Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
245 |
579.6 |
28867798 |
97.7% |
28203838 |
96.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,951,166 |
+C |
coding (35/1818 nt) |
ilvD → |
dihydroxyacid dehydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,951,166 | 1 | . | C | 99.5%
| 788.6
/ ‑3.6
| 212 | coding (35/1818 nt) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (26/185); total (27/185) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.62e-01 |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
TACGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GG‑GC‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTC > NC_000913/3951071‑3951251
|
tACGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCCCCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑gg < 2:3201154/96‑1 (MQ=255)
aCGAGACAGACACTGGGAGTAAATAACGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑ggc < 1:13667493/96‑2 (MQ=255)
aCGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑ggc < 2:7229074/96‑2 (MQ=255)
aCGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑ggc < 1:5753324/96‑2 (MQ=255)
aCGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGGCGGGCGCTGC‑gg‑g > 2:5551080/1‑96 (MQ=255)
cGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑ggcg < 2:6027249/96‑3 (MQ=255)
gagaCAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑ggcgc < 2:13235496/96‑4 (MQ=255)
gagaCAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGGGGGGTGC‑GG‑Gcg > 2:850536/1‑95 (MQ=255)
gagaCAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGGGGGCCGT‑gg‑ggg > 1:9953281/1‑94 (MQ=255)
agacagacACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑ggcgcg < 2:4506812/96‑5 (MQ=255)
tGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGaac < 1:11766637/96‑2 (MQ=255)
tGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAAt < 2:2335279/96‑1 (MQ=255)
gggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCTCGCCACCGGAATg < 1:13868778/96‑1 (MQ=255)
gggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATg < 1:12755469/96‑1 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATGTGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGa < 1:5408624/96‑1 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGa < 1:6543433/96‑1 (MQ=255)
gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCCCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGAc < 1:5315107/96‑1 (MQ=255)
gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGAc < 1:5823186/96‑1 (MQ=255)
gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGAc < 2:10190215/96‑1 (MQ=255)
aaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGAc < 2:307890/96‑1 (MQ=255)
aataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACg < 2:11153849/96‑1 (MQ=255)
aataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACg < 1:7462497/96‑1 (MQ=255)
taaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGcc < 1:6673769/96‑1 (MQ=255)
aaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTTCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCg < 1:2304282/96‑1 (MQ=255)
aaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGa < 2:10912750/96‑1 (MQ=255)
aaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGa < 1:1653144/96‑1 (MQ=255)
aGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGAt < 1:6254579/96‑1 (MQ=255)
gtctGCCTAAGTACCGTTCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGAtt < 2:4360447/93‑1 (MQ=255)
tATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTTGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGAttt < 2:12206430/96‑1 (MQ=255)
gCCTAAGTCCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCgg < 1:9710893/96‑1 (MQ=255)
gCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCgg < 1:7602841/96‑1 (MQ=255)
tcaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTaa < 2:4636606/94‑1 (MQ=255)
gtaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTaa < 1:10428631/94‑1 (MQ=255)
aaGTCCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAg < 2:2021805/96‑1 (MQ=255)
aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAg < 2:12152879/96‑1 (MQ=255)
tACCGTTCCGCCACCCCCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCCCCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGctg < 1:2959248/96‑3 (MQ=255)
aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 2:9622810/96‑1 (MQ=255)
aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 2:13309787/96‑1 (MQ=255)
ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAt < 2:4765038/96‑1 (MQ=255)
ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAt < 2:2147188/96‑1 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGGCTTGCGCGGTGGG‑GCGCCCCCAGAATGAACTCCGCCGATTTCTGTAAGACGATTa > 2:13971458/1‑96 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAt < 2:5501731/96‑1 (MQ=255)
tCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 2:5706252/96‑1 (MQ=255)
ccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcg < 2:187077/96‑1 (MQ=255)
cGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 1:8169491/96‑1 (MQ=255)
gCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgcg < 2:10483568/96‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt < 1:7736305/96‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt < 2:8876849/96‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGCGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt < 1:8050571/96‑1 (MQ=255)
accgcTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgtg < 1:4263541/96‑1 (MQ=255)
ccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGa < 2:13804460/96‑1 (MQ=255)
acTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc < 2:9478781/96‑1 (MQ=255)
acTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGCTTGTGAAc < 2:12972435/96‑1 (MQ=255)
cTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACt < 1:11191471/96‑1 (MQ=255)
cTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACt < 1:7901358/96‑1 (MQ=255)
tCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 2:3432575/96‑1 (MQ=255)
tCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 2:11381856/96‑1 (MQ=255)
tCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 2:3812880/96‑1 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCg < 2:6991645/96‑1 (MQ=255)
ggTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTc < 1:2447240/96‑1 (MQ=255)
tCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAc < 2:537724/96‑1 (MQ=255)
cGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGCCCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCaac < 1:11140217/96‑3 (MQ=255)
cGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAcc < 1:13415846/96‑1 (MQ=255)
aaTATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCaa < 1:14098461/96‑1 (MQ=255)
aaTATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCaa < 1:13360624/96‑1 (MQ=255)
atatGGCGGGTGCTCGGGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGGAAGCCGATTATCGCGGGTGTGAACTCGTTCCCCCAAt > 1:4016572/1‑96 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTg < 1:4566925/96‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTg > 2:8190842/1‑96 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGt < 1:11357472/96‑1 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGt < 2:7572914/96‑1 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGt > 1:10084893/1‑96 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGt < 1:5022539/96‑1 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGt < 1:3480434/96‑1 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 1:11720793/96‑1 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 2:11078961/96‑1 (MQ=255)
gggTGCTTCTGCGCTGT‑GGCGCGACACCGGAATGGCCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc < 1:1264404/96‑1 (MQ=255)
gggTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTccc < 1:1063751/96‑1 (MQ=255)
gggTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc < 2:14227345/96‑1 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg < 2:4978676/96‑1 (MQ=255)
cTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 1:9611106/96‑1 (MQ=255)
cTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 1:2002791/96‑1 (MQ=255)
cTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 2:10341199/96‑1 (MQ=255)
cTCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACCCCGATTTCGGTAAGCCGATGATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc > 2:4407041/1‑96 (MQ=255)
tCGTGCGCTGTGGG‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCa > 1:13451102/1‑96 (MQ=255)
tCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCa < 2:2668068/96‑1 (MQ=255)
tCGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGGTCACCCAATTTGTACCGGGTCa > 2:798173/1‑96 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc < 1:3121705/96‑1 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc < 1:464986/96‑1 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc < 1:8528952/96‑1 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCACGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc < 2:10153450/96‑1 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACg > 2:8820571/1‑96 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACg > 1:3256911/1‑96 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACg > 2:6543525/1‑96 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGGCACg > 1:7030643/1‑96 (MQ=255)
tGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGCCCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGt < 1:160022/96‑1 (MQ=255)
tGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGt < 2:6693152/96‑1 (MQ=255)
tGCGCTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGt > 2:28267/1‑96 (MQ=255)
gcgcTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTc < 1:8937122/96‑1 (MQ=255)
gcgcTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTc < 2:11685198/96‑1 (MQ=255)
gcgcTGT‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTc < 1:8395482/96‑1 (MQ=255)
|
TACGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑GG‑GC‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTC > NC_000913/3951071‑3951251
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CATTTACGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGG‑‑‑G‑‑C‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCGATCTC > NC_000913/3951067‑3951266
|
NNNTTACGAGACAGACACTGGGAGTAAATAACGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGG‑‑‑C < SRR4302518.14293729/101‑1 (MQ=60)
NNNTTACGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGG‑‑‑C < SRR4302518.10110105/101‑1 (MQ=60)
CATTTACGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGG‑‑‑C < SRR4302518.6044884/101‑1 (MQ=60)
GACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTCCCGTTCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGcgcgccaccg < SRR4302518.1852874/101‑11 (MQ=60)
GACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGcgcgccaccg < SRR4302518.1790540/101‑11 (MQ=60)
NNNGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGcgcgccacctg < SRR4302518.7926032/101‑12 (MQ=60)
NNNGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCATAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGcgcgccaccgg < SRR4302518.10860573/101‑12 (MQ=60)
ACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGcgcgccaccgg < SRR4302518.1243028/101‑12 (MQ=60)
NNNACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCTTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGcgcgccaccgaa < SRR4302518.10522076/101‑13 (MQ=60)
CAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCTCTCATTTTCGTAATATGGCGTGTGCTCGTGCGCTGTGGcgcgccacctga < SRR4302518.3077453/101‑13 (MQ=60)
NNNACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGcgcgccaccggaac < SRR4302518.12323587/101‑15 (MQ=60)
NNNACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAAT < SRR4302518.10005137/101‑1 (MQ=60)
NNNACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAAT < SRR4302518.7486323/101‑1 (MQ=60)
NNNCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTTCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATG < SRR4302518.8450229/101‑1 (MQ=60)
NNNCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGCTCG‑‑‑‑C‑‑CACCGGAATG < SRR4302518.14503499/101‑1 (MQ=60)
NNNCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATG < SRR4302518.13350430/101‑1 (MQ=60)
CACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATGTGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGA < SRR4302518.5684894/101‑1 (MQ=60)
CACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGA < SRR4302518.3484477/101‑1 (MQ=60)
CACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGA < SRR4302518.6879214/101‑1 (MQ=60)
CACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGA < SRR4302518.4702629/101‑1 (MQ=60)
CCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCCCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGAC < SRR4302518.5587745/101‑1 (MQ=60)
CCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGAC < SRR4302518.6118183/101‑1 (MQ=60)
CTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACC < SRR4302518.883422/101‑1 (MQ=60)
TGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCGCGTGCGCGGTGG‑‑‑Ggcgccccccgggagaccg > SRR4302518.6784494/1‑83 (MQ=60)
GGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGA < SRR4302518.4132112/101‑1 (MQ=60)
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGAC < SRR4302518.5067137/101‑1 (MQ=60)
NNNTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACG < SRR4302518.7847214/101‑1 (MQ=60)
GAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACG < SRR4302518.1291059/101‑1 (MQ=60)
GAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACG < SRR4302518.2482485/101‑1 (MQ=60)
GTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC < SRR4302518.7019134/101‑1 (MQ=60)
GTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCCCCACCACCACTCATGGTCGTACTATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGCGCG‑‑C‑C‑‑C‑CCGGAATGACCGACGCC < SRR4302518.5529724/101‑1 (MQ=60)
TAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTTCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG < SRR4302518.2416382/101‑1 (MQ=60)
TAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCGGTGG‑‑‑Ggcgcccccggacagagcgccannn > SRR4302518.13872402/1‑77 (MQ=60)
NNNATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG < SRR4302518.14609265/101‑1 (MQ=60)
NNNATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG < SRR4302518.11724910/101‑1 (MQ=60)
AAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGGTCGGGCGCTGTGG‑‑‑Ggcgcgcccgggatgagcaacgcnnn > SRR4302518.9757465/1‑76 (MQ=60)
AAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA < SRR4302518.1725888/101‑1 (MQ=60)
AATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGAT < SRR4302518.6573441/101‑1 (MQ=60)
NNNAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATT < SRR4302518.11711824/101‑1 (MQ=60)
NNNAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCCGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATT < SRR4302518.12668067/101‑1 (MQ=60)
TAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCCCTGTGGcggggcgccgggctggcccacgccgannn > SRR4302518.7454580/1‑72 (MQ=60)
AAATTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTC < SRR4302518.1212880/101‑1 (MQ=60)
AAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCG < SRR4302518.5399565/101‑1 (MQ=60)
NNNATGCCTAAGTCCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGG < SRR4302518.10177923/101‑1 (MQ=60)
NNNATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGG < SRR4302518.7991226/101‑1 (MQ=60)
NNNATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGG < SRR4302518.8731025/101‑1 (MQ=60)
nnnccgtAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAA < SRR4302518.10917738/94‑1 (MQ=60)
TGCCTAAGTGCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAG < SRR4302518.4327652/101‑1 (MQ=60)
NNNAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCC < SRR4302518.8696820/101‑1 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTCCGCCACCCCCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGCGCG‑‑C‑C‑‑C‑CCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCTG < SRR4302518.3098038/101‑1 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCG < SRR4302518.5679682/101‑1 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCGCGTTCGCTGTGG‑‑‑Gggggcgcccgaatgaaacactccgcctttcggaatacc > SRR4302518.7039908/1‑63 (MQ=60)
TAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGTGG‑‑‑G‑‑C‑Cggccccgggcggacccgaccccgcattgggaagannn > SRR4302518.7466232/1‑64 (MQ=60)
TAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCTCGCGCTGTGGcgcgcccccccaatgaccgacgacgcgttctgtgagannn > SRR4302518.12478823/1‑61 (MQ=60)
NNNCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTA < SRR4302518.14251235/101‑1 (MQ=60)
GTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGGTGTGG‑‑‑Ggggcccccggcaagaccagcgccgaattcggctactctgctc > SRR4302518.3722205/1‑59 (MQ=60)
TTCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCCGTGG‑‑‑Ggggcccccgcaatgacagccaccggcttcggggagacgagnnn > SRR4302518.7924866/1‑58 (MQ=60)
TACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAT < SRR4302518.287220/101‑1 (MQ=60)
ACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATC < SRR4302518.6769093/101‑1 (MQ=60)
NNNTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGC < SRR4302518.8573963/101‑1 (MQ=60)
cttccgcccccactgaTCATGGTCGTAATATGGCGGTTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCG < SRR4302518.289259/85‑1 (MQ=60)
NNNCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCG < SRR4302518.13243816/101‑1 (MQ=60)
NNNCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGAG < SRR4302518.11136066/101‑1 (MQ=60)
TCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGT < SRR4302518.1220639/101‑1 (MQ=60)
NNNGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGT < SRR4302518.8128319/101‑1 (MQ=60)
NNNGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGCGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGT < SRR4302518.8451215/101‑1 (MQ=60)
CCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATAAGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCAGATTATCGCGGTT < SRR4302518.1372051/101‑1 (MQ=60)
NNNCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTG < SRR4302518.13534004/101‑1 (MQ=60)
NNNCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTG < SRR4302518.7876068/101‑1 (MQ=60)
CCACCGCCACCCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGAAATGACCGAAGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCCCGGTTGTG < SRR4302518.7323318/101‑1 (MQ=60)
CCACCACCGCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTG < SRR4302518.4473627/101‑1 (MQ=60)
CCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTG < SRR4302518.3107043/101‑1 (MQ=60)
CACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCCGTGG‑‑‑Ggcgccaccgggatgaccggccccggtttccgtaagcccgttattgcgggtgnnn > SRR4302518.9306669/1‑47 (MQ=60)
NNNCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACT < SRR4302518.11715308/101‑1 (MQ=60)
NNNCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACT < SRR4302518.8297558/101‑1 (MQ=60)
NNNCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACT < SRR4302518.8014277/101‑1 (MQ=60)
CACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACT < SRR4302518.1706436/101‑1 (MQ=60)
NNNACTCATTGTCGGAATATGGCGGGTTCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CTC‑‑CACCGGAATGACCGTCGGCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTC < SRR4302518.8824443/101‑1 (MQ=60)
CCCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTC < SRR4302518.6094092/101‑1 (MQ=60)
nnnctaATGGTCGTAATAAGGAGGGTGCTCGTGCGCTGTGGCGCG‑‑C‑C‑‑C‑CCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAACCCGATTATCGCGGTTGTGCCCTCG < SRR4302518.9903420/95‑1 (MQ=60)
NNNTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCCGTTGTGAACTCGT < SRR4302518.14067003/101‑1 (MQ=60)
NNNCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTT < SRR4302518.8103414/101‑1 (MQ=60)
CCTCATGGTCGTGATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTT < SRR4302518.1025884/101‑1 (MQ=60)
CCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTT < SRR4302518.716263/101‑1 (MQ=60)
CTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTC < SRR4302518.2565418/101‑1 (MQ=60)
TCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCA < SRR4302518.329867/101‑1 (MQ=60)
TCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCA < SRR4302518.6352533/101‑1 (MQ=60)
NNNGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGCCCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAAC < SRR4302518.11661646/101‑1 (MQ=60)
NNNGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACC < SRR4302518.14032609/101‑1 (MQ=60)
NNNGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAA < SRR4302518.13975354/101‑1 (MQ=60)
NNNGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAA < SRR4302518.14744170/101‑1 (MQ=60)
GTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAA < SRR4302518.6603068/101‑1 (MQ=60)
NNNAATCTGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTT < SRR4302518.13484413/59‑1 (MQ=40)
gcaaaaagggGGGTGCTCGTGCGCGGTGG‑‑‑G‑‑G‑CGGCAACGGAATAACCGACCCCGCTTTCGGCAAGCCGAGTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAACCAATTT < SRR4302518.1817720/91‑1 (MQ=27)
GTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302518.110872/101‑1 (MQ=60)
GTAATATGGCGGGGGCTCGTGGGCTGTGGGGCG‑‑C‑C‑‑C‑CCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGGAAGCCGAGTATCGCGGgtgtggaacagtttcccccannn > SRR4302518.10006234/1‑78 (MQ=37)
TAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTG < SRR4302518.4807167/101‑1 (MQ=60)
NNNATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGT < SRR4302518.14848695/101‑1 (MQ=60)
NNNATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGT < SRR4302518.11889717/101‑1 (MQ=60)
NNNATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGT < SRR4302518.14155301/101‑1 (MQ=60)
AATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGT < SRR4302518.5283159/101‑1 (MQ=60)
AATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGT < SRR4302518.3642358/101‑1 (MQ=60)
NNNTGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTT < SRR4302518.9239852/101‑1 (MQ=60)
NNNTGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTA < SRR4302518.8567606/101‑1 (MQ=60)
NNNTGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTA < SRR4302518.14010185/101‑1 (MQ=60)
NNNTGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTA < SRR4302518.10224126/101‑1 (MQ=60)
NNNTGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTA < SRR4302518.12274789/101‑1 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTNNN > SRR4302518.11403872/1‑101 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGGGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGGAAGCCGATTATCGCGGGTGTGAACTCGTTCCCCCAATTTGTA > SRR4302518.4209155/1‑101 (MQ=60)
ATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTCCC < SRR4302518.1105632/101‑1 (MQ=60)
TGGCGGGTGCTCGTTCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGACCTCGTTCACCCAATTTGTACCG < SRR4302518.7172570/101‑1 (MQ=60)
TGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCCCCCAATTTGTACCG > SRR4302518.2052746/1‑101 (MQ=60)
TAGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACTCCGATTTCGGTAAGCCGGTTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCG > SRR4302518.3503153/1‑101 (MQ=60)
NNNGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGG < SRR4302518.8156282/101‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGG > SRR4302518.4872463/1‑101 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGG < SRR4302518.2120732/101‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGG < SRR4302518.2562359/101‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTCGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACNNN > SRR4302518.10562556/1‑101 (MQ=60)
GCGGGTGCTCGGGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATGTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGG > SRR4302518.2511959/1‑101 (MQ=60)
NNNTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC < SRR4302518.10075142/101‑1 (MQ=60)
GGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC > SRR4302518.1876507/1‑101 (MQ=60)
GGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC < SRR4302518.2094937/101‑1 (MQ=60)
GGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC > SRR4302518.4719618/1‑101 (MQ=60)
NNNGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCA < SRR4302518.8376242/101‑1 (MQ=60)
NNNCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC < SRR4302518.8945098/101‑1 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC < SRR4302518.483333/101‑1 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC < SRR4302518.5734882/101‑1 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC < SRR4302518.3267992/101‑1 (MQ=60)
TGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG > SRR4302518.5701824/1‑101 (MQ=60)
GCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGCCCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGT < SRR4302518.166607/101‑1 (MQ=60)
GCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCANNN > SRR4302518.14299705/1‑101 (MQ=60)
GCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGC > SRR4302518.1164852/1‑101 (MQ=60)
NNNGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTC < SRR4302518.8807191/101‑1 (MQ=60)
NNNGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTC < SRR4302518.9369682/101‑1 (MQ=60)
CGCGTGCGCTGTGGCGCG‑‑C‑C‑‑C‑CCGGAATGACCGAGGCCGATTTGGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACNNN > SRR4302518.14978201/1‑101 (MQ=60)
TCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCC < SRR4302518.5833038/101‑1 (MQ=60)
TCGTGCGCTGTGG‑‑‑GGCG‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGNNN > SRR4302518.14069217/1‑101 (MQ=60)
CGTGCGCTGTGGCGCG‑‑C‑C‑‑C‑CCGGAATGACCGCCGGCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCA < SRR4302518.3846490/101‑1 (MQ=60)
GTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCAT > SRR4302518.3408243/1‑101 (MQ=60)
GTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTACAT > SRR4302518.6921276/1‑101 (MQ=60)
GTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGGCACGTCNNN > SRR4302518.7403101/1‑101 (MQ=60)
TGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATAGCTGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGGACCGGGTCACGTCCNNN > SRR4302518.10080909/1‑101 (MQ=60)
GCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCT > SRR4302518.3141634/1‑101 (MQ=60)
GCGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCANNN > SRR4302518.9596040/1‑101 (MQ=60)
CGCTGTGGC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGGAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATNNN > SRR4302518.9647082/1‑101 (MQ=60)
N‑‑‑N‑‑N‑C‑‑CACCGTAATGACCGACGACGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCGATCTC < SRR4302518.14555141/101‑1 (MQ=60)
|
CATTTACGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGG‑‑‑G‑‑C‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCGATCTC > NC_000913/3951067‑3951266
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
