Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I227 R1
|
223 |
21.3 |
1167702 |
97.0% |
1132670 |
86.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
3,576,634 |
A→G |
R79R (CGA→CGG) |
BW25113_RS17825 → |
YrhA family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 3,576,634 | 0 | A | G | 94.4%
| 48.0
/ ‑3.5
| 18 | R79R (CGA→CGG) | BW25113_RS17825 | YrhA family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (10/7); total (11/7) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 |
TTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATT > NZ_CP009273/3576555‑3576713
|
ttAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGcc < 1:558240/90‑1 (MQ=255)
ttCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGa > 1:468955/1‑90 (MQ=255)
tttttAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTc > 1:231770/1‑90 (MQ=255)
tAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGa > 1:238765/1‑90 (MQ=255)
aTCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCtt > 2:441103/1‑90 (MQ=255)
tCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTc < 1:546303/90‑1 (MQ=255)
gATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTaaa > 1:429071/1‑90 (MQ=255)
atggatggATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGcc < 1:477938/40‑1 (MQ=39)
atggatggATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGcc > 2:477938/1‑40 (MQ=39)
ggatTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGa < 2:218577/90‑1 (MQ=255)
tCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAaata > 1:345675/1‑90 (MQ=255)
cGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAaataa < 2:212242/90‑1 (MQ=255)
gAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAaataat > 1:517235/1‑90 (MQ=255)
aaGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAatg > 2:38434/1‑90 (MQ=255)
ttAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAatgatg > 1:561953/1‑90 (MQ=255)
aTGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGAtt < 2:468955/90‑1 (MQ=255)
aTTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTc > 1:77463/1‑36 (MQ=39)
aTTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTc < 2:77463/36‑1 (MQ=255)
|
TTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATT > NZ_CP009273/3576555‑3576713
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTAC > NZ_CP009273/3576551‑3576731
|
GAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGA > SRR3722111.476105/1‑100 (MQ=60)
GTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTC > SRR3722111.234555/1‑100 (MQ=60)
ttgacattcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCC < SRR3722111.485263/60‑1 (MQ=60)
TTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCC < SRR3722111.567021/100‑1 (MQ=60)
GTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGA > SRR3722111.241607/1‑100 (MQ=60)
GAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAA > SRR3722111.435466/1‑100 (MQ=60)
TCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAAC < SRR3722111.554893/100‑1 (MQ=60)
ATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATA > SRR3722111.350319/1‑100 (MQ=60)
GGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAAT > SRR3722111.525299/1‑100 (MQ=60)
GGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATG > SRR3722111.570787/1‑100 (MQ=60)
AAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTgtctcttatacacatctgacgctgccgacgaatgtcaatgtg > SRR3722111.78401/1‑58 (MQ=60)
CGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTAC > SRR3722111.259390/1‑100 (MQ=60)
|
GAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTAC > NZ_CP009273/3576551‑3576731
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
