Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
744 |
338.8 |
17650688 |
97.8% |
17262372 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,406,487 |
T→C |
L415P (CTT→CCT) |
b3258 → |
sodium/pantothenate symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,406,487 | 0 | T | C | 99.4%
| 1131.9
/ ‑4.9
| 328 | L415P (CTT→CCT) | b3258 | sodium/pantothenate symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (163/163); total (164/164) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
CCTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATATTC > NC_000913/3406397‑3406576
|
ccTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGTTCctt > 2:4678510/1‑93 (MQ=255)
cTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTa > 2:5004176/1‑93 (MQ=255)
tGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTAc < 1:5551336/93‑1 (MQ=255)
tGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTAc > 1:2989067/1‑93 (MQ=255)
ggAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACt > 1:8542621/1‑93 (MQ=255)
ggAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACt > 2:8432381/1‑93 (MQ=255)
aGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTggg < 1:4769605/93‑1 (MQ=255)
aGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTggg < 1:3648414/93‑1 (MQ=255)
gccgccAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGa > 2:7529884/1‑93 (MQ=255)
gccgccAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGa > 1:3214201/1‑93 (MQ=255)
cgccAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAAc < 2:4126979/93‑1 (MQ=255)
cccAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAAcg < 2:6131231/92‑1 (MQ=255)
ccAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAAcgc < 1:6107382/93‑1 (MQ=255)
cAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAAcgcg > 1:7876933/1‑93 (MQ=255)
cAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAAcgcg > 2:1419095/1‑93 (MQ=255)
gAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgcc > 2:3296301/1‑93 (MQ=255)
gAAATGATCATCTGGCGGAATTGGTTGCCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgcc < 1:1761549/93‑1 (MQ=255)
aaaTGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgcca > 2:3382877/1‑93 (MQ=255)
aaaTGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgcca > 1:5931869/1‑93 (MQ=255)
aaTGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgccaa < 1:4029645/93‑1 (MQ=255)
aaTGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgccaa > 2:6520468/1‑93 (MQ=255)
aTGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgccaac > 2:2850265/1‑93 (MQ=255)
aTGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgccaac > 2:3841231/1‑93 (MQ=255)
tGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgccaacg > 1:1983376/1‑93 (MQ=255)
tGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgccaacg < 1:7172710/93‑1 (MQ=255)
tGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGCCCTTACTGGGAACGcgccaacg > 1:7084923/1‑93 (MQ=255)
atcatcTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgccaacgcc > 2:4591387/1‑93 (MQ=255)
atcatcTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgccaacgcc < 2:2985773/93‑1 (MQ=255)
tcatcTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGCAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgccaacgcca > 2:5798335/1‑93 (MQ=255)
tcatcTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgccaacgcca > 2:8335457/1‑93 (MQ=255)
catcTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgccaacgccaa > 1:8084311/1‑93 (MQ=255)
atcTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCaaa > 2:5309162/1‑93 (MQ=255)
atcTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCaaa < 2:8548716/93‑1 (MQ=255)
atcTGGCTGAATTTGTTGGCCGTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCaaa < 1:2174151/93‑1 (MQ=255)
tcTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTTCTGGGAACGCGCCAACGCCAAAg > 2:8054167/1‑93 (MQ=255)
tGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTACTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGgc < 1:2135960/93‑1 (MQ=255)
ggCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGgcg < 2:74638/93‑1 (MQ=255)
gAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCt < 2:7848755/93‑1 (MQ=255)
gAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCt > 2:4848478/1‑93 (MQ=255)
gAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCt > 1:5400441/1‑93 (MQ=255)
aaTTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTa < 2:8014152/93‑1 (MQ=255)
aaTTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTa < 1:8234774/93‑1 (MQ=255)
aTTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTaa < 1:151523/93‑1 (MQ=255)
aTTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTaa < 1:2729987/93‑1 (MQ=255)
tttGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAg > 2:600912/1‑93 (MQ=255)
tgttgGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTg > 1:8670608/1‑93 (MQ=255)
tgttgGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTg > 1:2351929/1‑93 (MQ=255)
gttgGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGc < 1:3805011/93‑1 (MQ=255)
gttgGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGc > 2:1926673/1‑93 (MQ=255)
ttgGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCg > 2:3721774/1‑93 (MQ=255)
ttgGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCg < 2:2693166/93‑1 (MQ=255)
ttgGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCg > 2:2256552/1‑93 (MQ=255)
ttgGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCg > 2:1643457/1‑93 (MQ=255)
ttgGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCg < 1:5632956/93‑1 (MQ=255)
tgGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCga > 2:2485853/1‑93 (MQ=255)
ggCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCgat > 1:7116275/1‑93 (MQ=255)
ggCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCgat < 2:3959054/93‑1 (MQ=255)
gCCTTGGTTGTGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCgatg < 2:4421515/93‑1 (MQ=255)
ccTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCgatga < 2:1726702/93‑1 (MQ=255)
ccTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCgatga < 1:343249/93‑1 (MQ=255)
cTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCgatgat < 1:6699585/93‑1 (MQ=255)
cTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCgatgat > 2:2080342/1‑93 (MQ=255)
cTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCgatgat < 2:1216678/93‑1 (MQ=255)
cTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCgatgat < 1:8445640/93‑1 (MQ=255)
cTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCgatgat < 1:7514572/93‑1 (MQ=255)
ttCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATc > 2:7239193/1‑93 (MQ=255)
ttCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATc < 2:5694713/93‑1 (MQ=255)
ttCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATc > 2:5419026/1‑93 (MQ=255)
ttCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATc > 2:5540209/1‑93 (MQ=255)
cGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGt < 1:1838787/93‑1 (MQ=255)
cGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGt > 2:1129703/1‑93 (MQ=255)
ggTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGtt > 2:7005603/1‑93 (MQ=255)
gTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTg < 1:5076516/93‑1 (MQ=255)
gTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTg > 2:2190764/1‑93 (MQ=255)
gTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTg < 1:529706/93‑1 (MQ=255)
gggCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTggc > 2:7200301/1‑93 (MQ=255)
tGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGgcggcg > 1:5725247/1‑93 (MQ=255)
tGGAAGCAGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGgcggcg > 2:8710342/1‑93 (MQ=255)
gaGCCATTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAGCGCCAAGGGCGAGCTAAGTGCAATGATCGTTGGCGCCCTGc < 2:5478163/92‑1 (MQ=255)
aaGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGc < 1:746060/93‑1 (MQ=255)
aGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCt > 2:6737614/1‑93 (MQ=255)
gCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTg > 2:8259830/1‑93 (MQ=255)
ttttCCTGTGGCCGCTGGTGTTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAATTGCGTTGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATg > 2:6684929/1‑93 (MQ=255)
ttttCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATg > 2:1331794/1‑93 (MQ=255)
ttCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGcc > 2:6282018/1‑93 (MQ=255)
ttCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGcc < 2:7678882/93‑1 (MQ=255)
cTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTa > 2:5144332/1‑93 (MQ=255)
cTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTa < 2:6209538/93‑1 (MQ=255)
gtgGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACt < 2:3069117/93‑1 (MQ=255)
gtgGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACt < 1:1393486/93‑1 (MQ=255)
gCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTcgc > 2:357317/1‑93 (MQ=255)
gCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTcgc > 1:4641654/1‑93 (MQ=255)
cTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACg < 1:2450014/93‑1 (MQ=255)
ggTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCt > 2:3685892/1‑93 (MQ=255)
gTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTg < 1:967441/93‑1 (MQ=255)
cTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAat < 1:6795856/93‑1 (MQ=255)
tGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAata < 2:4294221/93‑1 (MQ=255)
gggTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAatat > 1:1013575/1‑93 (MQ=255)
ggTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATAtt < 1:6446847/93‑1 (MQ=255)
gTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATATTc < 2:6405148/93‑1 (MQ=255)
|
CCTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATATTC > NC_000913/3406397‑3406576
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCGCCTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATATTCAGTA > NC_000913/3406394‑3406580
|
CCGCCTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCC < SRR4302541.4046694/94‑1 (MQ=60)
CCGCCTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCC < SRR4302541.3351514/94‑1 (MQ=60)
CGCCTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCT > SRR4302541.5850448/1‑94 (MQ=60)
CGCCTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCT > SRR4302541.1140269/1‑94 (MQ=60)
CGCCTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCT < SRR4302541.933989/94‑1 (MQ=60)
CGCCTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCT > SRR4302541.5428205/1‑94 (MQ=60)
CGCCTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCT > SRR4302541.2992132/1‑94 (MQ=60)
CCTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTA > SRR4302541.8568215/1‑94 (MQ=60)
CTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTAC > SRR4302541.3019237/1‑94 (MQ=60)
TGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACT < SRR4302541.2191862/94‑1 (MQ=60)
TGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACT > SRR4302541.8634454/1‑94 (MQ=60)
TGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACT > SRR4302541.7113101/1‑94 (MQ=60)
TGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACT < SRR4302541.5608165/94‑1 (MQ=60)
AAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCGGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGG > SRR4302541.892269/1‑94 (MQ=60)
AAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGG > SRR4302541.892270/1‑94 (MQ=60)
AAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGG > SRR4302541.4264727/1‑94 (MQ=60)
AAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGG > SRR4302541.8457394/1‑94 (MQ=60)
AGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGA > SRR4302541.3246672/1‑94 (MQ=60)
AGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGA < SRR4302541.3685422/94‑1 (MQ=60)
AGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGA < SRR4302541.4818308/94‑1 (MQ=60)
AGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGA < SRR4302541.2224957/94‑1 (MQ=60)
CCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAAC > SRR4302541.3750754/1‑94 (MQ=60)
CCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAAC < SRR4302541.24023/94‑1 (MQ=60)
CCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCATTCGGTGGGCTGGAAGCCTTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAAC < SRR4302541.196305/94‑1 (MQ=60)
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CGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACG > SRR4302541.5659517/1‑94 (MQ=60)
GCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGC > SRR4302541.2305375/1‑94 (MQ=60)
CCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCG > SRR4302541.7963495/1‑94 (MQ=60)
CCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCG < SRR4302541.6169744/94‑1 (MQ=60)
CCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCG > SRR4302541.3538307/1‑94 (MQ=60)
CAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGC > SRR4302541.592490/1‑94 (MQ=60)
GAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCA > SRR4302541.5992292/1‑94 (MQ=60)
GAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCA < SRR4302541.7811889/94‑1 (MQ=60)
GAAATGATCATCTGGCGGAATTGGTTGCCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCA < SRR4302541.1778699/94‑1 (MQ=60)
AATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAAC < SRR4302541.4069452/94‑1 (MQ=60)
AATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAAC < SRR4302541.1178574/94‑1 (MQ=60)
AATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAAC > SRR4302541.8596141/1‑94 (MQ=60)
ATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACG > SRR4302541.2002546/1‑94 (MQ=60)
ATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGCCCTTACTGGGAACGCGCCAACG > SRR4302541.7160284/1‑94 (MQ=60)
TGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGC > SRR4302541.7317760/1‑94 (MQ=60)
TGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGC < SRR4302541.7249183/94‑1 (MQ=60)
GATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCC > SRR4302541.7476648/1‑94 (MQ=60)
TCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAA > SRR4302541.8172959/1‑94 (MQ=60)
CATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAA > SRR4302541.1115824/1‑94 (MQ=60)
CATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAA > SRR4302541.3658139/1‑94 (MQ=60)
CATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAA > SRR4302541.6570474/1‑94 (MQ=60)
CATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAA > SRR4302541.6519100/1‑94 (MQ=60)
ATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAG > SRR4302541.7229791/1‑94 (MQ=60)
ATCTGGCTGAATTTGTTGGCCGTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAG < SRR4302541.2195163/94‑1 (MQ=60)
CTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGC > SRR4302541.2375474/1‑94 (MQ=60)
CTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCAGTGGGCTGGAAGCCGTCTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGC < SRR4302541.183118/94‑1 (MQ=60)
TGGCTGAATTTGTTGGTCGTGGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCGGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCG < SRR4302541.3208569/94‑1 (MQ=60)
TGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCG > SRR4302541.4141322/1‑94 (MQ=60)
TGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTACTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCG < SRR4302541.2156615/94‑1 (MQ=60)
TGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCT > SRR4302541.5455852/1‑94 (MQ=60)
AATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAA < SRR4302541.8324535/94‑1 (MQ=60)
ATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAG > SRR4302541.287740/1‑94 (MQ=60)
ATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAG < SRR4302541.3728098/94‑1 (MQ=60)
ATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAG < SRR4302541.152665/94‑1 (MQ=60)
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ATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAG < SRR4302541.2013502/94‑1 (MQ=60)
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TTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTG > SRR4302541.2374809/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGC > SRR4302541.3464656/1‑94 (MQ=60)
GTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCG < SRR4302541.3843317/94‑1 (MQ=60)
GTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCG > SRR4302541.6162355/1‑94 (MQ=60)
TTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGA < SRR4302541.5690564/94‑1 (MQ=60)
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GGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATG < SRR4302541.1509301/94‑1 (MQ=60)
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TTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCG < SRR4302541.7182846/94‑1 (MQ=60)
TCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGT < SRR4302541.5406080/94‑1 (MQ=60)
CGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTT > SRR4302541.944742/1‑94 (MQ=60)
CGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTT < SRR4302541.1856609/94‑1 (MQ=60)
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GTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGG < SRR4302541.534667/94‑1 (MQ=60)
GTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGG < SRR4302541.5128678/94‑1 (MQ=60)
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TGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGC > SRR4302541.5880351/1‑94 (MQ=60)
GGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGC < SRR4302541.2866428/94‑1 (MQ=60)
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TGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGT < SRR4302541.5543935/94‑1 (MQ=60)
GAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCCCTACGTGCGCTGATCGTTGGCGGCGTGC > SRR4302541.4468652/1‑94 (MQ=60)
GAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGC < SRR4302541.8063224/94‑1 (MQ=60)
AAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCT < SRR4302541.753128/94‑1 (MQ=60)
AAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCT > SRR4302541.100319/1‑94 (MQ=60)
AGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTG < SRR4302541.8679464/94‑1 (MQ=60)
AGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTG < SRR4302541.8528474/94‑1 (MQ=60)
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GCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGT < SRR4302541.7037816/94‑1 (MQ=60)
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GTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGTTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATG < SRR4302541.2759700/94‑1 (MQ=60)
GTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATG > SRR4302541.3029455/1‑94 (MQ=60)
TTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCC > SRR4302541.4814251/1‑94 (MQ=60)
TCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGT > SRR4302541.1717674/1‑94 (MQ=60)
TCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGT > SRR4302541.5809006/1‑94 (MQ=60)
TCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGT > SRR4302541.4894516/1‑94 (MQ=60)
TCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGT < SRR4302541.5428664/94‑1 (MQ=60)
CCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAACTGCGATGACCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTA > SRR4302541.3629707/1‑94 (MQ=60)
CTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTAC > SRR4302541.1859964/1‑94 (MQ=60)
CTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTAC > SRR4302541.4017354/1‑94 (MQ=60)
GTGGTCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTC < SRR4302541.7553254/94‑1 (MQ=60)
GTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTC > SRR4302541.2441107/1‑94 (MQ=60)
GTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTC < SRR4302541.1407142/94‑1 (MQ=60)
GGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGC > SRR4302541.4688903/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGAC < SRR4302541.1777996/94‑1 (MQ=60)
CGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGAC > SRR4302541.7022889/1‑94 (MQ=60)
GCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACG < SRR4302541.3309631/94‑1 (MQ=60)
CTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGC > SRR4302541.2079071/1‑94 (MQ=60)
CTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGC < SRR4302541.2474366/94‑1 (MQ=60)
TGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCT > SRR4302541.8227858/1‑94 (MQ=60)
TGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCT < SRR4302541.2499520/94‑1 (MQ=60)
TGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCT > SRR4302541.7173133/1‑94 (MQ=60)
GTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGA < SRR4302541.976523/94‑1 (MQ=60)
CTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATA < SRR4302541.6868532/94‑1 (MQ=60)
CTGGGGCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATA < SRR4302541.2111450/94‑1 (MQ=60)
TGGGTGCTTACTGGGAACGCGACAGCGCTAAAGGCGCGCTAAGTGCGGTGATCGTTGGCGGTGTCCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATAT < SRR4302541.3270178/94‑1 (MQ=60)
TGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATAT < SRR4302541.1471097/94‑1 (MQ=60)
TGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATAT > SRR4302541.1022948/1‑94 (MQ=60)
GGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATATT > SRR4302541.2190820/1‑94 (MQ=60)
GGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATATTC < SRR4302541.6512550/94‑1 (MQ=60)
GTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATATTCA < SRR4302541.8718237/94‑1 (MQ=60)
GTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATATTCA > SRR4302541.1742850/1‑94 (MQ=60)
TCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATATTCAG > SRR4302541.2438580/1‑94 (MQ=60)
CCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATATTCAGT < SRR4302541.8568183/94‑1 (MQ=60)
CTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATATTCAGTA < SRR4302541.1220878/94‑1 (MQ=60)
|
CCGCCTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATATTCAGTA > NC_000913/3406394‑3406580
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
