Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
882 |
254.4 |
12957588 |
98.0% |
12698436 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,791,003 |
T→C |
E108G (GAG→GGG) |
htrL ← |
HtrL |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,791,003 | 0 | T | C | 100.0%
| 946.7
/ NA
| 267 | E108G (GAG→GGG) | htrL | HtrL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (112/155); total (112/155) |
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
TGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATA > NC_000913/3790914‑3791092
|
gATCGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACAAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTTTCGAGGCCCAAg > 2:1403720/1‑93 (MQ=255)
aTAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGt > 1:5026295/1‑93 (MQ=255)
gCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTa < 1:2537408/93‑1 (MQ=255)
gCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTa > 2:5518558/1‑93 (MQ=255)
gCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTa < 1:3004101/93‑1 (MQ=255)
cTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTAt > 2:2573950/1‑93 (MQ=255)
cTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTAt > 1:3519462/1‑93 (MQ=255)
tttatttaCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTAtt < 2:4412868/93‑1 (MQ=255)
tttatttaCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTAtt > 1:1679292/1‑93 (MQ=255)
tttatttaCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTAtt > 2:572970/1‑93 (MQ=255)
atttaCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGt > 1:4377089/1‑93 (MQ=255)
ttaCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTaa < 1:217657/93‑1 (MQ=255)
ttaCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTaa < 1:649318/93‑1 (MQ=255)
taCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTaaa < 2:4390720/93‑1 (MQ=255)
aCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGTCCCAAGTCTATTTGTAAAc < 2:2729999/93‑1 (MQ=255)
aCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAAc < 1:2710524/93‑1 (MQ=255)
aCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAAc < 2:4789853/93‑1 (MQ=255)
cAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACg > 1:817579/1‑93 (MQ=255)
aaaaTAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGa < 2:1850143/93‑1 (MQ=255)
aaaaTAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGa < 1:3114191/93‑1 (MQ=255)
aaaaTAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGa > 2:6463294/1‑93 (MQ=255)
aaaaTAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGa > 1:6098880/1‑93 (MQ=255)
aaTAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACt < 2:4173389/93‑1 (MQ=255)
aaTAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACt < 1:6317004/93‑1 (MQ=255)
tAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCa < 1:712955/93‑1 (MQ=255)
tAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCa < 2:5990555/93‑1 (MQ=255)
tAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCa < 2:2540511/93‑1 (MQ=255)
gCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCt > 2:387747/1‑93 (MQ=255)
ccTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCtt > 1:3951892/1‑93 (MQ=255)
ccTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCtt < 1:2945761/93‑1 (MQ=255)
cTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCttt > 2:5369354/1‑93 (MQ=255)
cTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCttt > 1:2270744/1‑93 (MQ=255)
cTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCttt > 1:5716582/1‑93 (MQ=255)
cTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCttt > 1:5862417/1‑93 (MQ=255)
ttAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCtttt < 1:997215/93‑1 (MQ=255)
tAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCttttt < 1:2484797/93‑1 (MQ=255)
aaGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTg < 2:1256853/93‑1 (MQ=255)
aGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGa > 2:6020793/1‑93 (MQ=255)
gTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAAt < 1:3715816/93‑1 (MQ=255)
ttACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAAtt > 2:2442424/1‑93 (MQ=255)
cATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAAttttt < 2:4736075/93‑1 (MQ=255)
aTACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAAtttttt < 1:5109302/93‑1 (MQ=255)
tACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTc > 2:4686575/1‑93 (MQ=255)
tACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTc > 2:831769/1‑93 (MQ=255)
cAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGAt > 1:1249420/1‑93 (MQ=255)
aaaaCATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATa < 1:328638/93‑1 (MQ=255)
cATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTGGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGAc < 2:1160377/93‑1 (MQ=255)
tACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACtt > 1:2871639/1‑93 (MQ=255)
tACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACtt < 2:2493736/93‑1 (MQ=255)
aCTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGGATTTTTTCGACACGACTTc < 2:6325871/93‑1 (MQ=255)
aCTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTc > 1:4579757/1‑93 (MQ=255)
aCTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTc < 2:5925829/93‑1 (MQ=255)
ctctGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCt < 1:5986664/93‑1 (MQ=255)
ctctGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCt < 1:2387686/93‑1 (MQ=255)
ctctGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCt > 1:2045903/1‑93 (MQ=255)
ctGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGa < 2:1383453/93‑1 (MQ=255)
atgatGACTAATAATCTGAGATTTATAATTTTCGAAGCCCAAGTCTATTTGTAATCTACTCATCTTTATAAAGTCTCTCGATACGACTTCTGa < 2:715358/89‑1 (MQ=255)
ggTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGata < 1:4987633/93‑1 (MQ=255)
ggTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGata < 1:556239/93‑1 (MQ=255)
gTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGatat < 2:768431/93‑1 (MQ=255)
gTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGatat > 2:5268370/1‑93 (MQ=255)
gACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGatatat < 2:1825718/93‑1 (MQ=255)
cAGTTCTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGCCCCAAGTCTATTTGTAAACGCCGCATCTTTGTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTa < 1:3925371/93‑1 (MQ=255)
cAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTa > 2:6284554/1‑93 (MQ=255)
aGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTaa > 1:5263776/1‑93 (MQ=255)
gTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTaaa < 2:2851879/93‑1 (MQ=255)
gTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTaaa > 1:4639154/1‑93 (MQ=255)
tACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAAt < 1:3420215/93‑1 (MQ=255)
tACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAAt > 1:5861396/1‑93 (MQ=255)
ctctGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAAttt > 1:1597536/1‑93 (MQ=255)
ctGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCt < 2:97398/93‑1 (MQ=255)
tGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCtt > 2:900261/1‑93 (MQ=255)
gggTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCttt < 2:5089222/93‑1 (MQ=255)
ggTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCtttt < 1:5369354/93‑1 (MQ=255)
ggTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCttct < 2:3369759/93‑3 (MQ=255)
gTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCttttt < 2:4042450/93‑1 (MQ=255)
gTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCttttt < 2:3142499/93‑1 (MQ=255)
ttttttAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCtttttt < 1:3197290/93‑1 (MQ=255)
tttttAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTta < 1:4264757/93‑1 (MQ=255)
tttttAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTta < 2:2381689/93‑1 (MQ=255)
tttttAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTta > 2:489228/1‑93 (MQ=255)
tttttAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTta < 2:4487150/93‑1 (MQ=255)
ttttAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTtat < 2:3060605/93‑1 (MQ=255)
tttAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTtata > 2:3201396/1‑93 (MQ=255)
tttAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTtata < 2:5504471/93‑1 (MQ=255)
tAATTGTGGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATc < 2:2188735/93‑1 (MQ=255)
tAATTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATc < 2:3547054/93‑1 (MQ=255)
aaTTGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATTTAAATTTCTTTTTTATATcg > 2:560429/1‑93 (MQ=255)
ttGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATCTcgat < 2:4089449/93‑1 (MQ=255)
ttGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgat > 1:1932364/1‑93 (MQ=255)
ttGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgat < 2:158501/93‑1 (MQ=255)
ttGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgat > 2:6215341/1‑93 (MQ=255)
ttGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgat > 1:5661776/1‑93 (MQ=255)
tGTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgata > 1:1439730/1‑93 (MQ=255)
gTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgataa > 1:1747452/1‑93 (MQ=255)
gTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgataa < 2:507127/93‑1 (MQ=255)
tCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgataac > 1:1025391/1‑93 (MQ=255)
gAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgataacga < 1:637150/93‑1 (MQ=255)
gAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgataacga < 1:5156772/93‑1 (MQ=255)
ggCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATcgataacgata > 2:4277037/1‑93 (MQ=255)
|
TGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATA > NC_000913/3790914‑3791092
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAACCG > NC_000913/3790910‑3791096
|
ATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCC > SRR4302537.2662599/1‑94 (MQ=60)
ATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCC > SRR4302537.67661/1‑94 (MQ=60)
ATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCC < SRR4302537.4361512/94‑1 (MQ=60)
TGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCC > SRR4302537.4432557/1‑94 (MQ=60)
TGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAG < SRR4302537.3476065/94‑1 (MQ=60)
TGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAG > SRR4302537.5751084/1‑94 (MQ=60)
TGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAG > SRR4302537.623248/1‑94 (MQ=60)
GATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGT > SRR4302537.5060909/1‑94 (MQ=60)
ATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTC > SRR4302537.1851538/1‑94 (MQ=60)
GCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTAT < SRR4302537.3025025/94‑1 (MQ=60)
GCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTAT > SRR4302537.3544366/1‑94 (MQ=60)
GCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCCCAAGTCTAT < SRR4302537.2555209/94‑1 (MQ=60)
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GTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAAC > SRR4302537.1032447/1‑94 (MQ=60)
GTCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAAC < SRR4302537.5027642/94‑1 (MQ=60)
TCGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACG < SRR4302537.6025638/94‑1 (MQ=60)
CGAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGA < SRR4302537.4843109/94‑1 (MQ=60)
GAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGAT < SRR4302537.641486/94‑1 (MQ=60)
GAGGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGAT < SRR4302537.5192306/94‑1 (MQ=60)
GGCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAA < SRR4302537.6068503/94‑1 (MQ=60)
GCCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAAC < SRR4302537.4689931/94‑1 (MQ=60)
CCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAACC < SRR4302537.4504829/94‑1 (MQ=60)
CCCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAACC > SRR4302537.2295428/1‑94 (MQ=60)
CCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAACCG > SRR4302537.2722226/1‑94 (MQ=60)
CCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAACCG > SRR4302537.3631530/1‑94 (MQ=60)
CCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAACCG < SRR4302537.4033884/94‑1 (MQ=60)
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ATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAACCG > NC_000913/3790910‑3791096
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
