Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I228 R1
|
214 |
26.5 |
1448192 |
97.1% |
1406194 |
86.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
3,576,634 |
A→G |
R79R (CGA→CGG) |
BW25113_RS17825 → |
YrhA family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 3,576,634 | 0 | A | G | 100.0%
| 82.3
/ NA
| 25 | R79R (CGA→CGG) | BW25113_RS17825 | YrhA family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (17/8); total (17/8) |
GAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATT > NZ_CP009273/3576551‑3576713
|
gAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTAttt > 2:349456/1‑90 (MQ=255)
aaGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTa > 1:468010/1‑90 (MQ=255)
tAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCct > 2:60930/1‑90 (MQ=255)
ttCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGa > 1:3499/1‑90 (MQ=255)
cTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGAtt > 1:688365/1‑90 (MQ=255)
cTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGAtt > 1:695261/1‑90 (MQ=255)
tttttAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTc > 1:312145/1‑90 (MQ=255)
tttttAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTc > 2:223576/1‑90 (MQ=255)
ttAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAg < 2:445814/90‑1 (MQ=255)
aTCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCtt > 2:267045/1‑90 (MQ=255)
aTCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCtt > 2:164896/1‑90 (MQ=255)
gATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTaaa > 2:564432/1‑90 (MQ=255)
tttttAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGcc < 1:285844/90‑1 (MQ=255)
tttAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGt > 1:242109/1‑90 (MQ=255)
tttAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGt > 2:618752/1‑90 (MQ=255)
gagCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATg < 1:401158/90‑1 (MQ=255)
cAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAAt < 1:94666/90‑1 (MQ=255)
atggatggATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAAttt > 1:396413/1‑90 (MQ=255)
atggatggATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAAttt > 2:537844/1‑90 (MQ=255)
atggatggATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAAttt > 2:82764/1‑90 (MQ=255)
ggatTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGa < 2:66601/90‑1 (MQ=255)
gatTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGaa > 1:522989/1‑90 (MQ=255)
aTGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGAtt < 2:277636/90‑1 (MQ=255)
aTGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGAtt < 2:386999/90‑1 (MQ=255)
aTGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGAtt < 1:288735/90‑1 (MQ=255)
|
GAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATT > NZ_CP009273/3576551‑3576713
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTTATGTAATGAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTAC > NZ_CP009273/3576541‑3576731
|
GTTATGTAATGAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTT < SRR3722112.636020/100‑1 (MQ=60)
TTATGTAATGAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTA > SRR3722112.474678/1‑100 (MQ=60)
TGTAATGAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCC < SRR3722112.126093/100‑1 (MQ=60)
TGTAATGAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTCTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCC < SRR3722112.253863/100‑1 (MQ=60)
GAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGA > SRR3722112.3539/1‑100 (MQ=60)
AGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATT > SRR3722112.706117/1‑100 (MQ=60)
AGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATT > SRR3722112.699116/1‑100 (MQ=60)
GTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTC > SRR3722112.315716/1‑100 (MQ=60)
ATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGT > SRR3722112.244982/1‑100 (MQ=60)
TTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAAT < SRR3722112.289162/100‑1 (MQ=60)
TTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTT > SRR3722112.401615/1‑100 (MQ=60)
GAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAG < SRR3722112.406438/100‑1 (MQ=60)
GCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAA > SRR3722112.530697/1‑100 (MQ=60)
CAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAA < SRR3722112.95848/100‑1 (MQ=60)
ATGGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCC < SRR3722112.292079/100‑1 (MQ=60)
GGATTACGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTG > SRR3722112.184771/1‑100 (MQ=60)
CGGTTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTAC > SRR3722112.631518/1‑100 (MQ=60)
|
GTTATGTAATGAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTAC > NZ_CP009273/3576541‑3576731
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
