Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
884 |
257.2 |
12958910 |
96.9% |
12557183 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,494,555 |
T→C |
intergenic (+41/‑85) |
nirD → / → nirC |
nitrite reductase (NAD(P)H) subunit/Nitrite transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,494,555 | 0 | T | C | 100.0%
| 776.1
/ NA
| 222 | intergenic (+41/‑85) | nirD/nirC | nitrite reductase (NAD(P)H) subunit/Nitrite transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (43/179); total (43/179) |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
AACATTACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTT > NC_000913/3494465‑3494644
|
aaCATTACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGccc < 1:5147330/93‑1 (MQ=255)
aCATTACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCt < 2:5537290/93‑1 (MQ=255)
aCATTACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCACAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCt > 1:1008026/1‑93 (MQ=255)
cATTAGGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTg < 1:5112652/93‑1 (MQ=255)
cATTACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTg < 1:5307703/93‑1 (MQ=255)
cATTACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTg < 2:108094/93‑1 (MQ=255)
aCGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGtaat > 1:5341144/1‑93 (MQ=255)
aCGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGtaat < 1:3160907/93‑1 (MQ=255)
aCGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGtaat < 1:5826969/93‑1 (MQ=255)
gAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGtaataa > 1:5492992/1‑93 (MQ=255)
cgcgAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACAGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCtt < 1:5224721/93‑1 (MQ=255)
gcgAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTc < 1:1237902/93‑1 (MQ=255)
cgAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCg < 1:4158136/93‑1 (MQ=255)
gTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGta > 2:1427311/1‑93 (MQ=255)
gTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGta > 1:5864226/1‑93 (MQ=255)
gTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGta < 2:766532/93‑1 (MQ=255)
tGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGtat < 1:6370078/93‑1 (MQ=255)
gAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGtata > 1:6192820/1‑93 (MQ=255)
gAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGtata < 2:2573749/93‑1 (MQ=255)
gAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGtata < 2:4586467/93‑1 (MQ=255)
aaaGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTatat < 2:1591121/93‑1 (MQ=255)
aaGACTGCGTGGTGCAGCTGCGCTGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATAtt < 1:2781782/93‑1 (MQ=255)
aGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTg < 1:6228145/93‑1 (MQ=255)
gACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGc < 2:358842/93‑1 (MQ=255)
gACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGc < 2:418516/93‑1 (MQ=255)
gACGGCGTGGGGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGc > 1:1824389/1‑93 (MQ=255)
gcGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCa < 2:2746018/92‑1 (MQ=255)
cGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAg < 1:1222276/93‑1 (MQ=255)
cGGCGTAGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAg < 2:5369458/93‑1 (MQ=255)
ggCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAgg > 1:2382578/1‑93 (MQ=255)
gCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGa > 2:866081/1‑93 (MQ=255)
gCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGa < 1:3759599/93‑1 (MQ=255)
cGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGAc < 2:4944565/93‑1 (MQ=255)
cGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGAc < 1:2606681/93‑1 (MQ=255)
cGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGAc < 2:3459589/93‑1 (MQ=255)
gtggtgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACa < 2:5841090/93‑1 (MQ=255)
tggtgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACAt < 1:4561339/93‑1 (MQ=255)
tggtgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACAt < 1:3067455/93‑1 (MQ=255)
ggtgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACAtt < 2:4500798/93‑1 (MQ=255)
ggtgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACAtt < 1:3113926/93‑1 (MQ=255)
gtgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACAttt < 2:1926403/93‑1 (MQ=255)
tgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACAtttt < 2:3804055/93‑1 (MQ=255)
tcAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACAttttt < 2:1519902/92‑1 (MQ=255)
gCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACAttttt < 2:595901/93‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACAtttttt < 2:5720744/93‑1 (MQ=255)
gCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTaa < 1:221953/93‑1 (MQ=255)
gCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTaa > 2:1391027/1‑93 (MQ=255)
cTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTaaa < 2:2516059/93‑1 (MQ=255)
tGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAAc > 1:675615/1‑93 (MQ=255)
gcgcGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACt < 2:3398634/93‑1 (MQ=255)
gcgGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACttt < 1:5971800/93‑1 (MQ=255)
cgGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACtttt < 1:3777148/93‑1 (MQ=255)
gTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTg > 2:859105/1‑93 (MQ=255)
ttAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGt < 2:5650249/93‑1 (MQ=255)
tAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGtt < 2:3815435/93‑1 (MQ=255)
tAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGtt < 2:5424637/93‑1 (MQ=255)
tAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGtt < 1:6094179/93‑1 (MQ=255)
tAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGtt < 1:3277403/93‑1 (MQ=255)
tAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGGATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGtt < 1:1328163/93‑1 (MQ=255)
aaTGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGttt < 2:2854461/93‑1 (MQ=255)
aaTGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGttt < 2:4412957/93‑1 (MQ=255)
aTGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGtttt < 1:782045/93‑1 (MQ=255)
tGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTa < 2:5307294/93‑1 (MQ=255)
tGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTa < 2:2983729/93‑1 (MQ=255)
gTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTAt < 1:5431183/93‑1 (MQ=255)
gTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTAt < 1:1689141/93‑1 (MQ=255)
ttttAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTAtt < 1:4340409/93‑1 (MQ=255)
ttttAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTAtt < 1:4007110/93‑1 (MQ=255)
tAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTAttttt < 2:5341626/93‑1 (MQ=255)
aaCGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTAtttttt > 1:1609021/1‑93 (MQ=255)
aaCGGGAGGCCAAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTAtttttt < 1:4456202/93‑1 (MQ=255)
cGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGt < 1:4097445/93‑1 (MQ=255)
cGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGt < 2:3078614/93‑1 (MQ=255)
cGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGt < 1:4927702/93‑1 (MQ=255)
gggAGGCGCACTGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGtt < 2:6464751/93‑1 (MQ=255)
gggAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGtt < 2:1142715/93‑1 (MQ=255)
gggAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGtt < 2:94881/93‑1 (MQ=255)
ggAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGttt < 2:2142046/93‑1 (MQ=255)
gAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGtttt < 1:4361547/93‑1 (MQ=255)
ggCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTa < 1:2659538/93‑1 (MQ=255)
gtaaTCCCTACCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTAttt < 1:3924/91‑1 (MQ=255)
cAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTAtttt < 1:2922827/93‑1 (MQ=255)
cAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTAtttt < 1:146624/93‑1 (MQ=255)
aaTGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTAttttt < 1:2046691/93‑1 (MQ=255)
aTGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTAtttttt > 1:147759/1‑93 (MQ=255)
ccTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTaaa < 1:4740556/93‑1 (MQ=255)
cTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAg < 2:1296759/93‑1 (MQ=255)
cccTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGAt < 1:4775239/93‑1 (MQ=255)
ccTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATa < 1:4296043/93‑1 (MQ=255)
cTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATaa > 1:4184102/1‑93 (MQ=255)
tttttGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAAt < 2:6219730/93‑1 (MQ=255)
tttttGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTAATTTTTAAAGGATAAt < 2:3219636/93‑1 (MQ=255)
tGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCaaa < 1:1908175/93‑1 (MQ=255)
gCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAAt < 2:6419962/93‑1 (MQ=255)
gCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAAt < 1:2057628/93‑1 (MQ=255)
cATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATg < 2:4996484/93‑1 (MQ=255)
cATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATg > 2:4428593/1‑93 (MQ=255)
cATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATg > 1:2456003/1‑93 (MQ=255)
aTGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGt < 2:1845689/93‑1 (MQ=255)
tGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGtt < 2:2430293/93‑1 (MQ=255)
|
AACATTACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTT > NC_000913/3494465‑3494644
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TCAAACATTACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTAC > NC_000913/3494462‑3494647
|
TCAAACATTACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGC > SRR4302534.2746506/1‑94 (MQ=60)
CAAACATTACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCC < SRR4302534.4345995/94‑1 (MQ=60)
AACATTACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCT < SRR4302534.2144729/94‑1 (MQ=60)
AACATTACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCT < SRR4302534.5286215/94‑1 (MQ=60)
AACATTACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCACAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCT > SRR4302534.1033912/1‑94 (MQ=60)
ACATTACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTG < SRR4302534.4622084/94‑1 (MQ=60)
ACATTACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTGTTTGCATGGCCCTG < SRR4302534.6525719/94‑1 (MQ=60)
CATTAGGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGT < SRR4302534.5250627/94‑1 (MQ=60)
CATTACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGT < SRR4302534.5450913/94‑1 (MQ=60)
TACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAAT > SRR4302534.1640135/1‑94 (MQ=60)
TACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAAT > SRR4302534.5485139/1‑94 (MQ=60)
ACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATA < SRR4302534.5985133/94‑1 (MQ=60)
ACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATA < SRR4302534.3244190/94‑1 (MQ=60)
CGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAA > SRR4302534.5641116/1‑94 (MQ=60)
GAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAAT < SRR4302534.1403452/94‑1 (MQ=60)
AAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATC > SRR4302534.5277365/1‑94 (MQ=60)
AGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCT > SRR4302534.1864665/1‑94 (MQ=60)
GCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTT < SRR4302534.4397997/94‑1 (MQ=60)
GCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTT < SRR4302534.5368600/94‑1 (MQ=60)
GCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTT > SRR4302534.1303457/1‑94 (MQ=60)
CGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTC < SRR4302534.4997307/94‑1 (MQ=60)
CGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTC < SRR4302534.6350427/94‑1 (MQ=60)
CGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACAGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTC < SRR4302534.5365750/94‑1 (MQ=60)
GCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCG < SRR4302534.2338501/94‑1 (MQ=60)
GCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCG < SRR4302534.1270532/94‑1 (MQ=60)
CGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGG < SRR4302534.4270424/94‑1 (MQ=60)
CGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGG < SRR4302534.1763192/94‑1 (MQ=60)
AGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTA > SRR4302534.6023454/1‑94 (MQ=60)
GTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTAT < SRR4302534.726608/94‑1 (MQ=60)
TGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATA > SRR4302534.6361318/1‑94 (MQ=60)
TGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATA < SRR4302534.6542064/94‑1 (MQ=60)
TGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATA > SRR4302534.2494901/1‑94 (MQ=60)
GAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATAT < SRR4302534.4888327/94‑1 (MQ=60)
GAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATAT < SRR4302534.6008750/94‑1 (MQ=60)
AAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATT < SRR4302534.4101995/94‑1 (MQ=60)
AAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATT < SRR4302534.2270671/94‑1 (MQ=60)
AAGACTGCGTGGTGCAGCTGCGCTGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTG < SRR4302534.2854947/94‑1 (MQ=60)
AGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGC < SRR4302534.6397221/94‑1 (MQ=60)
AGACGGCGTGGGGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGC > SRR4302534.1871834/1‑94 (MQ=60)
GACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCA > SRR4302534.4756954/1‑94 (MQ=60)
CGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGG < SRR4302534.1254465/94‑1 (MQ=60)
CGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGG > SRR4302534.2445889/1‑94 (MQ=60)
CGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGG < SRR4302534.530107/94‑1 (MQ=60)
GGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGTCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGA > SRR4302534.2101200/1‑94 (MQ=60)
GGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGA < SRR4302534.3048335/94‑1 (MQ=60)
GGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGA < SRR4302534.4296543/94‑1 (MQ=60)
GGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGA < SRR4302534.4267874/94‑1 (MQ=60)
GGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGA < SRR4302534.2817215/94‑1 (MQ=60)
GCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGAC < SRR4302534.3860555/94‑1 (MQ=60)
CGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACA < SRR4302534.2675652/94‑1 (MQ=60)
GTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACAT < SRR4302534.6630594/94‑1 (MQ=60)
GTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACAT < SRR4302534.6271461/94‑1 (MQ=60)
GTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACAT < SRR4302534.6113805/94‑1 (MQ=60)
TGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATT < SRR4302534.3148013/94‑1 (MQ=60)
TGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATT < SRR4302534.4685006/94‑1 (MQ=60)
TGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATT < SRR4302534.3659167/94‑1 (MQ=60)
GGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTT < SRR4302534.3195821/94‑1 (MQ=60)
GGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTT < SRR4302534.1397099/94‑1 (MQ=60)
GTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTGTAACGGGAGGCTCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTT < SRR4302534.3221071/94‑1 (MQ=60)
TGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTT < SRR4302534.2600845/94‑1 (MQ=60)
CAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTA < SRR4302534.2033364/94‑1 (MQ=60)
AGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAA < SRR4302534.6363619/94‑1 (MQ=60)
AGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAA > SRR4302534.4439353/1‑94 (MQ=60)
GCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAA < SRR4302534.227764/94‑1 (MQ=60)
GCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAA > SRR4302534.2644183/1‑94 (MQ=60)
CTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAAC > SRR4302534.692091/1‑94 (MQ=60)
GCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTT < SRR4302534.6133993/94‑1 (MQ=60)
CGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTT < SRR4302534.4532279/94‑1 (MQ=60)
CGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTT < SRR4302534.863219/94‑1 (MQ=60)
CGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTT < SRR4302534.5727436/94‑1 (MQ=60)
CGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTT < SRR4302534.3878552/94‑1 (MQ=60)
CGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTT < SRR4302534.4335410/94‑1 (MQ=60)
CGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTT < SRR4302534.6246365/94‑1 (MQ=60)
GTTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTG < SRR4302534.5438103/94‑1 (MQ=60)
GGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTG < SRR4302534.3118223/94‑1 (MQ=60)
TAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTT < SRR4302534.6259902/94‑1 (MQ=60)
TAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTT < SRR4302534.3364752/94‑1 (MQ=60)
TAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTT < SRR4302534.2934066/94‑1 (MQ=60)
TAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGGATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTT < SRR4302534.1363176/94‑1 (MQ=60)
ATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTA < SRR4302534.5714940/94‑1 (MQ=60)
ATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTA < SRR4302534.801551/94‑1 (MQ=60)
GTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATT < SRR4302534.5577390/94‑1 (MQ=60)
GTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATT < SRR4302534.1733056/94‑1 (MQ=60)
TTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTT < SRR4302534.6588388/94‑1 (MQ=60)
TTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTT < SRR4302534.4114411/94‑1 (MQ=60)
TTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTT < SRR4302534.4457689/94‑1 (MQ=60)
TTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTT < SRR4302534.3611153/94‑1 (MQ=60)
TAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTT < SRR4302534.3930314/94‑1 (MQ=60)
TAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTT > SRR4302534.1651026/1‑94 (MQ=60)
TAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTT < SRR4302534.5184832/94‑1 (MQ=60)
AACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTG > SRR4302534.1690276/1‑94 (MQ=60)
AACGGGAGGCCAAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTG < SRR4302534.4576663/94‑1 (MQ=60)
ACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGT < SRR4302534.3274038/94‑1 (MQ=60)
CGGGAGGCGCAATGCCTCCCGTTGTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTT < SRR4302534.4476963/94‑1 (MQ=60)
CGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTT < SRR4302534.4207595/94‑1 (MQ=60)
CGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTT < SRR4302534.5061260/94‑1 (MQ=60)
CGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTT < SRR4302534.4169740/94‑1 (MQ=60)
CGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTT < SRR4302534.4657329/94‑1 (MQ=60)
GAGGCGCATTGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTT < SRR4302534.1269245/94‑1 (MQ=60)
GAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTT < SRR4302534.4479190/94‑1 (MQ=60)
GGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTAT < SRR4302534.2729851/94‑1 (MQ=60)
GCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATT < SRR4302534.1929435/94‑1 (MQ=60)
CGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTT < SRR4302534.112507/94‑1 (MQ=60)
gtaatccctaCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTT < SRR4302534.4037/84‑1 (MQ=60)
CAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTT < SRR4302534.150442/94‑1 (MQ=60)
CAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTT < SRR4302534.3867777/94‑1 (MQ=60)
CAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTT < SRR4302534.2999535/94‑1 (MQ=60)
AATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTT > SRR4302534.151607/1‑94 (MQ=60)
AATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTT < SRR4302534.2100184/94‑1 (MQ=60)
AATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTT > SRR4302534.2727136/1‑94 (MQ=60)
GCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAA < SRR4302534.5490873/94‑1 (MQ=60)
CCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAG < SRR4302534.4869247/94‑1 (MQ=60)
CTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGG > SRR4302534.5243425/1‑94 (MQ=60)
TCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGA > SRR4302534.315271/1‑94 (MQ=60)
TCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGA < SRR4302534.5612345/94‑1 (MQ=60)
CCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATA < SRR4302534.4904913/94‑1 (MQ=60)
CCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAA > SRR4302534.4297184/1‑94 (MQ=60)
CCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAA < SRR4302534.4412451/94‑1 (MQ=60)
CTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAAT > SRR4302534.1514626/1‑94 (MQ=60)
TGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAAT < SRR4302534.4081667/94‑1 (MQ=60)
TGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAAT < SRR4302534.1957975/94‑1 (MQ=60)
GCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATG > SRR4302534.2521256/1‑94 (MQ=60)
GCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATG < SRR4302534.2111373/94‑1 (MQ=60)
TGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTT > SRR4302534.2665748/1‑94 (MQ=60)
TGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTT < SRR4302534.5471868/94‑1 (MQ=60)
GCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTAC < SRR4302534.4776200/94‑1 (MQ=60)
|
TCAAACATTACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTTTAC > NC_000913/3494462‑3494647
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
