < 1:8321630/96‑1 (MQ=255)
aaGTGCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAg < 1:4127361/96‑1 (MQ=255)
aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAg < 2:11864660/96‑1 (MQ=255)
tACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCg < 1:5403578/96‑1 (MQ=255)
aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 2:13309787/96‑1 (MQ=255)
aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 2:9622810/96‑1 (MQ=255)
ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAt < 2:4765038/96‑1 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 2:10070682/96‑1 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 2:3358288/96‑1 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 1:13626513/96‑1 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGGCTTGCGCGGTG‑GG‑GCGCCCCCAGAATGAACTCCGCCGATTTCTGTAAGACGATTa > 2:13971458/1‑96 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAt < 2:7174370/96‑1 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAt < 2:5501731/96‑1 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAt < 1:276064/96‑1 (MQ=255)
tCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 2:5706252/96‑1 (MQ=255)
tCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:6439789/96‑1 (MQ=255)
cGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 2:2606005/96‑1 (MQ=255)
cGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 1:8169491/96‑1 (MQ=255)
gCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgag < 1:10636257/96‑3 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt < 1:7736305/96‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGCGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt < 1:8050571/96‑1 (MQ=255)
ctcaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGtt < 2:6178619/94‑1 (MQ=255)
accaccacTCATGGTCGTAATAAGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCAGATTATCGCGGtt < 1:1317800/96‑1 (MQ=255)
ccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCCCCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtg < 2:530234/96‑1 (MQ=255)
accacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgtg < 1:7490633/96‑1 (MQ=255)
accacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgtg < 2:2121874/96‑1 (MQ=255)
accacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgtg < 1:2967616/96‑1 (MQ=255)
acTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc < 2:9478781/96‑1 (MQ=255)
cTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACt < 1:7901358/96‑1 (MQ=255)
cTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACt < 1:7625334/96‑1 (MQ=255)
tCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 1:5800284/96‑1 (MQ=255)
tCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 2:3812880/96‑1 (MQ=255)
tCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 2:11381856/96‑1 (MQ=255)
tCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 2:10154854/96‑1 (MQ=255)
ggTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTc < 2:14214683/96‑1 (MQ=255)
gTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCa < 1:6045769/96‑1 (MQ=255)
cGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGCCCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCaac < 1:11140217/96‑3 (MQ=255)
tatGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAtt < 2:10651541/96‑1 (MQ=255)
atGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAttt < 1:106574/96‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCCCCCAATTTg > 1:1963028/1‑96 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGt < 1:11357472/96‑1 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGt > 1:10084893/1‑96 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGt < 2:7572914/96‑1 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGt > 1:4628700/1‑96 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 1:11720793/96‑1 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 2:11078961/96‑1 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 1:13394209/96‑1 (MQ=255)
cGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAc < 2:2219565/96‑1 (MQ=255)
gggTGCTTCTGCGCTGT‑‑GGCGCGACACCGGAATGGCCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc < 1:1264404/96‑1 (MQ=255)
gggTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc > 2:12369228/1‑96 (MQ=255)
gggTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc < 2:13773679/96‑1 (MQ=255)
gggTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc < 2:1890382/96‑1 (MQ=255)
gggTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc > 1:4486622/1‑96 (MQ=255)
ggTGCTCGTTCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGACCTCGTTCACCCAATTTGTACCg < 1:6813361/96‑1 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg < 2:4699970/96‑1 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg < 2:4978676/96‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCgg < 1:2027211/96‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCgg < 1:2444313/96‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCgg > 2:5567069/1‑96 (MQ=255)
tGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCggg > 1:5424893/1‑96 (MQ=255)
tGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCggg < 2:1027757/96‑1 (MQ=255)
cTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 2:4486622/96‑1 (MQ=255)
cTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 2:10341199/96‑1 (MQ=255)
cTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACCCCGATTTCGGTAAGCCGATGATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc > 2:4407041/1‑96 (MQ=255)
tCGTGCGCTGTG‑GG‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCa > 1:13451102/1‑96 (MQ=255)
tCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCa < 2:2668068/96‑1 (MQ=255)
tCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGGTCACCCAATTTGTACCGGGTCa > 2:798173/1‑96 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc < 1:3121705/96‑1 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACg > 1:6582907/1‑96 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACg > 2:6931767/1‑96 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACg > 2:8820571/1‑96 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGGCACg > 1:7030643/1‑96 (MQ=255)
tGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGCCCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGt < 1:160022/96‑1 (MQ=255)
gcgcTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTc < 1:8937122/96‑1 (MQ=255)
gcgcTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTc < 1:14007549/96‑1 (MQ=255)
gcgcTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTc < 2:11685198/96‑1 (MQ=255)
|
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GG‑GC‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTC > NC_000913/3951074‑3951251
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGG‑‑‑G‑‑C‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCGATCTCGG > NC_000913/3951080‑3951268
|
NNNACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAAT < SRR4302518.10005137/101‑1 (MQ=60)
NNNACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAAT < SRR4302518.7486323/101‑1 (MQ=60)
NNNCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTTCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATG < SRR4302518.8450229/101‑1 (MQ=60)
NNNCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGCTCG‑‑‑‑C‑‑CACCGGAATG < SRR4302518.14503499/101‑1 (MQ=60)
NNNCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATG < SRR4302518.13350430/101‑1 (MQ=60)
CACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATGTGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGA < SRR4302518.5684894/101‑1 (MQ=60)
CACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGA < SRR4302518.4702629/101‑1 (MQ=60)
CACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGA < SRR4302518.3484477/101‑1 (MQ=60)
CACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGA < SRR4302518.6879214/101‑1 (MQ=60)
CCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCCCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGAC < SRR4302518.5587745/101‑1 (MQ=60)
CCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGAC < SRR4302518.6118183/101‑1 (MQ=60)
CTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACC < SRR4302518.883422/101‑1 (MQ=60)
GGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGA < SRR4302518.4132112/101‑1 (MQ=60)
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGAC < SRR4302518.5067137/101‑1 (MQ=60)
NNNTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACG < SRR4302518.7847214/101‑1 (MQ=60)
GAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACG < SRR4302518.2482485/101‑1 (MQ=60)
GAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACG < SRR4302518.1291059/101‑1 (MQ=60)
GTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC < SRR4302518.7019134/101‑1 (MQ=60)
GTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCCCCACCACCACTCATGGTCGTACTATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGCGCG‑‑C‑C‑‑C‑CCGGAATGACCGACGCC < SRR4302518.5529724/101‑1 (MQ=60)
TAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTTCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG < SRR4302518.2416382/101‑1 (MQ=60)
NNNATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG < SRR4302518.11724910/101‑1 (MQ=60)
NNNATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG < SRR4302518.14609265/101‑1 (MQ=60)
AAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA < SRR4302518.1725888/101‑1 (MQ=60)
AATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGAT < SRR4302518.6573441/101‑1 (MQ=60)
NNNAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATT < SRR4302518.11711824/101‑1 (MQ=60)
NNNAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCCGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATT < SRR4302518.12668067/101‑1 (MQ=60)
AAATTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTC < SRR4302518.1212880/101‑1 (MQ=60)
AAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCG < SRR4302518.5399565/101‑1 (MQ=60)
NNNATGCCTAAGTCCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGG < SRR4302518.10177923/101‑1 (MQ=60)
NNNATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGG < SRR4302518.7991226/101‑1 (MQ=60)
NNNATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGG < SRR4302518.8731025/101‑1 (MQ=60)
nnnccgtAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAA < SRR4302518.10917738/94‑1 (MQ=60)
TGCCTAAGTGCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAG < SRR4302518.4327652/101‑1 (MQ=60)
NNNAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCC < SRR4302518.8696820/101‑1 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTCCGCCACCCCCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGCGCG‑‑C‑C‑‑C‑CCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCTG < SRR4302518.3098038/101‑1 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCG < SRR4302518.5679682/101‑1 (MQ=60)
TAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGTGG‑‑‑G‑‑C‑Cggccccgggcggacccgaccccgcattgggaagannn > SRR4302518.7466232/1‑64 (MQ=60)
NNNCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTA < SRR4302518.14251235/101‑1 (MQ=60)
TACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAT < SRR4302518.287220/101‑1 (MQ=60)
ACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATC < SRR4302518.6769093/101‑1 (MQ=60)
NNNTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGC < SRR4302518.8573963/101‑1 (MQ=60)
cttccgcccccactgaTCATGGTCGTAATATGGCGGTTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCG < SRR4302518.289259/85‑1 (MQ=60)
NNNCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCG < SRR4302518.13243816/101‑1 (MQ=60)
NNNCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGAG < SRR4302518.11136066/101‑1 (MQ=60)
TCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGT < SRR4302518.1220639/101‑1 (MQ=60)
NNNGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGT < SRR4302518.8128319/101‑1 (MQ=60)
NNNGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGCGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGT < SRR4302518.8451215/101‑1 (MQ=60)
CCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATAAGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCAGATTATCGCGGTT < SRR4302518.1372051/101‑1 (MQ=60)
NNNCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTG < SRR4302518.13534004/101‑1 (MQ=60)
NNNCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTG < SRR4302518.7876068/101‑1 (MQ=60)
CCACCGCCACCCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGAAATGACCGAAGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCCCGGTTGTG < SRR4302518.7323318/101‑1 (MQ=60)
CCACCACCGCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTG < SRR4302518.4473627/101‑1 (MQ=60)
CCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTG < SRR4302518.3107043/101‑1 (MQ=60)
NNNCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACT < SRR4302518.8297558/101‑1 (MQ=60)
NNNCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACT < SRR4302518.8014277/101‑1 (MQ=60)
NNNCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACT < SRR4302518.11715308/101‑1 (MQ=60)
CACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACT < SRR4302518.1706436/101‑1 (MQ=60)
NNNACTCATTGTCGGAATATGGCGGGTTCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CTC‑‑CACCGGAATGACCGTCGGCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTC < SRR4302518.8824443/101‑1 (MQ=60)
CCCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTC < SRR4302518.6094092/101‑1 (MQ=60)
nnnctaATGGTCGTAATAAGGAGGGTGCTCGTGCGCTGTGGCGCG‑‑C‑C‑‑C‑CCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAACCCGATTATCGCGGTTGTGCCCTCG < SRR4302518.9903420/95‑1 (MQ=60)
NNNTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCCGTTGTGAACTCGT < SRR4302518.14067003/101‑1 (MQ=60)
NNNCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTT < SRR4302518.8103414/101‑1 (MQ=60)
CCTCATGGTCGTGATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTT < SRR4302518.1025884/101‑1 (MQ=60)
CCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTT < SRR4302518.716263/101‑1 (MQ=60)
CTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTC < SRR4302518.2565418/101‑1 (MQ=60)
TCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCA < SRR4302518.6352533/101‑1 (MQ=60)
TCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCA < SRR4302518.329867/101‑1 (MQ=60)
NNNGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGCCCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAAC < SRR4302518.11661646/101‑1 (MQ=60)
NNNGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACC < SRR4302518.14032609/101‑1 (MQ=60)
NNNGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAA < SRR4302518.14744170/101‑1 (MQ=60)
NNNGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAA < SRR4302518.13975354/101‑1 (MQ=60)
GTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAA < SRR4302518.6603068/101‑1 (MQ=60)
NNNAATCTGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTT < SRR4302518.13484413/59‑1 (MQ=40)
gcaaaaagggGGGTGCTCGTGCGCGGTGG‑‑‑G‑‑G‑CGGCAACGGAATAACCGACCCCGCTTTCGGCAAGCCGAGTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAACCAATTT < SRR4302518.1817720/91‑1 (MQ=27)
GTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302518.110872/101‑1 (MQ=60)
GTAATATGGCGGGGGCTCGTGGGCTGTGGGGCG‑‑C‑C‑‑C‑CCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGGAAGCCGAGTATCGCGGgtgtggaacagtttcccccannn > SRR4302518.10006234/1‑78 (MQ=37)
TAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTG < SRR4302518.4807167/101‑1 (MQ=60)
NNNATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGT < SRR4302518.14155301/101‑1 (MQ=60)
NNNATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGT < SRR4302518.14848695/101‑1 (MQ=60)
NNNATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGT < SRR4302518.11889717/101‑1 (MQ=60)
AATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGT < SRR4302518.3642358/101‑1 (MQ=60)
AATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGT < SRR4302518.5283159/101‑1 (MQ=60)
NNNTGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTT < SRR4302518.9239852/101‑1 (MQ=60)
NNNTGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTA < SRR4302518.14010185/101‑1 (MQ=60)
NNNTGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTA < SRR4302518.12274789/101‑1 (MQ=60)
NNNTGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTA < SRR4302518.10224126/101‑1 (MQ=60)
NNNTGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTA < SRR4302518.8567606/101‑1 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTNNN > SRR4302518.11403872/1‑101 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGGGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGGAAGCCGATTATCGCGGGTGTGAACTCGTTCCCCCAATTTGTA > SRR4302518.4209155/1‑101 (MQ=60)
ATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTCCC < SRR4302518.1105632/101‑1 (MQ=60)
TGGCGGGTGCTCGTTCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGACCTCGTTCACCCAATTTGTACCG < SRR4302518.7172570/101‑1 (MQ=60)
TGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCCCCCAATTTGTACCG > SRR4302518.2052746/1‑101 (MQ=60)
TAGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACTCCGATTTCGGTAAGCCGGTTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCG > SRR4302518.3503153/1‑101 (MQ=60)
NNNGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGG < SRR4302518.8156282/101‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGG < SRR4302518.2120732/101‑1 (MQ=60)
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GGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGG < SRR4302518.2562359/101‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTCGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACNNN > SRR4302518.10562556/1‑101 (MQ=60)
GCGGGTGCTCGGGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATGTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGG > SRR4302518.2511959/1‑101 (MQ=60)
NNNTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC < SRR4302518.10075142/101‑1 (MQ=60)
GGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC < SRR4302518.2094937/101‑1 (MQ=60)
GGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC > SRR4302518.1876507/1‑101 (MQ=60)
GGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC > SRR4302518.4719618/1‑101 (MQ=60)
NNNGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCA < SRR4302518.8376242/101‑1 (MQ=60)
NNNCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC < SRR4302518.8945098/101‑1 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC < SRR4302518.483333/101‑1 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC < SRR4302518.5734882/101‑1 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC < SRR4302518.3267992/101‑1 (MQ=60)
TGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG > SRR4302518.5701824/1‑101 (MQ=60)
GCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGCCCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGT < SRR4302518.166607/101‑1 (MQ=60)
GCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCANNN > SRR4302518.14299705/1‑101 (MQ=60)
GCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGC > SRR4302518.1164852/1‑101 (MQ=60)
NNNGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTC < SRR4302518.9369682/101‑1 (MQ=60)
NNNGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTC < SRR4302518.8807191/101‑1 (MQ=60)
CGCGTGCGCTGTGGCGCG‑‑C‑C‑‑C‑CCGGAATGACCGAGGCCGATTTGGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACNNN > SRR4302518.14978201/1‑101 (MQ=60)
TCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCC < SRR4302518.5833038/101‑1 (MQ=60)
TCGTGCGCTGTGG‑‑‑GGCG‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGNNN > SRR4302518.14069217/1‑101 (MQ=60)
CGTGCGCTGTGGCGCG‑‑C‑C‑‑C‑CCGGAATGACCGCCGGCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCA < SRR4302518.3846490/101‑1 (MQ=60)
GTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCAT > SRR4302518.3408243/1‑101 (MQ=60)
GTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTACAT > SRR4302518.6921276/1‑101 (MQ=60)
GTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGGCACGTCNNN > SRR4302518.7403101/1‑101 (MQ=60)
TGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATAGCTGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGGACCGGGTCACGTCCNNN > SRR4302518.10080909/1‑101 (MQ=60)
GCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCT > SRR4302518.3141634/1‑101 (MQ=60)
GCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCANNN > SRR4302518.9596040/1‑101 (MQ=60)
CGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGGAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATNNN > SRR4302518.9647082/1‑101 (MQ=60)
N‑‑‑N‑‑N‑C‑‑CACCGTAATGACCGACGACGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCGATCTC < SRR4302518.14555141/101‑1 (MQ=60)
N‑‑N‑N‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCGATCTCG < SRR4302518.13531288/101‑1 (MQ=60)
G‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCGATCTNNN > SRR4302518.8949289/1‑101 (MQ=60)
G‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCGATCTCGG > SRR4302518.819420/1‑101 (MQ=60)
G‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCCATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCGATCTNNN > SRR4302518.10874618/1‑101 (MQ=60)
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GACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGG‑‑‑G‑‑C‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCGATCTCGG > NC_000913/3951080‑3951268
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
